吴敬恒在巴黎主编《新世纪》周刊时，正值克鲁泡特金的互助论盛行之时。当时处于资本主义发展比较稳定的时期，出身俄国的克鲁泡特金创造了互助论，宣称自己是一个共产主义的无政府主义者。他认为互助是生物界以及人在社会发展的普遍规律，人类通过互助即可进入各尽所能、各取所需的共产主义社会。
吴敬恒在积极参加孙中山领导的反清斗争中接受了克鲁泡特金的互助论，宣传无政府主义，鼓吹实现一个理想的大同世界：它没有强权、军队、法律，消灭阶级、去国界、毁政府，众生一切平等，人我无界，无争无忧竟怡然四海如春。在这个社会里，物质文明十分发达，凡劳动都归机器，每人每日只要工作2小时，便已各尽其能，人们享用的东西，应有尽有，使人各取所需，全世界共用一种语言80％的经费用于教授人民生活科学知识，20％的经费教授人们的无政府思想化理。这个社会不再有统治者与被统治者的区别，只有化理而没有法律，人人正直无私，诚实可欺。从吴敬恒的描述中不难看出，其大同思想与儒家的大同思想相联系，受克鲁泡特金的思想影响，但又具有自己的特点。
吴敬恒还进一步论证了无政府主义思想体系的理论基础为人性本善。他认为“世界本善，人性亦本善”。只是接触到环境的影响才使本善的人性发生了变化。世界的发展是善恶交替发展、斗争的结果。那么，如何才能使人性发露接触万事万物时能不受环境影响而达到善呢？他认为这有待于理智的审查，即通过理智的作用使恶制于善，使善善相续。吴敬恒一再宣称，“人类向于进化，本由良德”，人类社会的发展是人性之良心、良德不断推动发扬的结果，无政府主义社会制度的建立不过是人性本善之善的实现。
吴敬恒又揭示了三民主义是实现无政府主义社会的必由之路。他认为，进入大同社会，重要的一条就是要做到天下为公，使天下的人必须人人为公，不可为私，做到这一点，办法有三条，即孙中山的民族、民权、民生三民主义，其中重心是民生主义。实行民生主义，可以使地尽其力，物尽用其用，人尽其能。生产力高度发展，人们不用再为了物质财富去你争我夺，自然可以做到人人为公，社会进入无政府的大同时代。而生产力的高度发展，人们思想境界的提高，都离不开科学和教育，所以吴敬恒充分肯定了科学、教育在社会发展中意义，强调科学与教育是实现无政府主义的手段。
