清初，继明代医学分科旧制，眼科、口齿、咽喉仍分三科，统治五官科疾病。嘉庆二年（1797）将三科合并为眼科与口齿咽喉两科，一直延续到清末。1886年虽然太医院分科只有五科，眼科、口齿咽喉仍分立，也可看出清王朝对五官疾病的注意。
眼科方面。影响比较大者，是文永周重编的《一草亭眼科全书》和黄庭镜的《目经大成》等书。
文水周，字卜庵，号郁然、豁然子，四川万县人。因眼科疾病久治不愈而弃儒习医，尤以眼科为其所长。他广收博采，对明代傅仁宇《审视瑶函》，明代邓苑《一草亭目科全书》，以及《异授眼科》、《飞鸿集》等等，无不予以精读钻研，心得体会日益宏富。不但治愈了自己的眼病，而且为人治病每获良效。在此基础上，他取各家之长，或已用之有效者，编辑成册，名曰《一草亭眼科全书》，或名《感应一草亭眼科全书》等，共4卷，于1837年刊印流传。其中凡经文氏临证治疗获效验者，则注以“豁然子”字样以示区别，是流传较广的眼科专著之一。文氏还撰有《眼科七十二症问答病因丸散》，也有较大的影响。
黄庭镜（1703～1774？），字燕台，号不尘子，福建建瓯人。初业儒，亦因目疾而专心致力于眼科疾病的学习和钻研，久而以眼科医而著名于世。后来，又从湖北武昌培风山人处学习掌握了金针拨白内障等手术，医术益精，声名更大。为使其眼科医疗技术能流传于世，故撰《目经大成》一书，约成于1774年，1804年首次刊行于世。《目经大成》是一部富有总结性的眼科专书，体现了黄氏高深的眼科理论修养和精巧的眼科医疗技术及丰富的医疗经验。例如关于白内障治疗的金针拨障手术，他正确强调：进针部位在“风轮与锐眦相半正中插入，毫发无偏”。这一定位是十分精明的，现代解剖证明该进针处正好是睫状体平坦部之中点，是最安全可靠的选择。这个进针部位也是目前国内外眼科专家实践经验证明的一个比较理想的手术切口部位。同时，他还以审机、点睛、射覆、探骊、扰海、卷帘、圆镜、完璧等拨障八法为题，进行了比较系统的描述。其后更附有针拨白内障手术治疗的医案数例。对我国眼科，特别是眼科医疗技术之发展与传播，起了很大的作用。1804年刊印时，门生邓赞夫改书名为《目科正宗》，使之有着更广泛的流传。此外，顾养吾的《银海指南》（1810）4卷，是一部把眼病与全身病紧密联系为一体的代表作。他叙述了多种时行病、杂病与眼病的关系，视眼病为全身病的一个局部，例如：伤寒主目疾论，瘟疫兼目疾论，中风兼目疾论等，其立论颇富特点，也很有科学价值。同时，他还论述了十二经脉与眼病的关系，在一定程度上反映了眼病研究的进一步深入。
口齿咽喉科和耳鼻方面。中医咽喉科多包括有口齿与耳鼻疾患于其内，尚无一定的格局。有时口齿独立成科，有时则口齿咽喉并为一科，耳鼻疾病虽有专书，但仍多附于咽喉科中。决定分立或合并多因发病之多少而定。此期著名的咽喉科专著有张宗良的《喉科指掌》（1757）和郑梅涧的《重楼玉钥》（1838）等。
张宗良，字留仙，上海人，素精医理，以擅长咽喉科疾病的治疗而著称。其诊治重视神态、气色、切脉以及观察病变局部的色泽、听声音之高下浮沉，治疗每获良好的效果。撰《喉科指掌》以总结其经验。在治疗上除善于用药外，对针灸疗法也颇多阐述，为使学者读阅认证方便起见，该书还绘有图说。张氏还与佚名吴氏合撰有《咽喉秘籍》，或名《喉科秘旨》等。1818年又有署名包永泰的《喉科杓指》，是在张氏《喉科指掌》基础上加入牙齿门而成的。删去原作者姓名，这种情况并不少见。
郑梅涧（约1727～1787），名宏纲，字纪元，梅涧是号，又号雪萼山人，安徽歙县人。父郑子丰，从福建人黄明生学习喉科，并得其喉科秘书，因以精于喉科而闻名于世。由于居处名南园，人们以南园喉科呼之。梅涧自幼在父亲的熏陶下，学习勤奋，认证准确，常常急救危重喉证而得愈，名望四起，传颂不绝，求治者益众。他认为白喉一证，“发于肺肾本质不足者，或遇燥气流行，或多服辛烈之物感触而发”。因此，治疗时十分重视养阴清肺，创制喉科名方“养阴清肺汤”。晚年积家传与个人终生之经验，撰《重楼玉钥》一书，是我国喉科发展史上的一部重要著作。该书曾经梅涧知己方成培整理，并由其子郑承瀚增补，于1883年初刊。其内容丰富，尤其对白喉之论述尤精。梅涧创制的治白喉主方养阴清肺汤，经现代实验研究，证实其治疗白喉及其他喉证等有确效，被改名为“抗白喉合剂”。所论喉科忌药，实乃后世《白喉忌表抉微》（1891）之渊源。又有方成培的《重楼玉钥续编》等。梅涧子郑承瀚，字若溪，一字枢扶，撰《喉白阐微》（1797），皆可与《重楼玉钥》相辅相成，互为补充，使清代喉科发展到了一个新水平。还须指出，郑梅涧堂弟郑宏绩，亦当代喉科名医，因其居处在西园，其后人业医者，人称之为西园喉科，以别于梅涧为首的南园喉科。歙县郑家世代以喉科名闻遐迩，为中医学喉科之发展做出了贡献，是中医喉科重要的学术流派之一。据说其孙辈现仍承继家学，是歙县的医林人物。
关于口齿科，尚有以论口齿为重点的医书，如《走马喉疳论》（1872）以及《喉牙口舌各科秘旨》（1879）等。值得提出的论白喉专书《白喉治法忌表抉微》，虽是耐修子继承郑梅涧学术思想整理发挥而成的，但其影响却很大。该书1891年首刊以来竟先后印行近70次之多。
