当时在敌后，军统局除在沪、平、津三地设区站外，其余各地组织均改为组。每组三到五人，配给电台，设有爆炸队及游击小组或铁道破坏队。以小组为单位刺探军情，并与各战区当地军事长官密切联络，做好电台掩护工作，以保证电讯畅通。到1943年，军统局共发展有709个单位、569座电台。
军统局成立后，戴笠首先大力抓了为扩充队伍而培训人员的工作。1937年9月，开设湖南临澧“军委会特训班”，成为戴笠组建军统局基层干部人员的先期来源。
1939年，军委会鉴于军中谍报工作不灵，责成军统开设“谍报人员训练班（参训班）”，由军令部第二厅督导，第一期由黔阳特警班参谋组改编，第二期则迁渝举办，从中央军校学生中选优参加，先后共办十期，培训了一千四百九十九人，毕业生都由军统局秘书主任兼第二厅（军令部）副厅长郑介民主持分配。此外，军统还办有会计人员训练班、译电人员训练班及政工人员训练班，共培训了四千七百九十九人；还在四川巴县等地开办了特别训练班，在重庆开办了空军总部技术人员训练班、气象人员训练班、“技击”（行动）人员训练班，共毕业八百五十八人；在仰光开设海外人员“特别训练班”，在柳州开设越南抗日运动干训班，在重庆开设南洋工作人员训练班，共计毕业五百三十人。
到1943年，军统集各训练班于重庆磁器口，统一为“重庆特训班”，增设经济、特技、特警、管训、特情、外警与泰国人员训练班，计二十二个班次，培训了一千三百一十人。
此外，戴笠还派出专门的特务冒充学生去各学校工作，并在每学期终放假期间，组织他们回来训练一次，给他们看最新查获的左翼宣传品，教给新的名词和动态，并防止特务们“受赤化影响”。这种训练班，每期都有一百余人。他们回校后，形成了军统在学校与教育界的基层组织，且大多互不知底，有利于互相间的暗中配合与监督。这种团体甚至也深入国民党自己的核心单位，如军统在陆军大学的调查小组，组长邹陆夫，经常向蒋介石汇报陆大师生的言行，并在校内发展组织，介绍毕业生进入军统局工作；而在中央训练团，因其为蒋介石培训干部的基地，更加重要，从其成立起，戴笠便以警卫组的名义派人进入，并自兼组长，后来先后换为李家杰、张业，组员更多达三十余人。他们对于学员平时言行的报告，直接成为蒋介石安排每个学员出路的重要依据。
戴笠的军统局成立后，其系统内颇具特色的五大组织应运而生，形成了军统局对外业务的主体。
第一是特务总队。
军统局特务总队是由开局前的特务队扩充改组而来的，经历了由便衣到统一着装、由秘密到正规化的过程。其后又使用过“军委会水陆交通统一检查处第二巡查总队”、“军委会特务第五团”等名称，先后曾由张业、王兆槐、杨清植、张辅邦、王春辉、周伟龙等任总队长与团长。这一组织，下辖三个武装大队和一个便衣中队，其中除一部分担任军统局机关和戴笠、宋子文公馆的警卫外，大部分是担任军统监狱看守所的警戒工作，并充当审讯用刑及处决犯人刽子手的角色。专设有行动组，组长程永铭，负责逮捕关押与刑讯人犯的工作，他们对肉刑工作进行了专门的研究，并配备了各式刑具。由于其残暴性，其迁渝后的所在地林森路望龙门都成了人们谈虎色变的地址。即使在军统局内部，特务们也因其具有处理违纪人员的权力而对之避让三分，称之为“锦衣卫”。
第二是军委会办公厅特检处。
这一组织设于重庆夫子池来龙巷庆德里，从1941年到抗战胜利一直由戴笠的亲信、军统人事室主任李肖白担任处长，主要任务是负责海陆空交通邮电的检查工作，为军统侦探情报搜集材料，扣留对当局不利的通讯宣传品。
他们虽不参与特工行动，但却是军统组织的耳目与情报来源，地位重要。又因为战时交通运输的紧张，而该处人员平时接触的都是各要害部门与达官富商，其权限与“油水”之大可见。处内设有邮电检查、总务、防谍等科，不仅钟贡勋、周景敦等几个科长，就连一般的检察员也可掌握控制最紧俏的票证、商品甚至物资，因此在当时最时髦的上等手表、金笔、西装，他们也是唾手可得。许多高官也向该处“推荐”亲友，以寻发财的捷径。下属的重庆邮检所，是最大的单位，有二百余人，其侦查的重点是在渝的中共机关人员往来信件、《新华日报》等，进行了大量的扣压、分析、破获及销毁工作，并根据信件来源逮捕靠近中共的人士，直接为军统局的反共服务。特检处的另一项重要工作是“防谍”。所谓“防谍”指的是在国民党政府各机关中防止中共或日伪势力的潜入与发展。做法是在各机构中挑选一批信得过的人，由特检处进行培训，授予监视、跟踪、秘密联络等特务技能，以便在各处布控，同时也为军统在各处遍布了耳目，进一步发展了组织。训练班的名称为“秘密监察人员训练班”，地址设在赣江街82号江西会馆万寿宫内，共办了两期，每期两三百人，各部门或迫于压力，或鉴于自派人员总比军统来人强，都送员参加了训练。这项工作的主要目的是为了对付共产党，得到了蒋介石的赞赏。
第三个机构是水陆交通统一检查处。
这个处的前身是军委会运输统制局监察处，运输统制局撤销时蒋介石认为应保留该处，便以军委会水陆交通统一检查处的名义留存下来，他指定戴笠为处长，于是该处也列入了军统局的势力范围。
戴笠接管后，委任他的“军统十人团”成员之一、“西南运输处警卫稽查组组长”张炎元为副处长，代他主持工作；业务组长则由“军统十人团”成员胡天秋担任，其主要工作，便是在水陆交通要道上设卡检查来往车辆船只，兼顾反共、防敌、缉私等工作，也是大权在握的岗位。如在重庆城南一品场的检查所，就是把守从东南、华中、云贵等省来渝陆路交通的枢纽，所长韦贤，因得戴笠的信任，长期在此任职，自定路规，却无人敢管；而在通向西北公路上的青木关检察所，是从渝到中共边区的第一道障碍，军统特务在此严查向西北去的青年及一切行人，只要是证件稍不过硬，便加留难，甚至扣压，即使对路过的中共第十八集团军将领也故意刁难，如强令他们下车在雨中等候检查等，这些举动博得了戴笠等人的欢心。而对他们自己内部的违纪犯规现象，则有许多包庇与纵容。无论查出了什么私货违禁品，只要能找到戴笠的关系，如杜月笙、孔祥熙，或有宋美龄等出面，皆可退货放行。抗战期间轰动一时的所谓中央信托局运输处长林世良走私案，之所以被军统抓住不放，也是因为林自恃有孔祥熙做靠山，根本不把军统放在眼里而造成的，这件事也说明了戴笠与军统势力的膨胀。
第四个机构是兵工署警卫稽查处。
在抗战前，兵工署所辖各兵工厂都有自己的警卫队组织，战争开始后军统借机插手这一领域，特别是厂矿内迁后，从各地迁往重庆的兵工企业特别多，数以万计的工人集中到此，引起了蒋介石的不安。如何管理与维护治安，事关重大。为防止共产党渗入重点产业，蒋要把戴笠的力量运用其中方可放心。他吩咐俞大维为首的兵工署只管生产与技术，把安全与防共交给戴笠的警卫稽查处。戴笠领命后，特地选择了留学苏联对共产党有所了解的特务处书记长张师来担任处长。
警卫稽查处下设有总务、稽查、安全、司法四科，为统一领导各兵工厂的警卫队组织，又成立了以副处长杨蔚为部队长的警卫总队部，统一行动指挥权。在具体工作方式上，他们采纳了张师的意见，决定向各厂派遣警卫稽查组成员，以安全检查的名义深入车间，一方面执行任务，一方面接近工人笼络关系。另外，还坚持将兵工厂工人列入军事编制，按现役军人管理，更不许成立工会，这样便可以以军法来严厉处置罢工与其他反对者的活动。
在军统与兵工署的关系问题上，戴笠知道俞大维与蒋介石有密切的关系，因此采取退让合作的方针，命令警卫稽查处不得干涉业务与财务事宜，就连各厂原有的警卫队负责人，也大都不予更换，而要杨蔚采取拉拢他们加入军统的方法逐步加以控制，以保持与俞大维表面的良好关系，甚至发生过军统局处死误报俞大维亲信通共的稽查员陈昌熙的事件。戴笠的心计由此可见一斑。
第五是交通警察总队。
交通警察总队是抗战中后期戴笠在与美国海军合作成立中美合作所后，准备包办重建警察系统的产物。由戴笠用美援装备与美式训练一手造成。它的基础是抗战初期戴笠在上海收编的帮会组织力量，以戴笠的“十人团”成员周伟龙兼任司令，中层军官都是军统特务。前后总计武装训练了四万余人，配备了当时最好的武器装备，作战机动性强，火力猛，被蒋介石视为“王牌军”。抗战胜利后，改组成二十多个交警支队，担负了守卫重要铁路、公路交通线的工作，后来还直接参加了反共内战。这支部队是军统组织势力发展到顶峰阶段的产物。
以上五个方面的组织是戴笠的军统局掌握的主要力量，他们的活动范围即是军统特务的势力所在，从而在为蒋介石“保天下”方面起到了特殊的作用。
戴笠的特工观及其人格弱点
戴笠是一个行动型的人物，他并不擅长于理论的研述。但在几十年的特务生涯中，由于掌管军统组织的需要，他也发表过许多的谈话或文章，其中涉及特务组织的源起、性质、行动理论，也表达了他对当时形势与各方面关系的看法。这些文章谈话，无论其原稿是否出自他本人之手，都可反映出他的特务观。
关于为何要搞特务组织，戴笠认为：“世界各国的特务工作，归纳起来，大概不外有两种意义和目的：一种是为着要巩固自己的国防，一种是要巩固本身的政权。前者对外，后者对内。中国亦不例外。我们要拿这个工作来整顿我们这个破败的国家，跟侵略我们的帝国主义者赌输赢。中国的特种工作，就是在这个时代使命任务之下产生的。也可以说是根据领袖‘安内攘外’的政策要求来做的。要攘外尤其要先安内……一般反对党不满意我们，说中国要走向特务政治，走向独裁的道路。但我们看看，英国并不独裁国家，有没有特务？美国是民主先进国家，有没有特务？他们的海军、陆军、空军，各有各的特务，总统有总统的特务，这都是战时的必然现象。”对于国民党特务组织的性质，戴笠定性说：“什么叫做特种工作？特种工作就是人之所不能为者我能为，人之所不屑为者我屑为，人之所不愿为者我愿为，人之所不敢为者我敢为。我们要以特殊的工作成绩来表现，这个叫做特种工作。”“革命团体中的特种工作人员在政治上是没有自己的主张的，一切听命于革命领袖，为了贯彻领袖的政治主张，牺牲一切，不达目的，决不休止。”
“我们所负的特种任务要忍人所不能忍，为人之所不能为、不屑为。所谓‘我不入地狱谁入地狱？’这就是我多年来所尝味道。”“我们在领袖的直接领导下，从事革命救国的工作，我们有神圣的职责，从事中国革命的特种工作，怕的什么？我们上无愧于天，下无愧于地。”“有人说‘你在中国就等于希特勒之下的希姆莱’，我说：‘你这是什么话？
我为什么要做希姆莱，我是中国人，中国的特种工作自有中国特种工作的精神，为什么要模仿德国？’”关于对国民党特务组织的要求和标准，戴笠认为：“中国特工真需要统一，现在系统乱得很，分子非常复杂，因此招致社会上许多不好的批评。”
“我们这个团体绝不是采取俄国‘格别乌’，德国‘吉士塔坡’的特工方式来统制的，因为中国有中国的历史文化，中国人有中国的传统精神。
中国人的传统精神是什么？总理讲‘忠孝仁爱，信义和平’，领袖讲‘礼义廉耻’，我们掌握团体，运用组织，就是本着这种精神做出发点，以主义领导，以理智运用，以情感结纳，以纪律维系，唯有如此，所以能使主义与道义的结合凝为一体，愈久愈坚。”
“中国特种工作人员，要以恢复忠孝仁爱信义和平的固有道德，复兴中华民族、建设三民主义的新中国为职志。”“我们不仅是革命的技术人员，而且在精神上要做到是建设三民主义新中国的生力军。”戴笠还说：“我们的工作看起来好像是包罗万象，五花八门，但归纳起来，我们可以用两句话来说明，就是‘秉承领袖意旨，体念领袖苦心’。我们一切的一切，都以这两句话为出发点，前者是革命的精神，后者是革命的技术。所谓秉承领袖意旨，就是说我们贯彻领袖主张、达成领袖意图，始终如一，至死不变；所谓体念领袖苦心，就是说：我们秉承领袖意旨，不是横冲直撞，一味走直线，我们的宗旨不变，办法可以变；目的不变，手段可以变。委屈所以求全，最后还是要达成不变的目的。我们整个调查统计局的同志一定要能做到这两句话。”“如果我们稍不留心，就要增加领袖的麻烦与忧虑。”“我提出以‘宁静、忍耐、伟大、坚强’八个字作为我们特工人员修养信条……”
“至于忍耐，更是重要。忍字象征一把刀插在心上，小不忍则乱大谋……我们做人做事，智深沉勇，外圆内方，但却不是泄泄沓沓，随欲浮沉，更不是同流合污，日趋下流。”
