《医贯》为医论性著作，是赵献可的代表作，于明万历四十六年（1617）前后写成并“刻而行之”。该书集儒道释于一家、天地人为一体，曾风靡一时，广为流传。清初名医高鼓峰、吕留良等宗其说，均将温补命门作为临床指导思想，对后世医学界产生深刻影响。
在《医贯》中，赵献可以薛己的理论为基础，突出发挥了“命门”学说。
薛己一直是赵献可的崇拜对象，其缘由似乎可以追溯到天童寺方丈所赠之《正体类要》，但遗憾的是，除了薛己的书，赵献可与薛己素昧平生，因为迟出生了86年，而薛己活了72岁。但是，因为崇拜瞻仰，赵献可从心底里尊薛己为师，成了薛己的私淑弟子。赵献可不仅从薛己那里继承了温补命门之理，还实实在在地继承了八味丸与六味丸的临床应用。
命门学说是中医基础理论之一，历代医门诸家各说不同。首论命门的是《内经》。《内经》说：“太阳根于至阴，结于命门，命门者，目也。”所指为人的先天元气蕴藏之所，人身真火的寄存地，人体生化的源泉。此为命门两目说。首论命门部位为肾的是《难经》，《难经》指出：脏各有一耳，肾独有两者何也？然肾两者，非皆肾也，其左者为肾，右者为命门。命门者，诸精神之所舍，元气之所系，男子以藏精，女子以系胞，此为命门右肾说。《难经》之后，对于命门众说纷纭，明朝起更盛，有虞抟的两肾皆属命门说、李时珍的肾间命门说、孙一奎的动气命门说……赵献可又有自己的说法。
赵献可的说法是，命门是人身之大主，在人的发育过程中，是先出现命门，而后生成五脏六腑的，命门为十二脏腑之根、生命之源；命门之所以在人体生命活动中起主要作用，是因为命门内具有相火，人体五脏六腑之所以能发挥正常作用，是依赖于命门相火的作用，因而命门也是人身之至宝，生命活动之源。相火强则生机可由之而壮，相火衰则生机可由之而弱，相火灭则生机由之而死……赵献可从理论上，将人体阳气之根从心脏转移至命门，从而使肾命的生理功能作用在整个人体中显得尤为重要。明代温补学派的理论因此而焕然一新，出现了一个新的发展顶点，易水学派的学术思想，又由研究后天脾胃转向先天肾命……
赵献可认为，命门在两肾各一寸五分之间，命门相火位于两肾水之间，谓之真水真火。真水真火之间有着非常密切的关系，是永远相依而不相离的。火之有余是由于水亏，阴不制阳，而见相对火旺之象；水之有余，是由于火亏，阳虚相对阴盛而见的表现，这是阴阳对立观所决定的。真水真火只能虑其不足，不能虑其有余，因为命门水火是人体生命活动能力的根源，是先天之本，所以只能虑其虚。水火之间，水为火之根，因此补火当于水中求火，即在阴中求阳，使阴生阳长。因而，火之有余，实因水之不足，毫不可泻火，只能补水以配火，即“壮水之主以制阳光”之意；火之不足，因见水之有余，亦不必泻水，就于水中补火，即“益火之源以消阴翳”之意。对于命门真水真火的作用，赵献可更强调真火的作用。他认为在人身中起决定性作用的是真火，应当时刻保护，不能任意伤害。对于命门真水真火不足的治疗，不是补真水，就是补真火，以补为主。
这就是独树一帜的赵献可命门学说的基本内容，是赵献可不为各家说法所拘，对命门的位置、性质、作用、病理变化、治疗原则和用药等广泛研究之后所提出来的“赵氏肾间命门说”。与李时珍的肾间命门说显然不同。
赵献可认为，出自《金匮要略》中的崔氏八味丸（以下简称八味丸），为养火之剂；《小儿药证直诀》中的钱乙六味地黄丸（以下简称六味丸），为补水之剂，也就是补真火真水的主方。因而，他在《医贯·先天要论·水火论》中说：“以无形之水沃无形之火，当而可久者也，是为真水真火，升降既宜，而成既济矣，医家不悟先天太极之真体，不穷无形水火之妙用，而不能用六味丸八味丸之神剂者，其于医理，尚欠太半。”意思很清楚：只要把六味与八味这两方运用得当、适宜，都能达到益脾胃而培万物之母的目的。这也就是赵献可常用八味丸与六味丸的道理。
因为学术观点上的不同，赵献可反对金元四大家中刘完素与朱丹溪偏用寒凉、攻伐肾阳的做法。赵献可觉得“命门乃人生之君，养生者，既不撙节，致戕此火，以至于病；治病者复不知培养此火，反用寒凉以贼之，安望其生？真阳、真火生命之大宝，常维护保养尚且不足，岂可滥事攻伐”。
赵献可创立命门理论，阐发肾水命火的关系，并将其广泛应用于临证。特别是对痰证、血证、喘证、郁证等等病证的治疗，赵献可不是仅仅从其一般辨证规律上进行施治，而是从肾水命火亏虚方面进行分析论证，广泛使用六味丸、八味丸等方药，为治疗这些疾病提供了有益经验。
对于痰证，赵献可认为，痰本非人身所固有，或是水泛为痰，或是火炼为痰。辨痰证，当分辨其有火无火。由于火衰不能制水，水不归原，泛溢为痰，痰如清水者，赵献可主张用八味丸以补命火，火壮水化则痰自消。由于阴虚火动，水液沸腾而动于肾，骤而成痰者，其痰重浊白沫，则应当选用六味丸以滋水配火，火静则痰自消。自然，脾为生痰之源，赵献可治痰亦接受并使用四君子汤或六君子汤之类的补脾燥湿化痰之法，但更重视治肾命之本。
对于血证，赵献可提出，血不仅有其本身为血的特点，而且属水，故而肾中真水干涸，则真火势必上炎，血亦随火而上腾。反之，若肾中真火衰竭，则真水反盛，血亦失所依附而上泛，这是血证产生的两种病机。赵献可认为，因阳虚而动血上泛者，用桂、附加于六味丸之中，使肾中温暖，龙雷之火潜归于原宅，不用寒凉而火自降，不必止血而血亦自安；因肾中水涸而火炎者，就可用六味丸以补水配火，不必去火，而血亦安。
对于喘证，一般认为属气有余之证，而赵献可认为，应当属火有余、水不足，治疗当用六味丸加麦门冬、五味子等，壮水之主，使水升火降，喘息自定。如果，由于命门真元之火，不能归其下元，阴气在下，阳气浮越于上，亦可见呼吸气促，其证似喘非喘，外见四肢厥逆，面赤烦躁，脉象两寸浮大而散，两尺微而无力的，赵献可主张用八味丸等，以人参生脉散煎服送下。对于喘证属虚者，赵献可认为，应从肾水命火角度进行治疗。
对于郁证，赵献可认为，凡病之起多由于郁；郁者，抑而不通之义。赵献可所认为的郁证还包括各种杂证和一切外感病。由于多因木郁导致诸郁，故可“以一法代五法”。其治木郁，使肝胆之气舒展，则诸郁自解。逍遥散是赵献可治疗木郁的主剂，常结合左金丸和六味丸同用。他还认为，世人因郁而致血病者多，凡郁皆肝病也，木中有火，郁甚则火不得舒，血不行藏而妄行……或因怒郁、忧郁，或因阴虚火旺之人外感风寒暑湿，皮毛闭塞，火不能泄，以致血随火而妄行，出现鼻衄、吐血等证……其辨证要点是“凡系郁者，其脉必涩，其人必恶风恶寒……须视其面色必滞，必喜呕，或口苦，或口酸”，审有如是证，则当舒散其郁为主，即“木郁达之”“火郁发之”之义，其方用逍遥散加丹皮、茱、连，血止后用六味丸滋阴善后，否则多复发。
赵献可独重命门、温补肾水命火，这一学术思想也始终贯穿在他的临床之中，达到了炉火纯青的程度——
治目，以肾为主。赵献可在《医贯·先天要论·眼目论》说：“五脏六腑之精气，皆上注于目而为之精，肾藏精，故治目者以肾为主。目虽肝之窍……病于水者，故光华发见散乱，而不能收敛近视，治之在心肾。心肾平，则水火调而阴阳和。”
治齿病，治宜从肾。赵献可在《医贯·先天要论·齿论》说：“凡齿属肾，上下龈属阳明……动摇，或痛或不痛，或出血或不出血，俱如欲落之状者，皆属肾……”
治耳病，以调补肾脏入手。赵献可认为，耳者肾之窍，肾开窍于耳，故治耳者以肾为主。他辨证认为：左肾为阴主精，右肾为阳主气，精不足、气有余则聋。肾虚则耳内潮声、蝉声无休止，当坠气补肾。肾者，宗脉所聚，耳之为窍，血气不足，宗脉乃虚，风邪乘虚随脉入耳，气与之搏，故为耳鸣。耳痒乃肾虚，致浮毒上攻而致。因此，从调补肾脏入手，方可奏效。
……
赵献可的医学理论不乏大胆想象，对后世有一定启发，但由于自创新说，难免执论太过、立论有偏，所以也招来后世不少非议。其中最为激烈的是江苏吴江松陵镇人徐大椿。
徐大椿（1693～1771），原名大业，字灵胎，晚号洄溪老人。自幼习儒，年近30岁时，因家人多病而致力医学，攻研历代名医之书。曾两度奉诏赴京治病，所著多“遵经诠释之作，其中真知灼见亦颇不少”，被后人誉为医学评论大家。徐大椿认为，赵献可的《医贯》论述章法不严，在引录和阐发古医籍的经义上瑕疵甚多，造成后世滥施温补之弊，如不及时纠正，将造成中医学术之混乱和临床上误治之害，因此在赵献可过世约140年后的清乾隆三十二年（1767），撰写了针对性的书评《医贯砭》，提出了自己的看法。
《医贯砭》以引录或节录原文、逐段加批的形式，对《医贯》重用温补和忌用攻下的理论、治则，提出了截然不同的见解。总体上看，是对赵献可肾命学说的全面否定。同时，徐大椿指出，盛行承袭明代“温补派”用药，不考虑病人体质，执一二温补之方通治万人不同之病，是现时医界“执一驭万”的治法弊病；薛己是“庸医之首，邪说之宗”。
《医贯砭》认为，赵献可在引录和阐发古典医籍的经文与义理上凭空臆说。徐大椿说，赵献可在《医贯·先天要论·消渴论》中说“昔汉武帝病渴，张仲景为处此方”，但汉武帝是西汉人，张仲景是东汉末年人，岂不贻笑于后人；在《医贯·玄元肤论·阴阳论》中，赵献可说“神农尝药，按阴阳而分寒热温凉辛甘酸苦咸之辨……甘温者用之，辛热者用之，使其跻乎春风生长之域，一应苦寒者俱不用”，这与《本草经》的原意大相径庭。
《医贯砭》认为，赵献可在阐发古典医籍的义理上，片面地强调温补命门和肾的学说，曲解了经文。徐大椿又举例说，赵献可在《医贯·先天要论·咽喉痛论》中断论：“凡咽喉痛者，皆少阴之病”，“此又乱道，灵素于足太阳、足厥阴、少阳，足阳明、手少阳、少阴诸经，皆有咽喉之证，今皆抹杀，专指为肾经之疾，然后可独用六味（丸）、八味（丸），真苦心也”。又，在《医贯·先天要论·眼目论》中，赵献可说“五脏六腑之精，皆上注于目而为之精。肾藏精，故治目者，以肾为主”，徐大椿指出“明明是五脏六腑之精，怎能任意改为肾之精呢”；在《医贯·先天要论·阴虚发热论》中，赵献可在解释王冰的“益火之源，以消阴翳，壮水之主，以制阳光”时说“无火者，宜益火之源，以消阴翳，无水者，宜壮水之主，以制阳光，必须六味、八味二丸，出入加减，以补真阴，屡用屡效”，而徐大椿指出“王冰原意，心为阳，肾为阴，不能改换为肾中阴阳”。
《医贯砭》还认为，赵献可对古典医籍经文的引录不实。徐大椿说，赵献可在引录张仲景原方时，多以自己的心意加减药味，甚为不当，譬如赵献可所引录的桂枝汤中不载姜、枣，葛根汤中多加葱白，大柴胡汤中多加人参，而仍然以原方称之，是极不严肃的事。对此，徐大椿的评说是：“仲景《伤寒论》中诸方，字字金科玉律，不可增减一字，犹录六经四子语，岂可擅自删改，将杜撰之语乱入耶！唯临证增减，未尝不可因证出入。若抄录古文，先为变易，仍指为某方，则大乱之道矣。”
其实，对于徐大椿的《医贯砭》，清以来评价也不一。有人以为，《医贯砭》用词偏激，说法片面、武断、泥古……有人认为，《医贯砭》刊行之时，假如赵献可还活在世上，来去几个回合的争论是免不了的，各自的帮腔者也都不会少，鹿死谁手也没个准。现今更有人站出来，说目前对赵献可命门学说开展了新的研究，初步认为：赵献可所说的命门，是与现代医学中所讲的神经内分泌系统相类似的一个系统……这种将命门作为全身一个重要系统的探讨，充分证明了赵氏“命门为一身之主”的论点是正确的。于是，有人就这么认为：早在科学不发达的时代，赵献可就能力破陈说，对人的生命现象本源和人体生理学做出大胆的探索，他的勇气和卓识确实让人称赞！
应该说，上述都为一家之言，除了赵献可的勇气与卓识令人钦佩为世之公认外，分歧部分均尚待历史验证。
赵献可一生，著述不少。主要有《医贯》《内经钞》《素问钞》《经络考》《正脉论》《二体一例》《邯郸遗稿》等，但现今尚存的，除了《医贯》之外，只有《邯郸遗稿》。
《邯郸遗稿》又名《胎产遗论》，为妇科专著，不分卷。由赵献可的儿子整理而成。
毫不例外，在《胎产遗论》中，赵献可从妇人的生理、病理和诊断、治疗等多方面阐发其命门学说。赵献可认为，妇人诸病，多由于肝脾肾三脏机能失调所致，与命门水火的盛衰关系尤其密切；命门为人体生命之根本，有主宰妇女发育、生殖之功能，凡妇女病的治疗应偏重于壮肾益脾，选方多以六味、八味、补中益气、六君为主；月经本于肾水，是肾水所化，似血实非血，调经当以滋水养火为根本大法，滋水为主……
赵献可的命门学说，既为古老的中医学术理论注入了新鲜内容，也大大丰富了中医养生保健的理论库，对于后世影响深远，虽然褒贬不一，但不能掩盖其作为一代名医对于中医学发展所做出的巨大贡献。
尽管行踪难觅，毕竟故土难舍。一生与山水有情，足迹几乎遍及中原地域的赵献可，最后依然回归魂牵梦绕的广德湖。他选择了儿时整整一天一夜静候田螺姑娘出现的白鹤山之西，筑屋而居，让残存的广德湖湖水环绕其间，让天姿秀丽、风韵高标的翠竹陪伴自己，还有那叫叫跳跳的喜鹊和此去彼来的友人、病人……明天启六年（1627），来了《杜曲集》的作者奉化人戴澳，不知是触景生情有感而发，还是忽地心血来潮，即席赋诗一首——《题万竹烟云图为赵养葵寿》，诗云：白鹤山西湖泊里，万竹萧森拂湖水。主人好读未见书，茅屋数间竹中起。读书不做老蠹鱼，精于为身推其余。虎杏年来竟成市，神枣历历生阶除。玉颜不淄金骨变，燕马吴舠眼中电。日月空惊壮士心，风尘不上真人面。忆昔倚剑气如虹，每拟上书于至尊。老去惟留丹诀在，长遣苍烟护竹门。
谁知，第二年，赵献可便离开了人世。
赵献可的儿子，名贞观，字如葵，生卒年不详，亦为名医。为人敦厚有古风，治病不论贵贱，不计礼酬，所著有《绛雪丹书》等。清初编纂的鄞县《桃源乡志》、民国《鄞县通志·文献志》和20世纪80年代出版的《浙江历代医林人物》，以及2009年出版的《宁波通史》对其均有记载。
