清代妇产科学与小儿科学之发展，在明代成就的基础上，很少有什么突破性进步，但在经验积累和推广普及方面，确是很有成绩的。
妇产科学。在清代妇产科专科医生虽不很多，多数仍兼及内科或小儿科，但在妇产科书籍中，不但有许多妇产科专书，而且有不少妇科与产科分述的专著，其流传之广也是少见的，足可证明普及推广之深入。此期影响最大的医学著作有萧埙的《女科经纶》（1684），《竹林女科》（1786），《傅青主女科》（1827），以及亟斋居士的《达生篇》（1715）等。《女科经纶》8卷，分经、育、胎、产、崩、带、杂证7门，列病证163种，引各家论述700多条，对普及中医妇产科学做出了贡献，流传较广。《竹林女科》是竹林寺僧医所撰妇产科学著作的总称，历经传抄、增广、节印等，其版本流传均甚广泛，如《宁坤秘籍》、《妇科秘方》、《竹林寺女科秘传》、《竹林寺三禅师女科三种》等等。从1827年首次刻印，到1959年间，连同相关者，约印行60余次之多。竹林寺位于浙江萧山县，自五代以下，寺中僧人均有以善医妇科疾病而著称者，逐代相传，闻名远近，其所授均秘不外传。从清初开始，有各种传抄本、刻本行世。因此，书名、内容多有较大的差异，据统计其种类可达30余种。竹林女科所论经、带、胎、产，有简有繁是清代妇产科学发展的一个很有影响的派别，尤其影响于南方甚大。
《傅青主女科》的作者是傅山。傅山（1607～1684），初字青竹，后改青主。号石道人、朱衣道人，山西太原人。少聪敏善记，性任侠，重气节。明亡后，绝意仕途，隐于医，精医术，尤擅女科，工书善画。他的多种医学著作，有的刊印，有的未刊印。顾炎武于康熙十二年所写序中曾说：“予友傅青主先生手著《女科》一卷，《小儿科》一卷，《男科杂症》一卷，诚医林不可不有之书。”《傅青主女科》之撰写当在清初，然第一次刻印是清末的1827年，可能与傅山之反清思想和屡次拒绝清廷令其为官的背景有关。但自该书刊印后，百年来竟刻印、石印，铅印及改编70多次。该书分有带下、血崩、鬼胎、调经、种子、妊娠、小产、难产、正产、产后等10门。作者积数十年之经验，运用中医脏象学说，阐明女性生理、病理特点及诸种妇科疾患之临床症状表现。在治疗上善于运用培补气血、调理脾胃为主的原则。世尊其说者，多获良好之疗效，表明傅山在妇产科学方面有着较深的造诣，故为近代妇产科学家所推崇。
专门产科学的医书虽然不如妇科学著作多，但到清代中期还是出现了两部影响大、流传广的专著。一部是流传极广极负盛名的《达生篇》（1715），一部是仅次于《达生篇》的《大生要旨》（1762）。《达生篇》的作者是亟斋居士，主要论述难产问题。分论原生、临产、试痛、保胎、小产、产后、死胎、胞衣不下、乳少等诸症和格言，以及治疗方法。例如对临产之处理，强调接生者必须善于区别试痛与正常产时之腹痛，避免过早地让产妇增加腹压，减少因产妇过于用力而疲倦可能造成的娩出无力。该书所总结的临产格言“一日睡，二日忍痛，三日慢临盆”六字诀，是十分科学的，这对减少产妇在产前的恐惧心理，按正常产程进行生理性分娩，都具有重要意义，至今仍不失其实际的指导意义。该书刊印之频密，流传之广泛，以及影响之大之深，都是罕见的。据《全国中医书联合目录》所收，仅1827～1959年间，全国各地刊刻印刷之不同版次达100余次之多。其次，唐千顷的《大生要旨》，其内容包括种子、胎前、临盆、产后、保婴等，论述比较客观，富有科学见解。如所论之不孕症，阐述了应从男、女双方寻求原因，不可单纯着眼于女方。对妊娠期的调理，除强调要保持心情舒畅外，主张“体宜动而不宜逸”。唐氏很推崇《达生篇》临产时之“六字诀”原则。对早期破水、耻骨不开、临盆晕绝、胞衣不下、子宫下垂等难产、难症等，也都作了简明扼要的论述。因此，曾被誉为“家庭方书”，在清代和近代均有较大的影响。除原书刊印30余次外，还有叶灏之增订本和马振蕃的增定本也印有20余次之多，说明其影响是很广泛的。
儿科学。清代小儿科也在经验继续积累和知识进一步普及中得到不断的进步，尤其是在防治小儿急性传染病方面取得了显著的进展。我们仅就三方面有代表性的人物、著作和成就略述一二。
陈复正，字飞霞，广东惠阳县人。少学《易》及程朱之学，后曾于罗浮山修道，一则自身多病，二则志以医救人，攻医勤奋，行医云游40余年，尤擅小儿科疾病的治疗。他在前人基础上，结合自己经验，撰有《幼幼集成》（1750），6卷，是一部综合性儿科专著。其中颇多个人精辟的见解和论断，影响清代儿科学之发展较大。他比较重视小儿科疾病的诊断和鉴别诊断，批评一般医生之误诊时指出，他们往往不细察病源，不辨小儿发热之性质，简单统归之为“惊风”。为改变这种情况，特“新立误搐、类搐、非搐分门别证”一篇，称临床上小儿科疾病出现的抽搐、厥逆、内闭外脱等症皆以搐名之，反对用惊风。他不同意众所公认的“小儿为纯阳之体”的说法，批评一些医生在此理论指导下，滥用寒凉，损伤小儿脾胃之害。在论述小儿指纹时，表现了他很重客观诊断依据的思想。他认为切脉对幼儿、儿童疾病的诊断是不可靠的。他说：“小儿每怯生人，初见不无啼哭，呼吸先乱，神志仓忙，而（脉）迟数大小已失本来之象矣，诊之何益？不若以指纹之可见者，与面色病候相印证，此亦医中望（诊）切（切脉）两兼之意。”并且提出“浮沉分表里，红紫辨寒热；淡滞定虚实”。实则大量临床经验总结之结晶。可贵的是，他还依据小儿内脏肌肤尚在发育阶段，药物多不能受的观点，反对杂药乱投，发展了小儿科疾病运用外治法的经验，如按摩、热敷、膏贴、针挑、刮痧、磁砭、吹药、蜜导等等。
清代小儿科学之发展除出现了不少综合性专著外，更昌盛一时的是专门论述天花、麻疹、猩红热等小儿科急性传染病的著作，这显示了我国儿科学发展的一个新高度。譬如人痘接种专家辈出，他们在人痘接种以预防天花的战斗中，为人类做出了杰出的贡献，前已提及。在此仅仅引述三位人痘接种专家的三个论点。如俞茂鲲撰《痘科金镜赋集解》（1727），提出：“闻种痘起于明隆庆年间（1567～1572）宁国府太平县，姓氏失考，得之异人丹传之家，由此蔓延天下，至今种痘者，宁国人居多。”为研习我国人痘接种史提供了宝贵的参考资料。他主张用经过多次接种之“熟苗”。又如张琰撰《种痘新书》（1741），报道“经余种者不下八九千人，屈指记之，所莫救者，不过二三十耳。”这说明我国在18世纪中，种人痘以预防天花的成功率已达到97%，没有精治的痘苗和减毒苗是不可能达到这一高水平的。再看朱奕梁关于人痘减毒和安全方面的改进，就可以知道张氏的高成功率不是偶然的。他在《种痘心法》一书中强调：“其苗传种愈久，则药力之提拔愈精，人工选炼愈熟，火毒汰尽，精气独存，所以万全而无害也。若时苗能连种七次，精加选炼，即为熟苗。”这种选种育苗减毒与现代制造疫苗的科学道理和要求，在主要方面是完全一致的。麻疹更是小儿最常见的疾病，专著（或与天花、水痘等全编的著作）之多也是少见的。如《麻科活人全书》（1748），4卷，谢玉琼撰，是一部专论麻疹证治的名著，既综合反映了清以前历代医家有关麻疹一病的经验总结和理论概括成就，又表现出谢氏本人在麻疹一病的理、法、方、药方面的特点。例如麻疹之病因，谢氏既论述了传统的理论，又指出“多带时行”，强调了麻疹的传染性。他所论述麻疹在各地的不同病名、岁气和预解宣毒，为麻疹病名的统一做出了贡献，并萌发了预防思想。特别指出麻疹后期“余邪为殃”的经验，对医生防治麻疹合并症提出了警告，确是十分重要的。在麻疹的治疗方面，选方近300首，特别是“宣解发表汤”、“葛根解肌汤”及其加减运用，是麻疹早期散发透表的效方，也是长期以来儿科医师所习用的基本方，可见其影响是很大的。谢氏因证立方，因方用药，善于随证、随时取舍运用，以及该书在汇集前人成就上所作的努力，使之成为我国儿科学发展史上一部集麻疹证治之大成的著作。再有，陈耕道的《疫痧草》（1801），虽然成书较晚，但对猩红热一病的传染途径——“气息传染”，强烈程度——“一触即发”，以及预防隔离等，都有了比较正确的观点，在治疗上也汇集了相当丰富的对症处理及医疗大法，是一部反映清代医学家治疗小儿传染病水平的代表性著作。
清代儿科学发展的另一特点，就是儿科医生在小儿脏腑发育未全的认识基础上，为避免用药对小儿发育造成的不良影响，逐渐总结出的小儿推拿按摩一科，此疗法曾得到很大发展。17世纪小儿推拿以熊应雄辑的《幼科推拿广意》（1676）为代表，该书又名《小儿推拿广意》。熊应雄，字运英，云南人，以擅长小儿科疾病的治疗著称。在小儿疾病诊断上，强调视两目、听声音、视囟门、视形貌、视毛发，确属重要。他认为推拿之法有效而受苦甚少，故常留心此道以疗小儿之疾，与善于推拿的医学家陈世凯合作研讨，辑成此书。除总论小儿科疾病诊断诸法外，对小儿科疾患推拿之术、婴幼儿护养宜忌和推拿方法、图解、穴位等，均作了比较系统的介绍。并附歌诀帮助记忆，附常用方药以防推拿不效之用。内容切合实际，所以流传甚广。骆如龙，字潜庵，安徽和县人，撰《推拿秘书》（1784）5卷，是18世纪小儿推拿之代表作。骆氏学精儿科，对小儿推拿尤其擅长，该书在儿科疾病诊法，推拿穴位、方法，诸病推拿之适应症等，均有比较系统的论述。后经熊民新抄订，后世有改名为《幼科推拿全书》者，也足证明其影响之广泛。到19世纪，小儿科推拿专书则以夏云集的《保赤推拿法》（1885）为最。夏云集，字祥宇，又字英白，河南息县人。于学举业、制艺之余，酷爱幼科推拿，后到金陵（今南京）育婴堂，得以大展其术。并辑此书，又名《推拿精要保赤必备》。该书语浅义显，附图明晰，可据以认证，按图索穴，即可研习施治，也有多种增释、增图等。张振鋆的《厘正按摩要术》（1889），是在明代《小儿推拿秘诀》的基础上，经张氏校订补辑而成的。由于张氏征引文献广泛，不仅增补内容多，而且在编次整理上有条理有系统，所以内容十分丰富，以其较高的临床参考价值为按摩界所赞赏，流传很广。以上三个世纪的小儿推拿专著，虽有雷同之处，但又各具特色，实为有清一代之代表，小儿推拿之集大成者。现代许多流派之渊源，几乎无不归于他们的成就。
