为了贯彻“方案”中所确定的目标，南开在学科建设、课程设置、教学方法、人才培养、科学研究等方面进行了一系列重大改革。南开大学初建，即按照“文以治国，理以强国，商以富国”的教育思想构建学科设置，设置了文、理、商三科（后发展为文学院、理学院、商学院）。张伯苓强调要调整课程设置，改革教学方法，加强理论与社会实际的联系，采取措施提高学生实际能力的水平。在他的指导下，20世纪20年代后期，南开的“知中国”方针真切地落实在了社会调查实践上。一方面开设有关研究中国现实问题或追踪当代学术发展的课程，如“当代中国政治问题”、“中国经济问题”、“乡村建设概论”、“西洋文学当代人物”、“化学问题之研究”等；另一方面增强应用性课程，文科各系增加“公文程式”、“新闻习作”、“讲演术”等课程，商科加强商业金融实践训练，增加“办公室管理”、“人事管理”、“售货学及广告学”、“工商实际问题”等课程。更主要的是张伯苓认为，学生最大的缺点是只有书本知识，不了解中国国情，不清楚中国社会的真正情状。为了克服教育脱离社会、脱离生活、脱离实际的弊端，南开学校结合不同课程，开辟第二课堂，对学生进行实践教育活动。在二十世纪二三十年代，社会调查活动已经作为南开大学教学工作的一项制度确定下来。当时，南开组织学生到天津市各大银行实习，调查津埠商业贸易，主修农业经济的到河北省定县，参加晏阳初创办的平民教育工作。到抗日战争爆发前，南开学生共调查了天津各种机关单位100多个，学生足迹遍布工、商、文、教、交通、通讯、新闻、社会部门及司法、军、政乃至外国租界。调查不是走马观花式的参观，也不是只图虚名的形式。张伯苓曾主持成立“社会视察委员会”，调查前由教授根据课程性质确定方案，由教师带领学生有针对性地深入社会开展工作；调查后学生要写出详细的调查报告，并组织汇报讨论，约请专家评定。最后，师生就若干问题深入研究，进而发表报告。如此注重实际又不失科学态度的调查活动，对于今天的大学教育仍然具有极大的借鉴意义。
20世纪30年代初，南开大学相继设立电机工程系、化学工程系、经济学院，均以服务国计民生为出发点。学校曾广泛地与天津电灯电车公司、天津久大精盐公司、永利碱厂建立联系，实行互助，“以我之学识，易彼之经验”。同时，张伯苓把经济学院建设成密切联系中国实际、承担教学与学术研究双重任务的学院，立足于中国实际需要，经济学院拓宽了专业口径。值得一提的是，学校规定经济学教研中的每门课程都要“本土化”，以适应中国经济生活和经济组织的实际情况。在何廉教授的领导下，南开开始了相当规模的教科书编纂工作，以便利用学校教师“在理论联系实际，在揭示中国的状况与问题以及在教学中的经验，来使学院教学得到更实际、更合适、更有用的教材”。南开经济学教科书的编纂还带动了中国经济学领域中术语规范化的开展。南开最先系统地进行了这项工作，并为南京教育部的国立编译局制定中国经济学正式标准化术语奠定了坚实的科学基础。
大学所设学科适应社会需要的能力是大学的生命力所在。一所大学只有深刻地了解社会需要的本质特性，并建立灵活应对的机制，才能促进学校不断发展并将其推向更高的水平。二十世纪前半叶，张伯苓坚持自己的教育思想和办学主张，探索适应中国国情、满足社会需要、为经济发展服务的办学道路，是卓有成效的。他为我国高等教育的发展留下了宝贵的经验。
培养“现代能力”之学生
教育是培养人的事业，人才是教育的最终产品，造就适应社会需要的劳动者才是学校的根本任务，也是校长最重要的职责。张伯苓一生办学就是为了培养人才，他说：“本校办理之初衷，即以造就人才为目的”，大学更明确规定“以彰扬文化，研究学术，造成建设国家之中坚人才为目的”。张伯苓一生说得最多的也是培养人才，对人才培养提出了独到的见解。他围绕“培养什么人，怎样培养人”这个学校人才培养最本质、最关键的问题，很早就明确提出，办学首先要知道：“（一）须造哪类人；（二）当用何种方法”。他将人才培养目标确定为“造成具有‘现代能力’之学生”，从而确立了“能力为本”的人才理念。
张伯苓主张培养学生的“现代能力”。能力的培养，是张伯苓一直十分关心的问题，也是张伯苓大学教育理念的又一个显著特征。张伯苓最初走上教育救国之路的动因就来自“能力”问题。他后来谈到这个问题时说：“我以前始终以为，中国之积弱，是只在我们个人没有能力，所以一切不能与外人并驾齐驱”，“故一向对于教育方式，都按此目标向前进行”。但是，后来经过多方考察和深刻反思，张伯苓感到“中国至深之病，实不在个人之没有能力”，关键在于人们缺乏国家观念和团体精神，缺乏解决中国问题的实际能力。于是他提出，今后要培养有组织能力、合作精神、负责任，敢于牺牲，没有名利思想，做事以国家利益为前提的人才。“吾人细察吾国现时情状，知中国所最感缺乏者，厥为有‘现代能力’之青年。”
对于如何培养具有现代能力之青年的问题，张伯苓从最早提出“三育并进”，到强调能力培养，再到提出培养“现代能力”，体现了他教育思想与时俱进、人才培养理念不断更新的历史轨迹，反映了他对教育本质和时代精神的深刻把握。为了实践“三育并进”，张伯苓提出了一整套培养学生成才的训练方法，其中包括：第一，重视体育；第二，提倡科学；第三，团体组织；第四，道德训练；第五，培养救国力量。这五个方面都有着丰富的教育内涵。道德教育、熏陶人格、团体协作是张伯苓在培养人才过程中最为关注的几个问题。他把道德看作人才培养的关键，把道德教育视为教育的根本。道德是指社会向其成员提出的一系列的行为准则的总和。张伯苓把道德教育提到培养人的支配地位，强调教育应超出书本教育、知识教育的范围，注重人格教育、道德教育，明确提出了“以德育为万事之本”的命题，努力探索和研究青少年道德形成的规律和新的道德导向。他强调，培养新的人才，必须变革道德观念，摆脱封建道德束缚，面向现代社会树立新的道德教育观；道德教育以人为本，努力使学生的品德、能力、社会交往关系等全面和谐发展；将人格教育纳入道德教育的内容，德育要从基本品德、基本价值观抓起，既强调我国优秀文化传统中的个人品德修养，更重视面向全体学生进行社会公德教育，塑造学生以国家利益为重、以集体利益为重的道德情怀和社会责任感，以便使一代新人在民族感情、国家意识、思想品质和人格操守等方面建立牢靠的精神支柱。这种教育方式是一种将智育与德育有机统一的培养模式。
实际上，张伯苓培养具有“现代能力”之人的目标就是通过对青年学生进行融知性能力与德性品格为一体的训练而实现的。大学最本质的功能，或者说根本目的是培养人才，衡量一所大学办学水平的首要标准仍是培养人才的质量。张伯苓坚守大学“以彰扬文化，研究学术，造成建设国家之中坚人才”的教育理念，紧紧抓住培养什么样的人这一关键点，提出了许多真知灼见，使早年南开的人才培养质量始终走在前列，涌现出以周恩来、梅贻琦、陶孟和、喻传鉴、吴大猷、陈省身、曹禺、刘东生、叶笃正、朱光亚、周光召等为代表的一大批优秀人才。
有效的资金管理
随着南开大学规模的扩大，教职员工及学生人数增加，经费困难问题越来越严重，面对如此困窘的情况，张伯苓走出校门，到社会上去“化缘”，先后得到社会各界的资助。其中包括：官僚政客所捐，商界人士或公司所捐，社会名流及其他热心教育人士所捐，基金会、学会、校友会等团体资助。尤为可贵的是，张伯苓创办应用化学研究所，研究解决工业生产中的现实问题，实业界人士及生产厂家都愿出资，促进这个研究所的建设和发展。1934年，成立了“南开化学工业社”，1936年改建为研究所的试验工厂，生产的产品有硬脂酸、油酸、甘油、钾皂、酒精等。除自用少量酒精外，其他产品全部外销。
与筹措经费相比，运作资金更具有现代经营的性质。南开以资本和地产自筹资金，购买公债股票，收取基金利息、房租、地租和校田进款，启动资本，投资赢利，以财生财。学校的经费包括学生缴费、公债利息、基金利息、房租地租、洛克菲勒基金会补助费、中华教育基金委员会补助费、太平洋国交讨论会专题研究补助费、校田进款、财政部河北财政特派员公署补助费及特别捐款共计10项来源。其中，10项中的4项，是学校以资本和地产经营的自筹资金。江苏督军李纯去世后，将遗产的四分之一捐赠给南开大学，学校便以这笔巨额的资金购买公债股票，使基金“永久存储发商生息，以资利用”。在管理人员的精心运作下，它最终成为南开大学的支柱性经费来源之一。
