专家们说三星堆的事“说出来要吓死人”，还有人说“三星堆毁于一场大洪水”。然而，它尚有许多未解之谜。
会发现新祭祀坑吗？古时祭祀坑多为五个一起出现。在三星堆发现的两个坑若确实为祭祀用坑的话，还会有第三、第四、第五个坑被发现吗？会有历史更古久、更精美、更令今人难以理解的文物出土吗？
为什么有文明却没文字？三星堆古蜀已建立了城市，产生了高度发达的青铜器，并有了大型的宗教祭祀场所，这些都是早期国家产生的标志因素，但出土物中没有可称得上文字的符号——铭文！真难以想象在没有文字的社会环境中，古代蜀族居然能创造那样高水平的物质文明。
青铜人面像的原型是什么？三星堆的奇异人物造型，如纵目人面像，很容易就让人联想到古代神话中的“千里眼，顺风耳”形象，这会是天外来客的外形吗？或者这些东西是用于天人相通的器物？或者它们就是天外来客的遗存物？
国之重器为何先毁再埋？玉、石器主要堆积在东北角。尤其是玉璋和戈，在出土的器物上都有被火烧烟熏的痕迹。许多变形、残损的铜器、玉石器，除一部分是由于在填土过程中打夯挤压所致外，有的是被火烧坏，还有大部分是入坑前当时人们在进行某种活动时而损毁：如有的铜器一侧或一端烧变形呈半熔化状态；有的玉石器被打碎，出土时残断部分位于坑内不同部位，有的甚至分为五处；有的折为两段而重叠在一起，有的器物端刃或柄残断了，发掘时将填土进行筛过，也未发现残缺部分。这种情况，显然是器物在入坑前就残损了。那么，为什么人们要将一件件国之重器先破坏再埋掉？
炼铜的铅矿从哪里来？将出土青铜器进行检测，在所有的样品中均未发现锌的存在。自然界中单一的铅矿很少，铅和锌往往是伴生在一起的，冶炼铅常用的矿石也称为铅锌矿。因此在使用了铅的合金中，往往都会发现微量锌的存在。而在三星堆青铜器的成分分析结果是：微量锌是不存在的，在全部样品中未发现锌的踪迹。这表明：蜀人用来冶炼青铜的铅矿可能不是通常使用的铅锌矿，而是无锌伴生的铅矿。这与同一时期中原地区冶炼青铜的原料之一——铅矿的产地是不相同的。但这样的铅矿在四川没有被发现，古蜀人如何能得到它？
