时光匆匆，转瞬即逝。这些年李恪很好的扮演着一个体弱多病却文采极好的皇子，就连皇上乾隆都为他感到叹息。李恪也再一次醉酒之中发现了福隆安的不同寻常之处，原来他是一名商人从后世穿越而来，据他推测这是一本小说后来李恪去玉佩之中查询方才找出《还珠格格》这本书大概便是：
乾隆皇帝东巡时与一女子夏雨荷有过一段露水姻缘，后雨荷生下一女夏紫薇而乾隆并不知情。多年后，雨荷病逝。紫薇携丫环金锁带着当年乾隆留下的信物，从济南千里迢迢到北京欲与父亲相认。主仆二人到京城后根本无法进宫面圣，趁朝廷官员梁廷桂儿子的婚礼混入梁府欲求梁廷桂帮忙引荐。正巧遇见小燕子大闹梁府婚礼，后二人结为好友。小燕子热心为她想办法混入宫，她们得知乾隆要到围场打猎，于是三人准备翻过一座山崖进入围场，但是紫薇和金锁爬不上去，紫薇只得拜托小燕子只身带着信物翻进围场寻找乾隆，进入围场后小燕子被五阿哥永琪的箭射中昏迷，乾隆以为是刺客，但是当他看到了摺扇和画卷以后，误认为小燕子是自己的女儿，将她带回皇宫治伤，并册封她为“还珠格格”。而紫薇却落得一无所有，连唯一的证物都失去了。
皇上为庆贺重获爱女举行祭天仪式，仪仗队伍行经街市，正巧被紫薇、林心如饰夏雨荷金锁看到。冲动之余紫薇冲上前欲拦队，被侍卫打昏，又被大学士福伦之子福尔康所救。福府在知道其身世后将她收留。
小燕子并非无义之人，只是骑虎难下，加上宫内处处受管制，朝中的争权、后宫的争宠，更使她对原来的自由生活怀念不已。虽然皇上和令妃对小燕子宠爱有加，但皇后却极其反感。五阿哥永琪、福伦之子尔康、尔泰与小燕子成了好朋友。在探明小燕子的真心后，尔康、尔泰兄弟把收留紫薇之事说出。一切真相大白，但为了安全，五人决心共守秘密。紫薇与小燕子解除了误会，与尔康的感情也日渐加深；永琪亦对小燕子产生了情愫，但却碍于身份无法表态。小燕子将紫薇弄进宫做贴身丫头，但两人情同姊妹的感情渐渐让周围的人产生怀疑。而皇上对紫薇也有说不出的亲切感，引起了皇后的嫉妒。在容嬷嬷的怂恿下，皇后竟派人将紫薇抓到坤宁宫密室内严刑拷打。小燕子发现紫薇失踪后心急如焚，尔康夜探坤宁宫，终于发现了奄奄一息的紫薇。次日，小燕子再请乾隆出马对付皇后，总算将紫薇救出，化险为夷。
乾隆南巡下江南，永琪小燕子尔康紫薇等一并同行。期间，尔康看着乾隆与紫薇说话时的眼神表情，醋意大发。经历采莲一事后，永琪小燕子终于相互表明心迹。而之后的庙会上，有人行刺乾隆，紫薇挡下了致命的一刀。回京后，乾隆大赏小燕子紫薇。
西藏王携公主塞娅前来紫禁城欲向大清示威，派出武士数十人与大清武将比武，不想被尔康打得七零八落。乾隆龙心大悦。藏王为争回面子提议合婚，乾隆为稳定番邦决定将塞娅公主指婚给尔康，情急之下小燕子向乾隆说出了紫薇的身世。在乾清宫，皇后向乾隆进谗，说小燕子和紫薇联合起来欺骗皇上，根本都不是格格。尽管大家力保二位，但是乾隆仍把小燕子、紫薇和金锁关进了宗人府。皇后又命梁廷桂夜审三人，严刑逼供。这时，五阿哥和尔康、尔泰假传圣旨，并伤人劫狱。乾隆得知后非常生气，命令福伦去活捉他们。
小燕子一行人和柳青、柳红向城外逃去，路上紫薇提出不应这样逃走，于是大家又决定一起回宫请罪。半路上遇见福伦。
小燕子被皇上判处斩首，但是她以其口才和皇上力争，加上大家都主动请命与小燕子同生共死，乾隆终于软化，并将梁廷桂斩首抄家。乾隆重新册封紫薇为明珠格格、小燕子为还珠郡主，并给小燕子和永琪、尔康和紫薇指婚，并把尔泰指婚给塞娅。此时，紫薇、尔康、小燕子、永琪、塞娅、尔泰这三对有情人终成眷属。
紫薇、尔康、小燕子、永琪接受指婚，塞娅、尔泰也赴西藏完婚。
有一天，皇太后带着晴儿从五台山持斋回来了，小燕子等人在会宾楼弄得满脸油漆，给太后留下了很不好的印象，又有皇后和容嬷嬷在旁挑拨，使得小燕子和紫薇的生活过的如同水深火热之中。
没想到这时香妃竟然被送入宫中，对皇上来说，是一个崭新的挑战，因为他从没遇到过有勇气抵抗他的美女，所以对香妃穷追不舍。但在香妃心中已经没有可容纳他的位置了，因为她的整颗心已经给了青梅竹马的麦尔丹了。
不打不相识，没想到以这种方式大伙儿认识了麦尔丹，后又全盘了解麦尔丹与香妃之间的海誓山盟，所以决定不计一切代价要让麦尔丹和香妃长相厮守。在这期间，小燕子等人更认识了萧剑，一位来路不明的侠客。
皇上把令妃的生日给忘了，决定补过。当天，大家合力把香妃给送出宫去，皇阿玛一气之下决定要问斩两位格格。
问斩当天，在众阿哥、格格以及妃子等人的求情下，皇阿玛已经决定要释放她们俩了，但一听到五阿哥永琪以及尔康逃狱后，一怒之下，发了个立即处斩的圣旨。大家原本以为还有一线希望，没想到等到的是这种结果，于是大家决定远走天涯。
路途中皇后派人一路追杀，使得小燕子等人逃得更加狼狈，不但金锁与柳青跌落山崖，紫薇也瞎了眼睛，尔康更身受重伤。不过好在有萧剑的协助，使得大家得以平安的度过危机，不过因为萧剑和小燕子的态度暧昧不已，使得永琪醋劲大发。最后因萧剑解释才得知原来萧剑与小燕子是亲兄妹，永琪当然也就释怀了。
