光绪二年(1876年)，福建巡抚丁日昌至台主持台湾事务，曾于1877年3月厘定“抚番开山善后章程二十一款”。光绪十一年(1885年)，台湾建省，刘铭传任首任台湾巡抚。刘铭传在理番事务上，先是南征北战讨伐高山族各社，迫使很多高山族离开原居地迁往中央山脉山区。但刘铭传很快发现讨伐之功收效甚微、甚至作用相反，故于后加采抚育政策。首先是于光绪十二年在埔里社及宜兰设立生番教化所，其后又于十八年在台北设番学堂，试图推展高山族启蒙教育。可惜就在这一年，刘铭传挂冠而去，刚推行不到一年的怀柔政策被迫中止，继任巡抚邵文濂对番政不甚注重，废除了番学堂，自此，番政渐驰。
1895年，日本发动侵略中国的甲午战争。清政府战败后，与日本签订了丧权辱国的《马关条约》，将台湾岛割让给日本。从此到1945年期间，台湾沦为日本的殖民地，日本对台湾各族人民实行殖民统治长达50年之久。日本侵占台湾后，日本的人类学家继续使用“高山番”与“平埔番”的二元分类系统。高山番即生番，平埔番即熟番，前者之中包括所谓化番，指日月潭畔邵人的水社化番和石印社化番。日据初期，熟番和化番受一般行政统治，待遇与汉人完全相同，但生番则设置特别行政区，与熟番受到的汉人待遇不同。生番中的阿美人当时被日本人认为已“进步”到化番的基本程度，被变通编入一般行政区，是生番中的特例。
20世纪初，日本学者和殖民政府以“平埔族”一名代换之前的“平埔番”“熟番”，以“高砂族”代换之前的“高山番”“生番”。“高砂族”被分为泰雅、布农、邹、赛夏、排湾、卑南和阿美人等族群。雅美和鲁凯人稍后被增加进来，成为高山族传统“九族”分类之始。日人据台后，最初对高山族采取怀柔政策，但政令难以推行，继而改采取镇压手段，逐渐平定今属泰雅人的卡欧坎番、马里科湾番、基纳奇番、北势番、白狗番、马雷帕番、夏卡洛番、溪头后番，以及今属赛德克人的雾社番、今属太鲁阁人的太鲁阁番等大番社，没收其所有枪械弹药。后来，布农人、排湾人等也激烈抵抗。日本人遂派大批警察前往镇压，迫于无奈，各族群最后只得投降并交出枪械。
为了监控高山族，特别是像泰雅、布农、排湾、赛德克人等反抗意识强烈的族群，日警将他们的一些部落迁出原居地，从高山赶至远离故地的条件恶劣的河谷、沼泽、台地等地，与其他族群混合居住建立新社，从此打破了过去高山族各族群聚族而居的传统地理分界。日本人不断招募汉族客家人进入山区从事伐木、制脑等工作，使汉人开始深入高山族山区腹地，逐渐形成多民族、多群体组合混居的新型村社。不过，即使是在这样的村社中，各个族群仍各自聚族为营，造成大混居里的小聚居局面。高山族在日本人的殖民统治下，生活普遍贫困。但日本人在高山族地区大力推广水稻种植，部分高山族如卑南、阿美人地区地势平坦，适宜种植水稻，比起其他山区的高山族来，生活水平稍好一点。
三、1945年后至今
1945年国民党收复台湾后，台湾当局使用“平地同胞”和“山地同胞”取代之前日本人的“八族”或“十族”分类系统，用意在移除日本统治时期对高山族所带来的影响，以加强高山族也是中华民族的一部分的意识。1949年以来，台湾省在国民党的控制下，资本主义商品经济达到了比较发达的阶段，台湾经济被称为“亚洲四小龙”之一。在发达的商品经济的影响和推动下，高山族的农耕兼渔猎经济发生了巨大变化。高山族居住的地区，也多建立了现代工业、现代农业，高山族人民，特别是居于沿海和平原的平埔人生活水平得到很大提高，但各地生产力水平和经济发展程度差距较大。尤其是居住在海拔较高山区的高山族经济发展依然缓慢，生活水平相对较低。
在20世纪70年代的经济工业转型、社会现代化过程中，台湾农村社会普遍经济凋零，生活困苦，加上政治上的动乱，迫使高山族部落的青壮年人口，特别是对于没有保留地的“平地山胞”，如花莲、台东的阿美人而言，离开“原乡”进入需要劳力的都市谋生，是唯一的出路。这些从山地乡镇市离开、移居都会地区的第一代高山族及其后代，形成了一个新的城市群体——“都市原住民”。根据《2002年台湾原住民统计年鉴》数据，截至2002年年底，在高山族432516人的总人口中，有147365人设籍都会区，占高山族总人口的34.07%。其中，居住在桃园县、台北县、台中县、台北市的“都市原住民”人口均逾万人，此外，在高雄市及其他各大都会地区都有不同族群的“都市原住民”。
第四节生态资源
高山族世代居住在台湾省，全省由台湾本岛和周围属岛以及澎湖列岛两大岛群，共80多个岛屿组成，陆地总面积35989.7573平方公里。农耕面积约占土地面积的1/4，森林面积约占全境面积的52%，海岸线总长达l600公里。其中，台湾本岛南北长394公里，东西最宽处144公里，绕岛一周的海岸线长1139公里，面积35788.0908平方公里，约占全省面积的97%，是中国第一大岛。台湾本岛是一个多山的海岛，高山和丘陵面积占2/3，平原不到1/3。中央山脉、玉山山脉、雪山山脉、阿里山山脉和台东山脉(又称海岸山脉)是岛上的五大山脉。台湾岛地形中间高，两侧低。以纵贯南北的中央山脉为分水岭，分别渐次地向东、西海岸跌落。但由于高山多集中在中部偏东地区，就形成了东部多山地，中部多丘陵，西部多平原的地形特征。台湾除了有丰富的水力、森林、渔业资源外，其他自然资源有限，自产能源只有少量煤、天然气，金、银、铜、铁等金属矿产也较少，主要储藏于北部火山岩地区及中央山脉。
高山族居住在以中央山脉为中心的纵贯南北的山区与台东纵谷，拥有丰富的自然生态资源。此外，高山族地区的各种古代文化遗址、独特的生活习俗及庆典祭仪，亦发展出丰富而多样的文化风俗。这些都为发展台湾的生态旅游提供了良好的人文生态资源。
一、自然生态资源
(一)热带海岸林生态资源
台湾整个海岸线周围都属于海岸林生态系，包括海飘林及沼泽生态系等等，东部主要区域是噶玛兰人、阿美人、卑南人、排湾人居住地区，西部主要是平埔人居住的沿海地区。其中，垦丁国家公园香蕉湾为海漂林生态系，沿海河口或泻湖附近则是沼泽生态系，分为草泽和林泽两大类，草泽以一年生草本植物为主，林泽为红树科植物。河水自上游携带下来有机养料，在河口区大量层积，故植物生长茂密。因河口盐度变化大，能适应这种恶劣环境的植物不多，因此多形成大片单一物种如淡水竹围的水笔仔纯林和关渡、竹围的茳茳碱草和芦苇等。沼泽生态系最常见到的动物是以腐烂有机物为食的招潮蟹，此外还有弹涂鱼及沙蚕等，这些生物都是鸟类喜好的食物，因此在水鸟的迁移季节，常可见到成群的水鸟聚集在沼泽生态系觅食。
在高山族所在沼泽生态区域内，有的地方已建立了保护珍贵湿地生态环境及栖息于此的鸟类的保护区，如宜兰县无尾港水鸟保护区，面积101.6194公顷，范围包括苏澳镇功劳埔大坑罟小段、港口段港口小段、岭脚小段等海岸保安林地。为保护河口、海岸生态系及其栖息鸟类、野生动物而建立的保护区，有大肚溪口野生动物保护区，面积2669.73公顷，范围包括跨台中县与彰化县境之大肚溪(乌溪)河口及其向海延伸2公里内之海域；有兰阳溪口水鸟保护区，面积206公顷，区域主要在宜兰县兰阳溪下游河口(噶玛兰大桥以东河川地)；有新竹市滨海野生动物保护区，面积1600公顷。
红树林生态系是台湾西部海岸河口特有的生态系。台湾的红树林原有三科六属六种，因海岸的开发，现存4种，分别是水笔仔、海茄苳、红海榄及榄李等。红树林种类的分布越往北部种类越少，南台湾的红树林主要树种有海茄苳、红海榄、榄李等；北部仅存水笔仔一种。红树林生态系主要分布在台北的关渡、竹围，嘉义的北门、朴子溪口及台南的四草、永安盐田等。在台南市还专门建立了四草野生动物保护区，面积515.1公顷。
(二)亚热带、温带阔叶林生态资源
高山族所在山区，地跨北回归线，拥有丰富的亚热带、温带阔叶林生态资源。亚热带阔叶林生态分布在北部海拔500米、南部海拔700米以下的山区。其森林组成复杂，主要以樟树和楠木为主，也有侏罗纪时代的树蕨——笔筒树、相思树与五节芒等，约有1300多种植物，占全台植物种类的32%，是第二丰富的地区。目前已建立保留区的地方，有北部的满月圆、内洞森林游乐区，东部的池南、富源、知本森林游乐区及南部的双流、垦丁森林游乐区等。
温带阔叶林生态分布在海拔500~1800米之间，由于气候温和、水气充足，最适合植物生长，这里拥有台湾43%的生物，是台湾野生动物最丰富的地带。主要组成树种有樟科与壳斗科树木。此外，还有大片人工造林树种。以天然林生态特色为主的森林游乐区有东眼山、惠荪、溪头、八仙山与藤枝森林游乐区等；东眼山、藤枝与明池森林游乐区同时保有天然林与人工林的景象。在花莲县卓溪乡建立了玉里野生动物保护区，面积11414.58公顷，保护原始森林及珍贵野生动物资源。
(三)暖温带针阔叶林混合生态资源
在海拔1800~2500米之间的山区地带，是暖温带针阔叶林混合生态，这个海拔高度主要是泰雅、邹人的传统居住区域，这里气候凉爽、云雾缭绕，因而有全世界质量最好、材积最大的桧木林(红桧、扁柏)，同时这里也是冰河时期遗留下来孑遗植物的栖息地。这里同时还是阔叶林和针叶林的交会带，台湾野生种的樱花及叶子会变色的红叶植物都生长在这个环境。
以桧木原始林为主题的保留区，有北横的达观山自然保护区及宜兰的明池森林游乐区、太平山森林游乐区等。中部的武陵、奥万大及阿里山森林游乐区等皆为赏樱、赏枫的好去处。其中，位于新竹县秀峦村泰雅人镇西堡部落的栖兰森林游乐园，有台湾面积最大的原始桧木巨林，范围从部落南方沿直线距离4公里处的马望山鞍部算起，一直向东逶迤至6公里处的170号林道为止，总面积5万公顷，已列入“行政院”所公布的“栖兰野生动物重要栖息地”。镇西堡的桧木巨林非常原始古老，被外界称为“神木”，是有望列入联合国教科文组织“地球资产”(World Heritage)名单的台湾之宝。
(四)冷温带针叶林生态
在海拔2500~3000米之间的山区，是冷温带针叶林生态系，这一原本只出现在北方寒冷国度的针叶林，因台湾有发达的高山地形，其气候特征类似冷温带，因此在本岛的高山上也发育形成冷温带针叶纯林。常见树种有生长在气候干冷地势陡峭、容易崩塌的山坡地的铁杉纯林，以及生长在温暖、云雾缭绕及土壤较肥沃的谷地中的云杉，在沙里仙溪上游及南湖溪流域有大片的云杉林。这个海拔多为泰雅、赛夏、排湾、鲁凯人的传统狩猎、采集区域。本区温度偏低，土地易崩塌，生活环境十分严苛，更特别的是，在森林火灾过后，会自生箭竹林、二叶松林或白木林。台中县和平乡博爱村泰雅人的十文溪部落附近有五叶松巨木林。台东县延平乡红叶村布农人红叶部落有一座自然生长在鹿野溪上游两岸的苏铁林山，现在已被“农委会”公告为自然保留区。
(五)亚高山针叶林生态
中央山脉、玉山山脉及雪山山脉海拔3000~3500米之间的高山地区，是高山针叶林生态系，这里也是泰雅、赛夏、布农人传统的狩猎、采集区域。主要组成物种为生长在山坡排水良好之地的冷杉及性好润湿、肥厚土壤谷地的玉山圆柏，林下通常只有玉山箭竹覆盖，植物种类仅约40种，占全台植物物种比例的1%，但这里的森林组成与北纬50°~70°的北方针叶林(俗称“黑森林”)相似，是全世界分布最南端的黑森林。这里也是高海拔生物最重要的栖所，有些鸟类就是靠冷杉松果为食度过寒冬。
