宁调元被捕时，早已作好了牺牲准备，写下《绝命词》十三章，其中有“只缘不伴沙场死，虚向人间走一遭”；“魂兮应上新亭望，风景河山有是非”；“鬼雄如果能为厉，死到泉台定复仇”。受审时，他坐地抗辩，慷慨请死。后来，清政府找不到他“谋乱”的确切证据，又经陈蜕、汪文溥、刘泽湘、谭延阊等人的上下打点，案子一拖再拖。于是，宁调元调整心态，准备留下有用之躯为革命多做贡献。在后来的牢狱生活中，他不仅没有被苦难击倒，反而将其视为对他的磨炼。在1907年5月2日的笔记中，宁写道今日之人之陷阱也，天或者有以玉成我乎？故不惜假我以岁月，尝我以艰苦，左之右之，颠之倒之，顺者逆之，扬者抑之，福者祸之，规者柔之，风雪以坚其操，雷电以练其胆，若可以绝我望，若将以灰我心。余斯际时，可不敬受之哉！范文正云：先天下之忧而忧，后天下之乐而乐。佛云我不入地狱，谁人地狱？三复一过，觉未来世界皆作庄严灿烂状，发见于眼球中”。正因为他树立了正确的人生观、世界观，即便在牢狱中也不忘革命事业，而且在文学及道德修养方面均有所成就。
在革命事业方面，宁调元有感于“神州陆沉，人寿几何”，狱亦中不忘革命。宁在狱中为革命做的第一件事是重建同盟会湘支部。同盟会湘支部原由禹之谟于1906年春在长沙创建，禹任会长。禹之谟被捕后，湘支部陷人瘫痪状态。萍浏醴起义爆发后，黄兴在宁调元归国时嘱其重建同盟会湘支部。宁在狱中想到萍浏醴起义因缺乏强有力的组织领导而失败时，愈感重建湘支部的迫切性，乃于1907年3月委托刘谦与李隆建完成此事。于是刘谦、李隆建即与黎尚雯、刘劲、刘钺、曾广减、李振锷、彭一湖、李剑农等会盟于长沙妙高峰之卷云亭，湘支部得以重新建立。此后，海内外同志回湘者如曾杰、焦达峰、文斐、龙毓峻等先后加人，规模日益扩大。1908年，有同志旷若谷自日本归来，至狱中探视调元，告以章炳麟因正与陶成章掀起倒孙风潮，并欲辞去报社职务、《民报》且不支等实情，宁听后，为之忧虑不巳。复接章函，述社中近况，宁阅函后，“烦闷欲绝”。于是，宁调元在致章函中规劝其顾全大局，团结对敌。函云：“譬彼扁舟航海，大风起于水上，卒然遇之，鲜不夺气，吾公把柁向前，力任其难。想天怜有心人，灿烂庄严之境界，必发见不远也。昔者蔺廉结好，赵家受福；平、勃交欢，汉祚用宁。谅吾公早见及之。”
与此同时，宁由于人身自由被限制，只好继续撰文宣传革命。1907年12月，他在《长沙日报》上发表《论开国会之宜缓》，反对杨度等“煽惑湖南学界亟开国会”。1908年4月，为纪念《神州曰报》出版一周年，宁在狱中作诗遥和高旭，提倡唤醒“国魂”。诗云“鹊巢盘踞任鸣鸠，困苦王孙熟与俦？文字有灵重祷祝，国魂复苏返神州。”是年7月19日，宁调元在《竞业旬报》第12期上发表《释臣》一文，借文字学宣传反封建思想。在致傅钝根函中，着力推荐《船山遗书》中的《说文广义》三本，希望傅能采录于课程中，“以公诸同好”，借以传播民主革命思想。对于同入狱者，宁也赋诗予以鼓励。在《七律次韵和同狱某》中，宁写道：“意土正燃烧炭党，法皇卒上断头台！相看异日风云会，莫漫伤心赋《大哀》！”希望同入狱者坚持斗争，相信胜利终会到来。
在文学方面，由于宁调元珍惜时间，在诗、词、散文及对古代文学名着的注释方面均取得突出成就。在狱中，宁调元常委托在城南师范学堂读书的刘谦和外甥王纪宣为他借阅书籍。宁认为，“比年东游，未有所学”，欲将以前失去的时间补回。他说广天或者假我数年，置之监狱，为最良之学校，竟前日之志，亦未可知”。于是争分夺秒地学习，“每日阅书，平均计算至少可百余页”，阅书速度之快，效率之高，令人叹为观止。为防止出现惰性，以免一曝十寒，他特拟常课四则：一、运动；二、习字；三、读书；四、作文；用以磨炼自己的意志。囚徒生活的三年，正是宁调元一生中文学创作最为旺盛的时期。在诗词方面，他写诗填词近六百首，完成《明夷诗抄》二卷，《南幽百绝句》一卷，《太一诗存》一卷，《明夷词钞》一卷，被一些名流叹为“不世之才”，并被誉为“热血诗魂”、“囚徒诗人”，
在散文方面，其作品包括笔记及杂文等各种形式。在小说方面，“于故籍中见有可为革命鼓吹者，辄操笔记之”，撰成《碧血痕》，共五万余字。在古代文学名着作注释方面，宁撰成《庄子补释》一卷、《汉书札记》一卷、《读（说文）札记》一卷。此外，宁还为文学革命团体南社的成立和发展作出过重大贡献。早在1903年7月，宁为傅钝根《纫秋兰集》题诗就有“诗坛请自今日始，大建革命军之旗”，明确提出诗歌为革命服务的口号，这是自清朝实行文字狱以来在诗坛的一场革命。在狱中，宁一面与高旭、傅钝根、柳亚子等讨论南社的筹备、创建及其发展，另一方面又作《南社序》(初稿)等文，在诗歌内容方面明确表示继承复社传统，提倡写作“怨以怒”、“哀以思”的作品。尔后，直到1923年，柳并子在叙述南社历史时，还不忘宁调元在诗坛的贡献，称之为“青磷碧血，抑足蔚为国”。
在个人修养方面，宁调元经过冷静思考，悟出许多道理，为后人处世提供了借鉴，这主要表现在：（1)反对烦躁心理，强调心静。他说心躁则神昏，心静则神宁，诚中形外，理有固然，曾国藩之于其弟国荃也，常以其笔迹之润祜，而验其精神之优劣，此后当日习字若干张藉以自验焉”。（2)主张堂堂正正做人，反对阿谀奉承及尔虞我诈等行为。他认为“大丈夫冻死则冻死，饿死则饿死，方能堂堂立于天地间。”“今日社交，人谋鬼谋，覆雨翻云，蝇营狗苟，其精神上之痛苦，实有过于免冠对簿者之仅束缚其形式也”。(3)严以律己，宽以待人。他有句名言，“厚责人而薄责己，实人生道德上一大缺点”。（4)反对贪财好色及爱慕虚名。他说女色，酖人之毒药也，然毒药或犹有解救之时，而女色则逾酖逾甘也”。“财亦如名，贾祸之媒，丛怨之薮也”。“古之善用财者，知私之无益而有害也，则必于有用之地以公之。公之，祸以绝，而怨以消矣。”又说，“人之负虚名，亦虎豹之负皮耳。”“一物傥来，而以为名，从而好之，从而殉之，不亦可谓大惑不觉者乎？”
在成就事业方面，宁还提出以下观点，很值得思考：(1)精神是成就事业不可缺少的因素。“精神者，任事之母也。少日耗尽，则老大徒伤悲耳。李长吉弱冠呕心，便赴玉楼之召，廉将军晚年试马，犹存用赵之心，此其明证。”(2)成大事者必具“三力”，即魄力、毅力、群力，“古今中外犹一辙也。”认为“非魄力不足以振发非常之希望，非毅力不足以增进非常之希望，非群力毋以贯达非常之希望。”(3)坚忍力、判断力、冒险性和容纳性亦对成就事业十分重要。但是宁调元坚决反对“貌坚忍而性执拗、外裁判而内刚愎、言冒险而行孟浪、华容纳而实依阿”的人，把坚忍与执拗、裁判与刚愎、冒险与盂浪、容纳与依阿区别开来，为后人成就事业提供了借鉴。
宁调元道德修养的高贵之处不仅在于他提出了一系列有价值的观点，更在于他能做到知行合一。尽管狱中生活清苦，却拒绝亲朋好友接济；尽管他劳苦功高，但在后来成立南京临时政府时他却未担任任何职务；尽管在民国初年，掌握了部分财权，却仍十分节俭，不敢随意挥霍。他的这些高贵品质实可令后来的贪财好色、贪赃枉法者羞愧得无地自容。
宁调元被捕以后，同盟会总部于1907年4月3日才得知消息。据宋教仁日记记载，这一天，“张口口来言宁仙霞被捕于岳州，欲打电救之而无款，余约其明日来，将代为筹之。”翌日，张口口来，宋教仁乃借民报社金三十元给他。良久，刘揆一又引一人至，谓王益吾侄儿王宝臣，愿代打电至其伯父处营救，宋教仁立即与刘揆一共拟一电文，请王宝臣速发。这次营救活动失败以后，宁之好友文斐等“日事奔走于搢绅先生之门，谋出君于狱”。最后由长沙豪侠陈文玮及湖南名士龙璋、谭延闾联名保释，宁调元乃于1909年11月1日出狱。出狱后，回老家醴陵居住数月。1910年3月，应其师陆鸿逵之召去北京，宁从此又开始了新的战斗历程。
第三阶段：主持《帝国日报》时期（1910年3月至1911年10月）
《帝国日报》时期是宁调元借文字宣传同封建顽固势力和君主立宪派作斗争、传播其民主共和思想的时期。
1910年3月17日，宁调元应其师陆鸿逵之召至北京，任《帝国曰报》总编，负责编纂中央及地方新闻、时评、丛话、文苑等栏目，以一事一议的杂文、小品文或三言两语，“大言壮论，弹射虏政无所忌讳”，“言论一时风靡”。
宁到京后，原以为可凭借自己的才华大展身手，故鋳躇满志地写下“立功自古多殊域，埋骨云何定故乡”的诗句。未曾想到的是，在京城生活一段时日后，看到的乃是“窃国者侯窃钩诛”、“凤凰可惜供鹰犬，骐骥偏令作马牛”；“铜臭可怜兼乳臭，时艰益复信才艰”的不平现像，因之大病一场，心情抑郁，他发出了“万事尘劳成痛苦，十年生死几轮回，天花过眼漂流尽，但觉寒炉有死灰”的慨叹。在此期间，资政院正式开会，宁在《帝国日报》上大胆揭露资政院议员攀附权贵、开会迟到、议事无效率、争吵不休等行径，告诫人们不要相信清廷所谓“预备立宪”。他愤怒地写道：“吾民托命于此，无怪不有无恶不作之资政院，诚不知死所矣”他将在长沙狱中所撰《碧血痕》一文分期发表于《帝国日报》副刊上，借以激发人们的民族主义思想。他除对明末诸烈士之绝命词登载外，还对其反清事迹作了较为详细的介绍。他在介绍黄伯端事迹时写道：“方陪京之失守也，赵之忻、朱国弼辈先作新朝顺民。惟新城黄端伯独大署九字于门曰大明忠臣黄端伯之寓。大清兵召之至，不拜，与之语，则大骂，遂及于难。其绝命词云广对面绝思量，狗露金刚王。若问分身处，刀山是道场。”通过如此描写，一个坚贞不屈的反清志士形像跃然纸上。此外，他还借《帝国日报》的“时评”和“是是非非”栏目，揭露清廷对外昏庸卖国、对内卖官鬻爵、残害百姓的大量事实，宣传抵抗外国侵略和民主共和思想。
这一时期宁调元除从事文字宣传外，还凭借其所获得的合法地位，暗中从事革命活动，对进步报刊和革命人士尽力保护。1910年底至1911年初，宁与高天梅及柳亚子等商讨组织政党，准备参加1911年的国会竞选。
1910年12月13日，宁致函高天梅时事多艰，亟欲南行一次，与诸君筹度一切。因国会之开在即，而政党之预备毫无，此实可大为隐忧者也。同好其有意乎？”在1911年1月又致函柳亚子，主张立即组织政党，自承负责北京一带事务，柳亚子和高天梅负责江、浙、皖等处，蔡哲夫负责广东一带，“拟不发表，惟暗中运动，使人不注意为是。”当时，戴天仇主办的《天铎报》因痛诋康、梁，立宪党人设法倾陷，“诋伊为革命党”，预备分送各报公登。宁诡答曰“《天铎》与《帝国》有夙隙，敝报诚赞成攻击之。但只可明白宣战，不可诬人以革命党，近于倾陷。”在宁调元周旋下，戴天仇及《天铎报》终于化险为夷。不久，立宪派运动赦党人，范围只限于康、梁。调元得知，立即作时评，主张范围宜广，以使多数受清廷通缉的革命党免遭迫害。
在《帝国日报》任事期间，宁也十分关注南方革命动态。1911年黄兴领导的广州黄花岗起义失败。调元闻讯，对革命志士的惨重牺牲悲痛万分，对革命前途益加悒郁，“沸自聊赖，终日纵酒看花，不与人言时事”。6月19日，宁在北京填写《南社入招书》，正式加入革命文学团体南社，成天赋诗作文以排遣心中的愤懑。9月，四川保路运动爆发，川督赵尔丰制造了惨绝人寰的“成都血案”，又电奏清廷，推脱掩饰罪责。为揭露赵尔丰屠杀革命志士的阴谋，《帝国日报》将此一新闻转录，发表时，冠以《赵尔丰一面之词》的醒目标题。不料这一行为引起清政府的忌恨，22日，北京外城警厅传讯《帝国日报》发行人，质问使用《赵尔丰一面之词》的标题是何用意，并将其拘留关押。宁调元于是联合北京各报馆开展反新闻专制斗争。翌日，北京各报馆集会，即刻具禀将《帝国日报》发行人保出，迫使警备厅将此案移交地方审判厅审判。宁调元利用清政府新近颁布的报律、刑律，反控审判厅“紊乱律章”。由此，赢得了同行的拥戴。10月上旬，北京报界公推他随赴东实业团去日本考察。该团定于10月11日在上海会齐，宁调元遂于10月上旬南下至沪，他在《帝国日报》任职时间至此结束。
“辛苦挥戈挽落日，殷勤蓄电造惊雷”这是宁调元在《帝国日报》上发表的南社社员马和所写的诗句，也是这一时期宁调元等革命党人在敌人腹心地区所从事的革命报刊宣传活动的生动写照，他们的“蓄电”活动，对促成辛亥革命的爆发起到了振聋发聩的作用。
第四阶段：武昌首义及反袁护国时期（1911年10月至1913年9月25曰）
辛亥革命的成功是以武昌首义的爆发及胜利为契机的，但武昌首义成功之后，全国革命形势依然严峻。为杆卫辛亥革命的成果，宁调元先是采取大力支援武昌起义的措施，接着便是积极投身反袁斗争的革命洪流，直至最后献出自己年轻的生命。
1911年10月上旬，宁至沪上，适逢武昌首义爆发，他闻之十分高兴，立即打消出国考察的计划，坐船去西湖。途中阅《大陆报》，见一则外电披露：清政府以黑漆饰招商轮船标帜，装载米粮接济汉口兵舰。宁随即将其译成中文，转送九江军政分府。九江民军据报截获伪装船三艘，使汉口清廷舰队陷入粮断援绝的困境，不得不开赴九江投降民军。谭延闾第一次督湘期间，宁调元至湘，被谭聘为秘书。此时，武汉在冯国璋攻击下，形势阽危，宁立即帮助谭延闾策划援鄂事宜。谭先派遣王隆中、余钦翼两师驰援武汉，复又派刘钺、周岐、唐炅、曾杰、刘劲等挟炸弹离湘，分途狙击满清要员。
同时别遣部队一路进入江西，趋袭南昌、九江以断长沙水师归路；再遣王正雅率部深人武汉上游攻取荆襄，以减轻武汉民军的压力。谭延闾还去电广西、福建要求同僚出兵援鄂。谭的所有援鄂行动，“居中策划，君力为多”。1911年12月，宁调元被谭延闾任命为湘省驻沪特派员，宁调元数次致电谭延闾，向谭献策，并拟赴粤联络，后因胡汉民至沪乃止。
