梁启超在日本中国学研究领域的出色表演只是昙花一现，其注意力很快转向政论与政务，民国以后，更长期从政，直到1917年退出政坛。而且此后虽声言专注于学术文化，毕竟不能不时时分心于腐恶不堪的政治。但10年之间，他挟昔日文笔风行海内的余威，写作出版了大量学术著作，又担任清华国学研究院导师，成为享盛名于时的“大师”级学者。
在此期间，日本东西两京学派并立之势早已形成，人才辈出，著述不断，尤其是京都的中国学研究，在中国学者如王国维、陈垣、胡适、陈寅恪等人看来，成为巴黎之外国际汉学界的又一中心。由于内藤虎次郎、狩野直喜等人倡导按照中国当代学者同样的观念方法治中国学，京都学派与中国新旧各派学者的联系交往十分广泛，尤其看重旧学功底深厚，又能把握近代新法，创获极多的王国维。而较早关注近代日本中国研究的梁启超，在治学领域相互接近的情况下，与日本学者的关系反倒呈现日益疏离之势。
胡适在梁启超逝世后为其撰写挽联时于日记中记述缘由，有一段盖棺论定的评语：“任公才高而不得有统系的训练，好学而不得良师益友，入世太早，成名太速，自任太多，故他的影响甚大而自身的成就甚微。”以至一生的著作没有一篇一书最可传世不朽。勉强举出的新民说，又并非学术著作。若仅就学术贡献立论，这一评价不算苛刻。尽管胡适本人后来也不免重蹈覆辙。
民国时期海内外的中国研究，受欧美科学主义以及巴黎学派汉学的影响，重视专精的考据（至少须以此为基础），鄙夷空泛而弘廓的综合。这恰好是梁启超的短处。他治学论世，大抵靠聪明悟性。其师承以中国学术大道而论，可谓偏而不正。少年时曾在学海堂学习训诂辞章，这里虽然是江南学术正宗的别所，影响了晚清岭南乃至京师的学风，但到梁启超入学时已经开始显出由盛而衰之势，学生中足以名家者几无一人，所谓“东塾弟子遍粤中，各得一体，无甚杰出者”。而且两年后梁即退出学海堂，改从康有为问学，更加受到语多妖妄的今文经学影响。
历来今文学流风所被，即多文士而少学者，包括魏源等人的边疆史地著作，也都不入正道。尽管流亡日本后梁启超对康有为的伪经改制之说已渐生疑而绝口不谈，但长期鼓动舆论还是令其善于言论的文学与思想特性过度发挥，而治学所必需的严谨与周密相应减少。政坛抽身后，他仍以办报的风格治学，号博约而实粗疏，往往凭记忆著述，下笔千言，虽然不至于凿空逞臆，离题万里，却难免漏洞百出。“晚年讲学，尤好揣摩风气，儒墨汉宋，佛老科玄，时时改易。前之以识见文字转移一代风气者，卒乃行文之末，亦随人为转移。”以至人们“悼惜梁氏，益叹先哲学必立本之义为不可易也”。其无精深研究而欲多产，常将前人成果与本人发明相混淆，名为著述，实则抄撮。这不能不引起学风精细而且极重发明权的日本学者的反感和批评。
梁启超的著作，较早译成日文的有《清代学术概论》和《中国历史研究法》，一在其生前，一在身后。此外，其字数以千万计的著述极少得到日本学术界的正面反应。而可以查到的有数回响又多为严厉的批评。1921年《清代学术概论》出版，虽然次年即分别由渡边秀方、桥川时雄译成日文，发行之际传媒颇加赞誉，但日本学术界实际上反应平平，极其重视清代学术的京都学派在相关著述中甚少引及此书。据吉川幸次郎称，20世纪20年代求学于京都大学时，也很少听先生们在讲课中提到梁启超。个中玄机或许可从中国学者差异悬殊的评价里领略一二。提过修改意见的胡适认为甚好，是只有梁才能作的“聪明的著述”。傅斯年则认为“太糟，就是梁氏太无学问，只以滑头的手段去作著述家，要知人外有人，人人不尽可欺的”。胡朴安总结《民国十二年国学之趋势》，也针对此书，“首先不承认梁启超在学术界上有相当之位置”，只是“言辨记博”，“利用各种学说，以为猎取功名之具”。
1922年《中国历史研究法》出版，在日本却反响不小。田中萃一郎在当年4月的《史学》第1卷第3号发表短评，称此书问世为学界可喜之事，第二、四、五等三章具有为研究中国史者必读的价值，对末章所说治史不必拘泥于个别事实，当达观大势以明因果关系的主张则不以为然，尤其对史料一章错认居庸关六体佛经石刻和莫高窟六体刻文之事提出批评。随后桑原骘藏应冈崎文夫之请，在同年《支那学》第2卷第12号发表长篇评论《梁启超氏の“中国历史研究法”を读む》。桑原骘藏是典型的欧洲科学主义者，在京都学派中，其风格较接近东京的东洋学派，因而赞成梁启超“本欧美的史学研究法，倡革新中国史学的急务”的主张，声称作为学者的梁氏，“在现今的中国，很可以自成一家”，尤其欣赏其批评中国旧史的最大缺陷在于非科学的见解，甚至在以史料详略来衡量旧史的优劣方面也引梁为同调。在坚持分析的基础上，桑原骘藏同样主张加强综合，因而总体上认为此书立论还妥当，指摘也得要领，若干地方可见其“见识之非凡拔俗”。但接下去一连列举的八条批评，尤其是后四条与中西交通史相关的史实错误，指责梁氏引论西书而未读原著，导致“误谬满幅”；据以立论的所谓学者意见，当为与世界学术界毫无关系，不合时宜的旧式金石学者之见等。这种肆无忌惮的批评，恐怕真会如作者所说，令梁启超“耳痛”的。
同年11月，石滨纯太郎在《支那学》第3卷第2号发表《西夏学小记续》，再度将梁启超错认居庸关六体佛经石刻和莫高窟六体刻文之事牵出，并引田中萃一郎、桑原骘藏的批评作为支撑，一时间在中日两国学术界引起小小震动。桑原骘藏的评论先由章士钊在《甲寅》第1卷第34号“孤桐杂志”摘要介绍，后《现代评论》第2卷第49、50期又连载了魏建功（署名天行）的全译文。几年后王森然撰写梁氏评传，还称桑原骘藏批评其《中国历史研究法》于时间、译名、地点、人物均误，辨正甚多。其实桑原骘藏内心虽极不以此书为然，文中还略有褒意，认为作为历史研究法虽无新意，所举中国史范例则应参考，所予正误主要也不在中国本部之事。
桑原骘藏在京都学派里中国情结相对较淡，同时代的中国学者中，他与陈垣的共鸣最多，而与梁启超的风格相去甚远，且生性好与人争胜。据说他对发自良心的纯学术作品的批评尚属温情，而对随意涂写的刊行物则态度严厉。他以己之长攻梁氏之短，的确击中要害。不过，桑原骘藏大批梁著，与梁启超在书中对日本学术界出言不逊不无关系。对于曾经将日本中国研究的长老新进一齐骂倒的章炳麟，桑原骘藏也乘机报复，指为“炫着半生半熟的新知识，致招学者之讥”。梁认为研究中国史须参考外国的记录，但只注意阿拉伯和欧洲，却排斥日本，声称：“若日本则自文化系统上论，五十年前，尚纯为我附庸，其著述之能匡稗我者甚稀也。”桑原骘藏指此说太可笑，主张治唐以后历史必须参照朝鲜和日本资料。
尤其令桑原骘藏不满的，是梁接下来斥责日本“坊间之‘东洋史’、‘支那史’等书，累累充架，率皆卤莽蔑裂，不值一盼。而现今我国学校通用之国史教科书，乃率皆裨贩译之以充数，真国民莫大之耻也”。对于当时在国际学术界评价甚高的日本中国学这样简单地一笔抹杀，与实际情形刚好相反，而不仅是武断。桑原骘藏将20年前在《东籍月旦》中称赞日本东洋史研究的梁启超与现在作一对比，惊讶其变化之大，怀疑政治上由亲日转为排日的梁氏，在学问上也排斥日本。他指出梁启超并不了解日本学术界的实情，举日本关于唐宋中外贸易研究的深入等事，说明其因忽略日本学术界的研究成果而导致的失误，奉劝梁氏以后须留意日本学界的进展。
护国战争前后，梁启超的对日态度确有一百八十度逆转，是否影响及于学术见解，有待详究。而桑原骘藏的批评显然对梁启超产生了冲击作用，后来再版《中国历史研究法》时，即删除了对日本学术界的偏颇指摘。1922年9月他作《大乘起信论考证》，从《宗粹》、《佛书研究》、《宗教界》、《佛教学》、《哲学杂志》等刊物及专书上“搜而遍读”松本文三郎、望月信亨、村上专精、常盘大定、羽溪了谛等人的著述，凡数十万言，并以这一佛学界的空前大发明“乃让诸彼都人士，是知治学须方法，不然则熟视无睹”。还由此“一段公案，未尝不惊叹彼都学者用力之勤，而深觉此种方法若能应用之以整理《全藏》，则其中可以新发见之殖民地盖不知凡几”。
梁启超治佛学，多本日文《八宗纲要》、《佛宗纲领》等书，而罕有注出。有人说他绝不征引日本学者的著作，“看不起是一种原因，读不懂恐怕是更重要的原因”。这次虽然自称开始只想辑译日本学者的成说介绍于中国学界，既而参考各书，往往别有发明，才重行组织，不异新构，仍未一一标明出处。但能于序言中详细说明所本，在梁启超已是异例。梁氏私人藏书中有日文书300余部，其中关于佛教者三分居一。
1923年4月，他应《清华周刊》之请，凭记忆开列《国学入门书要目》并略述其读法，于“政治史及其他文献学书类”一栏中也特意列出稻叶岩吉的《清朝全史》，认为尚可读。揣度其意，当是间接回应桑原骘藏的批评，既有所改正，又借以辩解。不过，与20年前相较，梁启超对日本学术界的认识的确大为退步，尤其与后者日新月异的发展以及同时代中国学者的了解程度相比，反差更为明显。稻叶岩吉的著作初版于1914年，此后日本中国学界佳作迭出，早已不是这部10年前的旧著所能代表。
田中萃一郎、桑原骘藏等人的批评似乎为日本学术界的梁启超学术观定下基调，后来人看其著述，往往有正误纠谬的先入之见。1927年清华国学研究院编辑的《国学论丛》发刊，仓石武四郎在《支那学》第4卷第3号（1927年10月）予以评介。在日本学者看来，当时北京的国学研究有三个中心，即北大、师大和清华。创刊于1924年的《清华学报》上发表过不少重要的研究报告，引起重视。1925年开办清华国学研究院，聘请王国维、梁启超等知名学者为导师，更加受到国内外学术界的广泛关注。《国学论丛》为该院正式刊物，由梁启超主编，自然为域外同好所瞩目。创刊号所载，主要是毕业生（其中多为梁启超的弟子）的精选论文和王国维、梁启超两位导师的文章。仓石武四郎对陆侃如、吴其昌、卫聚贤、陈守实、谢国桢等学生的论文评价甚高，认为搜材取舍绵密精富，且有分析结论，西式汉学研究风格明显。却唯独对卷首梁先生的《王阳明知行合一之教》颇有微词，怀疑梁以通俗演讲聊以应付，声称仅此一点总觉得应当加以整顿才是。1938年小长谷达吉将《中国历史研究法》译成日文，于序言中虽然称梁启超作为政治家和学者在近代中国都是第一流，仍指出此书对日本和欧美东洋研究的意见陈旧而偏颇，特别是完全不提日本的东洋学及其学者的贡献。
