正当李茂贞自认为山南西道已是自己的囊中之物时，没想到却又起波折。唐廷不欲“卧榻之侧”的李茂贞势力继续坐大，又希望朝廷能够恢复对山南的管理，故迟迟不下诏命。而野心昭然的李茂贞岂能坐等，他又于景福二年（893）正月上表“自请镇兴元”。在李茂贞咄咄逼人的压力下，唐昭宗竟异想天开地任命李茂贞为山南西道兼武定军节度使，以中书侍郎、同平章事徐彦若以使相身份充任凤翔节度使，同时又割果、阆二州隶属武定军。昭宗天真地以为这样的调命也许既能让李茂贞身兼两镇，满足其胃口，又能让李茂贞拱手让出其老巢——凤翔镇，从而达到抑制李茂贞势力、重新控制近在咫尺的“国之西门”凤翔镇的双重目的。可是，老奸巨猾的李茂贞本欲“兼得凤翔”，又岂能不知昭宗釜底抽薪的用意。这是他绝对不可能接受的。于是，李茂贞宣布“不奉诏”，继续盘踞凤翔，并保持对山南西道的实际占领。
唐昭宗景福二年（893）七月，未遂心意的李茂贞“恃功骄横，上表及遗杜让能书，辞语不逊”。《资治通鉴》记载了李茂贞这次上表朝廷的内容，其内容略云：“陛下贵为万乘，不能庇元舅之一身；尊极九州，不能戮复恭之一竖。”又曰：“今朝廷但观强弱，不计是非。”又曰：“约衰残而行法，随盛壮以加恩。体物锱铢，看人衡纩。”又曰：“军情易变，戎马难羁，唯虑甸服生灵，因兹受祸。未审乘舆播越，自此何之！”李茂贞公然上表指责昭宗及执政朝臣的无能，带有晚唐藩臣跋扈和武力威胁的鲜明色彩。其言辞固然骄慢不逊，然其所指当时之弊政实亦如此。可年少英武的昭宗不任其逼，怒不可遏，决意征伐李茂贞，并命宰相杜让能专掌其事。杜让能却认为凤翔近在国门，不可轻易构怨动武，万一不克，后患无穷。然昭宗主意已决，一定要与李茂贞摊牌。显然，李茂贞在权力和地域的肆意争夺上终将与朝廷一战。
同年八月，唐昭宗任命嗣覃王李嗣周为京西招讨使，神策大将军李鐬为副。九月乙亥，李嗣周率领神策军五十四都名义上送凤翔节度使徐彦若赴镇，实际用意则是征讨李茂贞，进军兴平（今陕西兴平）。李茂贞遂纠集盟友王行瑜，岐邠联军近六万，驻军盩厘（今陕西周至）待战。在兵力对比上，李茂贞六万，而李嗣周仅有三万，李茂贞人数占优。从战斗力上分析，朝廷禁军多是最新招募的市井少年，而李茂贞所率的岐邠联军皆属边兵，俱乃百战之余，强悍勇猛。因此，唐廷与李茂贞的这次对决，胜败不战已知。九月壬午，李茂贞进军兴平，然禁军不战自溃，望风而逃。李茂贞乘胜进军京西的三桥（今陕西西安西郊），京师大震，士民逃散。
陈兵阙下的李茂贞上表请昭宗诛首议用兵者，再次野蛮干政。是日，自食苦果的昭宗不得不贬宰相杜让能为梧州（今广西梧州）刺史，又流执政宦官——观军容使西门君遂于儋州（今海南儋县西北），内枢密使李周潼于崖州（今海南琼山东南），段诩于鹱州（今越南义安省演州）。乙酉，昭宗又下令斩西门君遂、李周潼、段诩，再贬杜让能为雷州（今海南海康）司户，极力保全杜让能之性命。然李茂贞仍然勒兵不解，甲申日竟然进逼临皋驿（临皋驿在长安城西），表示只有处死杜让能才能撤兵回镇。十月，昭宗无奈只得将杜让能及其弟户部侍郎杜弘徽赐死。终于，李茂贞逼君杀相，左右朝命，淫威得逞。随后，唐廷又屈辱地诏以李茂贞为凤翔节度使兼山南西道节度使，守中书令，进封秦王，最终在名义上承认李茂贞对山南的事实占领。至此，李茂贞尽有凤翔镇、山南西道、感义军、武定军、天雄军等地。加之关中的邠宁王行瑜、华州韩建等诸镇也依附于他，李茂贞在地域上势力空前。
李茂贞先是擅攻山南，坚请节钺，继而违诏抗命，言旨不逊，更甚陈兵京郊，逼杀执政。其一连串的举动都是对朝政干预的极端表现。总之，通过此次干政，李茂贞在权力上达到一个新的顶点，自此“始萌问鼎之志”，“朝廷不能制”。
二、干预人事，扶植代言
唐昭宗景福二年（893）之后，李茂贞在权力和地盘达到一个新的高度，史称“时（李）茂贞有山南梁、洋、兴、凤、岐、陇、秦、泾、原等十五余郡，甲兵雄盛，凌弱王室，颇有问鼎之志。”李茂贞干政也随即进人新的阶段，即由违诏抗命、兵戎相见的极端手段变为干预人事任命，在朝臣中扶植自己的代言人，通过自己上表奏言来干预朝策制定等较为温和的方式。
景福二年（893）十月，杜让能、西门君遂等执政大臣被李茂贞逼杀之后，唐廷在新一届执政朝臣和宦官的人事任命上，不得已以内侍骆全瓘、刘景宣为左、右神策军中尉，东都留守韦昭度为司徒、门下侍郎、同平章事，御史中丞崔胤为户部侍郎、同平章事。此辈多为李茂贞属意之人。从此，朝政落入李茂贞为首的关中藩镇之手。史载：“自是朝廷动息皆禀于邠、岐，南、北司往往依附二镇以邀恩泽。”又云：“有崔铤、王超者，为二镇（邠、岐）判官，凡天子有所可否，其不逞者，辄诉于铤、超，二人则教茂贞、行瑜上章论之，朝廷少有依违，其辞语已不逊。”
其实早在此之前，李茂贞就已经为自己在朝廷中物色好了代言人，那就是时任宰相崔昭纬。对此，《资治通鉴》卷二五九记载说：“崔昭纬阴结分15、岐，为之耳目，（杜）让能朝发一言，二镇夕必知之。”景福二年（893）李茂贞一逼京师，迫杀宰相杜让能，就是出自崔昭纬的唆使，史云：“崔昭纬心害太尉、门下侍郎、同平章事杜让能，密遗茂贞书曰：‘用兵非主上意，皆出于杜太尉耳。’”于是，李茂贞陈兵京西，上表列杜让能之罪，力逼昭宗诛之。而昭宗迫于李茂贞的军事压力，只得赐杜让能自尽。这背后也是崔昭纬的主意。
唐昭宗乾宁元年（894）正月，李茂贞以拜谢昭宗赐封的名义，亲率大军自凤翔入朝，“大陈兵卫，献妓女三十人”。这次入朝的真正目的是对昭宗代表的唐廷进行武力示威。昭宗知其来者不善，在内殿赐宴，盛款李茂贞。而李茂贞对昭宗的谦恭态度十分满意，耀武数日之后归镇。李茂贞这次入朝使其野心得到了进一步满足，在干政的道路上又踏出一步。此时踌躇满志的李茂贞已自视为大唐王朝的监护人，把唐昭宗当作他的掌中傀儡。
至乾宁二年（895），宰相崔昭纬更是与“李茂贞、王行瑜深相结，得天子过失，朝廷机事，悉以告之”。同年二月，唐昭宗任命李谿为宰相，与韦昭度共同执政。李茂贞、王行瑜听信崔昭纬之言，遂上表奏称“（李）谿奸邪，昭度无相业，宜罢居散秩”。唐昭宗辩称：“军旅之事，朕则与藩镇图之；至于命相，当出朕怀。”小心翼翼地维护着大唐天子最后一点权威。但李茂贞、王行瑜丝毫不留颜面，仍上表论列不已，并有“讥诋朝政”之言。最后昭宗只得再次妥协，宰相韦昭度称疾罢为太傅致仕。三月，昭宗被迫又罢李谿为太子少师。五月，李茂贞率王行瑜、韩建三镇逼宫，又以韦昭度、李豁“不合众心”为由，擅自将其处死，跋之极。
这一系列中枢人事的变动标志着以唐昭宗为代表的朝廷在人事任命上已彻底向李茂贞为代表的强藩干政妥协。
三、河中争帅，逼宫谋废
唐乾宁二年（895）正月，河中节度使（护国军，治蒲州）王重盈病卒，王重盈兄（王重荣）养子王珂与王重盈之子王珙争立，从而发生了“河中争帅”事件。王珙率先发兵攻击王珂。王珂立即向河东节度使李克用求救。李克用上表朝廷，表示支持王珂，要求赐予王珂节钺，任命他为河中节度使。而王珙转而交结李茂贞为首的关中藩镇，赢得李茂贞等三帅的支持。李茂贞伙同王行瑜、韩建表请加王珙为河中节度使，并要求将王珂迁到陕州。而昭宗则以先答应李克用为借口，拒绝了李茂贞等三帅的请求。“（王）行瑜、（韩）建及李茂贞皆为珙请，不能得，耻之。”故李茂贞、王行瑜、韩建三镇随即各将精兵数千入朝兵谏。
关于王行瑜和韩建参与武力逼宫的动因，史书上交待的很清楚：“王行瑜求尚书令不获，由是怨朝廷。畿内有八镇兵，隶左右（神策）军，邰阳镇近华州，韩建求之；良原镇近邠州，王行瑜求之。宦官曰：‘此天子禁军，何可得也！’”。看来王行瑜和韩建出兵的根本动因是他们想要兼并神策行营的外镇兵以壮大自我实力的愿望遭到了朝廷拒绝，而狂妄自大的王行瑜不切实际地求领尚书令也未得逞。且，王行瑜和韩建对控制河中这块地盘并不没有明显表示出兴趣，因此还犯不着为了河中帅位而与唐廷兵戎相见。而李茂贞则不同，除了“河中争帅”没有其他与朝廷结怨之事，他目前急于拓展地盘，为了达到干政目的可以不惜与朝廷动武。所以当三帅合力保荐王珙未果之后，李茂贞主导这次出兵逼宫的可能性最大，而王行瑜和韩建的参与是因为他们已经不可避免地与河中事务纠缠在一起，三镇此时在这个问题上只能共进退了。同年十一月，李克用兵围邠州时，穷途末路的王行瑜在城头之上泣称：“行瑜无罪，昨杀南北司大臣，是岐帅（李茂贞）将兵胁制主上，请治岐州，行瑜乞束身归朝”，一语道出李茂贞才是一系列逼宫谋废的后台导演。因此，在这次三镇逼宫的行动中，李茂贞是处于核心和领导地位的。
乾宁二年（895）五月甲子，李茂贞等三镇率军进入长安，在未遭到任何抵抗的情况下就迅速控制了大唐王朝的都城。随后，三帅奏称“南、北司互有朋党，堕紊朝政。韦昭度讨西川失策，李貉作相，不合众心，请诛之”，再次逼迫唐昭宗诛戮宰相重臣。还没等昭宗答应，李茂贞、王行瑜等就擅自在都亭驿将韦昭度和李谿处死，同时还杀死了枢密使康尚弼及宦官数人。李茂贞等藩帅擅杀执政大臣明显带有清除异己之意，根本没有把昭宗放在眼里。大唐天子的权威在藩镇野蛮干政面前丧失殆尽。
随后，李茂贞等又以“王珂、王珙嫡庶不分”为由胁迫唐昭宗收回诏命，“请以河中授（王）珙、（王）瑶，又连兵以攻河中。”唐昭宗无法，只得重新任命王珙为河中节度使，罢王珂于同州；同时以王行瑜之弟、匡国节度使王行约为陕州刺史，以控制潼关要塞，扼守关中大门，直接威胁河中。
最后，还不肯罢休的李茂贞等三帅竟然谋划要废掉昭宗，拥立吉王李保为帝，立一个完全听命于己的新皇帝。就在唐昭宗命悬一线之时，河东节度使李克用起兵南下，李茂贞等三帅不得不暂时中止废立计划，李茂贞、王行瑜各留兵二千人宿卫京师。三帅皆回镇备战。
此次以李茂贞为首的恶性干政，引发了另一强藩——河东李克用的激烈干预。在李克用沙陀劲骑的打击下，李茂贞的盟友韩建臣服，王行瑜被杀，宰相崔昭纬被罢，三镇逼宫谋废的计划也随之破产。李茂贞虽然没有与李克用发生正面冲突，但应该承认的是，他的直接利益受到打击，其凶猛的发展势头也遭到暂时压制。
四、火烧京城，舆驾播迁
经过晚唐武臣跋扈叛乱之后，唐昭宗对藩镇和神策军将均已失去信任，开始谋划宗室执掌兵权。其实早在景福二年（893），昭宗“以藩臣跋扈，天子孤弱，议以宗室典禁兵”。就已有所行动，他先后诏封扈跸都头曹诚为黔中节度使、耀德都头李铤为镇海军节度使、宣威都头孙惟晟为荆南节度使、捧日都头陈佩为岭南东道节度使，四人并同平章事。《资治通鉴》卷二五九胡三省对此注云：“时李茂贞跋扈，上以武臣难制，欲用诸王代之，故（曹）诚等四人皆加恩，解兵柄令赴镇。”而这些方镇当时均已不在唐廷的实际控制之下，故这次任命均属遥领，其实意在于解除这些禁军军将的兵权。昭宗为了建立唐王朝可以信靠的力量，转而开始信用宗室诸王。这与安史之乱唐玄宗任命诸子收复河山是基于同样的考虑。乾宁二年（895）八月，饱经兵患的昭宗自石门返回长安之后，立即着手于神策军之外，另置了安圣、捧宸、保宁、宣化等军，命宗室诸王统领，号“殿后四军”。史书记载这支力量约有“万余人”。此外，昭宗还诏命嗣延王李戒丕、嗣覃王李嗣周又各自招募数千人的队伍。昭宗让宗室诸王公开招募部队，根本考虑仍是壮大自己可以信重的力量。殿后四军与诸王部队，合计有两万人左右。这支力龟构成了唐昭宗打算重建天子权威的基本力量。这也是昭宗为代表的唐王廷对维护李姓王朝所做的最后挣扎。
如此，此时的大唐禁军就正式分为两大系统，一支是神策军，中唐以后一直为宦官统掌，成为维护皇权的重要力量。但到了晚唐，神策军受到农民起义军和藩镇军的多次打击，典军宦官各自依附强藩，导致神策军派系林立，内讧不断，加之神策军粮饷匮乏，士卒贫弱，严重影响了其战斗力，已不能担负保卫皇权的重任。另一支力量就是昭宗仿照藩镇牙军、亲军模式设置的安圣、捧宸、保宁、宣化等军，也即天子亲军。但这支力量主要是由长安市井少年组成，没有经过严格的军事训练，更没有经过战争的历练，战斗力极差，加之统领这支力量的将领是宗室诸王。他们久居深宫，没有任何指挥作战的经验。后来的史实证明，昭宗打算依靠这支临时拼凑起来的“亲军”部队来抗衡业已完成的“强藩干政体制”之下百战之余的骄兵悍将的构想从一开始就注定失败。不过，昭宗这次举动的另一意义在于，代表中央军事力量达一百五十余年之久的神策军在唐朝历史上的显赫地位也宣告终结。其中，李茂贞、韩建为代表的神策军将集团的跋扈干政是促使神策军走向没落的重要原因。
而此时的李茂贞是何作为呢？乾宁二年（895）末，“（李）克用既去，茂贞骄横如故，河西州县多为茂贞所据”。李茂贞扩张的势头仍然强劲，他不仅没有受到李克用的直接打击，还趁机依靠地缘之利抢占了王行瑜原有的地盘，将邠宁镇变为自己的属镇，并控制了河西的保大（鄜坊）、保塞（延州）诸镇。
羽翼又丰的李茂贞的政治野心并未殄灭，他“挟天子令诸侯”的梦想还在滋生。而此时昭宗的种种设想与勾画，正好成了野心家的借口。他见朝廷大肆招募筹建新军，“茂贞以为欲讨己，语多怨望，嫌隙日构”，并“勒兵扬言欲诣阙讼冤”。京师再次陷入极度恐慌之中，百姓们纷纷逃匿山谷以躲避战祸。昭宗急命通王李滋及覃王李嗣周分别统领京城各军守卫近畿，延王李戒丕则率新军主力进屯三桥，以备李茂贞。
面对朝廷的备战，李茂贞更有了口实，借此上表声称“延王无故称兵讨臣，臣今勒兵入朝请罪”。乾宁三年（896）六月，李克用与朱全忠为争夺河北而在魏博地区发生激战，无暇西顾。李茂贞趁机于六月丙寅引兵进逼京畿。覃王李嗣周率领新组建的禁军与李茂贞在娄馆（今陕西兴平西）发生激战，官军败绩。岐军顺利地击溃中央新军，进抵京郊。唐昭宗慌忙遣使向李克用告急求救，但毕竟远水解不了近渴。此时，延王戒丕上言：“今关中藩镇无可依者，不若自鄜州济河，幸太原”。昭宗只得逃往太原，再次舆驾播迁，又一次吞下了制衡强藩失败的苦果。昭宗的此次出幸，也是自安史之乱之后唐廷勾画的“关中藩镇制衡格局”的最终失败。
