群众的情绪更加澎湃。总工会移师湖北江岸办公，2月4日上午9时，哄传中的京汉铁路全路总同盟罢工，由汉口江岸分会委员长林祥谦一声令下，长辛店、郑州、汉口同时发动，终于见诸现实。工人们誓言：“我们是为争自由作战，争人权作战，只有前进，决无退后的。”2月6日，各工会组织慰问团至江岸京汉总工会，各界民众一万多人，在汉口游行示威，武汉全市震动。
关于“二七大罢工”的总指挥是谁，史书记载，多有含糊。《李大钊传》称“大钊同志是这次大罢工的积极领导者之一”。吴佩孚的幕僚汪崇屏也认为是李大钊：
民国十二年（1923年）2月4日，京汉铁路工会下令定于第二天早晨全线罢工，由李守常（即李大钊）来领导，实际出面的是王功与李振瀛。长辛店、郑州、汉口同时发动。到2月7日，军队出来干涉，强迫复工，在汉口、长辛店都发生流血惨案。李认为是吴所下的命令，其实吴不曾下令，吴根本就不知道李是共产党。
当时李大钊确在汉口，但不是总指挥，他只是和一些工运领袖有接触而已。总指挥是张国焘，他在回忆录中称：“2月4日正午，京汉路全线同时进入了罢工状态，我成为这次罢工的最高指导者。”
京汉铁路乃直系生命线。吴佩孚决不允许京汉铁路瘫痪，当时他的气势正盛，只手几可遮天，命令湖北督军萧耀南立即解决工潮，不惜采取武力。2月7日，全面镇压开始了。江岸工会遭到军队围攻，工人赤手空拳，与手执长枪大刀的士兵搏斗，死伤无数，血流满地。一名工人领袖手持罢工指挥旗，带头向士兵的队伍冲去，被子弹击中头部，倒在血泊之中，口中仍高呼“杀呀”。武汉实行大戒严，各工会被封，工联会遭劫；军警密布街市，捕拿工人领袖。
在军警包围江岸总工会前几分钟，张国焘及时躲进了法租界，逃过一劫。当晚，总工会决定复工。但大规模捕杀并没有停止。共产党工运领袖邓中夏记述，在“持枪带炮的军队”血腥镇压中，工人当时死者四十余人，伤者数百人，被捕入狱者四十余人，被开除流亡在外者一千余人。③林祥谦被捕后，军队逼他下复工命令，林祥谦回答：“头可断，工不可开！”于是，他就人头落地了。施洋亦于2月15日（农历除夕）被军方逮捕枪决。施妻含泪奔走于京沪等地，为夫鸣冤；其父在施洋牺牲后，悲哀不已，数月后亦一病不起。邓中夏被北京政府通缉，不得不逃亡上海。国民党工运领袖马超俊痛心地说，惨案发生后，“工人如丧考妣，重入深受压迫无可告诉之境……‘工会’二字，工人再不敢提及，实为全路工运之彻底摧毁时期。”
中共在北方突然遭此重大挫折，几年间辛苦建立的基础，几被摧毁殆尽，痛定思痛，终于承认“工作中心已不在北方，现在应当加强上海、广州等处的工作”。与国民党实行“党内合作”，亦未尝不是休养疗伤的权宜之计。
但话虽如此，中央还是不愿意迁到广州，于是又搬回了上海。由于孙文对“二七惨案”一言不发，对军阀既没有作过任何抗议，对工人也没有表示过任何同情与支持，使得中共对南方更加不满。维经斯基也一直反对把中央迁到广州，“中央委员会不应在广州孙逸仙的鼻子底下，至少应在上海的某个地方。”
可是马林对“孙逸仙的鼻子底下”情有独钟，非要中央搬到广州不可，在这场“迫迁”之争中，他要压倒维经斯基。维经斯基与斯大林没什么交情，但马林有莫斯科的尚方宝剑，胜券在握。
3月，陈独秀率先南下，随后，整个中央，连同《向导》周报，便一并迁到了木棉花开的广州。不过，陈独秀的心情，三分春色，二分愁，更一分风雨，感受不到半点大地回春的喜悦。饱受兵灾的广州，已是千室为空，一片凄凉，满城尽是滇、桂军的骄兵悍将。市民扶老携幼，含泪奔避，载道流离，和任何一个被军阀战乱蹂躏的城市，毫无二致，没有一丝革命气氛。这一切，都令他情绪低落，郁郁寡欢。
1923年初夏，张国焘从莫斯科回到中国，他仍然不满中共加入国民党的政策。他当面批评马林在中国工作问题上属于右派。张国焘质问马林：“没有人反对我们的人加入国民党，然而问题是：我们在多大程度上能保持我们的独立自主？为国民党的发展，我们合作到何种程度？应在哪些问题上批评国民党？”而马林则坚信，如果不加入国民党，既要与国民党一道工作，又要保持独立性，这必然使中共变成一个毫无意义的小宗派。他甚至断言，在中国，建立一个工农政党的可能性较之印度等国要小得多。③
中共第三次全国代表大会在广州举行。毛泽东陪同马林从上海到广州。争论也从上海移师广州。6月12日，来自北京、上海、湖北、湖南、广州、山东、浙江等地的三十多名代表，济济一堂，相聚在广州东山的一幢小洋楼里。在这里他们可以半公开活动，无须像在上海那样，为了躲避巡捕密探，不得不把会场东搬西挪。
在三大上，代表们对国共合作一事，再起激辩。
张国焘、蔡和森等人反对共产党加入国民党，尤其反对产业工人加入国民党，与陈独秀、马林展开反复辩论。张国焘说：“我们宁可保持左，左的错误比右的错误容易改正。” 这时，宁左勿右的阴影，已开始影响人们的政治思维了。张、蔡甚至用极严重的语气批评，马林和陈独秀要“葬送中共”。而毛泽东则明确站在陈独秀、马林一边，支持国际意见。
毛泽东在湖南曾经搞过工人运动，参与安源煤矿工人、长沙建筑工人、排字工人和人力车夫工会的组织工作。但他向马林承认，湖南有三千万农民和三四万现代工人，他对工会组织已拿不出任何办法，所以十分悲观，认为中国的国民革命只能在世界革命之后进行，“甚至认为欲拯救中国唯有靠俄国的干涉”。这也是他支持加入国民党的原因之一，因为无论共产党还是国民党，都“不可能建成群众性的政党”，国民党是小资产阶级的党，相信目前只有小资产阶级能够领导革命。
经过反复讨论，三大终于通过了《关于国民运动及国民党问题的议决案》。
我们加入国民党，但仍旧保存我们的组织，并须努力从各工人团体中，从国民党左派中，吸收真有阶级觉悟的革命分子，渐渐扩大我们的组织，谨严我们的纪律，以立强大的群众共产党之基础。③
陈独秀的立场与心情，错综复杂，既不能违抗国际命令，但任令委曲求全，又于心不甘，于是，他一方面同意加入国民党，但另一方面又要中共保持批评国民党的自由。对国共关系，他有八字真言：“加而不入，办而不包”。组织上可以加入，但决不融进去；工作上可以协办，但决不包办。
马林赴华使命，可谓大功告成。三大结束后，这批心情复杂而兴奋的中共党人，来到了黄花岗烈士墓前。张太雷举起拳头，用激动的声音说：“同志们，我们来唱《国际歌》。我唱一句，你们跟着唱一句。”
起来，饥寒交迫的奴隶，
起来，全世界上的罪人，
满腔的热血已经沸腾，
作一次最后的战争……
鲍罗廷携巨资登场
中共三大召开期间，孙文正在东江督师，与陈炯明作战，根本无暇顾及国民党改组之事。陈独秀、李大钊、蔡和森、谭平山、毛泽东等跨党的中共党人，曾联名写信给孙文，劝他在民众中开展广泛的政治宣传，不要效法封建军阀，一味依靠武力夺取地盘。建议他“离开广州前往舆论的中心地上海”。
到那里去召开国民会议（如先生在“五权宪法”中所阐述，而不只限于群众游行）。这样，一支解决全国问题的集中的军队便能建立起来，一支国民革命的集中的军队便能建立起来。
但孙文对马林说，他准备一鼓作气打败北洋军阀，然后坐飞机到北京建立一个“好政府”。这才是国民党的当务之急。
这年夏天，北京政局剧变，直系发动政变，把总统黎元洪赶了下台。直系首领曹锟为了给自己当总统铺路，开始密谋与孙文和解。孙文亦投桃报李，表示可以令北方各省的国民党停止军事行动，甚至有条件地不反对曹锟当总统，并指定孙洪伊、徐谦二人专门负责联直工作，而汪精卫则继续在东北和浙江一带奔走，做联奉、联皖工作。
孙文和他的忠实追随者都是广东人，但他们对广东却没有什么特别的留恋。据马林的观察，廖仲恺“他希望孙中山在南方失利（这样就可以更多地关注北方了），而胡汉民则认为，控制广东对整个事业没有什么价值。”马林也曾问过汪精卫，他这样斡旋于天津、奉天和杭州之间履行外交使命难道不感到厌倦，再者他的奔忙又有什么用处？汪精卫回答说：“我自己也不知道。”——马林感叹地说：“这三位国民党的要员只爱干，因为他们唯孙中山之命是听。”
中共对孙文热衷于与北方军阀联络，也深感不满。他们写信给孙文说：“直系是我党的敌人，这是很清楚的。但是我们不能屈从于段（祺瑞）和黎元洪。再者，我们不能沿袭封建军阀用武力夺取政权攻占地盘的同样的方针。这会给人们造成我们与军阀是一脉相承的印象。用旧方法旧军队去建立新中国不仅不合逻辑，而且在实践中也绝对行不通。”
7月11日，陈独秀在《向导》周报连续发表文章，措辞冷峻，警告孙文“断不可徘徊依违于军阀之间而终无所成，徒然失去国民之希望与同情”。③同时又质问，如果孙文可以和曹锟携手，那岂不是与陈炯明、沈鸿英走到同一条道路了？为什么孙文可以联曹，陈炯明、沈鸿英联曹便罪该万死？
面对陈独秀的公开批评，孙文大动肝火，在马林面前发了一通脾气：“像陈独秀那样在他的周报上批评国民党的事再也不许发生。如果他的批评里有支持一个比国民党更好的第三个党的语气，我一定开除他。如果我能自由地把共产党人开除出国民党，我就可以不接受财政援助。”这句话的意思是：如果我用不着苏俄的财政援助，我一定开除共产党人。当他发脾气的时候，廖仲恺、胡汉民都悄悄地溜开了。
