1927年5月开始，闻一多经常参加新月社的聚会。徐志摩在上海筹建新月书店，打算出一刊《新月》杂志。闻一多买了书店的一支大股，书店开张时，他还特意绘制了“一个女人骑在新月上看书”作为开幕纪念册的封面。
当年7月，上海的《时事新报？学灯》刊登了闻一多的论文《诗经的性欲观》，在学术界引起不小轰动，武汉大学向闻一多发来聘书，请他担任中文系教授兼学长。1928年9月，闻一多终于实现了他年少时的梦想，站在文学的讲坛上分享他多年来的心得。
为了这份工作，他几乎放弃了诗歌绘画，把所有精力都投入到中国古代文学的教研工作去。除了讲课外，他在杜甫和庄子的研究上下了很大的功夫，收集大量素材，写出了几篇不同凡响的论文来。可惜的是，他在任职的第二年，又陷入了学校人事矛盾的苦恼里，派系斗争愈加激烈，竟然有人煽动学生不去听闻一多的课。悲愤交加的闻一多干脆贴出告示，表明自己对这个职位如“鹓雏之视腐鼠”，宣告辞职。
辞去武汉大学工作的闻一多，再次来到上海，与朋友聚集。梁实秋的朋友杨振声正奉南京政府的派遣筹建青岛大学，于是便请他们去青岛大学任教。他们经过考察，认为青岛是个宜人的好地方，接受了聘请，闻一多担任中文系主任兼教授，梁实秋担任外语系主任兼图书馆馆长。
在青岛大学，闻一多大胆创新，开设了“中国文学史”、“唐诗”、“名著选读”、“英诗入门”等课程，同时对《楚辞》、《庄子》等中国古代文学深入研究，取得了很大的成果。他不仅继承了清代文人运用音韵训诂的治学方法去研究《诗经》，还借鉴西方科学方法去解剖、诠释，对现代《诗经》研究做出了突出的贡献。梁实秋称赞他“指示出一个崭新的研究方法”，说他的论文是“划时代的作品”。在此期间，他还挖掘与培养文学人才，对于一个语文得了98分，数学却是鸭蛋的学生，他坚持破格录取，这名学生最终成了著名的诗人，就是臧克家。
好景不长，青岛大学也出现了人事斗争和学潮。1930年11月，学校发现有一批学生报考本校时用的是假文凭，决定全部取消他们的学籍。全校学生罢课，表示抗议，教务长潘道光打电话找警察来维持秩序，并将一半的学生开除，此事算平息。然而一年后，潘道光将找警察一事推到闻一多身上，导致他成了学生们的攻击对象。1931年9月，学生响应北京学潮，又发生了一次闹学，不仅在本地游行，还一批批地要去南京请愿。10月，青岛大学成立了反日救国会，179名大学生不顾老师的反对坚决南下请愿，强行爬上火车，强迫司机开往南京。
南京政府要求青岛大学采取措施，阻止学生来请愿。闻一多作为学校的重要领导之一，也认为这种行为不能容忍，建议开除为首的学生。结果闹学潮扩大，学生都把矛头对准闻一多，学校的一些教员也怪他处置此事不当。
一波未平一波又起，青岛大学学生又因对《青岛大学学则》里的条例不满，第三次大规模的闹学潮又起，把学校领导闹得疲惫不堪。杨振声校长主动向教育部请辞，学校陷入了无人管理的地步，最终教育部干脆下令把学校解散了。
1932年，闻一多受聘为清华大学中文系教授，又回到了他熟悉的北京。回到清华，他吸取曾经的教训，决定向内发展，不从事政治和社会活动，不担任行政领导一类的工作，关起门来埋头读书，做学问，搞研究。他很清楚自己担任清华大学教授是破格的，这所高校特别看重资历，而他既不是中文或者中文相关专业毕业的，又没硕士、博士学衔（留美时学的是美术，美术专业没硕士、博士学衔），因此非下苦功夫不可。
在清华任教期间，是闻一多的文学研究硕果累累的时期。他策划了一项宏伟的工程，打算用5年的时间编写一部《诗经字典》，注明每个字的古音、古义、古形体，由于抗日战争爆发，这部伟作没能完成。闻一多深入研究《诗经》，还间接研究了战国以前的原始社会、古代神话、古代民俗和文字学、音韵学等领域，他甚至破了千百年来儒学家们解释《诗经》的传统框架，用西方科学的办法去剖析，在当时开拓了研究《诗经》的新途径。而诗歌却没一篇问世，在清华的5年时间里，他已把兴趣从艺术政治活动转向学术研究。
1937年，闻一多执教清华已满5年，按规定可休假一年，进行考察、调研、进修或者搞研究都行。闻一多打算回老家进行《诗经词典》的研究，正巧弟弟要回乡见亲眷，就让妻子和两个孩子随弟弟先走。
不久，发生“七七事变”，北京被日本兵包围，形势危险。闻一多只好带剩下的孩子离开，仅带得两部古书和一些手稿。事变过后，清华大学奉命与北京大学、南开大学组合为国立长沙临时大学，由于南下教师少，学校就让闻一多推迟休假，先到长沙的临时大学来任教。
刚在武昌与家人团聚的闻一多又动身去长沙，当年10月末抵达长沙。由于市内地方狭窄，临时大学的文学院转到了衡山脚下的圣经学校分校里。由于物质匮乏，当地生活习惯差距大，闻一多颇感不适，却没停止过古籍研究。
1937年冬天，上海、南京相续沦陷，日军又沿平汉线和长江两岸推进，直指武汉，长沙也成了危险之地。临时大学经国民教育部同意，前往昆明。迁移办法是，教职员发给路费津贴，身体强健的男学生统一组成旅行团，徒步去昆明。女同学或者身体弱的，学校安排车船前往。
闻一多与家人商量，让他们也转往昆明。这时老朋友顾毓琇来访，告诉闻一多他已担任民国教育部次长，正在筹建战时教育研究会，希望闻一多能参与。可是闻一多认为去政府工作就是“做官”，断然谢绝了老友的邀请。此事让妻子非常不满，埋怨他舍近求远，又要与家人分离，并带着孩子们与他怄气，一直不给他写信。
由于家庭人口多，开支大，为了省路费，闻一多参加了旅行团，徒步去昆明。师生们听说后都十分惊讶，杨振声还嘲笑他说：“一多参加旅行团，应该带一具棺材走！”冯友兰等几位教授约好先游桂林，再从广西从安南去昆明，最后还是因“费用过巨之故，仍改偕学生步行”。
此次徒步去昆明，历时68天终于抵达。一路上，闻一多游览了大批名胜古迹，看到了沿路的少数民族风情，他还用绘画写“日记”，记录下所见的美景，并指导学生开展收集当地歌谣的工作，苦中作乐地和教员们蓄胡须，给妻子的回信中他说：“你将来不要笑我，因为我已经长了一副极漂亮的胡须，这次临大搬到昆明，搬出好几个胡子，但大家都说只我与冯芝生的最美。”
4月28日，旅行团抵达昆明，学校组织了盛大的欢迎仪式。闻一多在昆明收到了四封家书，十分高兴，连忙给妻子回信说：“你说以后每天写一信来，更使我喜出望外，希望你不失信。如果你每星期真有一封信来，我发誓每星期回你一封。”一场因他不愿留下做官而引起的家庭风波就此结束。困守昆明的烽火岁月
临时大学的文学院设在云南省的一个边陲小镇——蒙自，租用了法国人修建的一座小洋楼。闻一多到了蒙自，觉得这小地方偏僻安静，打算安住下来，进行研究。
每天除了吃饭、上课、如厕外，他从早到晚都不愿下楼，同事们都劝他何妨下楼来，最后落了个别名，叫“何妨一下楼先生”。而他不愿出行的原因还是因手头拮据，他在给妻子的信里说：“蒙自的地方很小，生活很简单。因为有些东西本地人用不着，我们却不能不用的，这些东西都是外来，价钱特别贵，所以我们初到此需要一笔颇大的‘开办费’。但是这些东西办妥了，以后恐怕就有钱无处用了，归根的讲，我们住蒙自还是比昆明省。”
南京沦陷后，日军继续进攻武汉和广州，他的妻子和孩子住在浠水巴河老家里，那里是日军攻打武汉的必经之路，情况十分危险。闻一多决定把家人接到昆明来，但面对的压力、阻力不小。他在给妻子的信中说：“日来正为此事踌躇，同事们也都劝我接你们来，所苦者只有两事不易解决：一、我自己不能分身，而家中又无人送你们。二、你们全来，盘费太大，今天接到陈文鉴来信，其意甚愿来滇复学，万一决定来，你们可以同他一路走，我只需到香港或海防来接你们，既可省点路费，又不多费时间，岂不甚好。至于你们的路费，我计算起来，少则五百元，多则六百元，数目实可观，然而为求安全起见，又有什么办法呢？”
为让妻儿来昆明，闻一多费尽心思，想了许多办法都无计可施时，他开始十分后悔当初没把妻儿们带出来，想到战乱，他也只好在信中求上天保佑了。1938年6月下旬，临时大学聘请他的弟弟到外语系任教，终于在他弟弟的带领之下，一家人带着心惊肉跳的心情，从长沙几经辗转到贵阳，然后抵达昆明。那个暑假，临时大学的文学院也迁回了昆明，一家人终于团聚，在小西门内武成路福寿巷3号住下，开始了平静而拮据的生活。
过了一个月后，就在9月28日下午，昆明遭遇日军轰炸，闻一多被炮弹残片擦伤了脑袋，幸好没有大碍，仅在医院缝了几针就回家休养。可是，他并未停止研究工作，对《尚书》、《左传》、《论语》、《吕氏春秋》、《山海经》、《史记》中的古字句进行了考解和训诂，还做了一段时间的戏剧工作，在这些方面各自都取得了成果。
抗战之初，昆明的抗日救亡宣传工作虽然有，却做得不理想，声势不大。联大的师生到昆明后，一些热心戏剧的师生就筹划话剧，借此进一步推动抗战宣传工作。第一部剧是外文系教授陈荃改编的《祖国》，邀请到昆明的著名演员凤子担任主演，请闻一多负责舞台设计。《祖国》首演大获成功，给全体演职员极大的鼓励，接着他们又筹划了规模更大的演出，排练曹禺的名剧《原野》，而且还请到了曹禺担任导演，还未演出就获得全城关注，一经演出就轰动全城，大受欢迎，原定演出9天，应观众要求又加了5天。朱自清在回忆中这样说：“这两个戏先后在新滇大戏院演出，每晚满座，看这两个戏差不多成了昆明社会的时尚，不去看好像短了些什么似的。这两个戏的演出确实是昆明一件大事，怕也是中国话剧界的一件大事。”
此外，闻一多还积极参加当地的抗战宣传工作，对宣传工作中存在的问题发表了自己的看法和建议。由于宣传对象是农民居多，他提出宣传内容不要以文字为主，改成音乐、绘画、戏剧的形式，要把“胜任的人才动员起来……组织起来”。
1939年的暑假，闻一多获得清华的同意，补休一年的假期。为了避免飞机轰炸和减少家庭开支，他决定全家搬到滇池南端的晋宁县去，找一个僻静的地方好好地进行研究工作。这一年，他给自己制定了新的研究方法，用清代学者的考据办法，结合敦煌残卷、殷墟卜辞、商周铜器等有关资料，对先秦两汉时古书中一些字音、字义进行深入的研究和探讨，对古代文学的时代背景、思想潮流进行了必要的分析解说，完成并发表了《乐府诗笺》、《周易闲话》、《姜嫄履大人迹考》、《易林琼脂》等一批具有较高学术价值的著述与论文。
随着战争加剧，闻一多一家不停地搬家。到1940年9月搬到陈家营时，生活已十分艰难，基本上靠举债、变卖衣物来维持，并且还有同事一家人来避难，住房简陋而紧张，他们只好选择搬走。好友吴晗在回忆中如此描述闻一多这段生活的窘态：“他住在乡下司家营时，一家八口（连老女佣）光包饭就得用全部月薪的两倍，时常有一顿没一顿，时常是一口大锅清水白菜加白饭。敌机绝迹以后，搬进城，兼了昆华中学的国文教员，每月有一担米，一点钱，加上刻图章，勉强可以维持。”
闻一多全家在司家营煎熬了三年多，等他们搬到文科所时，已耗掉了家里的所有积蓄，就连他做研究用的重要工具书都卖掉了，他在给兄弟的信中感叹，“书籍衣物变卖殆尽”，仍“时在断炊中度日”。
在饥寒困苦的生活折磨下，多年来深居书斋、埋头于古书的闻一多开始关注政治，变得要讲话，要闹，对社会现象表现出不满，而且不满情绪越来越重，这时他的文艺观也发生了质变。那些唯美的文字消失了，取而代之的是一些政治色彩颇强的意识形态分析。他自觉地将文学同政治斗争联系起来，公开宣布“新文学是要和政治打通的”。而且，为了政治斗争的需要，他学会了以历史来影射和论证现实，写出题为《关于儒？道？土匪》等这类文章来。而且闻一多还深深忏悔自己身上的奴性，发誓要“向人民学习”，坚信“知识分子只有和工农大众相结合才会成为不可战胜的力量”。
他在杂文《愈战愈烈》中说：“抗战是大家的抗战，国家是大家的国家，谁有权利来禁止我发问！”并宣布：“从今以后，我不打算有清闲日子了！”他就如吴晗在《拍案而起的闻一多》讲的那样：“一多的拍案而起，有两教员，一个正面教员是中国共产党，一个反面教员是国民党反动派，就时间说，反面教员在前，正面教员在后。”
1943年夏天，联大的英国籍教授罗伯特？白英约闻一多与他合作编辑一本《中国新诗选》。在编辑的过程中，闻一多对田间的作品非常赏识，将他的诗称赞为“鼓的声音”。后来，他特地写了《时代的鼓手——读田间的诗》进行评论。这期间，闻一多的思想转变得厉害，他开始关注关于共产党思想的书籍，读相关的报纸，他在给学生臧克家的信中说：“你想不到我比任何人还恨那故纸堆，正因为恨它，更不能不弄个明白……经过10余年故纸堆的生活，我有了把握，看清了我们这民族，这文化的病症，我敢于开方了。”
1944年5月，闻一多接受了昆华中学让其兼任国文老师的聘请，全家搬进了昆华中学提供的宿舍里。在那所中学前后住了7个月，他大量阅读马克思主义和共产主义著作。在联大历史学会举行的“五四”25周年纪念座谈会上，一位教授强调学生的天职就是读书，过问国家大事，不免幼稚，是国家的不幸，闻一多反常地站起来辩驳：“学生是国家的主人，有权过问国家大事。”讲到学生闹事，他说：“我们就是要闹……五四是我们学生闹起来的，一二？九也是我们学生闹起来的，现在我们还要闹！”
从此，不管是校园里的活动还是昆明街头的群众性集会，都会有闻一多的声音，他那热情奔放的话语往往获得台下阵阵掌声。闻一多甚至在国民党第五军召开的时事座谈会上，当着众多军长和教授的面，公然发言：“现在只有一条路……革命！”
1944年初秋，吴晗突然登门拜访闻一多，他给闻一多带来了周恩来的亲笔信，内容大致为：像闻一多这样的知识分子对国民党反动派的腐败是反抗的，他们也在探索，在找出路，而且他们在学术界，在青年学生中，还有广泛的社会联系和影响。所以应该争取他们，团结他们。吴晗此次拜访就是来介绍闻一多加入民主同盟会的。
