1911年10月，武昌起义爆发，南方各省纷纷响应，清朝统治崩溃已成定局。孙中山由美国至英国，准备返回国内。吴敬恒在伦敦为孙中山处理各种函电，共商建国大事，定青天白日旗为国旗，于伦敦唐人街首先悬挂。孙中山临回国时，关照吴敬恒也要及早回国。这样，吴敬恒在孙中山抵达上海3天后即12月28日也到了上海。民国肇建，各派势力竞相争权夺利，就连同盟会内部也是争得不可开交。孙中山非常敬重吴敬恒，要推荐他出任教育总长一职，但吴敬恒恰恰与一般人相反，坚决推辞。此后直到孙中山逝世的十多年时间里，他所致力的就是提倡教育、科学。
统一国音
吴敬恒走遍中国南北，到过英、德、法、日，深知汉语同文不同音，各地方言常令外地人无法听懂，而其文则因无注意，让人难以学习。吴敬恒认为，“无音可读”是汉字的一大缺点，如若能为汉字“娶一注音老婆”，并把所注国音并入汉文内，在全国推广，不仅可弥补汉字的缺陷，且可便利平民，成为他们真正的“救苦救难观世音菩萨”。
早在1895年，他便草创了“豆芽字母”，与卢戆章的“第一快音新字”同开中国拼音字母之先河。在巴黎时期，他又对中国语言文字的改革进行过研究。现在，这位革命元勋可以完全投入。1913年1月，他担任国语读音统一会会长，并在该年2月召开的全国读音统一会会期中，用3个月时间，主持制定注音字母。1917年在此基础上取六千余字编定《国音字典》，1918年出版。自1919年起，他主持国语统一筹备会（后改为国语推行委会），提出在国推行注音符号的任务、方案、办法；修订标准音，审定《国音常用字沁》等多种国语书籍，颁为国家本；在各国立师范学校增设国语专修科，并出任上海国语师范学校校长，亲自在国语师资班兼课，以训练推行国语的人才；编制《汉语拼音表》、《注音符号》一类的通俗教材，力图国语推行的通俗化、简易化、普及化。吴敬恒以后仍继续关注这一工作。他以自己毕生精力于国音统一工作，奠定了民国时期推行“语同音”的基础。
提倡勤工俭学
吴敬恒十分关心教育。民国建立后，他就中国传统教育的缺点，以及今后的教育目的、方针、作用和学校教育、社会教育等问题，发表了一系列文章。他还发起俭学会，设立北京留法预备学校，倡导组织青少年赴法勤工俭学，将其新教育思想付诸实践。1915年他与李石曾等发起勤工俭学运动；1917年初在《中华新报》辟“客座谈话”专栏，介绍留学欧洲应具备的知识和外国风俗见闻；1919年初与李石曾等发起组织留法勤工俭学会；从1920至1922年他筹建了中法里昂大学并出任校长；1925年又创办了海外补习学校，为国民党要人子弟出国留学作准备。
吴敬恒致力国音统一和倡导勤工俭学，在中国现代史上有重要的意义，前者有利于提高全国平民的识字能力和文化水平，后者培养了科学技术和政法人才，中国现代史上许多重要人物都接受了他的教育和影响。官稚晖抱着革命不是为做官，但仍十分关心国事。他的名言是：官是一定不做的，国事是一定不可不问的。所以，他以民国元勋致力国音统一和倡导勤工俭学，他以普通公民积极参与政治。
吴敬恒是中国近现代史上一位颇具特色而有过较大影响的人物。他学贯中西，爱国坚定，生活淡泊，致力教育，赢得了当时人们的崇敬并受到其深刻的影响。蒋梦麟称赞他是中国学术界一颗光芒四照的彗星；胡适誉之为中国近三百年来四大反理学的思想家之一，1963年联合国科教文组织第十三届大会上举存他为“世纪伟人”。
