另外，虽然《基础条约》以及条约第3条的附加议定书中提到不能破坏双方的边界现状，而且要尊重对方的领土完整，但是《基础条约》里提到的边界是“国家法意义上”的边界，它是一个未曾灭亡的德国的内部的两个国家之间的边界，和联邦德国内部各州之间的边界类似。巴伐利亚州依据的是国家理论中的“同一性”理论，即联邦德国和德意志帝国是同一的，但《基础条约》是基于“部分秩序”理论形成的，即联邦德国和民主德国都只是德国的一部分，因此《基础条约》并不违反《基本法》序言中的重新统一的要求。依据联邦宪法法院的观点，在前德意志帝国的同一片土地上同时存在两个法律上和事实上的国家，并不会排除它们重新统一的可能性。且在国籍适用法律上，联邦德国仍适用1913年的国籍法，其依据在于联邦德国认为“德国”以及德意志民族并没有灭亡，也就是说，整个德意志帝国的国民才有权行使“德国”主权，因此，只要“德国”仍然存在，只要德意志民族尚未完成分裂，德意志民族自然可以通过国际法所赋予的自决权，来决定“德国”的未来。
此外，联邦德国的国家权力局限在《基本法》的适用区域，但是它同时也对整个德国是有责任的，民主德国同样属于德国，德国的统一是一项宪法性的要求，但联邦德国政府在以何种政治方式和途径来实现或者接近这一目标时，只要没有从法律上放弃重新统一和自决的要求，在其责任范围内有充分的自主权。
（二）有关“柏林”和“加入权”问题
就《基本法》效力所及范围，《基本法》第23条规定：“本法首先适用于巴登、巴伐利亚……各邦。至于德国的其余部分，则在其加入后《基本法》于该地区生效。”该条实现了两大意义：第一，《基本法》的适用范围应可遍及全德国，而全德国即指未来两德统一之后的德国。也就是说，日后当两德果真能采取全民自决的途径实现德国统一的时候，原先有效规范联邦德国的《基本法》对统一后的德国仍然继续适用。第二，该条提供两德未来完成统一的具体办法，即民主德国以德国的一部分之名义加入或并入德意志联邦共和国。
巴伐利亚州认为，《基础条约》的签订加大了德国其他部分加入的难度，甚至使之变得不再可能，《基本法》第23条规定，《基本法》适用于整个柏林，即东柏林和西柏林。但在《基本法》诞生的时候，柏林还是一个未分裂的整体，《基本法》实际上规定了整个柏林都是联邦德国的领土，但是《基础条约》承认两个德国的边界和领土的实际现状，而目前的情况是，东柏林实际控制在民主德国的手中而且作为其首都。如果《基础条约》生效，那么东柏林从法律上将脱离《基本法》的效力，这明显和《基本法》的规定是抵触的。另外，根据《基本法》第23条，《基本法》只适用于它实际统领的州，德国的其它州只有在加入《基本法》后才适用。但《基础条约》确定了两国边界不受侵犯、尊重民主德国领土完整，而领土和边界的变更只有在民主德国同意的情况下才有可能，很显然，民主德国的领域加入《基本法》，或者民主德国的一部分地区的加入，会变得困难甚至不可能。
至于《基础条约》使德国其他部分加入《基本法》变得困难起来的责难，联邦司法部也对此作了否定，认为没有《基础条约》，民主德国加入《基本法》也需要联邦政府的同意，《基础条约》的签订并不会对此加大困难。关于柏林的问题，柏林仍然处于四大国的负责范围内，根据1949年5月12日盟军军事最高长官对《基本法》的批准信，与柏林相关的司法问题不属于宪法法院管辖。另外1971年9月3日的“四国协议”已经对柏林的地位作了规定，该规定对联邦德国也是有约束力的。事实上，1958年的柏林危机之后，这个城市作为四战胜国占领的国际法地位也没有得到改变。
联邦宪法法院在判决中认为，《基础条约》不会改变联邦德国政府一直以来主张的柏林的法律地位。根据《基础条约》的附属文件中“双方就柏林问题的宣言”，各种协议和规则可以在和“四国协议”一致的情况下，经过协商也适用于柏林。但是宣言中的这项规定，绝不意味着，联邦德国各个宪法性机构在和民主德国签订内容涉及柏林的协议时，它的宪法性义务会受到限制，也就是说它仍然可以坚持协议适用于柏林，并且在满足这个条件下才签署其他协议，柏林不会被排除在《基本法》的适用范围之外。
另外，对于《基本法》规定的德国其他部分加入《基本法》的权利，联邦宪法法院认为，虽然《基础条约》规定了边界不受损害，也就是说边界的改变只有在双方一致同意的情况下才可以发生，但这并不能表明联邦德国对是否吸收德国的其他部分所拥有唯一的决定权受到损害。也就是说，联邦德国不能决定民主德国或者其他部分是否加入《基本法》，这由德国其他部分人民自决的事情。当然，德国其他部分在加入时的同意，其实也就是对加入行为合法性的一种肯定，并不代表联邦德国在吸收时的独立决定权受到了损害。
（三）有关“德国国籍”问题
《基本法》第1条规定：“人的尊严不受侵犯。尊重和保护人的尊严是一切国家权力机构的义务。德意志人民为此确认不可侵犯的和不可转让的人权是所有人类社会、世界和平和正义的基础。”第6条规定：“德国国籍不容剥夺，只有依法剥夺国籍。任何德国人都不得被引渡给外国。”第116条规定：“除法律另有规定外，本《基本法》所称的德意志人是指具有德国国籍的人，或以德意志民族的难民和被驱逐出境者，或作为这些人的配偶、后裔被接受，在1937年12月31日以后居住在德国领域内的人。”且联邦德国仍适用1913年的“国籍法”，据此，凡是合乎《基本法》第116条条件的德国人皆具有德国国籍。
对于《基础条约》的签订是否损害了对生活在民主德国土地上的德国人民的保护义务和救济义务，联邦司法部和联邦宪法法院均作出了否定。根据《基本法》第1条和第116条的规定，保障人的尊严不受侵犯，对于生活在民主德国的德国人，联邦德国对这些同胞仍然是要负责的，如果他们的尊严被其他人，或者被一个集体乃至一个国家侵犯的话，联邦德国不能袖手旁观。
虽然《基础条约》第6条表明，联邦德国承认民主德国的统治权，尊重其独立性和自主性，但这并不能由此得出，联邦德国放弃了对应该保护的德国同胞的义务和责任，也并不意味着把数以百万计的德国人推给了一个经常侵犯人的尊严的政权。如果民主德国的人民到了其他国家，联邦德国将会为他们提供保护和救济措施，联邦德国政府会尽一切努力，或者通过它的驻外机构，或者通过它在国际组织中的投票权，去为德国民众争取利益、提供保护。对于联邦德国来说，联邦德国的公民和其他德国人没有法律上的区别。因此，可以看出，在国籍问题以及对德国人的保护与照顾权力方面，联邦德国政府与其联邦宪法法院仍持“同一性”理论来解释联邦德国与德国之间的关系的。
总之，对于联邦德国不承认民主德国是一个作为国际法主体的国家，而与其签订《基础条约》，仅仅可以视为对民主德国的一种特殊方式的事实上的承认，因为在宪法法院看来，《基础条约》是基于“部分秩序”理论签订的，即两德同属于一个仍旧存在的、尚没有组织的、拥有一致的国民的、暂时不具备行为能力的“德国”。由于联邦德国在解释与“德国”以及德国国民和民主德国的关系分别采用“同一性”理论和“部分秩序”理论，也由此显示了两德之间的“特殊关系”。
（四）有关“特殊的国与国关系”问题
依照联邦德国《基本法》，在联邦德国政府看来，民主德国并不具备国际法意义上的主体资格，两德间的关系只能是一种“特殊关系”，因此，民主德国对于联邦德国而言，并不是“外国”。同时，从联邦宪法法院对于《基础条约》的判决中也可以看出，宪法法院将两德的关系称之为“内部关系”，其理由在于依据《基础条约》的相关规定：（1）两德互设代表处；（2）须经批准并在交换有关照会后生效。在联邦宪法法院看来，之所以设立代表处而非大使馆，即表明联邦德国政府并不承认民主德国为一独立主权国家。另外，《基础条约》“有特殊的批准程序，此种程序不因联邦总统授权交换批准文书而完成，更需交换‘相当的备忘录’”。《基础条约》最终由联邦德国政府签署之日起生效，而联邦德国签订的一般国际条约须经互换批准书，由联邦德国总统签署后生效，这再次表明了联邦德国政府的立场。还有，两德之间的贸易也只能算是一种特殊的“内部关系”的贸易形态，这是缔约双方一致的认识。
由此可以发现，《基础条约》反映了两德关系的现实，其内容只是对两德之间“特殊的国与国关系”的一个展示或者书面化的说明。“《基础条约》内两德双方同意的条款，并不能作为两者‘特殊关系’的法律理由，而只能算是一种因‘特殊关系’而生的现象。”也就是说，《基础条约》本身并不能产生两德之间在法理上的“特殊关系”，而“德国”作为国际法意义上的主体仍然存在，这才是“特殊关系”得以存在的法律基础。这一点在《基础条约》第9条就得以体现，“本协议不对以前的条约、协议产生影响”，从这一条就可以认定，1937年的“德国”仍然存在，两德双方都不具备完全的国际法意义上的主体资格，在《基础条约》中双方搁置争议，彼此虽均作国家承认，但这只是由于面对世界政治经济局势的新发展，两德迫于形势的一种妥协，只要“德国”一直存在，两德之间的关系就只能算是“内部关系”，而基于这种“内部关系”而发展的两德之间的政治经济等各方面的往来也就只能是一种“特殊的国与国关系”，这一解读也得到了联邦宪法法院的支持。
两德之间的这种“特殊的国与国关系”在现实中的最大意义就在于一直引导着德意志民族对于民族统一的渴望，这一点在1990年统一时机来临之时表现得非常明显。在《基础条约》中，联邦德国对民主德国作国家承认，但不承认其具备国际法意义上的主体资格，由于“德国”在法理上仍然存在，根据“部分秩序”理论，宪法法院依据两德之间的这种“特殊的国与国关系”对《基础条约》的判决也就具有了多重涵义：就形式而言，该条约属于国际条约，但就其内容而言，属于规范内部关系的条约；就法律层面上来说，民主德国不承认两德间具有“特殊关系”或者“内部关系”，但对联邦德国来说，“联邦德国可以在法律上找到理由来支持其看法，故联邦德国的主张绝非纯属一种政治宣言而已”。也正是这种基于“特殊的国与国关系”而形成的两德之间新的法律基础关系打开了德意志民族再次统一的契机。
四、《基础条约》案与联邦德国宪法法院的角色
（一）政治问题法律化：《基础条约》案的基本思路
《基本法》第20条第3款规定“行政权受合宪秩序及法律的约束”，此条文的涵义在于，在宪法和法律优先的大原则下，行政权的行使不得违反适用的法律，尤其是《基本法》。处于联邦德国司法体系中最高位阶的宪法法院，发挥着确保和维护《基本法》及其所确定的宪政秩序，审查国家机构行使职权及互动所形成的政治过程是否遵守《基本法》的规定，以及行为上是否违宪等方面的作用。
在对《基础条约》案的违宪审查中，联邦宪法法院强调须将对条约的审查放在一个更广阔的背景下进行法律评价，因为这是一系列政治操作的一部分，必须知道的是，《基础条约》与《莫斯科条约》、《华沙条约》具有同等重要的政治性，在重塑两德之间的关系的道路中，条约是一个历史的转折点，所以在众多可能的诠释中，去选择那些使条约符合《基本法》的诠释，即进行“合宪解释”。在条约案中，联邦宪法法院作出合宪性解释而没有对政治问题加以回避，宪法法院认为如何实现或接近国家统一的目标，司法无法批评政府与国会多数党的做法，也不宜就政策成功的可能程度表示见解，但就统一的目标，宪法禁止放弃此一促进实现的法律名义，此时法院拥有最低的合宪与否的认定标准。在本案中，条约的订定由于实现统一与自决的法律名义并无灭失之虞，仅是政治上暂不使用，而非摈除放弃该法律名义。可见，联邦宪法法院对如此带有高度政治、外交特性者，并未完全放弃审查，而是恪守最低的审查原则。对此，我们从另一侧面也可以看到，在联邦德国的违宪审查中，只要政府政策的初衷在法律上没有违背《基本法》的规定和宗旨，联邦宪法法院的职责就在于维护和确定这项政策的合法性，即通过“政治问题法律化”，从而维护国家整体宪政秩序的运行。
