大禹的时代是公元前2140年左右，司马迁的《史记》大约是武帝征和三年（公元前90年）前后完成的。其间相隔两千零五十年，而我们今天离司马迁的时代也有这么久。司马迁当时推想大禹时代的事迹，正如我们今天推想司马迁时代的情况一般。相当古远，只能凭想象。当时对两千年前的大禹治水已经产生了许多神话传说，但司马迁摒弃了这些神话，只保留了其合理的部分，他以《尚书》的《禹贡》为蓝本，在《史记》的《河渠书》和《夏本纪》中记录了大禹治水的事迹。
司马迁在《河渠书》的开头就简述大禹治水的事迹。《书经·夏书》说：
禹平治洪水十三年，经过家门都没进去。陆上乘车，水上乘船，泥上乘橇，走山路乘山桥。他治水后划天下为九州：冀州、兖州、青州、徐州、扬州、荆州、豫州、梁州、雍州。他顺着山势疏浚河川，因土地的肥瘠来决定贡赋。开通九州的道路，给九州的湖泊修筑堤防，不让其泛滥，测量九州的山势。考虑到黄河泛滥成灾，损害中国最厉害，于是大禹便以治理黄河为当务之急。从今天青海省的大积石山开始引导黄河，经过龙门山（今山西河津县西北及陕西韩城县东北），南到华山之北，折而东下砥柱山（在今河南三门峡市黄河之中），直至孟津（古黄河津渡名，在今河南孟津县东北）、雒汭（古地区名，又名洛口，指洛河入古黄河处，在今河南巩县境内），到达大邳山（在今河南浚县东南）。禹以为黄河的发源地很高，水势湍急强烈，平地很难通行，多次泛滥，于是在大邳山一带分黄河为两支，以泄水势。接着又向北把黄河引到高地上，经过降水（即绛水，是浊漳水的上游，源出今山西屯留，东流入漳水），到大陆泽（古泽名，又名巨鹿泽，在今河北隆尧、巨鹿、任县之间，今已淤积成平地）。为了减杀水势，大禹把黄河分为九河（九河是黄河下游许多支派的总称，但据《尔雅·释水》说是徒骇、太史、马颊、覆釜、胡苏、简、絮、钩盘、鬲津九条河），最后又汇合在一起，名为逆河，流入渤海。九州的大川既已疏通，九州的水泽已筑好堤防，于是中国得到安宁，大禹的功绩一直延续到夏、商、周三代。
司马迁在《夏本纪》中详细叙述了大禹治水的经过：
禹治水先从冀州（包括今天的山西、河北两省的大部，河南省北部，辽宁省西部）开始。而在冀州的治洪、征赋等工作，是从壶口山（在今山西省吉县西南）开始的，其次就是治理梁山（在今陕西省韩城县东南）和岐山（在今陕西省岐山县东北）。再其次是治理好太原（今太原地区的大片高原）这一带地方，接着便施工到岳山（今山西省的太岳山）的南面来。经过施工，在覃怀（古邑名，在今河南省武陟县西南）这一带，收到了好的功绩以后，接下来便施工到横流的漳水这个区域。冀州的土壤，色白柔细。所缴纳的赋税，在九州中是第—位，如遇歉收年，也居第二位，而田地的等级在九州中属于第五等。常水（案：本为恒水，回避汉文帝讳故改为常水，源出恒山，在今河北曲阳西北）、卫水（源出今河北省灵寿县，东入罅沱河）既已顺从由黄河入海，大陆泽一带就可以耕作了。居住在东北的鸟夷人进贡皮衣，冀州东北部的贡赋，都是从渤海中来，绕过右边的碣石山（在今河北省昌黎县北，位于渤海西岸），进入黄河。（案：此段末一句《史记》作“入于海”，然考诸《尚书·禹贡》，海，当为“河”字之误。）
在济水（发源于今河南省济源县王屋山，东流入海，古代为四渎之一，现在下游已为黄河所夺）和黄河中间的这一带地方，就是兖州（在今山东省西北部和河北省南部，地域很小）：在这一地区中，黄河下游的九条支流（据《尔雅·释水》说是徒骇、太史、马颊、覆釜、胡苏、简、絮、钩盘、鬲津九条河）已经疏通，雷夏泽（在今山东省荷泽县东北）也已经汇聚成湖泊了。雍、沮二水，一同流入该湖泊，适宜于种桑的土地，也都已养了蚕；于是人民都从丘陵上搬下来，居住在平地上。这地方的土地，颜色发黑而肥美，所以草长得很茂盛，而树木的株干，也长得很长。田地属于第六等，赋税居于第九位。大禹辛苦经营了十三年的漫长时间，才使得这一州的经济情况和其他的州相同。这一州所进的贡是漆、丝，以及用筐子盛着的有花纹的锦绣，用船载着，由济水入漯水（故道在今河南省范县、山东省莘县、聊城、茌平，经禹城流入徒骇河），再转入黄河。
从东海到泰山这一带地区是青州（在今山东省东部）：堣夷（地名，在今辽宁省境内）已经治理完毕，潍水（源出今山东省莒县，东北流至昌邑县入渤海）、淄水（源出今山东省莱芜县往东北流入小清河出渤海）这两条河接着也疏通了。这里的土地，颜色发白而肥美，不仅在海边上有广大可煮盐的咸地，就是这里的田地，也一样可煮盐。（案：《史记》此段有“厥田斥卤”句，王念孙《读书杂志》已证其为后人所加，今为保持其原来字句，故译文如上。）田地属于第三等，赋税为第四位。这一州所进的贡是盐、细葛布，以及各种海产，另外还有泰山谷中所出的丝、麻、铅、松，以及奇形怪状的石头，莱夷（莱，地名，在今山东省黄县，莱夷是当时的一个少数民族）从事放牧，用牧产作贡品，还有用竹筐装着的山桑蚕所吐的丝。贡品用船载着，在汶水（源出今山东省莱芜县）上船，通往济水。再转入黄河至冀州。
东边到海，北边到泰山，南边到淮水，这一带地区是徐州（包括今山东省南部、江苏省和安徽省的北部）：淮水、沂水（源出山东省沂水县，经江苏邳县入泗水）既已修治，蒙山（在今山东省中部蒙阴县南）、羽山（在今山东省郯城县东北，即舜流放鲧的地方）开发后也可以种植庄稼了，大野泽（即钜野泽，在今山东省钜野县北）已经聚满了水，东原（在今山东省东平县、泰安县附近）一带获得了安定和繁荣。这里的土地，颜色发红，有粘性而且肥美，草木相互包裹着长得非常茂盛。这里的田地属于第二等，赋税则居第五位。所进的贡品是五色土和羽山山谷所产的雉，峄山（又名邹峄山，在今山东省邹县东南）南面所产的独生桐木，泗水（源出山东省泗水县，西流经曲阜，南至济宁入运河，又经邹、滕入江苏境，经宿迁、泗阳，至淮阴流入淮河）边露在土面上可以制磬的石头，淮水下游所产的蚌珠及美味的鱼，以及这里用筐子盛着进贡的黑绸和柔细的白绸，用船载着，由淮水，入泗水，转入荷水。荷水即荷泽，故址在今山东定陶县东北。再转入济水，通于黄河而达冀州。
北到淮水，东南到海，这一带地区是扬州（包括今江苏省长江南北地区、浙江省北部、江西省和安徽省的东部）：彭蠡（今江西鄱阳湖的古名）既已聚水成了大泽，于是就成了大雁冬天居住的地方。三条江水（案：三江尚无定说，也许是众多水道的总称，请参《史记索隐》）既已被疏通流入海中，因此震泽（今江苏太湖古名）地区也就安定了。地上也已长满了大大小小的竹子，这里的草长而美，这里的树木，都是高耸的，这里的土质湿润，田地属于第九等，赋税居第七位，逢上丰年可居第六位。进贡的是三色铜、美丽的玉石、大小竹子、象牙、兽皮、鸟羽以及旄牛尾巴。海岛中的夷人，他们的衣服，都是用草编织的。这里用筐子盛着进贡的，是用美丽的小贝连缀成的巾，包装起来进贡的是橘子和柚子。这些贡品，都是沿着长江、大海进入淮水、泗水的。再辗转运抵冀州。
从荆山（在今湖北南漳县西）到衡山（今湖南省衡山县）的南面，这一带地区是荆州（包括今湖北、湖南两省及江西、安徽两省的西部）：长江、汉水都经过这里东流入海。九条江（泛指长江中游的九条支流，或说指湘江、资江、沅水、澧水和沅水的支流元江、浙江、辰江、溆水、酉水）都能顺着河道而行，沱（指今湖北省江陵的夏水，为长江支流）、涔（涔水源出汉中，为汉水支流。《尚书》作潛，潛水是嘉陵江的北源，又名龙门水）二水也已疏通了，云、梦二泽（古代大泽名，即长江北的云泽和江南的梦泽，今日湘鄂两省间的一大片湖泊群，即其遗迹）也都已治理了。这里的土质很湿润。田地属于第八等，赋税居第三位。所进的贡品是鸟羽、旄牛尾巴，象牙、兽皮、三色铜，杶（即椿树）、柘、栝（即桧树，树叶似柏，树干似松）、柏四种木料，粗磨石、细磨石、砮石和丹砂，惟有菌竹、籍竹、楛木等箭材是从三国（荆州的三个诸侯国，名未详）进贡而且是他们当地最有名的产品，包裹捆札着进贡的是菁茅，用筐子盛着进贡的是黑色、浅绛色的锦缎和成串的珍珠，九条江（长江中游的九条支流）这一带所进的贡品是大龟。这些贡品，都是从长江、沱水、涔水、汉水，再经过一段陆程到达雒水（即洛水），转运到南河（黄河自潼关以东在河南境内的一段，古称南河）的。
荆山以北到黄河以南这一带地区是豫州（大致相当于今河南省全境、山东省西部和湖北省北部）：伊河（洛水支流，发源于今河南省卢氏县熊耳山，至偃师县流入洛水）、洛水（黄河支流，发源于陕西省洛南县西北冢岭山，至河南省巩县入黄河），瀍水（洛水支流，源出于河南省洛阳市西北的芒山）、涧水（洛水支流，源出于河南省渑池县），既已疏导流入黄河，荥播泽（即古荥泽，已淤塞。故址在今河南荥阳县）也已聚成湖泊，又疏导荷泽（古泽名，今已淤塞，故址在今山东省定陶县东北），使水盛时流入明都泽（古泽名，即孟猪泽，故址在今河南省商丘县东北），不致溢出成为水灾。这里的土质柔细，但是低洼的地区，却为肥美而黑色的硬土。田地属于第四等，赋税居第二位，逢上丰收年可跃居第一位。进贡的是漆、丝、细葛布、麻，这里用筐子盛着进的贡品是细丝絮，有时还让他们进贡磨磬的磨石。这些贡品，是由雒水（即洛水）装船起运，再转入黄河。
从华山（在今陕西省华阴县）的南面，西到黑水（当时的九条大水系之一，究竟指哪条河，说法不一）这一带地区是梁州（大致相当于今四川省全境及陕西、甘肃两省南部）：汶山（即岷山，在四川省松潘县北，为岷江发源地）、嶓冢山（在甘肃省天水市和礼县之间，为西汉水的发源地）既已治理，沱（为长江支流，在泸州市入长江）、涔（为汉水支流。或说指嘉陵江的北源潛水）二水，也已疏通了，蔡、蒙二山（蔡山在今四川省雅安县东。蒙山在今四川省雅安、名山、芦山三县交界处）的治理开发也已大功告成，桓水（即今白龙江，发源于西倾山东南甘肃岷县，东南流至四川昭化入嘉陵江）一带居住的夷民，治理也已收到功效。（案：此句《史记》，作“和夷底绩”。据郑康成注《尚书·禹贡》改译。）这里的土壤是黑色的，田地属于第七等，赋税为第八位，但歉收年落到第九位，丰收年跃居第七位。贡品中的矿物有美玉、铁、银、镂钢、砮石、磬，野生动物有熊、罴、狐、狸，还有可以制作地毯的织皮。西倾山（在今甘肃西南、青海东南的交界处）的贡品，由桓水运出，其他贡物首先由潛水（嘉陵江的北源）船运，然后走一段陆路，再进入沔水（一名沮水，源头在陕西，是汉水的上游），转入渭水，再横渡黄河。
黑水（当时的九条大水系之一）以东，西河（指山西、陕西两省间的一段黄河，在冀州西面，故名西河，是冀、雍两州的界河）以西这一带地区是雍州（相当于今陕西、甘肃两省的大部分及青海省部分地区）：弱水（又名张掖河，往西北流入沙漠中的居延泽，居延泽是今甘肃省北部边境的苏古诺尔湖）既已向西流去，泾水（发源于宁夏固原县南，东南流至陕西高陵县入渭水）也流入渭水（源于甘肃省渭源县鸟鼠山，往东至陕西潼关流入黄河）北岸的弯曲处。漆、沮二水（都是渭水支流，在陕西省耀县合流之后称石川河，再南流入渭水）都已顺畅地往下流，沣水（源出陕西户县东南终南山，北流入渭水，今河道已湮没）也与渭水汇合了。荆、岐二山（荆山指荆渠山，在今陕西富平县，不是荆州的荆山；岐山在今陕西省岐山县）既已治理，终南、敦物二山（终南山在陕西西安市南，敦物山在陕西武功县境），也已竣事。然后就施工到鸟鼠山（在甘肃省渭源县）。高原及低湿的地方收到功效以后，再就施工到都野泽（又称猪野泽，今称鱼海子，在甘肃民勤县境）。三危山（在甘肃岷山西南，黑水流经其下）一带已可居住，被舜帝流放在三危山下的三苗部落也已有次序地安定下来。这个地方的土壤，颜色发黄而柔细，田地属于第一等，赋税居第六位。所进的贡品是美玉、美石以及类似珍珠的小石子。这些贡品都由积石山（这里指的是小积石山，在今甘肃省临夏西北）下装船航运，一直到达龙门山（在今山西省河津县域陕西省韩城县间的黄河边）间的西河，而会集在渭水北岸的弯曲处（即渭水入黄河处）。进贡地毯（一说为毛布）的，有昆仑、析支、渠搜三国（三个西戎部落名，昆仑在今甘肃酒泉一带，析支在今青海省积石山至贵德县河曲一带，渠搜在今陕西省怀远县北）。这时西戎各国，也都安定了。
各州治理完毕以后，开始治理和开发九条山脉：先从汧山（即岍，在今陕西陇县东南）开始，其次是治理岐山，再来就施工到了荆山（指在今陕西富平县的荆山），这三条山脉的余脉一直越过黄河。再从壶口山（在今山西省吉县西）开始，经雷首山（在今山西省永济县），一直施工到太岳山。又从砥柱山（在今河南省陕县与山东省平陆县之间的黄河三门峡中）开始，通过析城山（在今山西省阳城县境），就到达了王屋山（在今山西省阳城、垣曲两县间）。再从太行山（是今山西、河北两省交界的山脉，主峰在山西晋城）治理，经过常山（在今河北曲阳县西北），施工到碣石山，山脉就进入海中了。又从西倾山开始治理，经朱圉山（在今甘肃省甘谷县西南），通过鸟鼠山，接着施工到太华山（即西岳华山）。再从熊耳山（在今河南省卢氏县境）开始，经外方山（即嵩山，在今河南省登封县北），过桐柏山（在今河南省桐柏县北），一直施工到负尾山（在今湖北省安陆县）。再从嶓冢山治理，一直施工到荆山。又从内方山（在今湖北省钟祥县）开始，一直施工到大别山（在今湖北省汉阳东北，不是指鄂皖豫交界处的大别山脉）。再从汶山的南面治理，到达衡山，越过九江（泛指衡山、庐山间的河道），最后施工到达了敷浅原山（庐山）。
又疏通了九条河流（指九条水系，即弱水、黑水、黄河、汉水、长江、济水、淮水、渭水、洛水）：先疏通弱水（又名张掖河）达于合黎山（在今甘肃省张掖、酒泉诸县北，与南部的祁连山相对），使其下游流入沙漠（从屈万里先生说）。其次疏导黑水（可能是长江的一条支流，或是金沙江，或是雅砻江，或是岷江的支流），一直施工到三危山，使流入南海（即今东海）；然后再依次的疏导黄河，从积石山（指今青海省南面的大积石山，古人认为那里是黄河的发源地）开始，一直施工下去，到达龙门山后，就转向南流，至华山北面，再往东经过砥柱山，再往东就到了孟津（即今河南孟津县东，洛阳市东北黄河边），再往东经洛水入黄河处，就到了大邳山（在今河南浚县东南），转向北流，经过降水（即今漳水，在今河南省南部），就到了大陆泽（古泽名，又名巨鹿、广阿、大麓，在今河北省平乡、隆尧、巨鹿、任县之间，当时黄河流经这里，今已淤积成平地），再往北，就分成九条支流，然后又合为一条逆河（河流分而复合为逆河，这里指九条河道至下流沧州附近又合成一条河），流入海中了（古黄河在今河北省碣石山入渤海）。又从嶓冢山开始，疏通瀁水（瀁水或写做漾水，源出今陕西省宁强县嶓冢山，为汉水之源，东北流经沔县，汇合沔水，又东经褒城、南郑等地），瀁水向东流成为汉水，再向东流，成为沧浪水（汉水在均州境内的一段称沧浪水），再经过三澨水（汉水支流，在今湖北省汉川县流入汉水），流经大别山，再向南流入长江（汉水在今武昌、汉口之间流入长江），又向东流，汇成彭蠡泽（今江西鄱阳湖，古人认为汉水流入长江后，作为一股独立的水流继续存在，而鄱阳湖是长江和汉水汇成的），又继续往东流。就成为北江（长江东流入海处，分为两条河道，主河道称中江，北边的支流称为北江，古人认为北江主要来自汉水，中江来自长江），然后流入海中。又从汶山开始疏导长江（汶山即岷山，古人认为岷江是长江上游，今甘肃、四川交界处的岷山则是长江的发源地，所以疏导长江自岷山开始），向东分出一条支流，就是沱水（由北向南流至今四川省泸州市注入长江），又往东接着施工疏导，到达了醴水（指今湖南省境内的澧水），过了九江（指湘江、资江、沅水、澧水和沅水的支流元江、浙江、辰江、溆水、酉水），就到达了东陵（即巴陵，岳阳古称），再向东又斜流往北（长江至岳阳城陵矶后正是向东偏北流的），就汇成了彭蠡泽，再往东流就是中江，然后流入海中。又疏导沇水（别称济水，源出山西王屋山。济水在古代与长江、黄河、淮河并称为四渎，为天下大川。它的故道在巩县与黄河交叉，穿过黄河南下，汇聚成荥泽，再往东流。后来黄河改道，济水下游为黄河所夺），向东流，就是济水，济水流入黄河，再流出来，汇成荥播泽（即古荥泽，已淤塞。故址在今河南荥阳县）后，继续向东流，经过陶丘（在今山东省定陶县西南）的北边，再往东流，就流到了荷泽（古泽名，今已淤塞，故址在今山东省定陶县东北），又往东北流，与汶水（当时是济水支流）相汇合，再往东转北流，然后流入海中。又疏导淮水，从桐柏山（为淮河发源地）开始，使往东流，汇合了泗水、沂水以后，再往东，就流入海中了（淮河古为四渎之一，本是独立入海的，后因黄河改道，夺其下游，使淮河淤塞）。又疏导渭水，从鸟鼠同穴山（即鸟鼠山，在甘肃省渭源县，是渭水的发源地）开始，向东流，汇合了沣水，再向东北流，汇入泾水，再东流汇合漆水、沮水，流入黄河。又疏导洛水，从熊耳山（在今河南省卢氏县境）开始，东北流汇合涧水、瀍水，又东流汇合伊水，再向东北流入黄河。九州的大川既已疏通，九州的水泽已筑好堤防，于是中国得到安宁。
上面是《史记》记载的大禹治水的今译和注释。我们将大禹治水的神话和司马迁写的治水经过作对比，发现《史记》作者的写作态度是十分郑重而严谨的，他基本上取材于《夏书·禹贡》，没有添加任何神话传说。所述地理名称今人仍找得到。九州，即冀州、兖州、青州、徐州、扬州、荆州、豫州、梁州、雍州是构成华夏本部的基本要件，至今仍是中国的主体部分。后来只是增加了西藏、蒙古、新疆、满洲、南越、台湾而已；九条水系，即弱水（西部流入沙漠中的河流）、黑水（金沙江）、黄河、汉水、长江、济水、淮水、渭水、洛水，至今仍是中国本土的基本水系，现在只是增加了怒江、珠江、黑龙江、雅鲁藏布江等水系而已。所述的每个州的物产、农田土质和收成情况不一定是遥远的夏朝的信息，而是周朝时实际调查的结果，因为《尚书》成于周朝。
每个民族都有关于洪水的传说，可见远古时代的人类一定遭受过一次巨大的水患。其发生的原因可能和地壳的变迁，太阳黑子的频繁活动，月亮对地球的引力变化，或者地球突然变暖以至高山冰雪融化有关。但以古代的生产力水平，大禹要在十三年内疏通好九条水系、开发九条山脉是绝对不可能的。《尚书》成书于周代，可以推测，如此繁重的治水工作和开发工程是夏商周三代的先民近两千年的连续奋斗成果，民众的千年成果却统统记在大禹名下，因为大禹是古代治水工作的代表人物，正如汉文字本是数千年积累发明的，却统统记在仓颉名下一样。
