由于叛徒的出卖，陈独秀1932年10月于上海被国民党捕获，随即被解往南京。能抓到“共匪”首领，让国民党当局惊喜万分。国民党先是劝诱陈独秀，未成，乃决定审判陈独秀。作为曾经新文化运动的领袖，陈独秀的名气实在太大，就是国民党内都有不少同情、欣赏他的人。蒋介石经过考虑，为在社会上给政府立一个公平公正的形象，决定将陈独秀由军事法庭移交地方法院公开审判。
与此同时，陈独秀在狱中，认真研读了孙中山的三民主义和国民党的党义和相关法律，准备于法庭上从容应对。
1933年3月底，法院以“危害民国罪”正式对陈独秀提起了公诉。起诉书上说：
中国共产党首领陈独秀等，上年十月间被上海公安局捕获，解送南京军政部军法司。嗣称由司法行政部交江苏高等法院审理，经检察官监察结果，提起公文摘比照录起诉书原文如左：
……被告陈独秀，系安徽怀宁人。初在日本东京大学读书。查被告为中国共产党左派反对派中央党务委员首席（以下简称反对派），是为一党之主脑。其个人行动及发表之反动文件，应负责任，固无论矣，即以中央反对派名义刊行之反动传单宣言书，及其指挥之行动，亦应由其完全负责。……
一面借口外交，竭力宣传共产主义，一面对于国民党政府冷嘲热讽，肆意攻击，综其要旨，则谓国民党政府威信扫地，不能领导群众，应由其领导农工及无产阶级等，以武装暴动，组织农工军，设立苏维埃政权，推翻国民政府，由无产阶级专政。并欲打倒资本家，没收土地，分配贫农。其言词背谬，显欲破坏中国经济组织，政治组织……竟目三民主义为反动主义，并主张第三次革命，坚决扫荡国民党政府，以革命民众政权，代替国民党政权，其意在危害民国，已昭然若揭。惟查共产党进行之程序，原有组织团体，宣传主义，武装暴动，设立苏维埃政权等各阶段。查核被告所为，仅只共产主义之宣传，尚未达到暴动程序。然危害民国为目的，集会组织团体，并以文字为叛国宣传，则证凭确实，自应令其负责。
消息传开，诸多律师纷纷自荐愿意给陈独秀做免费的辩护律师。陈独秀自信能在法庭上开脱罪责，觉得不用请辩护律师，直到老友章士钊前来愿做辩护律师，他才碍于老友情面，决定让章作为自己的辩护律师。
审判的日子终于到来。1933年4月14日，南京江宁地方法院，对陈独秀的审判正式开始。
开庭后，先是千篇一律的问姓名、籍贯等程序性的问话。在这问话的过程中，与审判长的刻板和谨慎形成鲜明对比的是，陈独秀虽鬓发灰白，但精气神饱满，用他那淡定的眼神环视着审判长和前来旁听的人们，仿佛将这里当作他当年慷慨激昂宣讲的大学讲台。
审判长问道：“陈独秀，你们为何要打倒国民党？”
这是陈独秀早就准备好答案的问题，他似乎早被前面无聊冗长的问题憋得受不了了，于是就此问题开始了自己的激昂回答：
“这是事实，我不否认。至于理由，可以分三点，简单说明之：（一）现在国民党政治是刺刀政治，人民既无发言权，即党员恐亦无发言权，不合民主政治原则；（二）中国人已穷至极点，军阀官僚只知集中金钱，存放于帝国主义银行，人民则苦到无饭吃，此为高丽亡国时的现象；（三）全国人民主张抗日，政府则步步退让。十九路军在上海抵抗，政府不接济。至所谓长期抵抗，只是‘长期抵抗’四个字，始终还是不抵抗。根据以上三点，人民即有反抗此违背民主主义与无民权实质政府之义务。”
陈独秀的一番陈词，令审判长悻悻然。
这是陈独秀在江宁地方法院第一天与审判长的对峙。
4月15日的审判，因为审判长借一些指控证据还未到，要延期审判而草草结束。
4月20日，审判继续。
这天从各地赶来旁听的人几乎挤爆了法院，没有领到旁听证的人，将法院门前堵了个严严实实。
审判长见此情形，一开庭即宣告：因本案涉事庞杂，故延至今日继续审理，希望各界莅庭人士谨守法庭秩序，莫有夸张之言行。
在走完了程序性的东西之后，检察官开始了控告阐述：
“本案被告陈独秀……民国九年加入共产党，十一年任秘书职，十六年清共，共党失败，因他工作无成绩，致被开除总秘书长职，十八年因倾向托洛茨基，被开除党籍。……查被告之被开除，是被斯大林派开除，并非完全脱离共产党。……被告负有两个责任：（一）组织左派反对派，他是主脑，所以无论宣传命令，他都要负责，被告个人之言论著述，当然亦要负责。（二）宣传部分，他们有一个系统，向一个目标进行，著作很多，被告当然亦要负责。……以上之内容，均利用外交，攻击国民政府，使国府威信堕地，不能领导群众，应由其领导农工及无产阶级，与以武装暴动组织农工军，促立苏维埃政权，推翻国民政府，由无产阶级专政，并欲打倒资本家，没收土地，分配贫农，破坏政治及经济组织，故为危害民国，毫无疑义。综纳被告之主张，共有四阶段：（一）组织团队；（二）宣传；（三）武装暴动；（四）无产阶级专政。但是被告之行为，在第二阶段中至第三阶段，现在还办不到。综合所述，被告实犯危害民国紧急治罪法第六条及第二条及第二款。”
检察官阐述毕，审判长问陈独秀：“你是否还有抗辩？”
控方的指控都在陈独秀的意料之中，这些指控在他看来都是胡说，他当然要抗辩。他取出了在狱中撰写好的辩诉状，又开始了他的“讲坛”。
他先历数数代中国人的努力奋斗都旨在使国富民强，但如今国民党政府，对内凶残，连年混战，对外却软弱无力，采取不抵抗政策，实在有违华族精神。国民党利用强权剥夺了他们五四时期挣来的人民权利，用刺刀来威胁灭杀人民的言论自由，将辛亥先贤建立起来的共和国变成了国民党的“党国”。要说危害民国最大者，即国民党也！而反对国民党，推翻国民党政府才是真的爱中华民国。
在进行了以上淋漓尽致的抗辩后，他最后将矛头直指指控自己的“危害民国罪”。
他说：“若谓反对政府即为危害民国，此种逻辑难免为世人耻笑。孙中山、黄兴曾反对满清和袁世凯，而后者曾斥孙、黄为国贼，岂笃论乎？故认为反对政府即为叛国，则孙、黄已二次叛国矣，此荒谬绝伦也！”
陈独秀的条分缕析字字在理，句句合情，驳斥了国民党将中华民国与自身混而为一的无耻，众人不由为之叫好。
审判长顿时陷入尴尬，无言以对。陈独秀则置之不理，依然慷慨陈词。审判长虽然如坐针毡，但也只得假装姿态，摆出听辩之态。
接下来是辩护律师的辩护。章士钊先是说明陈独秀的所作所为只限于思想和言论的范畴，而没有涉及“行为”，根本不触犯紧急治罪法。继而他重申了陈独秀辩诉里的国家和政府的阐述：“国家与主持国家之机关（即政府）或人物，既截然不同范畴，因而攻击机关或人物之言论，遽断为危及国家，于逻辑无取，即于法理不当。”最后，章士钊为了替陈独秀推脱，辩护的时候采取了一些策略，比如说陈独秀脱离共产党，使共产党少了一股力量，恰恰从一定程度上帮了国民党的忙。
虽知道是好友的好意，但这最后的策略性辩护引起了陈独秀的强烈不满，他不愿意因此而亵渎自己的信仰，他待律师辩护完毕立刻起身表示，说章士钊的辩护是他的个人意见，不能代表自己的意见，辩护的根据应以自己的为准。
这一下，法官和旁听的人都惊呆了。
陈独秀的气节和人格彻底征服了所有的人，包括为朋友煞费苦心而现在却付之东流的章士钊。
这一次公审本来是国民政府一场胜利的大审判，却不料成了陈独秀的宣讲台，成了他一生人格魅力展示的最高峰。
又经过几天的审理，16日法院以“叛国罪”宣告判处陈独秀有期徒刑13年，剥夺公民权利15年。
陈独秀听完马上站起来气愤地说：“本人乃叛国民党，并非叛国，以此不公之裁判强加于人，吾等定会上诉，以明是非。”遂提起上诉。
1934年7月，最高院以“以文字为叛国之宣传”判处陈独秀有期徒刑8年。这是最终的判决。
