流民武装反抗官府统治，牵制着清军的力量，在客观上与回民军有呼应之效。如何对待他们便成为清政府镇压回族反清不可避免的问题。很明显，抚局当中官府对流民武装采取打击镇压的政策；反之，抚局政策一旦变化，官府对流民武装的政策亦随之改变。左宗棠认为：“秦所患在回逆、土匪、溃勇、饥民。四者之中，溃勇、回逆稍为凶狡，土匪次之，饥民则志在掠食，人数虽多，不能与回斗，尤不能与官军抗也。”①左氏决定分别打击对象之主次，不仅考虑其人数力量，更主要是以其志之所在为依据。左宗棠入西北，曾向清廷表示用五年时间才能平定西北，自有一套长期的打算。其核心思想是回族斗争严重瓦解了清政府在西北的统治，过去的抚局助长了回民军势力，只有改变抚局政策，镇压回民军及瓦解其组织系统，才能恢复清政府统治。因此，他的第一个问题就是如何改变抚局。抚局是由清廷批准的，故左宗棠并不急于从理论上、口头上反对这个政策，而是从行动上实施他的主张。由于这一总体政策的变化，对流民武装的处置亦随之改变。左氏在奏章中反复强调“环庆平凉人民自相团结，以与回斗。败丧之余，流为盗贼，情实可原”②，指出“董高等逆，以掠食为事”，“被迫为匪”③，而不是立志反清。这就将他们既区别于南方农民起义，又区别于回民军。流民武装有反官府的一面，因而绝不允许其继续存在，故左宗棠对其的政策首先是镇压。但流民武装作为游离于回民军和官府之间的又一种力量，有可能被官府所利用。左宗棠以为“其罪应服上刑，其情犹可末减，应即据实奏恳皇仁，允为曲贷，以全其生”④。由此确定对流民武装镇压与招抚相结合的政策。
这一政策产生了明显的作用，湘军刘松山部入陕后，流民武装纷纷投降。其势力较小的分别被镇压或遣散，部众较多者则被安插收编。1868年7月，陕北清涧境内流民三千余人被清军“一律正法”，扈彰部众被道员刘厚基收编。⑤流民队伍当中，董福祥部影响最大。其部众十余万，转战陕甘数年，与回民军、清军周旋。董福祥曾为收降与官府有多次接触。“董福祥前此曾经投诚，因全副都统不能筹办安插，是以中变。”⑥扈彰降时，“董福祥则就金和甫都护求抚，因无安插乃止”⑦。部众愈多，愈难安插，既要有政治上的一致，又要有足够的财力解决安插之费。湘军领将刘松山为左宗棠依靠的主要将领，他完成了收编董部的任务。1869年1月，刘松山军至董部大本营镇靖堡，董之父董世猷、弟董福禄开门投降，答应派人唤回董福祥，部众造册呈核。①数日后，董福祥正式降清。刘松山选其部众精壮，编为“董字三营”，“李双良、张万会等大小头目，发足粮食，作为乡导”②，又“挑选降众三千作运夫”③。董福祥部约有五千人随湘军作战，被正式纳入湘军体系。这支队伍成为后来声名显赫的甘军的胚胎。
流民武装与官府经历了由合到分，又由分到合的过程，深刻反映了清政府政策和西北政治力量对比关系的变化。官府与回民军对抗时积极利用团练、流民；当回民军占据优势时，官府转为妥协，流民队伍被排斥于官府之外；湘军入西北，官府由妥协政策再度转为战争，流民队伍被招抚收编自是必然。于此可见民族矛盾与政治形势之关系。
流民问题解决之后，左宗棠开始布置兵力进攻回民军。其方针无非“剿抚兼施”，他说：
就秦陇大局而言，其终必归于抚。而回土之中良莠杂糅，非苦心分明慎终，于始则一时虽幸无事，而后患方长，究非一了百了之计。④
在呈清廷的奏章中，他对这个意见做了进一步的说明：
此次陕西汉、回仇杀，事起细微，因平时积衅过深，成此浩劫。此时若专言剿，无论诛不胜诛，后患仍无了日。且回民自唐以来杂处中国，蕃衍孳息千数百年，久已别成气类，岂有一旦诛夷不留遗种之理。如专言抚，而概予曲赦，则良匪全无区分，徒惠奸宄，而从前横被戕残之数百万汉民冤痛未伸，何以服舆情而弥异日之患？窃惟办理之法仍宜恪遵前奉上谕，不论汉回只辨良匪，以期解纷释怨共乐升平。①
左宗棠与清廷一样，极力把回族反清说成是回汉民族冲突，这样“抚策”才能成立。同时，他说回民“久已别成气类”，包含着承认回族的特殊性意思，与其后来招抚马占鳌等政策存在着内在联系。不过左宗棠所说的“抚”与以往的抚局根本不同。他认为以前的抚局是“回抚官”，他的抚是“官抚回”，因而“抚”与“剿”的关系必须处理得当。他说：“办回务非剿无以为抚，亦非抚不能剿。虽谓剿抚兼施，其中次第曲折极多，人手稍错，便不易了，不比发逆捻逆一了即了也。”②其具体实施大体依“先剿后抚”为原则，剿为手段，抚为结局，即武力镇压回民军后，把广大回族置于清政府统治之下。
关于用兵之次第，左宗棠抓住回民军分散性的弱点，采取各个击破之策。有人说：
“自回逆倡逆以来，蹂躏两省，蔓延七载，迹甚猖獗，而实则较发捻各逆均易办，以其……各霸一方，不相统属故也。甘省回逆大势，西南以河州为重，东北以金积堡为重。两处皆陕回之逋逃薮，阳为就抚，阴则挟陕回以为之屏蔽……非先剿陕回而河州、金积之回不能抚，非剿河州、金积而平固甘凉等处之回不能抚……而进兵宜先从董志塬始，远抚而近剿，顺抚而逆剿。”③
因陕西回民军大多数并未达成抚议，成为清军首先打击的对象，而甘肃回民军与陕西回民军的联系，也成为清军发动进攻的根据。
左宗棠说：
“陕之回尽萃于董志塬，与甘回遥通声息，此剿彼窜，飙忽靡常。而甘肃之官军上下相蒙，徒苟目前之安不顾其后。”①“甘肃回逆有三处必应痛剿，一西宁之马尕三，一河州狄道之回，一金积堡之回。就三处而论，金积堡马化漋名虽投顺，却极狡诈，恃其富豪，恃其地险，为甘回所推服，阳受穆署督之抚，阴与陕甘各回相通……董志塬回逆与通贸易，故踞四年之久，廿万之众资用不绝……以大局计之，欲平陕甘回逆，非先攻金积堡不可，而攻金积堡非宁夏、固原均有劲军夹击不可。”②
时陕西回民军分散各地与清军作战。1869年3月，陕西回民军返回董志塬。面对清军围攻，他们采取合并队伍，突围北进。“并十八营为四大营，以其半护家口辎重先行，留崔伟、马正和等率悍党万余，伏董志塬断后。”③陕西回民军主力北徙平凉、固原和金积堡一线。左宗棠便指挥清军向宁夏进兵。
1869年8月，左宗棠上奏“陕境一律肃清”，着手部署进攻甘肃。清军十数万众分三路进攻。湘军刘松山部由陕北绥德西进，经定边、花马池往金积堡，是为北路之师；李耀南、吴士迈部由陇州、宝鸡趋秦州，眈视河、狄回民军，不使其入陕，是为南路之师；左宗棠自居中路，赴泾州、平凉，指挥黄鼎、雷正绾诸部由平、固北攻金积堡；此外还有从内蒙南下的金顺、张曜等部攻宁夏之北部。这一部署的目的是“使诸回各部自顾，莫相应援”④，分割回民军，重点进攻金积堡。
9月，刘松山部到达灵州境内。马化龙两次递禀左宗棠，报告陕西回民军愿意受抚，左宗棠并不相信，只是批复必须真心求抚，并“发去告示两道交该职一阅”①，告之求抚事宜交由刘松山就近负责。陕西回民军北上，给清军进攻宁夏提供了口实。马化龙代替他们向清军议抚，希望维持宁夏的抚局与稳定。此时宁夏之抚局表面上尚未破裂，左宗棠的批札称“副将马朝清”云云。“灵州已抚回目周斌诣（刘松山，引者注）营面禀‘陕回败遁灵境后，分踞甘回各庄。甘回畏其凶悍，不敢与校’等语。刘松山即飞札金积堡马朝清，令其传知各寨堡：‘官军只剿陕回，已抚之甘回安居无恐。’并令周斌选派十余人，随队行走，传示所过各回堡，俾咸知官军此来无他也。”②马化龙也再次致书左宗棠：“请将大营退札，以安民心并求派员办理抚局。”③显然，只有将本地回民军与陕西回民军相区别，才有可能保持金积堡的抚局。但这会导致清军对回民军各个击破，而且清军压境，本地回民军不可能“安居无恐”。他们与陕西回民军联合起来，希望阻止刘松山部逼近金积堡。但这时宁夏回民军仍然没有放弃以政治方式维持抚局的努力，因此他们与清军还没有在全局上形成战争状态。
这个政治冲折的过程，给刘松山军深入回民军腹地提供了机会。刘松山率军过灵州并不入城，而是直取吴忠之下桥。此举于金积堡战役影响极大。当时许多人称金积堡地势险要，其实金积堡处于黄河冲积平原，无险可守。材料中所谓“地险”，实指流经金积堡的秦渠和汉渠。此二渠由峡口引黄河之水，经金积堡、吴忠堡，下桥有永宁洞为泄水之处。故秦汉两渠之控制在于峡口和永宁洞。刘松山占据下桥永宁洞，即可将渠水泄入山水沟而不受威胁，掌握了有利地形。应该说当时马化龙对清军抱有幻想，希望以抚议解决陕西回民军问题，并没有组织兵力抵抗刘松山部，从而丧失了对下桥永宁洞的控制。刘松山正是利用了宁夏回民军与陕西回民军的区别，宣布只攻陕回，令甘回无恐，顺利地到达吴忠堡周围。左宗棠向清廷报告：“至金积堡地势险要，陕甘官员均能言之。刘松山所以得手者，在于灵州速进，先据下桥后五里之永宁洞，得以宣泄河渠之水，故能制贼，而不为贼所困。”①
金积堡回民军本与官府议抚，在理论上与清军并非战争状态，故左宗棠、刘松山亦说只攻陕西回民军。而实际上，当地回民军支持陕西回民军，刘松山并没有真正分辨这种不同，而是一并进攻。这引起了清朝官员的意见分歧。10月，绥远城将军定安、宁夏将军穆图善先后入奏，称“刘松山一军行抵灵州城北驻扎，不分良莠肆行杀戮，以至降回疑惧，陷城抢粮……昌贵等堡回民亦均变叛，有欲先占郡城之谋；平罗十八堡回民亦至昌贵等处驻扎”②。清廷令左宗棠查明入奏，但左宗棠支持刘松山，强调马化龙支持陕西回民军，并不真心求抚。从材料看，马化龙不愿使宁夏地区再度陷入战争之中，他反复与清军交涉，表示愿劝导陕西回民军受抚，甚至派人送给刘松山军粮等。但刘松山要求陕西回民军和当地回民军都交出武器，这是回民军所不能接受的。而陕西回民军见宁夏回民军屡屡议抚，“心更不安。于是禹得彦、白彦虎、李经举等之在预望城者，潜率各部众，由盐茶厅西窜。约踞宁安四百户之崔三、马生彦及马正和部众。金积堡所留之陈霖等，悉数西趋”③。
刘松山突进之际，9月10日灵州回民军杀总兵曹加正，副将陈明遂、陈永锡等，卸任和现任署灵州知州尹泗、钟兰等服毒自杀。灵州被回民军占领。11月13日，刘松山督军攻入灵州，并于马家寨搜获马化龙给参领马三重等信札。信札中令马三重等组织抵抗清军，并署“统理宁郡两河等处地方军机事务大总戎马”④。至此，议抚的可能已不复存在，金积堡回民军开始与清军的长期激战。
以金积堡为中心的回民军基地，其政治控制范围北起石嘴山、平罗，南至固原、平凉，而灵州到峡口为其核心地带。经回民军数年的备战，这里形成了雄厚坚固的军事防御体系。灵州至峡口数十里之内，筑有堡寨五百七十余处。以每一寨堡为军事支点，四周村庄相配合辅助，形成一个具有独立作战能力的军事单元。这种点面结合的军事防卫结构，寓含兵农结合的内容，使和平与战争的转换极为方便。重要的寨堡，内部聚集兵力，堡外挖掘沟壕，注入渠水，使清军不易接近。作战时，一个寨堡遭清军攻击，四周农村和寨堡出兵袭击或阻击清军，以减轻受攻寨堡的压力。兼以精锐部队集于金积堡，机动作战，或决战，或奔袭，往往给清军以沉重打击。其北部平罗、宁夏，南部固原、豫旺等地回民军主要负责截断清军粮道、阻击清军增援部队的任务。这样，宁夏回民军在平原地区建立起具有强大防卫能力的军事体系，清军进攻金积堡遭到这一军事体系的顽强抵抗。
