另一方面，令妃娘娘一直规劝着皇帝，希望他能收回逮捕小燕子等人的命令，免得后悔也来不及了。没想到皇上派出去的人竟回报说有个男的受了重伤，有一对男女掉下悬崖，皇上一听才知道已经后悔莫及了，于是派了福伦下江南去寻找小燕子一伙人。
没想到金锁因祸得福，因坠崖的事件才了解到柳青对她的重要性，所以他们决定终身厮守。而且紫薇也奇迹似的眼睛复明了，之后金锁、柳青、柳红终于跟上了大家的脚步，于是大家帮金锁以及柳青办了一个简单、克难式的婚礼。
此时，福伦带着一个好消息出现于大家的面前，那就是皇阿玛已决定赦免大家了，皇上要福伦带着大伙儿回宫，大伙虽然很感动，感激皇上的慷慨，但是又想到深宫中的重重危机，小燕子和紫薇并不适合皇宫，大家一致不愿回去。福伦有感于无法说动大伙儿回京，所以采取了拖兵策略，没想到竟等到皇阿玛亲自出马。但大伙儿左右为难，最终还是决定去云南大理。皇上知道无法挽回。于是当场就交给了两位格格每人一面免死金牌，而且告诉她们每人有三次机会，而且也给了他们去云南所需要的盘缠。
紫薇非常感动，想到自己走了二十年，才走到亲爹身边，决定跟随皇阿玛回宫。其余三人也跟着一起回宫了。回宫后，皇阿玛才发现原来皇后娘娘暗地里派人追杀小燕子等人，原本打算杀了容嬷嬷以及皇后，没想到紫薇与小燕子竟然不计前嫌地拿出免死金牌为皇后以及容嬷嬷求情，但皇阿玛决定将十二阿哥交由令妃看管，到最后，还是紫薇求情，十二阿哥才得以回到皇后身边。
经过这番风风雨雨，皇后及容嬷嬷始大彻大悟，且皇太后意识到之前所有的一切一切都是皇后挑拨所造成的，所以她也对小燕子和紫薇不再反对，成全两对的婚姻。在洞房花烛夜那天还出现了一些小插曲，当天晴儿与箫剑第一次碰面，双方都被电到了，很有可能擦出爱的火花！！！而且因为小燕子和紫薇是同时出阁的关系，出现了新娘走错洞房的笑话。不过最终还是调换了过来，两对终成眷属。
小燕子虽然已与永琪完婚，依旧是笑话常闹，祸事不断的“开心果”，在随皇阿玛“南巡”途中，山东正闹饥荒，小燕子一激动，将随身携带的食物全部给了灾民，乾隆也只好忍饥挨饿，山东地方官为了讨好乾隆，用山珍海味款待，小燕子、永琪、尔康、紫薇联想到灾民惨状，忍不住大闹酒席，乾隆也被他们的正义行为所感动。“南巡”路上，紫薇和尔康恩恩爱爱，永琪和小燕子快快乐乐，只有晴儿和箫剑陷入相爱却不能相聚的痛苦之中，小燕子对哥哥的痛苦看在眼里，挂在心中，到了杭州，她与永琪、紫薇、尔康商量好，偷偷安排了一条船，掩护晴儿与箫剑相会，卫兵误以为刺客，欲登船擒拿，小燕子等人仓卒出手，打斗惊动了皇上和皇太后，也暴露了晴儿与箫剑的恋情而受到太后的斥责。
此时乾隆无心关注儿女之事，他的心已被青楼美女夏盈盈所迷，并宣称要封夏盈盈作妃子，此事惊动了太后和皇后，皇后为保全皇帝的声誉，呈血书恳切力谏，乾隆大怒，将皇后遣回京城。皇后几年来洗心革面修复的夫妻之情倾刻化为乌有，最终只能面对“削发为尼”的结局。
其实在南巡路上，大家还认识了海宁陈邦直的小女儿知画，太后看她温柔娴雅，又多才多艺，决定把她带回京城，而知画和她的父母竟然毫不犹豫地答应了。晴儿看到知画来到太后身边，决定和箫剑远走高飞，尔康又假传圣旨，用金牌令箭放走了他们，乾隆大发雷霆，无奈，箫剑和晴儿这对苦命鸳鸯又赶了回来。
回到京城，太后查清了小燕子兄妹的身世，为防不测，将箫剑囚禁起来，在营救过程中，小燕子知道了杀父仇人竟然是最亲近的皇阿玛，从此，她对永琪的爱渐渐冷却，对乾隆的恨渐渐加深……为了保守秘密，太后提条件让永琪娶知画，婚礼当天就会放了箫剑，小燕子为了救哥哥，只好忍痛割爱，无奈之下，永琪和知画完成了婚礼。他们成亲以后，小燕子与知画的冲突不断，知画为了得到永琪，也与小燕子展开一场战争……
边疆的战火燃起，死里逃生的永琪与尔康率大军挥师南下，反击缅甸军队的进犯，清军虽然大胜而归，也带回了战死沙场的尔康的尸体，紫薇悲痛欲绝，为了与在天国的爱人相会，紫薇跳下了幽幽谷，谷底突然飞出成千上万的蝴蝶，组成彩色的云团托起紫薇，迷幻中有人告诉她：尔康没有死。而就在大家沉浸在悲痛之时，知画产下一子，取名绵亿，这使小燕子的醋意更加浓密……
尔康真的没有死，缅甸王猛白的八公主在刀光剑影中爱上了尔康，乘尔康受伤将其抢回行宫用“调包”的假象蒙骗了永琪，也蒙骗了紫薇，因受伤而意识模糊的尔康错把公主当成紫薇，深陷敌国，被迫成亲还在异国染上了药瘾。
箫剑知道此事后来到北京，告诉紫薇真相，虽然没有把握，但是紫薇深信这是真的。大家面见乾隆，乾隆逼问箫剑的来历，知画把真相揭开，箫剑和小燕子因为仇恨而失去理智，箫剑上去掐住乾隆的脖子，小燕子拔下永琪的剑刺向乾隆，永琪奋力抢救，中剑的永琪却痛定思痛手腕被重重地划了一刀，并要挟箫剑放手。箫剑又要除掉永琪，被小燕子制止。小燕子心中的仇恨之火终于被永琪、紫薇的真爱之泉所浇灭。
紫薇决定南下寻夫，永琪为了小燕子也决定放弃王位，离开皇宫，乾隆不但成全了他们，也成全了箫剑和晴儿这对苦苦的恋人。离开时，知画抱着绵亿追着永琪，小燕子也终于知道知画对永琪的感情，但是马车头也不回地走了……
猛白要挟八公主和尔康结婚，但是缅甸八公主决定放掉他，让他跟紫薇继续“生死之交”一行五人历经千辛万苦，终于在异国他乡与尔康相聚，各诉衷肠。
后来，因尔康染上药瘾需戒掉，戒药时尔康曾打紫薇……最终成功了！为了庆祝尔康戒药成功也同时让晴儿和萧剑如愿，他们办了一个各个民族聚集地婚礼，婚礼中还爆出惊天大料小燕子怀孕了……尔康和紫薇要回北京，大家恋恋不舍。星移斗转，隐居在大理的永琪和小燕子早已儿女满堂，一天两位不速之客突然光临，永琪、小燕子一见，大吃一惊，原来是日思夜想的皇阿玛和尔康。
箫剑和晴儿带着儿女赶来相聚，三代人欢聚一堂，阵阵笑声久久回荡在天上人间。
