在大批卢西塔尼西亚传教士们的支持下，中国传教区中广泛使用葡萄牙语的习惯，一直维持到中国早期耶稣会传教区末期。教会的语言拉丁语在口语交往中似乎成了一种“死语言”。当时不同国家耶稣会士们之间的交往都用葡萄牙语。继使用葡萄牙语的阶段之后，传教士们才开始大量使用拉丁语。拉丁文本来只用于向罗马教廷，耶稣会总会和欧洲某些国家宫廷在写报告时，才被入华耶稣会士们使用。拉丁文从16世纪起，便具有了一种“法律”特征。如利玛窦便用意大利人致信耶稣会总会长阿瓜维瓦（Acquaviva），而又用葡萄牙文致信范礼安（Alexandrevilignano，1539-1606年）。他有关中国的年度书简却于事后被从意大利文译成拉丁文，然后便以《年度书简》（LetteraeAnnuae）的标题在欧洲天主教国家中发行。在华民（N·Longobardo，1565-1655年）的书简集《中华大帝国新观》（RecentissimadeamplissimoRegnoChinae）于1598年用拉丁文出版，它只于1601年出版过一个法译本，从未出版过佛拉芒文本和德文本，甚至在安特卫普也是直接用拉丁文所制。
另外还有一个谜，即利玛窦的《基督教远征中国史》是利氏用意大利文写成的，金民阁却拒绝用意大利文出版此书，而是将它翻译、修订并润色为拉丁文和法间本出版。这一方面可能为了荷兰的佛拉芒语和莱茵河流域的日耳曼人知识大众阅读，但其中也很有可能是利玛窦的意大利文本并不令人满意。正如石省三所指出的那样：
金尼阁在翻译和刊布利玛窦的日记时，明显提高了这部着作的文学质量。事实上，利玛窦是于1608年开始撰写其日记的，也就是在他离开意大利的30年之后，因而他很久以来就不使用其母语了。
此外，17世纪中国传教区的一部基础着作——有柏应理（P·Couplet，1624-1693年）、恩理格（C·Herdtrich，1625-1684年）和殷铎泽（F·Intorcetta，1626-1996年）所着的《中国的哲家孔夫子》（1762年）也是用拉丁文写成的，它是供欧洲学术界阅读的。其法文译本的标题改为《中国的科学或孔夫子的书》（1688年）。但在这个时代，拉丁文在中国传教区中替代葡萄牙而占据了优势。
到18世纪时，拉丁文在中国传教区中的统治地位被动摇了，法语的地位骤升。这既与来自意大利和中欧的传教士人数的减少有关，又与在欧洲掀起的“中国热”高潮有关。
法国入华耶稣会士的人数在开始时很少。操法语的两位早期入华耶稣会士之一金尼阁实际上是佛拉芒人，当时该地区尚隶属于西班牙国王；罗历山（AlexandredeRhode，1593-1660年）是犹太人血统，当时的阿维尼翁人，是教皇的公民，而不是法国国王的臣民。法国传教士在中国的存在，是以法国国王路易十四向远东派遣的科学传教区而开始的。在“启蒙时代”，大部分法国入华耶稣会士们的作品都是采用布瓦洛语（NicolasBoileau-Despreaux，1636-1711年，古典语言原则的坚持者）和沃热拉（ClaudeFavreSeigneurdeVaugelas，1585-1650年，语法学家，上流社会文学语言标准化的倡导者）式的古典式雅语。
法国入华耶稣会士们的着作，在路易十四时代，与中国礼仪使争密切相关，并且还得到了迅速发展。李明的《中国现势新志》（1696年）、《耶稣会士书简集》（34卷，1702-1776年）、《中华帝国全志》（4卷，1735年）、宋君荣的《成吉思汗及其中国的继承人大清王朝史》（1728年）、冯秉正的《中国通史》（1777-1785年）等，都是法国入华耶稣会士们的代表作，也是西方汉学的奠基性着作，更是中西文化交流的先驱性着作。所以，17-18世纪，“法国现象”似乎是成了入华耶稣会士们的一大特征。事实上，此时的欧洲的在华传教区，根据其所使用的语言而分成了两派。以法国入华耶稣会士为主的北京北堂的耶稣会士们，几乎只用法语写作，而且也不再经里斯本的海路来入华了，他们甚至还在设法开辟途经莫斯科的陆路与欧洲联系。以葡萄牙人为主的东堂耶稣会士则主要是使用葡萄牙语。入华传教士们的墓地也因语言不同而分成了3个墓园。“葡萄牙墓园”即为北京栅栏墓园，尽管此地原来是由明朝皇帝赐葬意大利传教士利玛窦的。法国传教士的“墓园”便设在京师西郊的正福寺。意大利墓园则位于距葡萄牙墓园一街之隔的地方。
语言、着作、教堂、墓园，这一切都反映了欧洲不同国家入华耶稣会士们之间的竞争。
由于多种原因，法国在中国耶稣会传教区中形成了一个显着的例外。法国进入中国舞台似乎较晚了。1664年，由于法国创建了欧洲的第4个东印度公司——法国东印度公司，它才派遣船舶赴广州。在路易十四执政之前，远东几乎没有法国耶稣会士的身影。但到17世纪下半叶，法国入华耶稣会士却突然间大量增加，达到68名，甚至超过了同时代葡萄牙入华耶稣会士的数量。从路易十四的整个执政期到奥尔良公爵摄政期（1715-1723），在中国呈现了一个“法国传教区的时代”。从路易十五（1715-1774）时期到“启蒙时代”之末，法国入华耶稣会士的数量，略高于17世纪初叶。
这其中的一个重要原因，是由于路易十四的财务总监和国务大臣柯尔贝尔（Jean-Bapti-steColbert，1619-1685年）曾想让入华耶稣会士们把他们的天文、地图、水利和欧洲之外文明的知识，充作一种联络媒介。当柯尔贝尔于1684年逝世后，耶稣会士们被派往中国，是为了在那里从事天文观察，以补充法国科学院在法国的完成的观察成果。正是为此目的，克莱芒学院的数学教授洪若翰（JeandeFontaney，1643-1710年），被路易十四的陆军大臣卢瓦侯爵（MarquisdeLoucvois，1639-1691年）选中，被派往暹罗与中国去充任法国国王的代表。他于1685年3月3日乘“猎禽”号船从布雷斯特出发。同行者有白晋（J·Bouvet，1656-1730年）、刘应（C·visdelou，1656-1737年）、张诚（J·F-Gerbillo，1604-1707年）、李明（L·-D·LeComte，1655-1728年），这就是着名的六位“国王的数学家耶稣会士”。他们于1688年2月8日到达北京，受到康熙皇帝的召对。康熙留下了张诚与白晋留在自己身边工作，让其他人自由地去各地布道。1693年，清朝皇帝派遣白晋赴巴黎以携归新的传教士。在此之前，由柯尔贝尔于1664年创建的法国东印度公司未曾派遣过任何船舶赴中国，当时法国东印度公司的经理儒尔丹便购买了安菲特利特商船（Amphitrite，海神号），托名法国国王的钦差御船，于1699年3月6日自拉罗歇尔港口出发。白晋带去了8位教友，包括雷孝思，马若瑟和巴多明等人，于1699年10月5日到达广州港，这是法国派往中国的第一艘商船。安菲特利特号船于1701年3月7日自路易港二航中国时，又带去9名耶稣会士。法官船驶华，是对葡萄牙“保教权”的一种挑战，路易十四成了敢于公开无视这种“保教权”的天主教君主。这就使法葡之间的关系日趋紧张。从1700年1月3日起，耶稣会总会长贡萨雷斯（ThyrseGonzalez）将副省会长的权力交给了法国耶稣会士张诚，以管理所有在华的法国耶稣会士。从此之后法国在华耶稣会传教区与葡萄牙在华传教区彻底分离了。
在依纳爵·罗耀拉于1556年7月31日逝世时，耶稣会共包括1000多名会士。可是到1580年左右，耶稣会士的人数已过5000人，到1615年，其人数已经猛涨到13000多人。
耶稣会的这种迅速发展，是在埃维拉尔·麦尔库里安（EverardMercurian）任总会长期间，通过“两条道路”派遣巡案使而促成的。一路是派巡按使若望·德·拉·普拉扎（JuandeLaPlaza），去巡视葡萄牙在拉美行使“保教权”的地区墨西哥和秘鲁，另一路是派遣范礼安（Alexandrevalignano）赴亚洲葡萄牙的“保教权”地区巡视。范礼安在一次巡视中，就带去40名耶稣会士。在1580-1773年解散耶稣会为止，在所有定期航线上的葡萄牙船舶中，都会运载耶稣会士。所以，从16世纪末直到18世纪末，有三分之一的耶稣会士为葡萄牙人。葡萄牙航船载运到远东的两大名人，其一是方济各·沙勿略，客死于上川岛；其二就是《卢西塔尼亚之歌》（Lusiades）的作者卡蒙斯（LuisdeCamoens，1524-1580年），被载至澳门。早期葡萄牙定期航班船舶运往远东的传教士，有半数停留在印度。但随着中国大陆和澳门传教区的发展，印度逐渐仅仅变成了赴中国、日本、满剌加和马鲁古群岛的传教士们的一个主要转运站。但继17世纪的前三分之一年代之后，由于荷兰人的存在，葡萄牙船舶渡过满剌加海峡变得很危险了，澳门便形成了葡萄牙定期航班的终点站。
葡萄牙的贝拉省（Beira）是三分之一以上葡萄牙耶稣会士们的故乡，甚至在16-18世纪期间还在逐渐增加。这主要是由于天主教改革的重镇——科英布拉（Coimbre）大学的存在。科英布拉大学自1537年起，由里斯本迁至科因布拉之后，那里便成了葡萄牙的文化中心。耶稣会士们在乘船出发之前，都要在那里度过1～2年的学习时间。
里斯本是四分之一的葡萄牙耶稣会士的故乡，因为卢西塔尼亚的这个大港口是赴远方的传教士们的最大必经港口。他们有时要在那里等待数月，及至数年才能轮到在出航的葡萄牙船上得到一个舱位。葡萄牙各地或中欧的传教士们，也都经陆路或海路到达那里，以等待合适时机出发。耶稣会被解散后，耶稣会士们又曾被关押在那里的阿儒达堡监狱中。
随着葡萄牙的衰落，大西洋中的小岛马德拉和亚速尔，又为中国传教区转运来了多名耶稣会士，如鄂本笃等人。
在葡萄牙与西班牙两国合并期间（1580-1640），西班牙入华耶稣会士的人数还比较多。但从总体上讲，西班牙耶稣会士在中国传教区中只占5％的比例。但自麦哲论于1521年发现菲律宾之后，马尼拉既成了耶稣会士们的一个避难中心，又是一个挑起争议的策源地。在中国和日本受教案牵涉的传教士们都前往那里避难。1619年，在那里创建了圣多默教皇大学，它始终反对耶稣会士们对中国的“文化适应”政策，并极力挑起各修会之间的纠纷。
意大利入华耶稣会士们有一个光辉的开端，他们曾通过里斯本而向中国派遣了100多名耶稣会士，于16世纪末是从利玛窦到卫匡国。17世纪上半叶，是意大利中国传教区的鼎盛时代。当时意大利的入华耶稣会士主要来自该岛的西北地区。
