武昌拜将
1911年10月28日下午，武昌城。
一匹快马突然从湖北军政府的都督府大门内急驰而出，马背上的军官高举一面一丈二尺长的旗帜，上书斗大三字——“黄兴到”，军官边跑边高喊：“黄兴到！黄兴到！”快马在武昌城内跑了一圈，接着过江到汉口，在没有被清军攻陷的地方巡游。
的确是黄兴到了，那个领导过多次重大武装起义、为民主革命立下赫赫战功、以“孙黄”并称的革命领袖黄兴到了武汉！起义将士听说黄兴来了，顿时士气高涨，军心大振。居民铺户也纷纷鸣放鞭炮，表示欢迎。
黄兴在这风云飘摇的时候来到湖北，的确极大地鼓舞了湖北革命阵营。
这年10月10日，武昌起义成功，第三天汉阳、汉口光复。清廷派冯国璋指挥大清精锐——北洋陆军3万多人猛攻汉口。起义的鄂军和增援的湘军共一万五千余人以劣势装备拼死抵抗。到10月底，汉口战役已经陷入极端艰苦的危难时刻，起义军伤亡极大，清军攻入汉口市区，甚至有军官开始与清军勾结准备反水。最让湖北都督黎元洪头疼的是，居然选不出一位全面指挥汉口战役的总司令——在这胜负难料的关头，谁都不愿意伸头，起义军五路人马只好各自为战。
黄兴在这个时候到来，对起义将士来说，既是定心丸，更是兴奋剂。
黎元洪深谙军心民心之道，他别出心裁地令人做了一面写有“黄兴到”的特大旗帜，待28日黄兴的船在武昌码头一靠岸，就全城奔告。
首义都督黎元洪本是被人从床下拉出来坐了湖北头把交椅，一直不敢居功，在起义的第二天，湖北军政府刚一宣告成立，就电促黄兴、宋教仁、居正来汉，筹划军事。当时黄兴正在香港，得到起义成功消息后，立即回到上海，赶赴武汉。行前，黄兴以诗明志“怀锥不遇粤途穷，露布飞传蜀道通。吴楚英雄戈指日，江湖侠气剑如虹。能争汉上为先着，此复神州第一功。愧我年年频败北，马前趋拜敢称雄。”在武昌起义前不久，黄兴满怀信心地写信给一位同志并转告孙中山，透露他的全盘构想：“湖北既有如此之实力，则以武昌为中枢，湘、粤为后劲，宁、皖、陕、蜀亦同时响应以牵制之，大事不难一举而定也。”——事态的发展果真不出黄兴预料。
黄兴一到武昌，立即与各方面负责人集议汉口战事，自告奋勇率师督战。次日临行时，黎元洪告诫诸将曰：“诸事惟黄先生之命是听！”诸将皆敬诺。
黄兴组织革命军猛烈反击，一时略有斩获，但革命军人数有限，夺取了阵地而不敢守，仍退回原地防御。冯国璋也到达汉口前线，亲临指挥，凶残地传令各部清军火烧汉口。繁华的汉口市区成为一片火海，坚持巷战的革命军被迫节节后退。黄兴率督战队拼死督战，不准退出战场。
军政府担心黄兴的安全，便以商量汉阳防务为由，特派多人挟持黄兴回武昌，前线交由他人指挥。黄兴一步一回首，顿足叹息。
11月2日晚，军政府召开紧急会议，黄兴报告了汉口战况，分析了失败原因，大家讨论保卫汉阳和武昌的有关问题。会上有人提议，黄兴的督战汉口没有正式名义，全凭个人威望，因此常有不服从命令的情况，建议推举黄兴为民军战时总司令，并效仿刘邦拜韩信为将的办法，定于次日举行拜将典礼，众人皆称是。
11月3日，武昌阅马场，湖北军政府在此举行隆重的拜将仪式。各机关人员和驻武昌的军官士兵在广场上整齐肃立，象征全国十八省的18星军旗飘扬在拜将台四角，“战时总司令黄”的巨大红旗高高竖立在拜将台中间。正午时分，军乐齐奏，黎元洪和黄兴骑着高头大马并辔登场。全场欢声雷动，鼓乐齐奏。
黎元洪以最高权威、开国元勋的身份首先发表讲话，大意是：“本都督代表中华民国四万万同胞，及全国全军将士，特拜黄兴先生为战时总司令，于今日此时就职，率我军民，推倒满清恶劣专制政府，建立良善真正共和，共谋人民福利。”然后请黄兴登坛受职。
接着，黎元洪亲手将聘任状、印信、令箭授予黄兴，黄兴当即发表演说。
拜将一事是武昌起义生动而传奇的一幕。从发生的当时直到今天，一百年来在民间一直有个围绕拜将问题的“秘密会议”传说。刘凤舞先生在《民国春秋》里对民间传说的“秘密会议”有一段精细的描述：
（汉口战役失败之时）在武昌的一些同盟会会员讨论让黄兴取代黎元洪作为湖北军政府的首脑问题。同黄兴同来的同盟会领导人宋教仁、田桐、李书城等，以及湖北革命党人居正、蒋翊武、杨王鹏等人力主拥护黄兴为两湖大都督，或称南方民军总司令，地位和职权均在黎元洪之上。
11月2日晚，宋教仁、居正、田桐等部分党人及军政府有关人员举行了一次秘密会议，居正提议推举黄兴为两湖大都督，受到革命党人的热烈拥护。但是旧派人物吴兆麟却提出反对意见。他站出来滔滔不绝地罗列了6条理由，反对黄兴为两湖大都督，引起一场激烈的争论。
革命党人不敢坚持原则，在辩论中显然也没抓到要害，他们既不敢公开揭发黎元洪、汤化龙等排挤革命党人的反动企图，又不敢公然为革命争夺领导权。相反，吴兆麟强调更换都督将引起军队内部分裂和帝国主义干涉的指责，倒是触动了革命党人的隐忧。吴兆麟这么一说，很快有人退缩了，于是大家决议，推黄兴为战时总司令，所有军队均听其节制调遣。
对战时总司令的职权和出任方式又出现了争论：党人主张与黎元洪分权，总司令的名义由“公推”产生，不经黎元洪委任。旧派人物则以“统一事权”为理由，力主由黎元洪委任。那汤化龙、胡瑞霖道：“黄兴由黎元洪委任，就是团结一致的最好机会，不可更张，以生内乱。”这种主张获得通过。
与这个“秘密会议”的说法相反，亲身参加会议的军政府首席秘书李廉方在《辛亥札记》中写道：“前晚各同志数十人在谘议局前院月下，围立讨论（黄兴的）名义……新到同盟会同志以兴代表民党，拟职南方民军总司令，以便统辖各省赴援民军；军政府各员意欲其属鄂军大都督下，主用民军战时总司令。当时战事甚紧，各同志亦未坚持，并无龃龉，黎黄二人皆未与闻也。事后竟有黎黄不合传说，至谓影响及湘鄂二军，纯属极少数分子有意造谣。”
另一当事人宋教仁也有与李廉方完全相同的说法。由此看来，“秘密会议”谈不上是秘密，黎元洪与黄兴在这时也谈不上争权。
拜将之事还是留给民间一个困惑：黄兴作为一位全国性的革命领袖，其地位和影响均在黎元洪之上，按常理，不应该是黎元洪拜黄兴为将，应该反过来才算合理。正是这种不合常理的举动，体现了黄兴一生最大特点：对敌作战总是当仁不让，一马当先，只要是涉及到革命党人内部的权力之争则极尽谦让。
黄兴拜将典礼后，当日率领有关人员渡江到汉阳，组织对汉口的反攻。反攻战斗非常激烈，革命军损失惨重，黄兴在撤退中也几乎丧生。一个清兵在离黄兴很近处准备向他开枪，被跟随黄兴的日本友人萱野长知发觉，向黄报警，黄兴迅速转身，一刀把那个清兵砍死。这次反攻失利，使黄兴极为沉痛，痛不欲生。
随后的汉阳保卫战也因湘军的撤离而失败，黄兴和革命军于11月27日渡江回武昌。
在汉口、汉阳之战持续的40天时间里，全国各省除直隶、河南、山东外，已全部宣布脱离清政府独立。黄兴回到武昌5天后，南京也被江浙联军攻下。
湖北籍革命家居正准确评价了黄兴为武昌起义立下的不朽功勋：“自黄克强坚守汉阳之后，各省得乘机大举，次第响应……故克强之功，不在守汉阳之孤城，而在其大无畏之精神，以未经教练之乌合残卒，含辛茹苦，抵抗冯国璋北洋熟练之雄狮，因此稳定起义之武昌……然使武昌起义仅如昙花一现，则各省亦无从继起矣。”
变卖祖产闹革命
11月28日，黄兴乘船离开武汉前往上海。登船后他目睹汉阳易帜，汉口又被清军付之一炬，十分惆怅，当即填词一首，发出“革命事，又丢抛，都付与鄂江潮”的悲叹。
汉口、汉阳保卫战失败，成为黄兴终生的遗憾。自投身革命，他领导过多次起义，每次都是失败地离开，这一回“又丢抛”，往事历历，怎一个“又”字了得？
1874年11月4日，黄兴诞生在湖南省善化县的东乡，起名“轸”（后改名为“兴”，字“克强”）。黄兴自幼丧父，少年时代在家乡私塾读书，长大后又去武汉进入两湖书院求学。黄兴的远祖是抗清志士，早在清朝入主中原初期就写过遗书，要求黄家子孙后代永远不做清朝的官。黄兴在学校里曾对同学说：“我们读书，绝对不是为了给朝廷效忠。我们是为了使自己成为人材，将来为我们汉人扬眉吐气！”。
1902年初，黄兴从两湖书院毕业，因成绩优良被选派赴日本公费留学。留学期间，黄兴参与进步杂志的编辑工作，听日本军官讲授军略，参观士官联队的操练。每天清早，他还到武术会演习枪弹骑射，居然练成了一个神枪手，每次射击，都可以连中靶子红心六次以上，因此得了不少射击奖章。
翌年夏，黄兴由日本经上海回到武昌。第二天，他即在两湖书院发表革命演说，湖北当局下令将他驱逐出境，他分发完了从日本带回来的四千余张革命传单，然后从容不迫地离开武昌，回到长沙。
黄兴三十岁生日，朋友们备了两桌酒席，借祝寿为名，举行秘密会议。会议决定成立华兴会，从事反清革命，推举黄兴为会长。对外则称是华兴公司，从事矿业。黄兴立刻策划武装起义，一方面大量印刷革命传单，另一方面制造炸弹，购买枪械武器等等。为了筹备起义的经费问题，黄兴出卖了长沙东乡凉塘的祖遗田产近二百亩。
单凭华兴会的有限力量，是不能战胜清王朝的，经黄兴多方联络，湖南势力很大的哥老会有两万多人准备响应革命党。计划是趁阴历十月十日慈禧太后“万寿节”（西太后六十岁的生日）那天，全省文武官员在省府皇殿举行祝寿礼时，预埋炸弹于拜垫下，将他们炸死，随即占领长沙作为根据地，并在岳州、常德、衡阳、宝庆五路策动响应。就在起义前夕，由于哥老会一些会员的不慎泄密而告夭折。长沙的地方官吏大为震惊，一方面严密搜查革命党人，同时悬赏缉捕黄兴。
奉命搜捕黄兴的捕快们已到了黄兴的家门口，这时，黄兴正巧要坐轿外出。捕快问他：“你是黄轸么？”黄兴一看情势，心中已明白是怎么一回事，就镇定地回答说：“我是来找黄轸的，他家里人说他到明德学堂去了。”捕快急忙奔向明德学堂，黄兴乘机离开。
黄兴隐藏了一个多月，待风声略平，他化装成海关人员，搭轮船经汉口前往上海。临行前，朋友们叮嘱他抵达上海后一定来个电报，并约定电报上只署一个“兴”字。黄兴到达上海后，就发了一个署名“兴”字的电报回来，从此改名叫黄兴。
1905年夏天，黄兴抵达日本东京。孙中山也从欧洲来到东京。经人介绍，黄兴首次与孙中山相识。孙中山提议联合兴中会、华兴会、光复会以及其他革命团体，成立一个全国性的革命组织。黄兴大力支持。8月20日，同盟会在东京正式成立，孙中山被推举为同盟会总理，黄兴被推举为协理，成为同盟会二号人物。
1907年春，广西钦县爆发抗捐斗争。黄兴率部参与，很快就发展成有数万人参加的武装起义。黄兴率部进攻钦州，后遭到清廷反扑，义军腹背受敌，起义失败，黄兴退到越南河内。紧接着，同盟会发动和发动镇南关起义，义军占领了炮台。孙中山和黄兴亲临炮台指挥与清军作战，因弹药尽绝，坚持数天之后，不得不自动放弃。4月29日，同盟会又发动云南河口起义，黄兴从越南赶往指挥，担任国民军总司令。后来，黄兴回越南购买军火，被法国驻越南的殖民当局拘留，后又强迫出境。河口的军事无人指挥，不久又告失败。
这一系列的起义，由于势单力薄先后失利。同盟会总结经验，决定集中全部精力，发动一次大规模的武装起义。这就是1911年4月27日的广州起义。
同盟会的主要领导人孙中山、黄兴、赵声等人在南洋群岛的槟榔屿举行了专门的预备会议。会后，在香港成立了领导这次起义的机关一一统筹部，黄兴任部长，赵声为副部长。孙中山亲自到海外华侨中去募捐。又派了几批人出国去购买军火。为了这次起义，同盟会总部从各省、南洋群岛和留日学生中调集大批优秀骨干，并组成了有工农群众参加的一支八百人的敢死队，担任先锋突袭的任务。起义的计划是一举攻占广州，然后分兵两路北上，一路进攻湖南、湖北，一路进攻江西和南京，然后会师长江——这基本上就是15年后北伐战争的线路。
23日傍晚，黄兴由香港潜入广州，把总指挥部设在两广总督衙门附近的小东营五号，身入虎穴之旁，亲自指挥起义。但是，由于改延了时间，起义的消息已经泄露，两广总督张鸣歧已调来大批军队严密防卫。黄兴下定必死决心，表示自己首先将带领一部分革命同志进攻总督衙门，与张鸣岐决一死战，如胜，则起义有可能成功，如败或战死，则向国人表达了革命党人的信誉。
由于一再改期，原来的部署打乱，更主要的是人数大改，不得不放弃十路同时进兵的计划，改为由黄兴亲率部队全力攻打总督衙门。
4月27日早晨，黄兴向他的南洋朋友寄出了一封准备牺牲的绝笔信：“今日当驰赴阵地，誓身先士卒，努力杀贼，书此以当绝笔。”
下午五时半，广州起义爆发。黄兴统率革命同志一百多人，由小东营五号总指挥部出发，很快占领了总督衙门，但狡猾的张鸣岐早已跑得无影无踪。大量的清军已经赶来，对革命党人进行包围夹击。黄兴及其部下英勇抗击，经过一场剧烈的交火，很多同志中弹牺牲，黄兴右手也被子弹打断两指，他用左手继续还击。敌人越来越多，且有渐近合围之势，黄兴只得下令部队分三路突围，他自带一队奋勇冲杀，且战且走，队伍分散，到最后身边已无一人，他避进一家小店，换了衣服，逃到一位女革命者徐宗汉的家中，由她护送，暂往香港。
黄兴断指剧痛，到医院做手术，医院要求有家属签字。徐宗汉就以妻子的名义签字。没想到弄假成真，黄兴和徐宗汉因有这段革命“姻缘”，而结为真正夫妇。
广州起义，死难的烈士共有七十二人，集体埋葬在广州黄花岗，史称“黄花岗七十二烈士”。
从大元帅到布衣
武昌起义一声炮响，全国掀起革命浪潮，各省纷纷独立之后，刻不容缓的是建立中央政府，以便在军事、政治、外交、经济等方面进行统一领导。孙中山尚在海外，黄兴自然是革命党人目光的聚焦点。
上海光复时，黄兴正在全力投入指挥汉口、汉阳保卫战，江浙名流就派出代表专程赴汉敦请他赴上海组织中央政府“上海方面的人认为，黎元洪是武昌起义的革命党人所拥戴出来的，不是真正的革命党领袖，而孙中山先生还在海外未回，现在只有黄先生是国内唯一的革命领袖，应该负起领导全国革命党责任，到上海去统帅江浙军队攻克南京，在南京组织军政统一机构，继续北伐，完成革命事业。”
黄兴却回答说：“全国军政统一机构是愈早组织愈好，但不必要我担任领导人。我现在还在担任武汉方面的作战任务，不能离开武汉。看以后形势如何再说。”
汉阳战事结束，黄兴离开武汉，12月1日到达上海，一切军政大事都集中到他一身。组织中央临时政府的活动随即加强了。但他本人的注意力还在速定北伐计划，谋求全国统一。对于领导临时政府，还是一再推辞，不肯就任。
12月4日，各省在上海的代表开会，议决以南京为临时政府所在地，投票选举黄兴为暂定大元帅，黎元洪为暂定副元帅兼任鄂军都督，议决大元帅主持临时政府职权。
会后，沪军都督陈其美、江苏都督程德全立即一起赶到黄兴办公处，恭请黄兴出席次日的欢迎黄大元帅大会。黄兴谦辞。陈其美、程德全再三劝说，黄兴仅仅答应到会，但选举要重新进行。
第二天，欢迎黄大元帅大会在设于上海的江苏教育总会举行。黄兴到达时，“一时欢呼声如雷动”。程德全首先致词，陈述了黄兴谦辞大元帅，并要求重行选举的诚意。陈其美则致词说：“昨日之选举，万不可无效，况大元帅责任重大，关系全国，方今北虏未灭，军事旁午，非有卧薪尝胆之坚忍力者，不足肩任巨任，故其美以为舍克强先生外，无足当此者。”黄兴站起来说，本人才力不胜，建议推举黎元洪为大元帅，再由各都督中选一副元帅，自己愿领兵北伐。“至于组织政府，则非兴所能担任者也。”
经过反复敦劝，黄兴坚决不从。并称：“孙中山先生将回国，可当此任。”
这时有位代表站起来激动地说：“开会已两小时之久……方今军务倥偬，时间异常宝贵，孙君诚为数十年热心革命之大伟人，然对外非常紧急，若无临时政府，一切交涉事宜俱形棘手，况大元帅为一时权宜之计，将来中华底定，自当由全国公选大总统。是故某以为黄大元帅于此时实不必多为推让。”
黄兴终于被这一席话感动，答应“暂时勉任”。
黄兴刚刚着手筹组临时政府，没想到半路上杀出个陈咬金。黎元洪在湖北致电各省都督：“忽据来电称沪上有14省代表推举黄兴为大元帅，元洪为副元帅之说，情节甚为支离，如确有其事，请设法声明取消，以免淆乱耳目。”黎元洪的说法也并非没有道理。原来，早在11月9日，黎元洪就通电各省，请派代表到武昌，组织“全国统一临时中央政府”。
而上海方面，11月11日，沪军陈其美、江苏程德全、浙江汤寿潜三位都督，在不知道武昌黎元洪已经发出通电的情况下，也联名通电，倡议在上海召开各省代表会议，组织统一革命机构。
等到得知黎元洪通电时，十多个省的代表已经到达上海。于是代表联合会议决：电告黎都督和黄总司令，“承认武昌为民国中央军政府，以鄂军都督执行中央政务”。后来又决议，各省代表赴湖北，但各省宜各有一人留沪，“赴鄂者议组织临时政府事，留沪者联络声气，以为鄂会后援。”当各省代表汇聚武汉，讨论通过《中华民国临时政府组织大纲》的时候，黄兴已经到达上海，留在上海的各省代表便开会推荐黄兴为大元帅。但是这些人并没和正在汉口召开的各省代表会通气，也没有通知执行中央政府职权的湖北军政府，这就引起了在汉开会的代表和湖北方面的不满。于是有了黎元洪要求取消推选结果的通告。
在上海的浙江代表章太炎也反对举黄兴为大元帅。他在会上发言说：“克强功虽高，已受黎督委任为汉阳总司令，不得以部将先主帅；且前已推武昌为中央，焉得背之。”浙江司令朱瑞亦强烈反对黄兴为大元帅，说黄兴在武汉打了败仗。
12月13日，独立各省代表先后由上海、武汉来到南京，开会选举议长，并议决在16日选举临时大总统。就在总统选举的前一天，情况发生变化，因为与袁世凯的代表谈判清廷退位的事，需要总统选举暂缓时日。代表会议们商量先承认上海选出的大元帅与副元帅，并于《临时政府组织大纲》中增加一条：“大总统未举定以前，其职权由大元帅任之。”也就是说，经历一场反复之后，正式同意黄兴任暂定大元帅，并主持临时政府。
但是黄兴自己又不同意了。因受到黎元洪和少数人的反对，坚不就职，并于12月17日通电力辞暂定大元帅，建议推黎元洪为暂定大元帅。代表会议接到黄兴来电，在当天改选黎元洪为大元帅，驻武昌，黄兴为副元帅，代行大元帅职权，组织临时政府。
上任的筹备工作已经就绪，黄兴凭自己的信誉从一家日商洋行借款30万元，作为组织临时政府的经费，也却定时间与24日启程。突然，孙中山来电，他不久即可到上海。
黄兴又临时改变主意，决定等孙中山到达上海后在定行止。他解释说：“孙先生是同盟会的总理，他未回国时，我可代表同盟会；现在他已在回国途中，我若不等待他到沪，抢先一步到南京就职，将使他感到不快，并使党内同志发生猜疑。太平天国起初节节胜利，发展很快，但因几个领袖们互争权利，终至失败。我们要引为鉴戒。肯自我牺牲的人才能从事革命。”其大度可见一斑。
临时政府管家
1912年1月1日晚上11时，回到国内的孙中山就职临时大总统，黄兴在为选举孙为大总统和举行就职典礼作了精心的安排。随后是安排各部总长、次长人选，黄兴虽然只是陆军总长的人选，但像个大管家一样，在孙中山与候选人之间起到了重要的桥梁作用，一般是由黄兴出席代表谈话会，把所拟名单和孙中山的意见告诉各位代表讨论，直到大家没有意见。
以黄兴的功绩和地位，任副总统是众望所归，他却再一次把机会给了黎元洪。
黄兴当时考虑到湖北为首义省份，而临时中央政府中少有人参与，会有意见。因而建议代表们选举黎元洪为副总统。代表们均表示赞同。3日，代表会再开正式选举会，选举副总统。到会十七省，黎元洪以17票当选。孙中山也莅临参议院，宣布各部总次长。
诸位部长中实际负责的也只有黄兴、王宠惠、蔡元培三人，其他各部都是次长实际负责。当时“战事未已，中央行政不及于各省，各部亦备员而已；独克强兼总参谋长，军事全权集于一身，虽无内阁之名，实各部之领袖也”。
在临时政府里，黄兴是最忙的人，除军事外，议和、筹集饷项以及处理各方面关系等等，都离不开他的策划。所以，了解内情的张继说：“总理在临时总统期内，诸事由克强作主，总理毫未改本来面目。群众开会时，总理偶参加，仅坐会场前列，并未特置台上坐位。而诸同志仍呼为‘先生’，甚少呼大总统者，气度使然，并非有人教之也。一般趋炎附势，概称克强为‘克老’。”
起义之初，各省军制还是沿袭清朝旧例，尚无统一编制。陆军部成立后，为了统一军政，及时通告各军，凡沿用镇、协、标、营、队名称之军，一律更改为师、旅、团、营、连。所有统制、统领、统带、管带、队官等项名称，应改为师长、旅长、团长、营长、连长。这套名称在中国一直沿袭至今已整整一百年，但很少有人知道它始于临时政府陆军总长黄兴。
南北议和后，孙中山主动辞职。1912年3月10日，袁世凯在北京正式就任临时大总统，南京临时政府结束。南方革命党把共和国总统让出去了，但对老奸巨猾的袁世凯，他们并非没有戒心，为防不测，还想保持一部分实力，一是政治上的实力，二是军事上的实力。
政治上的实力是在政府内阁组成上，革命党人有两个坚决的要求，一是国务总理要由同盟会员担任，二是陆军总长要由黄兴继任。
袁世凯的态度同样坚决，一是总理这个关键位置坚决不让给革命党人，不过最后总算是以妥协方式解决，就是让并非同盟会员的总理人选唐绍仪加入同盟会；二是掌控军队实权的陆军总长一职，坚决不让黄兴担任，袁世凯将兵权看作自己的命根子，执意要把它授予亲信段琪瑞。
陆军总长之争最后还是以黄兴退让而终结。黄兴正式向参议院公开宣布，为了国内和平，不接受陆军总长这一职务。黄兴演说时声泪俱下，所以表决时多数人投了段祺瑞的票。
不过，袁世凯对南方的民意也有顾忌，同时为了安抚革命党人，于3月29日任命黄兴为参谋总长，这是个毫无实权的听差。黄兴还是力辞不受，表示要“解职归农”。3月31日，袁世凯再任命黄兴为“南京留守，仍统辖南方各军”，这一回他倒接受了。但他仍然声明，只是“暂任斯职，俟办理就绪，即当归田”。黄兴此时去意虽坚，却还眷顾着两江一带曾与他共过患难的20万军队，亟需维持整理，不能扔手不管。
辛亥革命后，革命党人掌握着陆军80个师团，约45万人，其中南京的20万军队是袁世凯的最大心病，也是南方革命党在军事上要保持的实力。黄兴做不了陆军总长，就出任南京留守，这是革命党人在军事上的底线。
袁世凯自然不愿意眼皮底下有这么一只部队，蓄意利用财政手段迫使黄兴裁撤南方革命民军，不给军饷！黄兴很是为难，军队无法按月发饷，伙食从干饭改为稀粥，后来连稀粥也不能维持，迫不得已，只得裁军。黄兴在任留守期间，驻南京的江西军因军饷不足发生兵变，焚掠白门桥、太平桥一带。经请广西军派队弹压，到天晓才平定。闹事者除由军法处将罪据确凿的犯兵予以惩处外，其余均遣送回籍。
这次兵变后，黄兴向袁世凯提出辞职。但袁世凯还要利用黄兴去稳定南方局面和遣散南京的军队，不准其辞职。
财政总长熊希龄在袁世凯的授意下，对留守府所需军饷置之不顾。黄兴催款函电一个接一个，熊希龄仍置若罔闻。过了半个多月，袁世凯才让熊希龄去南京敷衍黄兴，当面答应拨款百万，但离开后就杳无音信。这种情况下，黄兴能够做的就是天天发表演说，以革命大义来动员军队解散。
袁世凯一方面不给革命军军饷，迫其解散，另一方面又制造谣言，攻击黄兴留守权力太大，存有割据东南之心。黄兴忍辱负重，连续两次致电唐绍仪、熊希龄，要求“立拨百万元以救眉急”，袁氏政府对此还是置若罔闻。
5月13日，黄兴因军饷无法解决，又受不住拥袁报纸的流言舆论压力，通电要求销职。
这个时候，经过近两个月的“整理”，南京的20万军队大多已经裁撤，第一、二军归陆军部直辖。第三军将所属桂军六大队全数遣散回籍，其中部分精锐充实了第八师；第四军除已遣散三千回籍外，其余陆续开拔回粤；第五军全部移回浙江。
袁世凯见时机已到，表面上装着挽留黄兴，暗中却着手准备结束留守府。
革命党人想借黄兴出任南京留守保留革命实力，其效果是不理想的，也可说是失败的，为后来二次革命的失败埋下了伏根。需要指出的是，黄兴并不是没有看到解散军队给革命带来的严重危害，而是无法解决供养军队的浩大开支，才不得不行此下下策。
黄兴在6月14日交卸留守职务，退居上海。第二天北京便发生了袁世凯逼走倾向革命党的内阁总理唐绍仪的事件。同盟会在北京临时政府最重要的两个职位都丢失了。
被忽悠的老实人
袁世凯深知孙中山、黄兴在革命党人中的威信，为了巩固自身的统治，对孙黄使出了拉拢欺骗的招术。7月中旬他敦请黄兴北上，“共筹大计”。黄兴因病暂难北行，婉言致谢。不久，袁世凯复派人前去催请，并派轮船前往迎接。请孙中山和黄兴一同北上晤谈。
这时孙中山认为袁世凯可以为恶，也可以为善，主张尽让政权于袁氏，尽量争取他为善。黄兴也认为在内忧外患的形势下，只有停止内讧，发展实业，一致对外，国家才有望富强。于是黄兴与孙中山联名复电袁世凯，表示接受邀请北上。
因在启程前突然发生了袁世凯枪杀武昌首义革命党人张振武、方维的严重事件，孙中山决定一人先去北京，黄兴留了下来。
黄兴在孙中山启程后两次致电袁世凯，诘问张振武被杀缘由，严厉谴责擅杀之罪。袁世凯感觉到应付黄兴的诘责，仅仅解释和推谢是不行的，应当以攻代守，搞得黄兴自顾不暇。在袁世凯的授意下，袁党报纸竞造谣说黄兴与张振武勾结，托杀黎元洪，图谋造反，故不敢前来北京。黄兴很气愤，当即致电袁世凯：“务请大总统勿徇勿隐，彻底查办。如兴果与张案有涉，甘受法庭裁判。如或由小人从中诬捏人罪，亦请按反坐律究办。”
造谣毁谤黄兴，目的就是要把水搅浑，使人们黑白不分，借以压制公正舆论，为妄杀张、方的凶犯开脱罪责。而造谣者就是袁世凯及其爪牙。要求袁世凯彻底查办，岂非异想天开？
孙中山到北京后，袁世凯通过一系列超级表演秀，赢得了孙中山的信任。孙中山要黄兴也去北京。黄兴答应北上。这里面还有个特殊的原因，那就是当时英国正在侵略西藏和云南，外蒙古又在沙俄的策动下宣布“独立”，并向内蒙边境发动进攻。面对英俄帝国主义的侵略，满怀爱国热情的黄兴感到亟需全国团结一致，共同对付帝国主义的侵略。
9月11日，黄兴和陈其美等十余人抵达北京。前门车站，满街五色国旗招展，人涌如潮，黄兴受到各界群众的热烈欢迎。
下午5时，黄兴偕陈其美往总统府会见袁世凯。袁世凯下阶相迎，握手笑道：“神交已久矣。自公北来，近日外交，都易就绪。”双方畅谈约一小时。袁世凯要给黄兴授陆军上将职位，黄兴以自己非陆军出身为由推辞。袁世凯没有答应，并盛赞其历年之功绩。
当晚在总统府留宴。黄兴、陈其美走后，袁世凯对人说，黄克强人甚笃实，陈其美人甚明敏，均为今日难得之才。而黄兴也对人说：“大总统实为今日第一人物，深致倾服。”
黄兴到京后，袁世凯举行了欢迎黄兴的公宴，袁亲自到场主持。因为有孙中山及夫人参加，所以政府方面除了国务院各总长、次长及总统府各重要大员七八十人为陪宾外，其夫人也都参加。
晚宴在居仁堂大殿举行。袁世凯讲了欢迎词后，孙、黄答谢，态度毫无拘束。然后便是陪宾们依次致辞。
袁世凯在宴会上屡次举杯，甚赞孙黄二人，孙中山也举杯道：“我与黄兴相约，皆放弃正式总统的竞选，让项城作总统10年，练兵百万。我经营铁路设计，把铁路线延长20万里，民国即可富强！”孙中山的这一席话，正中袁世凯下怀，他站起来大呼：“孙中山先生万岁！”孙中山接着呼喊：“袁大总统万岁！”
黄兴和孙中山在北京逗留了25天，期间多次与袁世凯会晤，商谈国家大事。袁世凯故作姿态，对孙黄兴的建议，无不点头称是。
9月30日是袁世凯的生辰。袁世凯竟谢绝一切官员和家人的视贺，潜心与黄兴倾谈，显得特别虔诚。当时的报纸这样写道：“昨日袁总统寿辰，各国务员及其他重要人物登门祝嘏，袁总统一概谢绝，至十二时犹与黄克强谈要政。即其家属男女老幼等环绕庭外，拟效老莱斑衣之舞，终不获一见颜色……故此寿辰，一若行所无事。”
袁世凯“推诚相待”，很快赢得了正直笃实的黄兴的信任与好感。黄兴解除了以往的戒备，他曾对国民党的记者说：“袁公的是英杰，民国可靠人。今共和虽成，基础未固，望新闻界注意维持，遇有不法，随时纠正，方为妥善。万不宜心存成见，取过激之攻击态度。”
黄兴以前一直认为：“袁世凯是一个奸黠狡诈、敢作敢为的人，如能满足其欲望，他对清室是无所顾惜的；否则，他也可以像曾国藩替清室出力把太平天国搞垮一样来搞垮革命。只要他肯推翻清室，把尚未光复的半壁河山奉还汉族，我们给他一个民选的总统，任期不过数年，可使战争早停，人民早过太平日子，岂不甚好。如果不然，他会是我们的敌人，如不能战胜他，我们不仅得不到整个中国，连现在光复的土地还会失去也未可知。”
正是基于这样一种心情，他一方面把政权让给了袁世凯，另方面又担心袁不忠于共和，因此千方百计要限制、防范他推行专制独裁。颁布临时约法、坚持定都南京、实行责任内阁，动员唐绍仪及其他要人加入同盟会，都含有限制袁世凯和巩固共和的深意。
经过这次会晤，孙中山、黄兴都被袁世凯装出的假象迷惑了，对袁世凯深信不疑。两人把国家大事都交给袁世凯去管，孙中山自己要去专心修铁路，黄兴则要去开矿。
黄兴在与袁世凯会谈中，曾两次谈到蒙古闹独立的问题，并表示愿意出任征蒙总司令，亲自带兵讨平叛逆，粉碎俄国的侵略图谋，结果是不了了之。
袁世凯为了在全国人民面前显示他与孙、黄帝团结一心，提出八大政纲，征得孙、黄、黎同意后，于9月25日，《孙黄袁黎协定之八大政策》通电全国宣布。当时称“八大内政大纲”，又称“四大伟人”协定。
孙、黄为除祛袁世凯的猜疑心理，表示无意竞选正式总统，而黎元洪深知自己地位远不及前三者，也通电表示不参加总统竞选，南北表面上的谐和一致赖以铸成，实则袁、黎之间扭得更紧。
“内阁政党”画饼充饥
此次黄兴北上，适值同盟会联合统一共和党、国民共进会、国民公党、共和实进会合组国民党，于8月25日宣布成立。在成立会上，黄兴与孙中山、宋教仁等九人被推举为理事，胡汉民、柏文蔚、李烈钧、蒋翊武等29人被推举为参议。理事长孙中山因要专心致力于铁道建设，委托宋教仁代理理事长。
黄兴一心想扩大政党，他在北京逢人便动员其加入国民党，包括那些君主立宪派分子、旧官僚以及前清遗老，都是黄兴动员的对象。在黄兴的力劝下，大部分国务员加入了国民党。他甚至把劝说工作做到袁世凯本人头上。9月17日，袁世凯设宴为孙中山饯行，特邀黄兴作陪，黄兴在畅谈中劝袁世凯加入国民党，并拥戴袁世凯作国民党的领袖。袁世凯态度暧昧，以时机不合适为理由婉言推谢。后来袁世凯向国民党参议柏文蔚解释说：“入甲党，则乙党为敌，入乙党，则丙党为敌，实不敢以一己之便安，而起国中之纷扰。”其实袁世凯压根儿不愿加入，他根本反对资产阶级民主革命，只是为了拉拢孙中山、黄兴等人，才虚与委蛇，使黄兴存在种种幻想。
黄兴这样千方百计扩大国民党的阵容，就是想实现西方式的政党内阁的主张。组建政党内阁也是国民党与袁世凯斗争的一个焦点。袁世凯则认为政党内阁制将使总统职权受到限制，把它视为眼中钉，极不赞成。但是像赵秉钧等人虽然挂名加入国民党，却完全遵循袁世凯的意旨行事，实际上不驴不马，被人讥为“内阁政党”。
当时黄兴、陈其美在六国饭店宴请全体国务员、国民党议员、国民党本部各部正副主任与新闻记者，正式宣布“欢迎新加入国民党的国务员诸君”。
可是那些新加入国民党的国务员们在宴会上说了几句应酬话之后，根本不拿国民党当回事。内阁总理赵秉钧说：“我们并未理他。”范源濂、周学熙、朱启钤表示不承认。表示积极的唯有最热心做官的外交总长梁如浩，及从留学生一跃而至农林总长的陈振先。有人讥笑黄兴拉这些人入党实是“天然凑成一部一见哈哈笑耳。”也有人说忠厚老实的黄兴劝赵内阁加入国民党，变赵内阁为国民党内阁，是要用“化男为女”的幻想。
像这样的冒牌政党内阁，袁世凯是不太在意的，至少可以容忍。但是到后来，国民党在选举中获胜，要由国民党凭借议会多数组织名副其实的政党内阁，袁世凯就决不能容忍了，不惜用暗杀手段对付宋教仁。
1913年3月20日，宋教仁以国民党代理理事长的身份，准备从上海动身赴北京参加国会，晚上10时45分，宋教仁在黄兴、廖仲恺、于右任等人陪同下，正迈步走向上海车站验票处，突然一个刺客从背后对准宋教仁开了一枪，击中宋教仁腰部，接着又连开两枪。宋教仁随声呼喊：“吾中枪矣！”黄兴、于右任随即亲送宋教仁至医院抢救。宋教仁肾脏大肠被子弹击伤，手术后虽将子弹头取出，但因子弹带有剧毒，抢救无效，于3月22日晨去世，享年仅31岁。
宋教仁是黄兴最亲密的战友，黄兴在极度悲恸中把宋教仁送进医院后，立即报警缉拿凶犯，当夜又致电湖南都督谭延闿及国民党湘支部，第二天再致电袁世凯及国务院、参议院，通报宋披枪击经过及抢救情况，并指示国民党交通部全力进行缉凶。宋教仁去世后，黄兴又与陈其美致电上海闸北警局、上海租界总巡捕，悬赏1万元缉拿凶手。
宋案发生之初，黄兴还以为是要刺杀自己而误伤宋教仁。后来案情大白，始知是袁世凯、赵秉钧亲自策划的政治大谋杀，黄兴这才醒悟过来。
孙中山从日本紧急赶回上海，当天晚上就在黄兴寓所会商宋案对付办法，在座的有陈其美、居正、戴天仇等人。孙中山对袁世凯的幻想完全破灭，他语调低沉而缓慢地说道：“袁世凯之所以敢于如此胡作非为，一是因为革命方略不行，这其中，我将临时大总统一职让袁，乃是我犯下的最大的政治错误；二是因为在中国，专制之毒麻木人心……袁世凯早就有了铲除南方党人势力之计划，恢复帝制之野心，狙杀钝初（宋教仁）只不过是他的阴谋的第一步，向五国借款，便是第二步，往后，还有更狠毒更嚣张的第三步、第四步……”
的确如此，袁世凯已经相继派遣张勋、段芝贵、冯国璋等率军南下，准备用武力消灭南方民主势力。为了铲除异己，紧接暗杀宋教仁之后，又于4月16日，指使梁士诒用宴请方式，在酒中放毒，设计杀害前北伐军总司令、正准备离京南下的林述庆。
敌人磨刀霍霍，革命党人如何应付？当时在革命党内部，一时未能形成统一意见。孙中山主张立即武力讨袁，黄兴建议先用法律解决，同时安排武力，后来见孙倒袁意志坚决，便放弃了自己的意见，全力投入到二次革命。
史学家萧致治先生对黄兴如何组织二次革命，研究了大量档案资料之后，做了客观描述：
鉴于袁世凯杀害宋教仁采用的是暗杀手段，黄兴最初主张“以其制人之道，还制其人之身”，并认为暗杀的办法最简便易行，“省事免牺牲。”但孙中山反对，觉得不光明正大。自然，暗杀也无助于根本解决问题。
至于武力讨袁，黄兴不但反复考虑过，而且作了多方面的努力。黄兴急召石陶钧“赶赴上海密议讨袁。”石和孙中山同住黄兴寓所三楼，相隔仅一壁。孙中山“指望蔡锷能带云南兵出武汉，参加讨袁。黄兴也主张急在南京发动，要把驻在南京的第八师作为先锋部队”。为此，黄派石陶钧赴南京与第八师接洽。由于意见不统一，石陶钧“往返宁沪间历三个月余，还没有得到一致的承认”。另外，黄兴曾派人赴云南，约蔡锷同时起兵。蔡锷表示：“民国初建，国基尚未巩固，当劝克强安静。袁势方张，此时未可轻动。”
就在宋案发生不几天，黄兴即派田桐持自己的亲笔函赴湖北，部署湖北讨袁军事。由于有黄兴的策动，才有后来湖北改进团及其他的反袁活动。到了4月中下旬，孙中山准备武力讨袁，黄又和孙分电广东、湖南两省都督，征询武力倒袁意见。旋得复电，“皆反复陈其不可。”与此同时，黄兴两电湖南都督谭延闿，力主筹练新军二旅。谭延闿又以财力不逮，要求“暂缓实行”。
在4月至5月间，黄兴曾多次向日方军界表示，如通过国会斗争不能推倒袁世凯，则准备把兵力集中于长江附近，把同志议员迅速撤回南方，在南方“采取分庭对抗的举措。”孙中山曾说过：“日助我则我胜，日助袁则袁胜。”在二次革命中，孙中山曾把联合日本作为争取国际支持的重点。同样，为了争取日本对倒袁的支持，黄兴也做了大量的联日工作，先后会见日方军界人士14次。只是日本持“中立”政策，访日和贷款都没有实现。
后来，黄兴从孙中山处领款5万元，部署讨袁军事，相继派人赴湖北、湖南、保定军校、上海、南京等组织反袁。他甚至派章士钊赴汉口，说服黎元洪倒袁。黎不听劝告，表示“极端拥护项城”。事虽不成，总算尽到了人事。
二次革命
宋教仁一案很快查得水落石出，上海地方检察厅于5月6日票传主谋犯、临时国务总理赵秉钧归案受审。赵不惟抗传不到，而且反咬一口，借口黄兴与刺客应桂馨亦有关系。并伪造证据，说黄兴“潜投巨资，煽惑苏、浙、徐、皖军队，阴谋内乱”，“何以黄克强获免于诉追，而秉钧则必须质讯。”
为掩饰宋案罪责，转移视线，袁系御用报纸又编造所谓暗杀袁世凯的“血光团”案件，大肆诋毁黄兴，在袁的煽动下，陕西、山西、直隶、奉天（今辽宁）、山东、河南、甘肃等七省都督联名通电，责骂黄兴、李烈钧等“不惜名誉，不爱国家”，借口宋案和借款“淆惑观听，演出亡国恶剧，以沦陷我四万万同胞”，表示此后“倘有不逞之徒，敢以谣言发难端，以奸谋破大局者，定当戮力同心，布告天下，愿与国民共弃之”。一时乌烟瘴气。黄兴愤慨表示：“邪说横行，甚于洪水猛兽，今之谓也。但诬蔑我个人者不足惜，为害中华民国则大足惜。”
5月15日，袁世凯宣布取消黄兴的陆军上将军衔。5月19日，北洋系统冯国璋、段芝贵等81名高级将领联名致电全国政军各界，攻击革命党人“一借口于宋案，再借口于借款，四出诱煽，遍伏乱机”。声言“如有倾覆政府，破坏共和之人，我军人枕戈而待”。
接着，袁世凯又亲自出马，让粱士诒、段芝贵传语国民党人，恶狠狠地咒骂道：“现在看透孙、黄，除捣乱外无本领。左又是捣乱，右又是捣乱，我受四万万人民付托之重，不能以四万万人之财产生命，听人捣乱……彼等若敢另行组织政府，我即敢举兵讨伐之。”
5月29日，袁下令改组北京地方的审判、检察机关，加强了对审、检机关的控制。新组建的北京检察厅当即向上海地方检察厅发出传票，票传住居租界的黄兴到京受审，作为对审理宋案的对抗措施。
黄兴认为：“北京既以栽诬手段对付于我，我本磊落无私，自当赴京追究主谋，以期水落石出”。6月11日，黄兴自动前赴租界会审公廨，表示愿意赴京对质。由于原告未到堂，证据又不足，经中西司法官员会商，应“候原告到案，并呈出证据，再行传讯”。袁世凯的陷害阴谋，终为黄兴的正直无畏所击败。
袁世凯担心革命党会起事，先后解除江西都督李烈钧、广东都督胡汉民、安徽都督柏文蔚的职务。面对这种局势，黄兴指示湖北党人立即起义，试图像武昌首义那样，先发制人，打乱袁世凯以及湖北为根据地进攻江西的部署。一切布置相当成熟，可惜事先被黎元洪探得讯息，黎进行血腥屠杀，在此后三四个月里，湖北革命党人被黎元洪摧残殆尽——首义之区成了“二次革命”首先失败的省份。
在广东，袁世凯任命陈炯明接任粤督，自然希望为己所用；而革命党人也指望陈能挑起讨袁重担。陈炯明本人则感到左右为难，后举兵讨袁，势必遭到袁的攻击，弄不好全军覆灭；如不反袁，又为革命党人所不容。黄兴三次致电陈炯明，促陈接任，声言“再不接任都督，独立讨袁，党人将不能相谅。”袁世凯传话，如果三天内不就职，一周之后将改派龙济光接替。陈炯明知无法再拖，才于7月4日宣布就职。而对于反袁，则迟迟不置可否。——“二次革命”指望不了广东。
湖南都督谭延闿，采取的是两不得罪的办法。他迫于湖南反袁势力占居优势，不敢公开拥袁。7月7日，黄兴派谭人风到长沙，策动湖南响应讨袁。恰好这天黄昏，长沙荷花池军械局被袁世凯收买的人纵火烧毁，大量军械付之一炬。谭延闿通电“军械子弹既已被烧，湖南即使为形势所迫宣布独立，也必然无所作为。”——“二次革命”也指望不了湖南。
至于云南，蔡锷早已对黄兴表示“未可轻动”。
孙中山也力促陈其美在上海率先独立。陈其美以地小力微，不敢先发。
“二次革命”最终只在江西和江苏展开战场，所以又称“赣宁革命”。
江西都督李烈钧是坚定的革命者，在湖口宣誓就任“讨袁军总司令”，发布《讨袁军总司令檄文》，二次革命正式爆发。
当李烈钧回江西发动时，孙中山派遣亲信朱卓文携款2万元赴南京运动军队讨袁。由于南京军队内部在讨袁问题上意见不一，朱卓文抵南京后运动了几个营连长，准备杀掉师、旅长起兵，并拟请孙中山莅临南京主持讨袁军事。黄兴见南京军队内部即将发生互相火拚惨剧，担心“未加遗一矢于敌人，先喋血于萧墙之内”，于是毅然决定赴南京组织讨袁。
征得孙中出同意后，黄兴来不及告别家人，即带着随行人员匆匆赶往南京。6月15日清晨，黄兴率领4个师高级将领人见程德全，要求程宣布独立，誓师讨袁。程开初支吾其词，在部分高级将领的“跪泣哀求”下，才勉强附和独立讨袁，并委任黄兴为江苏讨袁军总司令，宣布江苏独立，通电全国。
为了争取更多的人投人讨袁斗争，黄兴居然请出了岑春煊，推举岑春煊为“中华民国讨袁大元帅”。岑春煊是清末与袁世凯齐名的大官僚，曾任两广总督，在西南门生故吏很多，广西都督陆荣廷和广东军阀龙济光均是岑的下属，此人长期与袁不和。岑春煊自知资望和能力皆不足以统率各省讨袁军，更顾虑一旦讨袁失败，无法收拾，所以一直滞留沪上，既没拒绝，也不就任。
十天之内，安徽、广东、上海、广东宣布独立。浙江宣布“中立”。表面看去，颇具一定声势，而实际上则相当脆弱。自从江西独立之日起，即已隐伏着失败的深刻危机。
在徐州战场，讨袁军打得不顺，黄兴幻想利用张勋忠于清室、不满袁世凯愚弄旧朝的情绪，致电张勋，动员他倒戈。对张勋这个臭名昭著的封建余孽策反，无异与虎谋皮。张勋不仅不理，反而派出骑兵，绕道台儿庄，配合新抵前线的袁军向讨袁军进攻，讨袁军被迫退出徐州。
江苏都督程德全本是大清的江苏巡抚，属于旧派人物——黄兴完全可以自己打起讨袁的旗帜，但是他却要程德全做太上皇，由程德全任命他为江苏讨袁总司令。事后，柏文蔚密告黄兴说：“最好快刀斩乱麻，处程于死地，俾免后患。或为人道主义，即行拘禁，否则必坏大事。”黄兴未采纳柏文蔚的意见，放程德全托病离宁赴沪。程德全到上海后，即通电声明说：“驻宁第8师等各军官，要求宣布独立。德全苦支两日，旧病剧发，刻难支持，本日来京调治。”这完全是在与黄兴划清界限，向袁世凯表明清白。
袁世凯见程德全与革命党人离心离德，稍后果然下令恢复他的职务，程德全见袁世凯不再追究他在南京独立问题上的责任，又看到讨袁军在徐州战役失败，就活跃起来。他通电声明说，南京独立的一切电文，都是黄兴假借他的名义搞的，并说黄兴跪泣哀求他宣布独立，他始终不允。程德全密召旧部水陆军警，策划配合袁世凯的活动，并向南京卫队营下达了捉拿黄兴的电令。
江西讨袁军苦战多日，盼望的粤湘援兵却毫无音信，不久湖口也被北洋军占领。上海讨袁军坚持五天后也被打散。安徽方面，内部也很混乱，革命党与旧派矛盾重重。
面对当时的严峻局势，按照黄兴本意，本想与北洋军一拼到底，同志们力劝黄兴即刻离开南京，“明知不可而为之，不过以一死塞责，究于国事无补”，不如暂时离去以图将来。黄兴最后接受了大家的劝告，于7月29日半夜在南京下关登上了前来保护其侨民的日本军舰。
那时，黄兴身无半文，同时正患疟疾，其皮包内只有空勃郎宁手枪一支，金鸡纳霜药一瓶，可谓囊空如洗，送他上船的同志们不忍领袖如此凄惶，在“守卫之一连人中共凑了七十元，作黄之路费”。
藏在冰箱里逃亡
7月30日下午，黄兴乘日本军舰到达上海港。他本来打算在上海登岸，以便与各方商议下一步行动计划。但是袁世凯派人策动上海租界工部局做出议决，将黄兴、孙文、陈其美等人“逐出租界”，并“悬赏缉拿”黄兴，黄兴无法在上海登岸。另外，日本外务大臣牧野电告说，“该人逃亡本邦，将给我方造成极大不便，要尽量使其去香港或其他安全地点。”牧野再电告驻上海有吉总领事，“希望尽量使其去香港或其他安全地点。在万不得已之时，或可考虑让其暂时至冲绳。”
30日子夜，黄兴被换乘“静冈”丸前往香港。黄兴在“静冈”丸上，经历了一段不寻常的生活。据陈鹏仁记述：因为当时悬赏通缉黄先生，既怕给香港政府海关官员查到，又怕移民的中国人贪赏而告密，因此想尽办法掩护他。专门侍候黄先生的，除上田氏外，还有一位佐藤的静冈人。为避免给海关官员发现，他们曾经把黄先生藏在冷冻蔬菜的大冰箱里。那时黄先生穿上大衣和披着毛毡进冰箱。而在通常，黄先生则住在船上邮局专堆信件的大箱子，并完全与一般客人隔绝。
黄兴抵港的消息不胫而走，为了防止黄兴潜行登岸，香港警方加强了对“静冈”丸的警戒。无法在香港居留，黄兴对日本总领事表示愿去美国，但要求先赴日本，与孙中山和其他几位同志会合后再去美国。结果辗转近一个月时间，黄兴到达东京。
由于日本友人的努力，日本政府对黄兴和孙中山由拒绝入境改为容许居留。两人都因此得以在日本警方的严密监视和保护下，秘密住在东京。许多在国内无法立足的革命党人纷纷逃亡日本。东京再次成为中国革命者的聚集中心。
黄兴认为，当前革命处于低潮时期，立刻再举革命，时机尚不成熟，盲动只会带来无谓的牺牲。而为将来再举革命成功，目前必先培养干部。恰好李烈钧来日时，带来谭延闿资助的10多万元。黄兴乃与李烈钧商量，用这笔款创办两所学校，一所研究军事，一所研究政治。
自1913年9月到1914年6月黄兴离日赴美，在整整十个月的时间里，孙、黄只会晤过三次。由于第一次会晤就发生意见分歧，无法是孙中山打算毁党造党，黄不同意。此后尽管两人都住在东京，彼此却很少见面。
第二次是九个月之后的1914年5月5日，孙中山在日本友人萱野的陪同下访问黄兴，长谈三个多小时。此次晤谈，双方在政见上争论相当激烈。孙中山提议组织绝对服从领袖的党，黄兴则反对领袖专政。日本友人萱野为调和双方矛盾，黄半一步也不相让。“两人感惰所激，有时高声惊动四壁，晚餐后再度激论，直至夜深，争论最后几乎变成争吵而破裂。”
政见分歧直接是由二次革命失败引起的，而种子早在南京临时政府成立前后已经播下。南京临时政府期间，由于历史形成的原因，凡属军国大事，人们习惯于请示黄兴，“诸事由克强作主。”孙中山很少过问，后来他曾对人说：“南京政府之际，弟忝为总统，乃同木偶，一切皆不由弟主张。”
在黄、孙分歧中，彼此争持最为激烈的是组党问题。孙中山认为国民党已经涣散无力，决心重组中华革命党。他抵达日本不久就吸牧了第一批党员，并规定人党宣誓时，必须在誓词中写上“愿牺牲一己之身命自由权利，附从孙先生再举革命……永守誓约，至死不渝，如有二心，甘受极刑”。同时按上右手中指指印，以表决心。无论新老党员，都不例外。
黄兴认为“当时亡命日本的国民党党员，都是参加讨袁且被通缉的，不应该在这时对他们严加整肃，而主张就原有基础发展反袁的其他革命分子，以便团结更多的力量共同奋斗”。特别对加人中华革命党，要宣誓附从孙中山一人，并要盖手印，很不以为然。对入党者按照入党先后分成首义党员、协助党员、普通党员，革命成功之日，分别享受的权利也大不一样，更不赞同。“无论维持国民党的名义或者另组新党，领袖非孙先生莫属。但是硬要在誓约上写明，这无异是服从一个人，帮助一个人搞革命；硬要在誓约上打指印，这等于犯罪的人写供词一样，两者都违背平等自由精神。至于党员入党之后，都是共患难同生死的革命同志，应该一律看待，而不应有‘首义党员’、‘孙助党员’、‘普通党员’之分，更不应以所谓‘元勋公民’、‘有功公民’、‘先进公民’享有权利不同相号召。”他反复规劝孙中山，希望他回心转意。但未为孙中山接受。
黄兴拒绝加入中华革命党，根本不是闹分裂，而是坚持建党的根本原则，决不拿原则作交易，是一种非常可贵的革命品质。黄兴既没有拉拢一部分人另组政党，也没有在党内拉帮结派。即使在建党路线上和孙中山发生严重分歧，而自己又是站在正确方面，仍然维护孙中山的领袖地位，公开表示：“党只有国民党，领袖惟中山。”
陈其美“毁伤”
就在黄兴和孙中山在政见和党建问题上严重分歧的时候，偏偏发生了所谓黄兴“卷款来日，建筑公馆”的“毁伤”事件。
所谓“毁伤”，是由黄兴为了安顿家人，在租人房屋不够住的情况下，添建了几间房屋引起的。辛亥革命前，黄兴在国内的名气还不够大，所以他的家属在友朋的照料下在家乡居住。二次革命后，黄兴成了北京政府通缉的“首犯”，袁世凯下令悬赏10万元捉拿他。他的家属在国内已无法立足。在谭延闿等人的照应下，先是举家逃到上海租界躲避，因为在上海时常受到侦探干扰，也不能久居。与此同时，留美的儿女三人学费被取消，不得不到日本就学，这样通计全家有十来口人要转到东京暂住。
为了解决住宿问题，黄兴与日本友人宫崎寅藏商量，拟在市外租一稍廉之屋居住。宫崎寅藏从俭约出发，建议他不如新造数间，五六年后可按原价售出。
为增造几间房屋，黄兴约花费4000多日元。这笔钱是黄兴通过头山满和宫崎寅藏，将所藏字画卖出得来的。本无可非议，但却遭到陈其美等人的攻击。说黄兴“在南京讨袁失败后，卷款多少来日，不顾同志死活，专图十人安逸，大兴土木，建筑公馆”。黄兴悲愤地说：“在今日亡命海外，何以家为，同志交谪，亦所甘受。然以弟不赞成中山之举动，以是相迫，不但非弟所乐闻，且甚为弟所鄙视。”
黄兴感到在革命党人内部，长此相持下去，争吵不休，同志之间将意见日深，会自行削弱革命力量，给敌人以挑拨离间的机会。因此决定离开日本，赴欧美考察政治，寻求中国改革之路。
孙黄第三次见面是叙别，1914年6月，黄兴决定离日赴美。他致函孙中山，备小酌请他到寓所叙别。由于黄兴在邀请函中预约“不谈国事”，会晤中只叙别情，未发生争论。
孙中山为了送别，特集古句书联相赠：“安危他日终须仗，甘苦来时要共尝”。明眼人一看便知，孙对黄仍寄予厚望，表示将来要甘苦共尝，安危相济。
1914年7月，黄兴一到达檀香山，当地华侨为他举行了欢迎宴会。他发表演说，申论讨袁的意义，指出与袁世凯“并非私人间为敌，袁实为政治上之敌人”。当时报道说这次宴会是“檀香山有史以来华侨最热烈的集会”。
一周后，黄兴等抵达旧金山。抵达前，袁世凯得悉黄兴访美，曾电请美政府阻拦。不过，美国朝野上下均同情中国革命，非但对袁氏要求置之不理，而且美国总统还用电报及公文通知海关关吏，令他们优待黄兴并妥加保护。因此，黄兴一行上岸时毫无阻碍，“仅各索一照片即行上陆。”受到千余人齐集埠头的热烈欢迎。从港口到客栈，有30多台自动车护送。国民党员百多人暗携武器，沿途警戒。黄兴的大女儿黄振华也从东部专程前来迎接。
有记者来访，问及袁世凯曾以10万元悬赏缉拿时，黄兴诙谐地说：“我想袁永远不必支付这笔赏金。新中国已经觉醒。我们正教育自己，民众们也都正在觉醒中。我们将经历一段危机，帝制最后终将被推翻。”
在芝加哥停留期间，美国人林百克来访，表示将为黄兴撰写传记，希望他提供一些个人材料。林百克同情中国革命，和孙中山关系不错。他后来对此有一段饶有趣味的回忆：“这以后不久，我就收到黄寄来的一个大包裹。我打开它的时候，非常激动，手有点发抖。我想，那里面装着一位英勇的将军的生活历史资料。我小心翼翼地把包裹打开，象朝圣的圣徒展读圣书一样。”结果里面装的却是吁请美国朝野人士支持中国民主政体的一份文件，无一字涉及黄兴个人的勋业与生话。这不免使林百克大失所望。
黄兴赴美途中，中华革命党于1914年7月8日正式宣布成立。孙中山就任总理。协理一职，虚悬以待黄兴。
1915年9月底，黄兴接到蔡锷派专人送来的一封长达17页的密信，详告了当时国内形势以及袁氏阴谋称帝的种种活动，并提出自己准备秘密出京和赴西南发动讨袁的打算，征求黄兴意见。
黄兴接到蔡锷的信后，以抱病之身即刻行动：一面在美筹款，对讨袁作经济上的支援；一面嘱令儿子黄一欧动身赴日本，以便与各方面保持密切联系。黄一欧临行前，黄兴交给他两封信，一封致孙中山，说袁世凯必将称帝，三次革命的发难时机已经成熟，如有所命，极愿效力；一奉致东京的张孝准，略告蔡锷来信情况及需要考虑解决的问题，嘱其速与蔡锷密取联系，相助进行。
黄兴还安排石陶钧和张继一同回国参加讨袁工作。经过深思熟虑，黄兴对讨袁提出了“发难须急”、“发难不必择地”、“广设暗杀机关”、“外交绝不必先有所顾虑”等六点策略性意见，供“同人采择”。这些建议切合时宜，颇有指导意义。事实证明，黄兴六点策略是正确而成功的，为护国战争的胜利立下了首功。
受黄兴之命的张继和张孝准果然成功策划蔡锷逃离北京到云南。
而黄兴和孙中山一起成功敦促另一重要人物李烈钧从国外带着巨额筹款回到昆明参加护国战争。
护国战争如期爆发，黄兴自然分外高兴。他本应当即日回国，亲身主持讨袁战争。可是黄兴却没有立即动身。原来，他有更深更多的考虑：一是他留在美国，能争取朝野支持，为护国战争和抵制日本侵华提供有利的国际环境；二是筹款协济，从财政上支援护国战争；三是鉴于护国战争已有智勇双全的蔡锷等人指挥领导，用不着他回国在战场上效力；四是当时争名夺利，相习成风。黄兴感到，这种歪风“若不改革，国必大乱，不可底止”。为了开创新风，以实际行动表明自己谵泊名利，他认为暂留美国，正可避位让贤。
另外，黄兴当时连回国的路费都有没有，为了策动护国讨袁，他把手中所有的钱（包括准备返国的旅费）都拿出来了，还临时挪借了一些款项，不偿还就不能动身。他没有及时回国，是有其重要原因的。
直到1916年5月，黄兴才借道日本回国。6月6日，袁世凯病死，黎元洪继任大总统。段祺瑞以国务总理的名义总揽北洋政府大权。
7月6日，黄兴到达上海。同志故旧，皆来相迎。最初几日，前来访谈者十分踊跃。据当时报载：“连日，沪上各重要人物及国会议员均陆续前往相访，霞飞路一带车水马龙，络绎不绝。”他与孙中山也“互相过从，商谈国事”。
黄兴回国后，湖南省议会又约集军、政、绅、商、学各界会议，一致公举黄兴为湖南省督军。并于同日致电黄兴，欢迎回湘就任。黄兴愤于民国以来官场恶习，已无意仕途，决心要以自已的进退，为他人作一表率。对于家乡父老的盛晴推举，他只有婉言谢绝。
在此前后，黎元洪曾两次聘请他为总统府高等顾问，并派要员亲赴上海劝驾。黄兴对黎的盛情厚意，十分感激，却坚辞不就。黄兴此时的思想，有如孙中山后来提倡的，是要立志做大事，而不愿做大官。他通过对世界各国的考察，认识到“各国国力发展之基础，皆立根于实业与教育”，为此，他决心要摆脱政界纷扰，从事实业与教育，借以“启导民意，厚养民力”。可惜天不假年，他的愿望后来未能实现。
只为苍生哭
早在南京临时政府时期，黄兴已患有胃出血症。旅美期间，又曾大出血，幸亏治疗得法，经过六个月的疗养，健康得到恢复。此次回到上海，国家许多大事都要操心。由于操劳过度，元气已溃，老毛病又不时发作，“其声嘶楚，语顿挫，不能为长言。”
10月10日，是共和恢复后第一个国庆节，也是民国建立后第五个国庆日，乃是举国同庆的日子，黄兴却因胃中血管破裂，导致大量出血，病情突然加重，晕迷一个多小时。
他在病中不但惦念故人，也惦念故人的后裔。宋振吕是宋教仁的独生子，黄兴回国后，得知他在上海出入花街柳巷，沾染恶习，曾多次规劝。直到临死前的头一天夜晚，还嘱人把宋振吕叫到病榻前，执着振吕的手轻轻地说：“你的父亲是我的好朋友，是为国家死的，只有你这一个儿子！我现不能照应你了！你务必好好的为你父亲争气，我就死也放心了！”宋振吕含泪应允。
10月30日下午3时起，黄兴进入昏迷状态，据当时身边同志回忆“下午五时，忽又吐血不止，势极危急，由医注射，暂见血止。三十一日早二时，突再出血，医再注射，旋即脉停气绝，不可复救。”黄一欧、黄振华兄妹连日守候在侧，哀恸不已，黄兴在弥留之际，犹徐徐睁开半眼对他们说：“吾死汝勿泣，须留此一副眼泪，为他苍生哭，则吾有子矣。”一代伟人黄兴，抱着“为苍生哭”的心愿，于10月31日凌晨4时永远告别人世，享年仅42岁。
噩讯一经传出，国人同声哀悼。多年以来与他同生死、共患难的战友和部属，无不悲恸万分。孙中山“为国为友，悼伤百端”。既亲为之发丧，又领衔主持丧葬事宜。
北京的国会闻耗，休会一天，下半旗志哀。11月2日，大总统黎元洪发布大总统令，再授黄兴“陆军上将”衔。接着国会特别通过《国葬法》，为黄兴举行国葬。12月23日，黄兴灵车离开上海，后安葬于长沙岳麓山。
