1.太阁的复仇
在明军威如泰山般的重压之下，日本人彻底丧失了北进的勇气。丰臣秀吉下令各部退屯南部沿海一带休整，以待东山再起。宇喜多秀家、毛利秀元屯兵釜山，小西行长驻扎金海城，加藤清正占据梁山城，锅岛直茂扎营竹岛，黑田长政屯驻机长城，岛津义弘、岛津忠恒父子及水军在巨济岛(又称唐岛)。
八月初六，丰臣秀吉令釜山各部，多多蓄积薪柴、木炭，准备御寒过冬之需。
对丰臣秀吉来说，朝鲜是他实现称霸亚洲大业的奠基石，所以他断断不会把吞下的金蛋吐出来。于是在二十三日，他又通知前方各将，和议一事尚未有定论。各部应加紧抢修城垒，不得怠慢。一旦和谈破裂，当再起大兵，彻底荡平朝鲜。
但是，想要荡平朝鲜，谈何容易？明军的介入，一下子把嚣张的日本人打回原形。如果是败在李如松手里，丰臣秀吉还可以找个理由为自己解套。可是第一次晋州之战，在弱不禁风的朝鲜人面前，日本人竟然溃不成军，这是丰臣秀吉起兵几十年来从未有过的奇耻大辱，于是就有了一个月前灭绝人性的屠杀，以报去年晋州惨败之恨。
复仇的计划，丰臣秀吉酝酿已久，早在万历二十一年(1593)初，就着手开始准备了。二月二十八日，他派亲信黑田如水到朝鲜传达血洗令。五月二十一日，丰臣秀吉正式下令进攻晋州城。为了对付小小的晋州，日本人竟然纠合七成以上的侵朝兵力，超过九万人，这是壬辰战争以来规模最大的一次军事行动，可见丰臣秀吉欲望之大。
这时，庆尚、全罗二道的明军数量在三万左右，远不及日军。副总兵王必迪少数兵力守庆州，副总兵刘给廷五千人守星州，游击吴惟忠五千人守善山，副总兵祖承训、游击李宁、葛逢夏少许兵力守居昌，参将查大受、骆尚志、游击宋大斌等六千人驻守南原，形势危若累卵。
当丰臣秀吉的“复仇号”大船起航时，王京的朝鲜人正忙于欢迎两位王子的回归。而前方朝鲜将领也是盲目乐观，认为日本人一去不复返了。
六月十三日，朝鲜都元帅金命元、巡察使权慄、巡边使李苹、别将崔远、节度使高彦伯、义兵将郭再祐、彰义使金千镒、庆尚兵使崔庆会等在宜宁举行军事会议，准备趁明、日两国和谈，日本人南撤之际，相机收复失地。
权慄之前取得了幸州大捷，斗志昂扬，主张渡过岐江，然后南进。高彦伯、郭再祐劝说：“敌人军势正炽，我兵大多为乌合之众，能够征战的只是少数，前方又缺乏粮饷，不可轻进。”
李苹迂腐无主见，又乐当和事老，见权慄威名赫赫，有意附和奉承，竟高举右臂，大声责骂诸将畏敌逗留不进，且独自与权慄商议，渡过岐江，再进咸安。权慄进入咸安城之后，发现城内空空如也，军队找不到半颗米粒果腹，只得摘下尚未成熟的青柿充饥。朝鲜人斗志逐渐丧失，军心日趋涣散。
两天后，权慄听说日军先锋正从昌原杀向咸安，吓得脸色苍白。第二天，朝鲜人一听到前方炮响，抢着窜出咸安城，以至于相互踩踏，挤坠吊桥，死者甚多。权慄溃退到鼎津，又远远看见日本战旗，未战先溃，彻底颠覆了幸州保卫战的英勇形象。
此时距离晋州最近的居昌、南原的明军仅数千余人，如果南下救援，无异于飞蛾扑火，自取灭亡。而沈惟敬正在倭营与小西行长商讲议和，让日本人放回被掳的朝鲜两位王子。
经略宋应昌责骂沈惟敬，你之前说倭贼已经下海回国，放还两位王子。如今倭贼仍在釜山，屡屡四出抢掠。速速去倭营一趟，让倭贼退兵，不然，我把你告上兵部，绝饶不了你。
沈惟敬见事态紧急，只得硬着头皮，竭力从中斡旋。
小西行长实情以告，都是因为去年我军攻打晋州时，遭到惨败，被杀甚多，连船只也被朝鲜人烧毁，是以诸将愤愤不平，问于太阁。太阁说，你们也可以进袭晋州，以泄旧恨。
沈惟敬急忙哀求小西行长想个万全之策。
小西行长说：“可以令晋州士民，暂避锋芒。大军见城空人尽，就会东撤回来的。”
沈惟敬从倭营出来，随行通事李愉告诉他，加藤清正力主攻城，上言关白，必将攻陷晋州而后已。小西行长劝止不住，所以此次出兵，宇喜多秀家、小西行长、大谷吉继等都不参与。
朝鲜人听到日本人要进攻晋州的消息，一阵紧张。金命元与韩孝纯请求沈惟敬，晋州事急，愿老爷救命。
沈惟敬满脸无可奈何：已经与小西行长整天整夜说个不停，他也不愿发兵。但现在是箭已上弦，势在必发，恐怕无可挽回了。束手无策之际，只得叫他们让出空城，暂且避一避。
明军副总兵刘给廷写信给加藤清正，晓以利害：天朝所遣数百万兵将，尽止鸭绿江头，大将提督李总兵二万驻王京。郭总兵、陈总兵、李总兵领兵二十万，驻辽东。吴副将领兵二万，与诸将分布平壤、开城者，十万有余，俱按兵不动。恐一与交锋，便爽约议，失我堂堂天朝覆载度量。不意汝等，归志不决，复攻晋州，顿背前盟，云泄旧忿。夫朝鲜八道地方，已破其七，士女横罹荼毒者，枕骸遍野，悬首楹杆，亦云惨极，更复何仇？矧晋州黑子之区，何必以少嫌介意，而甘失大信于中国哉？
但是对凶狠的加藤清正来说，一切都是浮云。
于是，沈惟敬把希望寄托在朝鲜人身上。晋州开战前的两天(六月二十日)，沈惟敬写信给晋州守将金千镒，劝其出城，暂避刀刃。
但是金千镒却认为，湖南(全罗道的别称)，国家的根本，而晋州又是湖南的门户。晋州不守，是弃湖南。城中守军七千人，连同避难士民男女共六七万人，凭此可以仿效去年的金时敏，决一死战，于是断然拒绝退城。
很快，日本人杀气腾腾而来。他们日夜不停地攻城，加藤清正、黑田长政还制造了龟甲车。这种大柜四轮车，以坚硬的木料制作而成，形状如同龟甲，再用生牛皮包装，系着绳子，能前后进退自如。
尽管金千镒誓死捍卫晋州城，但此次与去年金时敏不可同日而语，军心涣散，上下离心，就连老妓女也悲叹说：“去年金牧使守城时，上下相和，齐心协力，所以能固守城池。现在形势，与去年情形大为不同。我们生死未卜啊！”
天又大雨，守军苦战五天，身心疲惫。晋州城一角颓崩，宇喜多秀家趁机向城中射入招降书：“万民入城，一时屠杀，可惨！将帅一人送其邦，其余安在城中，可矣！如想讲和，请脱笠三次。”又说：“大国之兵，况且投降。尔国敢为抗拒乎？”
守军同样射出书信：“我国惟有死战而已。天兵三十万，现在正追击汝等，尽剿无遗。”
城下的日本人竟然掀起内裤，把守军的书信拿去擦屁股，叫道：“明军将领都撤走了，哪来的天兵？”
无疑，这是一场艰苦的保卫战。六月二十九日，因连续暴雨，城堞松坏。未时，加藤清正、黑田长政用龟甲车猛力撞墙，竟撞崩一大块，于是日本人蜂拥而上，终于攻陷晋州。金千镒与其子金象干相抱，跳入楼下潭水而死。其余的守将崔庆会、高从厚、文弘献、梁山璹、崔希立、姜希民等均战死。
城陷之后，日本人狼性毕露，展开了疯狂的大屠杀，将一座三仞(约5.5米)高的城池夷为平地，日本人又四处劫掠，所到之处，房舍尽被焚毁成墟，财物尽被抢夺一空，老少尽被屠戮残杀，妇女尽被奸淫掳掠。
史书载：“民死者几六万余名，牛马鸡犬不遗一物。又夷其城填其堑，堙井刑木，以快前愤。”
日本人退后，朝鲜监司金玏，令沙斤察访李瀞前去视察，只见城中积尸累累，从矗石楼到南江北岸，尸体如山。菁川江的玉峰、迁五里等处，满江尽为浮蔽的腐尸。
晋州的屠戮，让丰臣秀吉快意了几个月。征服朝鲜，征服朝鲜，整天念念不忘地挂在嘴边。
但是面对明朝这么一座无法逾越的高山，丰臣秀吉显得很烦躁，天天与德川家康、前田利家等人商谈朝鲜战事。
黑田孝高足智多谋，是丰臣秀吉信赖的军师。他大发牢骚，去年发兵时，如果能派德川殿或前田氏担任统帅，大军便可政令合一，朝鲜一举可定。行长、清正虽称悍将，勇猛有余，却不能相互包容。这些粗人更不懂得如何招抚朝鲜民心，我军一到，朝鲜人纷纷逃匿山林，使得我军野无所掠，连土地上也不长一棵青草。如今国内粮尽民疲，怎么能完成征讨大业？
丰臣秀吉沉思片刻，颇觉黑田孝高的话有理，于是决定将国内政务托付德川家康，自己亲率大军，取道朝鲜，直入大明。
浅野长政是丰臣秀吉的妻弟(丰臣秀吉正室宁宁的义弟)，为人率性耿直，讲话也就不避嫌了：自出征朝鲜以来，大半军队航海去朝鲜，国内只留下病残老弱，这些人也为转输漕运所困顿，饥渴劳累，苦不堪言。太阁今天渡海，明日乱民定会啸聚峰起。德川殿下虽神机妙算，有着常人所不能及的智慧。但仅仅凭他一人之力，恐怕是难以撑起崩坏大局。太阁如能翻然醒悟，班师回国，从今之后，偃武修文，那就是日本万民之欢，国家社稷之大幸了。
浅野长政的话语像一根钢针刺痛了丰臣秀吉的心，他勃然大怒，气得说不出话来。前田利家见势不妙，厉声怒喝浅野长政，令他速速退下。
果然不出浅野长政所料。数日之后，肥前使者飞奔驰报，说有萨摩岛津家臣梅北国兼发动一揆暴动，袭取熊本城。
丰臣秀吉闻讯大惊，这才想起浅野长政的忠告，遂令其子浅野幸长率兵镇压。朝鲜战况不利，而国内政局又暗潮涌动，丰臣秀吉备感疲惫，开始萌生退兵之意。
就在晋州屠戮后一个多月，八月初四，丰臣秀吉的爱妾茶茶(淀君)又生下一个男孩，丰臣秀赖，小名舍丸。
丰臣秀吉年已五十六，茶茶的第一个孩子鹤松两年前夭亡了，本以为此生再也没有儿子。为此，丰臣秀吉特意收养外甥三好信吉为养子，并改名为丰臣秀次，作为指定继承人。
谁料天赐麒麟，行将就木之时又得一子，丰臣秀吉不禁大喜，说：“朝鲜的事情既然已经与沈惟敬讲和了，征讨指挥又交付给德川殿及利家了，我高枕无忧。”
八月二十六日，丰臣秀吉搭坐轻舟，抱着儿子，携带茶茶，离开名护屋，回到大阪，享受天伦之乐去了。
2.东征军班师
晋州屠戮之后，双手沾满血腥的日本人并未就此罢休，而是耍弄两手策略，在六月二十日派内藤如安去北京，以和谈为诱饵，让明朝撤军。
内藤如安，原名内藤忠俊。早年追随小西行长，赐姓小西，封为飞弹①守，后随小西行长信奉天主教，取教名如安(Joan，常译为琼)。中国、朝鲜史籍称他为小西飞弹守藤，简作小西飞。
就在内藤如安屁颠屁颠跟着沈惟敬来到王京的时候，发生了一件令人震惊的刺杀案，让人们彻底看透了日本人假和谈、真战争的狡诈用心。
在大丘，有四个日本人向明军诈降，因为日本人临阵投降如同家常便饭，所以人们不加防备。不料，一个日本人竟然抽出倭刀，猛地砍向副总兵李宁的大腿，所幸未造成重伤。见阴谋败露，日本人撒腿就跑。副将刘给廷大怒，手持利剑，跨上快马，飞奔追到，一剑砍下去，将其中一个剁成三块，剩下的三个也逃避不及，瞬间成了刘给廷的剑下鬼。
对付狼豺唯一的手段就是将它们一棍打死。
于是，在朝鲜人“包藏凶恶，死犹未已”的怒骂声中，李昖下令把日本俘虏推向集市，准备斩首。行刑之时，宣传官沈应裕麻痹大意，一个战俘狼性突起，夺取行刑刀具，直冲向围观人群，砍伤了两个小娃娃，几将至死。
现在内藤如安来了，李如松决定给他一个下马威。
七月初八，三十五名日本人扛着十二箱金银贡品，排着整齐的队伍，走进了军营。不料，迎接他们的是威武整肃的明军阵容，还有一阵阵震耳欲聋的大炮声。
刚一见面，李如松便满脸怒容，诘责内藤如安，天兵在庆尚道有十五万之众，我手下也有五万余人，宋经略更率大军集结此处，如果你们再不退兵，我当提大军，一网打尽。你们声称借道朝鲜，进贡天朝，这分明是侵犯朝鲜的借口。如果真心要与大明通商、进贡，为什么不直接取道闽、浙？
内藤如安吓坏了：“我会把老爷的意思转告太阁，不再惹生事端。”
李如松又厉声痛骂：“平壤之战，我不忍心把日本人斩杀干净，对你们可以说有再生之恩。但你们一再背弃和约，并发兵进攻全罗道，这是什么意思？”
内藤如安狡辩：“全罗道的朝鲜人杀死太多的日本人，今天进攻全罗，只为报此大仇，安敢背弃与天朝的约定？”
最后李如松郑重警告：“石尚书听到你们侵犯朝鲜，已经向皇上请兵百万。如果再不离开此地，天兵将直捣日本，叫你们遗无孳畜。”
但是，一意求和的石星绝不会有大动兵戈的念头。在沈惟敬和石星的哄骗下，蒙在鼓里的明神宗于七月初一下诏撤军。
日本人却不买皇帝的账，撤令刚下一天，就兵发晋州，加藤清正一路抵河东，另一路达石柱，准备袭取全罗道，声言将占领王京、汉江以南的地区。全罗道水土沃饶，物产丰盈，是朝鲜的“粮库”。与中国的“苏湖熟，天下足”一样，全罗道能救济整个国家的荒年，日本人就是冲此而来的。
因在晋州消耗太多，加藤清正无力再取全罗道，只得撤回。初三，日本人又兵分两道，分别向求礼、云峰县界而去。明军参将骆尚志、游击宋大斌率兵赶赴求礼，先头三十余名明军在求礼县与日本人遭遇，当场阵杀二十余人；朝鲜巡边使李苹、全罗兵使宣居怡、防御使李福男分驻兵于云峰八良峙、云峰实相洞及长水县一带，也布下防线。
