马安良、马福禄的这种措施当然不仅为维持官府的统治，而且他们在为官府服务的招牌下还怀有私心。回族反清斗争的出现，表明他们还不能完全控制河湟回族，因而他们通过有力打击异己势力来强化自己对回族的统治。经过这次事变，同治年间保存下来的河狄宗教势力遭到极为沉重的打击，包括马永瑞家族亦未能幸免。马永瑞的军职由其子马如蛟继承，而马如蛟之子马显文参与反清被杀。此后马永瑞家族在军事集团中衰微，只有北庄门宦马悟真家族未参与反清而得以保持军职。马福禄、马福祥兄弟，马海晏、马麒父子势力日益壮大。河州军事集团在打击宗教势力的同时，自身的非宗教化也进一步发展。
处理善后之中，马安良、马福禄等对门宦予以打击，特别是原来势力庞大的花寺门宦损失最重。不过，马安良等很注意保持河州回族社会的稳定。有人比较董福祥、魏光焘，说：“董之办河州也，未剿而即抚；魏之办西宁也，既剿而终归于抚。”①河州之抚出自马安良的说降工作，使河州免遭战火，并且这给他们在善后中保存实力留下了很大的余地。陕甘总督陶模指责董福祥在河州草草了事，“强悍之回既未痛加创惩，脱身法外，或窜赴西宁，或坐观大军成败之机以为动静”。后来搜捕为首之人，“乃回目所缚献者，概系顶替，并非正身。其敛赀，则回目任意苛诛，贫窭之回衔仇入骨”②。不少官员指出董福祥对河州宽而对西宁、海城严，失于公平，“河州本无穷之患，又欲重惩汉民，以快方张之回众。种种谬戾，不可指数”③。“董提帅办理善后，当时亦多草草。逆回头目甚多，就戮者不过数犯，其余皆系从逆小卒，而漏网渠魁多行逃匿……漏网各逆近复潜逃回籍，庇其党羽，纵贼殃良。”西宁碾伯一带回民“就抚后，马福禄办理善后未必无功，办之太急，当时之为贼首者，以帮办缉贼劳，多从幸免，就戮者大半胁从……而恶贼渠魁事后竟有赏给功名顶戴者，仍复遍处原籍”④。董福祥既然倚重马安良等，便不能不在河州问题上顾及他们的意见。从上面的材料中不难看出，马安良等在打击门宦的同时，注意保护和结纳河州回族与上层。这一打拉结合的措施既树立了他们的权势，又不至于使自己完全脱离回族上层。他们在寻求赢得官府信任和依靠之时，并没有忘记扮演代表回族的角色。要代表河州回族，就必须保护其中一部分人的利益。所以一些上层人物不仅未受损失，甚至在善后中大做文章，“任意苛诛”，掠夺下层群众。军事集团的阶级性质比宗教势力更简单、明确。
因此，河湟事变后，马家军事集团与河州回族上层社会的关系更紧密了。一方面由于回族上层中失去了足以对抗他们的势力，走上与军事集团结合的道路；另一方面马安良等有意识地把回族社会固有的组织系统尽量纳入自身体系，使其势力借助于旧的社会关系扩展到回族社会的各个角落。这样，经过河湟事变，河湟一带的回族社会政治风格发生了一次巨大的变化，即由以宗教为旗帜反清转为当兵入伍的时代。上层人物到下层百姓源源不断地加入马家军队列，构成了近代中国军事史上的一幅奇异画面。马家军事集团由此获得了其他军阀无可比拟的社会资源，得以在长达半个多世纪的时间中纵横西北，名闻遐迩。
除了一般人思想变化之外，宗教势力与军事势力的结合最为重要。此前，虽然马占鳌以著名阿訇的身份统率三旗马队，但他毕竟不是门宦家族人员，马永瑞、马悟真虽为门宦教主，亦受军职，但从材料看，他们对军职并不热心，不久就让其子弟继承职务，更不用说大多数宗教人物怀着排斥马占鳌、马安良的意见。因此，在马占鳌降清后的二十余年中，他所代表的政治道路并没有为回族上层普遍接受。河湟事变后，情况迅速变化。如上所述，马安良、马福禄等有意识地接纳宗教上层，这些人。也许是为避免追究反清责任而开始参加马家军。这种现象一旦多起来，便为更多的人仿效，遂形成一种风气。大概在1898年前后，原碾伯县知县赵龢■被调署理河州知州，他向陶模报告河州地方情形，有一段颇有价值的记载：
卑职蒙恩委署河篆以来，迄今一月余矣。查悉地方情形，治理之难，一因地方辽阔，耳目一刻难周；一因回汉杂居，嫌隙终于难解。然此不过明查暗访多方开导，秉公讯断而已。所最难措手者，回民性愚而教杂，从教之民反复而无常。伏查回教出自摩（穆，引者注）罕默德所著之经……惟河州忽有四大门宦暨各小门宦之称。四大门宦者，一曰华寺，教主则马永瑞是，马统带安良隶其教焉。一曰大拱拜，教主则喇三保是，惟大拱拜最古……故人尚清静。一曰白庄，教主则东乡之马麒、马麟是。此皆教以地名者也。一曰胡门，教主则南乡之马福寿、马福保是，倡其教者不过四十余年。他如临洮毕家场，关川大湾头，各门户不一而足……大都各守其教，各自为是。故彼勾此改，父子兄弟一门而守数教者有之，同庄共处五花八门者有之……故教只一源，而流及于千门百户。隶其教者，其家冠婚丧祭而纳亥底讶于教主……亥底讶者，即经钱之谓也。教主多得布施，临终各子孙又复经营其拱拜、礼拜寺以祀天……教名既多且广，遂以开教之祖为教名，不异其教则不能分教主之名而分布施之利。故各省之回教易治，教同而门户不分；河州、循化之回教难治，教杂而门户不一。故甘省之乱无不始于争教……故河州之词讼案件，明为田土婚姻钱债，而讼者原其究竟，多因争教而来……欲其改归圣教则非一刻可期，即欲将四大门宦并而为一，已势成犄角，亦刻难办到……①
无论其中关于回族宗教的说法有多少错误之处，但他对河州门宦及其影响的调查较以往的官员更为详细和认真。其考察的结论是，河州因为宗教门派错综复杂，造成官府统治十分困难；欲将四大门宦合而为一，事实上不可能做到。这涉及一条常见的政治规律，即一个民族只有其内部实现了统一，外部世界与它的合作才更容易实现；反之，则因组织上的分散性而造成动荡与矛盾，必然会由内部矛盾向外延伸。多民族杂居条件下，这一问题尤为严重。由于民族间的密切联系，一个民族内部的矛盾往往与其他民族问题交织在一起，加上官府从中利用，构成各种错综复杂的问题，矛盾互相刺激，一个矛盾可能引起各种矛盾的爆发。依当时河州地方官员所见，回族社会的教争最为活跃，是引发反抗的主要因素。因而河州知州杨增新曾呈请裁并门宦。①这显然是一厢情愿的想法，民族宗教或社会组织之发展水平受各种客观社会条件制约，并非人的主观可任意左右的。其实这时候新的统一性的因素已经出现。新任河州知州赵赵龢■叙述门宦派系之后接着说：
然犹幸四大门宦中尚有马镇安良兄弟为之慑服，非独怀其德，实亦畏其势也。该镇权势一日不分，河州当可安枕。大东乡，贼薮也，白庄教主之马麒、马麟皆领队焉；南乡宁河、太子寺，贼亦充斥，胡门教主之马福寿、马国礼亦领队焉。至于河州八方拱拜教下蒋饮之马队皆隶马国良部下；西乡汉回极睦，马国良兄弟亦不分珍域，办事公平，故西乡汉绅来署接谈靡不称服。得此一枢纽，自可全题在握。②
这里所指出的仅是门宦教主一级的人物，其他门宦家族子弟从军者更不会少。不同门宦人物集于马家军，政治上有了一个趋于一致的条件，教派的分歧被政治一致性所融解，相同的活动和目标对于消化各种矛盾有巨大的作用。史实表明，此后河湟地区的教争矛盾终于缓和。
这一悄然的变化实际上完成了回族上层社会从反清到降清的转折，但它在表现上却没有马占鳌的那种突然走向反面的强烈刺激。这完全是由于有了马安良集团这一中间过渡，从而使这种转变是如此的自然和不露痕迹。马安良虽为清朝官员，但他所统带均为回族士兵。宗教人物加入马家军，往往是马安良延请他们管理各自教门所属的士兵和所属的地方，这本来就是宗教组织题中之意，当然不会被门宦人物所拒绝。然而他们在身份上却发生了变化，既然担任马安良部队的“领队”，也就取得了官员的职务。从当时情况看，起初他们与官府的联系并不多，但与马安良、马国良兄弟的结合至少间接地与官府形成了一体关系。不论这当中还有多少分歧，他们之拥有官职却无可置疑。随着岁月的推移和职务的提高，双方的认同日益增多。马占鳌所开辟的道路，至此被更多的人所选择。
问题的另一面是，门宦教主仍然是教主，其宗教身份与职能并未因此而失去。他们既以教主管理教民，又以官员处理百姓诉讼与争端，无论从哪个角度去处理地方之事均无扞格。他们之于回族为宗教领袖，管理其事自无外来干涉、民族歧视之虞；他们之于官府为官员，管理地方仍其职责所系，免于排斥官府之议。变化的只是他们更多地考虑政治的安定和与官府的协调。这样，至少在河湟一带，回族在一定程度上实现了自我管理，而又免除了官府的反对。历史教育了官府，甘肃地方官员希望马家军能很好地发挥其管理回族的职能。所谓“该镇权势一日不分，河州当可安枕”，表明他们担心的不是马安良坐大，而是失去这一稳定因素。
这项重要的工程是由马安良负责的，能够顺利地完成，不仅说明马安良非等闲之辈，且也表现了民族问题之微妙。除了马福禄、马福祥兄弟出身世俗地主，一开始就直接隶属于官府外，其他宗教人物多投于马安良部队。马安良部队与宗教势力浑然一体，他在平息反清事变中，实现了与回族社会更紧密的结合，从而使自己更具备了代表回族的资格和色彩，并使河徨政治尽入其手，成为回族上层社会和官府所依赖的力量。马安良的高明在于，他既能有力地平息回族反清斗争，沉重打击河州宗教势力，又不使自己变成回族上层的对立面，反而更深地融入回族上层社会，做到了获得官府进一步信任的同时，推进了回族上层自我管理本地民族事务的政治目标的发展。正是由于这个原因，这个军事集团赢得了回族社会广泛的支持。
