(六)高山湖泊生态
在中央山脉深处或高山盆地附近，由于排水不良或自然的积水而形成了许多面积不等的水潭，称高山湖泊。典型的高山湖泊因为面积不大而且与各大河川、水域相互隔离，故湖水中除了一些水生昆虫外，往往缺乏大型的水栖动物(包括鱼、虾在内)，但因这些湖泊长期接收附近森林山坡地有机物的堆积，生长了丰富的水草，加上水栖昆虫蜻蜓的幼虫，吸引不少迁移性的水鸟来此觅食与栖息，构成一个简单的食物链。鲁凯人区域内，以知名度而言，首推台东和屏东二县交界的他罗玛淋池及巴油池(又称大、小鬼湖)两座高山天然湖泊，两湖都位于海拔2000米左右的丛山中，传说是鲁凯巴冷公主遇见蛇郎君之地。此外，在布农人分布的雪山山脉、玉山山脉，以及泰雅人分布的能高山地区，具有丰富的高山湖泊资源。如雪山的翠池虽然仅方圆数十米，但可能是东亚最高的静止水域。而规模较大的高山湖泊则有中央山脉能高山附近的白石池、万里湖和屯鹿池。卓社大山的七彩湖以及太平山附近的翠峰湖和松萝湖都有其特殊的自然景观。
(七)高山溪流生态
大多数高山族分布在中央山脉、玉山山脉、雪山山脉、阿里山山脉等海拔较高的山区。中央山脉北起宜兰县苏澳附近的北方澳，南抵台湾本岛最南端的鹅銮鼻，呈北北东至南南西走向纵贯全岛，为全岛最长的山脉，它将台湾全岛分成了西大、东小不对称的两半，东部地势较险峻，而西部则较宽缓。同时中央山脉也成为全岛各水系的分水岭，许多河流从中央山脉发源并向四周辐射，分别向东、西流入太平洋或台湾海峡。高山族村社大都傍溪而居，溪流众多，鱼类资源丰富。
如在台北县泰雅人地区有南势溪、扎孔溪、桶后溪，桃园县有大汉溪、库志溪、霞云溪、三光溪、抬耀溪、奎辉溪，苗栗县泰雅、赛夏人地区有汶水溪、雪见溪、大湖溪、大安溪，台中县有布布尔溪、大甲溪、里冷溪、十文溪、高山溪、七家湾溪，南投县有立雾溪、北港溪、浊水溪、万大北溪、卓社溪、卡社溪、峦大溪、郡大溪、陈友兰溪、丹大溪，嘉义县有后大埔溪、曾文溪、里佳溪、楠梓仙溪，高雄县有荖浓溪、新武吕溪、邦腹溪，屏东县有隘寮北溪、口社溪、林边溪、七佳溪、牡丹溪、大梅溪、港口溪、大武溪，台东县有水母丁溪、秀姑峦溪、丰年溪、卑南溪、金仑溪、安朔溪、太麻里溪、鹿野溪、拉库拉库溪、知本溪、大南溪、加拿溪，花莲县有花莲溪、美仑溪、砂卡礑溪、番薯寮溪、丰滨溪、乐合溪、寿丰溪、丰坪溪、富源溪、清水溪，宜兰县有和平北溪、眉溪等溪流。
这些山溪多有优美的地质、地貌风光，瀑布群与野溪温泉资源。如在苗栗县泰安乡蓬莱村赛夏人巴卡山社附近的山溪里有罕见的壶穴景观。南投县仁爱乡亲爱村泰雅人万大部落所在的万大北溪上游支流有奇特的氧化铁流奇景。在褐色的矿岩滩中，一道红褐色的氧化铁绵延而下，仿佛一条红色的铁流。花莲县丰滨乡丰滨村阿美人八里湾社山区有一种俗称台湾蓝宝的“水晶翠”矿藏，山间有一处风景优美的湖沼，有开发观光的潜质。嘉义县阿里山乡来吉村是女歌星汤兰花的故乡，来吉村与阿里山邹人早在20世纪70年代就成为台湾家喻户晓的高山族部落。近10年来，来吉更成为知名的观光去处，境内的邹人祖灵的住所塔山、断崖、洞窟景观都是颇受欢迎的景点。
在泰雅人分布区域内，桃园县复兴乡霞云村优霞云部落有铁木瀑布，三光村武道能敢部落有舞赖温泉，台北县乌来乡乌来村有乌来温泉，“乌来”系泰雅语“urai”的音译，意思是“热水”“温泉”。新竹县五峰乡桃山村泰雅人清泉部落的温泉自20世纪五六十年代即名声远播，当年蒋介石曾将张学良将军长期软禁在清泉温泉，着名的小说家三毛女士也曾在此赁屋写作。新竹县尖石乡秀峦村温泉资源丰富，野溪温泉绵延数里。
南投县仁爱乡精英村赛德克人庐山部落的庐山温泉已成为着名的风景区。南投县信义乡东埔村布农人东埔部落是台湾地区海拔最高的温泉风景区，这里的温泉属弱碱性碳酸泉，没有硫黄温泉的刺鼻味，泉温适中，十分有名。苗栗县南庄乡赛夏人的八卦力部落境内有八卦力溪，有着全台湾水质最纯净的溪水。嘉义县阿里山乡邹人达邦村兹纳安部落旁的后大埔溪水质清澈，上游鱼虾丰富，并有一座雄伟的大瀑布。
台东县大武乡大乌村排湾人加罗板部落附近有一座“普萨维基盎”(Pasabiki-an)温泉，并有清代浸水营古道(阿朗-古道)路过加罗板。台东县海端乡利稻村布农人利稻部落有一座栗松温泉，温泉附近的石壁上因矿物质凝结而形成美丽的彩绘石壁。本乡雾鹿村布农人雾鹿部落的野溪温泉因温泉盐类凝结堆积而形成柱状火山喷泉。南投县鱼池乡日月村1~10邻的依达邵部落，是邵人最集中的居住地。依达邵位于日月潭畔，是“台湾八景”中的绝胜。
为保护溪流鱼类及其栖息环境内的野生动物而建立的保护区，有高雄县那玛夏乡楠梓仙溪野生动物保护区，面积274.22公顷；有台东县海端乡新武吕溪鱼类保护区，面积292公顷，范围包括从台东县海端乡卑南溪上游新武吕溪初来桥起，至支流大仑溪的拉库拉库温泉，另一支流雾鹿溪的利稻桥，以及另一支流武拉库散溪5.5公里处。台中县大甲溪流域七家湾溪集水区建立了樱花钩吻鲑野生动物保护区，保护樱花钩吻鲑及其栖息与繁殖地。
(八)地质景观资源
阿美、卑南人居住在花东纵谷南北两端。花东纵谷位于海岸山脉与中央山脉之间，是台湾最大的河谷，全长150公里，宽1~3公里，是台湾岛最重要的地质构造，是菲律宾海板块与欧亚大陆的碰撞带。至今，菲律宾海板块(海岸山脉)还一直挤压欧亚大陆，造成台湾岛每年产生7~8厘米的压缩。虽然台湾岛持续在压缩，但也在增高，大约每年以1厘米的速度成长。花东纵谷是两大板块的交会处，但真正的板块接触带是纵谷断层，在巨大的挤压力下，纵谷断层每年以3~4厘米的速度向中央山脉接近，所以在纵谷中许多地区可以观察到断层活动的现象。这里的岩层构造丰富，常见深海地壳形成的基性火成岩、泥岩、火山碎屑岩等，形成多样的地貌、地质景观，同时也造成丰富的温泉现象。
位于花东纵谷中海岸山脉上的安通温泉也很有名。安通温泉位于欧亚大陆与菲律宾海板块接触的永丰断层上盘，上盘的岩石属于番薯寮层，地表位置在番薯寮层与凝灰岩岩块之间，温泉水沿着永丰断层上升到地表浅处，再经凝灰岩岩块的裂隙至地表。恒春阿美电光部落附近的泡泡泥泉也处在永丰断层附近，但岩盘为利吉层泥岩，所以上升的温泉水携带大量的泥，形成泥泉，或称泥火山，富含天然矿物质，属温泉疗养中的上好去处。
(九)海域生态资源
台湾岛四面环海，海岸线全长1141公里，此外还有小岛70余处。由于板块运动、海水、季风作用与沿岸流影响等，使得台湾各区的海岸地形呈现不同的风貌，具有保存与观赏的价值，是台湾发展生态旅游的优势条件之一。
北部、东北部和东部海岸丰富的礁岩生态系形成独特的海蚀地形，有海蚀平台、海蚀洞等表现形式。它们由各种不同的岩石组成，但因组成的地质不同，经海水长期冲刷侵蚀及东北季风不断地吹袭、烈日曝晒，本生态系多呈现特殊地貌景观。如基隆市的千叠敷、野柳附近的海蚀平台及豆腐岩、鼻头角附近海蚀地形以及东部的石梯坪等。礁岩提供许多附着生物固着的场所，例如藤壶、贻贝、牡蛎等，这些附着生物也成为礁岩区鱼类重要的食物来源。另外，礁岩的一些孔穴、缝隙也是许多鱼虾蟹类的栖地。另因环境恶劣，本区的植物多利用岩缝生长，多呈现不同的观赏形态。礁岩生态系的另一大特色就是拥有大小不等的潮池，每一潮池都自成一个小型但完整的生态系。
岩岸生态系是提供最佳的鱼获量的场所，例如东北部的宜兰附近有一个涌升流海域，带来了深海丰富的营养盐，产生很高的生产力，再加上金山，万里向北延伸的大陆棚、浅滩，都是很优良的渔场。而花莲、台东的岩礁因黑潮带来的大洋性洄游鱼类，主要的鱼种有旗鱼、鲔鱼、鲭鱼、鲣鱼等。为保护岛屿生态系及其栖息之鸟类、野生动物而建立的保护区，如棉花屿、花瓶屿野生动物保护区，面积226.3824公顷，范围包括基隆市棉花屿、花瓶屿全岛及其周围海域，该保护区中还有奇特的火山地质景观。
从淡水河南岸至屏东枫港附近的西部海岸，以泥沙岸为主，而河川的输沙与沿岸流的作用，形成许多沙洲、沙嘴、泻湖等堆积性海岸。沙岸由泥沙、细沙或贝壳沙组成，因藻类无法在这种不固定的底质生长，且水中缺少有机质，浮游生物也少，故沙岸中除螃蟹外，不易见到其他生物。本区的植物为适应多变的环境，多呈匍匐蔓生的现象。在沙岸上可见到为数甚多的螃蟹洞穴及螃蟹挖掘洞穴时所带出之沙团。沙洲、泻湖等地对海洋生物有哺育幼苗、增加生产力的功能。宽广平坦的潮间带沙滩，更孕育了许多如牡蛎、文蛤、竹蛏、西施舌等经济性贝类的幼苗，是重要的浅海养殖地区，也是许多蟹类、鸟类的重要栖息环境。这一生态系统主要分布在台湾西部海岸、东部宜兰海岸、金门等地，西部的彰、云、嘉三县海岸因为飘沙堆积盛行，沙洲、泻湖等半封闭的水域地形发达，是许多海洋生物孕育幼苗的场所，也是周围海域鱼类资源补充的重要来源。
南部的海域生态以珊瑚礁为主要特点，集中分布在台湾南部、东北角、东部以及一些离岛，例如绿岛、兰屿、小琉球、东沙等。台湾现生的珊瑚种类约有250种，约占全世界总珊瑚种数的1/3以上，然而台湾珊瑚礁的面积却不到全世界的1‰，由此可见台湾珊瑚种类多样性之高。珊瑚礁是许多鱼类孕育子鱼的场所，全世界共有6000~8000种珊瑚礁鱼类，台湾占了约1500种。另外，还有许多海葵、螺类、海蛞蝓、海胆等各式各样的无脊椎动物生活在珊瑚礁中。在热带珊瑚礁海域的渔业，有90%是仰赖健康珊瑚礁所提供的生产力作为补充资源，可见珊瑚量和海洋资源的丰富度有密切关系。在屏东以南的恒春半岛，绵延的珊瑚礁海岸，海洋生态非常丰富，当地的珊瑚种类超过200种，热带鱼类也有800~1000种，为台湾最具代表性的珊瑚礁生态系。这里海岸地形崎岖不平，在海水的作用下，形成许多海蚀沟。
雅美人远居兰屿岛上，兰屿是一个位于台湾东部的小岛，距本岛65公里，面积约46平方公里，正确位置为东经121.8°，北纬22°。它是一个火山岛，基岩为第三世纪海底火山喷出物的火成岩为主，全岛周围被珊瑚礁围绕；岛上奇岩矗立，景色秀丽，岛上因盛产蝴蝶兰而闻名，所以称之为“兰屿”。岛屿近海一年四季均可潜水，且因黑潮带流过，海水清澈，能见度可达30米以上，是台湾最好的潜水场之一。东部海岸以断层海岸为主，另外也有冲积平原、海蚀地形与珊瑚礁的分布。
二、人文生态资源
20世纪80年代以来，高山族通过“正名运动”等社会运动逐渐发声，透过物质文化、精神文化与制度文化各个层面恢复与重建传统文化，展现了高山族亘古以来建立在祖灵信仰基础上的坚强文化和精神重心。此外，台湾人口族群复杂且居住年代可溯及数千年前，故古代文化遗址丰富且集中在高山族地区，加上高山族的古代历史遗迹，构成别具一格的人文生态景观。
(一)古代文化遗址
1980年台湾大学考古队展开卑南遗址挖掘工作，着名的板岩石板棺就是由卑南遗址所出土。1984年屏东师院教授高业荣在高雄县茂林乡旧万山村发现千年石刻，在屏东县玛家乡北叶村发现距今2200~400年前近现代排湾遗址，在屏东县雾台乡雾台村发现距今2200~400年前排湾遗址。同年，陈仲玉在花莲县秀林乡富世村发掘泰雅文化遗址。两年后，陈仲玉在花莲县秀林乡富世村发现碳十四年代900±40B.P.~670±80B.P.的泰雅文化遗址。1989年，花莲县寿丰乡水琏村发现距今2000~1000年前阿美文化遗址。
此外，南投县仁爱乡发祥村泰雅人的瑞岩部落，是泰雅人赛考列克群中与红香并称的两大历史最古老的部落。这里是本群神话中的发祥地——“宾斯布甘”(Pinsbugan，意为“裂开”)岩所在之地。据说，本群人是从山脚下北港溪畔一座“斯巴洋”(Spayan，意为“分手之地”)的低位河阶，逐渐向北分散迁徙而出。在斯巴洋台地上一座裂为两半的巨岩“宾斯布甘”就是赛考列克群的发祥地。
台东县卑南乡建和里卑南人建和部落有一处对卑南人来说最重要的史迹，就是距离部落南方约12公里、位于太麻里乡三和村海岸高处，一处被认为是卑南人祖先最早从太平洋登陆台湾所植的竹丛，卑南语叫做“勒布洼岸”(Lerpuwa-an)或“巴纳巴岸”(Panapa-an)，意思是像蒸麻糬那样地“慢慢发起来”，即“发祥地”之意。
