第三师因抵挡不住敌人的攻击后撤时，陈赓殿后指挥掩护人员。结果在下午1时脚上挨了一枪，倒地不能行走。为了防止敌人追上来认出自己或搜查他的口袋发洋财，他挣扎着脱掉军装，从山坡上滚下去，跌在一条田沟里，血把沟里的水都染红了。连长卢冬生跳下来照顾他，陈赓却要卢冬生快走，不要管自己。
就在这时，国民党的追兵上来了，卢冬生只好躲到附近的草丛里，陈赓把脚上的血往脸上身上乱抹，装成死人。果然，敌兵见他只有背心和短裤，身上又到处是血，只踢了一脚就走了。几小时后，又听见有人来，陈赓马上又闭上眼装死。身上挨了一枪托后，他偷偷睁开眼一看，身边来的人脖子上系着红领巾。于是他高声喊着“自己人！”卢冬生这时也从草丛中跑出来，招呼叶挺部队的战士把陈赓抬了下来。
担架到了瑞金城后，周恩来、叶挺和许多同志去安慰他，陈赓忍着伤痛叙述着战况，并说道：“政治斗争是很残酷的，许多老战友对杀起来。钱大钧部队里那些黄埔同学，在战场上那样拼命作战，真是中反革命的毒太深了！我们如果要获得胜利，专凭硬打还是不够的！”
的确，原先的“同学同道”的黄埔生，现在由于各自站的阶级立场完全对立，只能在战场上相见。国共之间的正规军和黄埔生第一次交手，就表现出战争的残酷性，其实这也正是中国社会上阶级对立严酷性的必然表现。既然刀兵相见，各自都要压倒对手，战场上争取胜利高于一切，就不可能有什么顾及同学交情可言。
占领会昌的第二天，第二十军已经撤回瑞金休整，第十一军在会昌城内清点战利品，突然发现黄绍竑的一部又集中在会昌东门外附近并占领了有利地形，切断了会昌与瑞金的联系。这时第二十四师、第二十五师又出城拼死奋战，再次把敌人击退。
聂荣臻回忆当时的情形说：
我们一发现敌人，就组织反击，黄昏的时候，把敌人打退了。经过这几仗，我深感起义军的英勇精神是不成问题的，但我们这些人都很年轻，都缺乏战役战斗指挥经验，碰到敌人就是硬拼，所以往往一仗下来，把敌人赶跑了，歼敌不多，自己伤亡却很大。
会昌一仗虽然打赢了，缴获枪支近5000支，敌军损失了约5000人，其中被俘近1000人，钱大钧带领的7000人的部队只剩下3000人向南逃走。起义军的损失约为敌之三分之一，然而这种表面上的胜仗仔细讲来仍是得不偿失。
会昌一仗，第十一军伤亡了1000余人，第二十军伤亡了700余人，对于起义军来说等于损失了七分之一的兵力。此外，这一仗虽然缴枪很多，却尽是敌军遗弃的打完了子弹的空枪，部队子弹消耗过半，缴获的抵不上消耗。敌军伤亡和武器损失虽大，却马上可以得到补充，起义军在无后方作战的情况下补充却非常困难。
尤其糟糕的是，会昌一战后负伤的1000多伤员无法安置，如果留在当地，部队一走很可能会被反共民团武装杀害，而且在农村也无医无药治疗。然而带着走，更是困难重重。有军事知识的人都知道，在无后方作战的情况下，部队最怕有伤员。如果对作战受伤的人弃之不管，必然严重影响士气，以后打起来谁还肯再拼命向前？可是要管的话，没有后方政权机构、没有根据地，又向哪里安置呢？谁给他们饭吃和治疗呢？要带着走的话，一个伤兵要几个人抬。会昌下来的伤兵找不到多少民夫来抬，只好由部队自己带着走。另外缴获的枪也舍不得丢，准备下一步扩军时用，也更增加了部队的负担。
起义部队占领了会昌城后，参谋长刘伯承马上跟着跑进县政府，翻检钱大钧部留下的文件，并找近日的报纸。起义部队离开南昌近一个月，不仅没有接到党内的指示，连报纸都看不到，对敌情和国内的政治形势变化都一片模糊。不“知己知彼”，这仗真难打呢！
翻着报纸，刘伯承好像一个久渴的人得到了甘泉，头脑顿时清晰了许多。突然，他看到报上登着的第二十军参谋长陈浴新的反共通电，这个家伙原来就是一个思想与共产党人格格不入的旧军官，离开南昌后一星期就拉走700人叛变，并不足为怪。糟糕的是，这个家伙在通电中详细说明了南昌起义军南下广东的计划和进军路线，下一步的企图完全暴露了。
刘伯承拿着报纸，马上回去找到周恩来，建议立即召开参谋团会议。周恩来也同意开会研究，于是起义的军事领导们又讨论了下一步的路线。
会昌战斗后，要尽快进入广东，当时，有两条路可走，一是从会昌直接南下，经赣南走寻乌到海陆丰，然后夺取广州。这条路短，是条捷径。而且刚刚击败钱大钧、黄绍竑部，乘胜利之威，有可能在敌军新败的混乱形势下顺利地进入广东。
可是多数人经过研究，认为不能走这条路，原因是有上千的伤员，还有许多的辎重，走捷径运输困难，最后决定，再折回瑞金，改道入闽，经汀州上杭走水道，把伤员和辎重都装上船，沿汀江、韩江而下，直趋潮汕平原。
这样，起义军全体由会昌又折回瑞金，休整部队。经过动员，当地有少数进步青年参加了队伍，部队总算在南征中有了一点人员补充。在瑞金休整的时候，周恩来和周逸群又提出贺龙的入党问题。早在大革命后期，贺龙就已经提出了跟随共产党的要求，南昌起义时已要求入党。
经过起义的实践和会昌这场恶战的检验，证明了贺龙对共产党和革命事业的忠诚，应该吸收他加入。当时在革命委员会中任委员长的谭平山，过去与贺龙关系就很密切，也力主吸收贺龙入党。
经以周恩来为首的中共前委讨论通过，以周逸群、谭平山两位为介绍人，在瑞金县城河边的小学校里正式举行了贺龙的入党仪式，周恩来、李立三、恽代英、张国焘等负责人都出席。面对着写有“CP”式样的鲜红的党旗，贺龙郑重宣誓道：“信仰共产主义，执行决议，服从纪律，努力作一个忠实党员！”
值得后人感叹的是，当时主持仪式的是中共最老的党员、身为中央代表的张国焘。在仪式上，周恩来、恽代英都以亲切的口吻表示祝贺，而那个自恃甚高的“张特立同志”却口口声声以教训的口气要贺龙注意服从党纪。10年后在延安会议上，当大家声讨批判张国焘的错误时，贺龙重提了往事，谴责这个老共产党员倒变成了军阀、土匪，这正好与10年前的情景形成了鲜明的对照。历史证明，恰恰是贺龙以后始终实践了自己的誓言，在极端困难的条件下仍跟着共产党革命到底。那个张国焘原先总是教训比他后入党的人，自己却跑到了叛党的道路上，真是大浪淘沙，对比何其鲜明！
在贺龙入党的同时，郭沫若也在瑞金入了党。此前，作为革命文人和国民党左派，他激烈地站在反蒋斗争前列，并坚决拥护中国共产党。考虑到他的表现和要求，周恩来代表前委决定吸收他入党。在那个时期，正是相当多的共产党员和投机分子脱逃、退党之时，像徐特立、贺龙、郭沫若在这时积极要求入党，真是十分不易！
在瑞金城内，前委就下一步的政治方向也召开会议讨沦。虽然这时得不到中共中央的指示精神，也不知道党的“八七”会议已经决定彻底与国民党决裂，不过周恩来、李立三等多数人通过这一路行军，感受到从南昌起义以来打起的“中国国民党革命委员会”的这面旗帜并不能吸引广大群众。
会议上，周恩来首先表态说：“国民党的名义已经为工农所唾弃，继承‘国民党正统’只是一种机会主义的梦幻！”
谭平山此时担任着那个“国民党革命委员会”的委员长，是起义机构对外名义上的最高领导人，可是情绪却很低落，甚至整天唉声叹气。
他在一路上看到群众情绪冷落的种种实况，虽然也承认现在打着“国民党”这面旗帜，与3年前刚刚改组国民党时能引起社会各界响应的情景大不相同，不过仍不想马上放弃。谭平山坚持认为，只有打着这面旗帜，才能多团结些人，使共产党免于孤立。
李立三当时也坚决主张，应扔掉国民党左派这面旗帜。张国焘过去在党内就往往被人批评是机会主义，遇到重大问题态度经常是模棱两可。在这次讨论中，他一会儿又说国民党旗帜不再有吸引力，一会儿却又说共产党还是不过于暴露才好。
最后，前委会议作出了决定——“建立无产阶级领导的工农政权”。这一决定，说明在远离中共中央的情况下，南昌起义的领导人自己也决定了一项重大的政策转变。
刚刚作出这一重大决定，走出约50公里后，到了汀州（今福建长汀），前委再次开会，大家感到占领潮汕海口后会遇到外国军舰，有许多外交难题。如果直接用共产党的名义对外，这样既不是一个政府，又可能会引起坚决反共的西方列强和日本的干涉，不如还继续用一下“国民政府”的名义为好。
大家经过一番研究，决定继续保留“中国国民党革命委员会”的名义，对外仍宣称谭平山为这个“革命”的“国民政府主席”，并把已经出洋的原武汉政府的外交部长陈友仁等人列名其中。
谭平山刚刚被解除了对外的名义职务，这时又要他继续作为对外的旗帜，情绪更不高。在路上他发了不少牢骚，也基本不参加起义部队的实际领导。作为一个中国共产党建党时的老党员，广东共产主义小组的发起者及共产党在原武汉国民政府内两名部长之一，谭平山过去是有历史功绩的。不过他这时表现出的消极态度，在组织上和同志们看来自然是很不应该的，并留下了坏印象。不久他受到批判甚至被开除出党，在此也种下了前因。
由于没有及时扔掉“国民党革命委员会”这面旗帜，以后中共中央在批评南昌起义时，就称其为“机会主义”，并以此为主要理由处分了主要负责人。事实上，在不了解中央已经变化了精神的情况下，南昌起义领导人开始打出的旗号，其实是遵照中共中央在起义前的指示。在瑞金的时候，周恩来等人已经主动地决定更改旗号，只是顾虑多一些、动手晚一些而已。
