据余勋绩说，邵力子辞职后，学生中曾一度传出胡适要回来重新执掌中国公学的消息，莫不欢欣雀跃，但很快被证实这只是部分学生的一厢情愿。随后，校董会一时找不出合适的接替人选，只好推选樊仲云、刘秉麟、谢六逸和胡耀楣四人组成校务维持委员会，暂时维持校务。12月中旬，校务维持委员会解散，校务由教授组成的教授会主持。校董会董事长函告教授会，请暂负学期结束及下学期招生之责。
至此，中国公学衰相渐显，日趋落寞。
樊仲云：两虎相斗，各受其伤
1932年1月28日夜间，日本侵略军突然由上海租界出发，向驻扎在闸北的国民革命军第十九路军发起攻击，随后又进攻江湾和吴淞。淞沪抗战由此爆发，中国公学在劫难逃。
吴淞，历来是兵家必争之地。2月初，一万余名日军多次进攻吴淞，均被第十九路军英勇击退。从2月7日开始，日军调集十多架飞机开始对吴淞镇进行轮番轰炸，吴淞全镇几成火海。2月16日，日军几经曲折，终于登陆吴淞，并以之为重要据点，向中国军队不断发起攻击。
这一场战争，对于中国公学来说，几乎是毁灭性的。3月7日，中国公学教授会向教育部部长朱家骅、次长段锡朋报告“一·二八事变”后学校情形：
此次日寇蔑视公约，侵我淞沪，屠杀我同胞、摧毁我文化机关，凡有血气之俦，无不义愤填膺。我国学者惨淡经营二十余年之中国公学，已被炮弹轰毁殆尽，不惟校舍、校具、图书、仪器损失约值百万之巨，而留校教职员、学生千余人亦多仓卒外避，流离失所，行箧、书籍悉遭劫夺。我校址所在之吴淞更为敌军所占据，残剩校宇、宿舍，并恐弗克保全。教育为国本所系，未可因变中辍，暂已租赁法租界辣斐德路一二六〇号校舍，照常开学。除俟战事平后查明损失另文呈报，请急筹善后及要求敌方赔偿外，辱劳电慰，谨先复谢。14
中国公学学生徐鸣亚还记得，《淞沪停战协定》签字后，当地一家汽车公司办理战区（闸北、江湾、吴淞）凭吊，每人两元。徐鸣亚乘车回到吴淞校区，看到所有的房屋都被日军炸毁了，大礼堂、教室、办公大楼、新旧宿舍、科学馆，都变成了瓦砾场，尤其是他曾住过的黄字号宿舍，只剩下残垣断壁，不禁悲从中来，凄然泪下，“徘徊了半天，不忍离去”。
校舍被毁，令办学条件进一步恶化。然而，“离乱岁月，弦歌不辍”是中国大学的传统，所以，3月1日，在教授会的努力下，中国公学在法租界租定校舍，重新开门办学。经过战乱，学生人数大减，文、法、商三院共计481人，高中部261人，可无论如何，经过炮火兵燹之后，琅琅的书声终于再起黄浦江畔了。
经过教授会开会推举，李建华、汪馥泉、袁税伯、刘秉麟、区克宣、康次由、潘震亚、朱通九、傅东华九位教授当选执行委员，并确定由总务长胡耀楣、教务长樊仲云负责日常校务。
5月5日，国民政府与日本政府签订《淞沪停战协定》，规定双方自签字之日起停战；取缔一切抗日活动，第十九路军撤防、划上海为非武装区；中国不得在上海至苏州、昆山一带驻军，而日本却可驻兵上海。《淞沪停战协定》的签订，令国人备感屈辱，于是很多地方掀起“反对《淞沪停战协定》大游行”，浪潮席卷中国公学校园。
当时的中国公学学生会刚刚经过改选，骨干都是共产党员，且都是毕业班学生。学生会主席黄霖，1927年加入中国共产党，曾参加过南昌起义，后被派到上海新闸区支部，继续从事革命工作。1932年4月，经中国公学教授会秘书长袁税伯担保，到校读书。《淞沪停战协定》签订后，中国公学学生大游行活动，就是由黄霖等人组织的。
这引起了校方的反对。教务长樊仲云早年毕业于日本东京大学，曾任黄埔军校武汉分校政治教官，到中国公学任职后，不愿意学生过多参与政治活动，公开出面禁止学生组织抗日救亡活动，导致学生严重不满。
5月19日，中国公学学生会召开反对“禁止学生抗日救亡运动”大会，结果租界巡捕房不期而至，且拘捕了大会主席田横。学生们义愤填膺，纷纷涌进学校办公处，大声质问：“巡捕到校抓人，为什么不管？”迫于学生压力，校方不得不承认是樊仲云通知巡捕来抓人的。
一时间，“打倒汉奸走狗樊仲云”的口号响彻校园。学生们迅速发起驱逐樊仲云运动，并在5月29日的《申报》上发表声明称：“我校不幸风潮频起，因樊仲云、区克宣、汪馥泉、傅东华四人互相勾结，把持校务，压迫抗日运动，欺骗学生，勾结捕房非法逮捕学生及教授，并阻碍校董会产生校长，罪恶滔天。我全体同学实已忍无可忍，遂毅然群起反对彼辈，现樊仲云等已被驱逐出校，今后本校一切校务概与破坏无关，深恐外界不明真相，特此声明。”15
而就在同一天的《申报》上，拥护樊仲云的学生亦发表一份声明，指责“捣乱分子”肆意骚动，毫无忌惮，导致傅东华、区克宣、汪馥泉、樊仲云相继辞职，学校顿时陷入无政府状态。为此，“拥樊派”召集全体大会，通过四项决议案：（一）否认现在由少数分子包办的所谓抗日救国干事会及护校令。（二）否认少数分子所发表的一切启事及宣言。（三）要求校董会从速产生新校长。（四）一致挽留宣布辞职的教授会常务委员及教务长。
同一份报纸，同一个版面；两份声明，两种说法。无论孰对孰错，已经清晰呈现出中国公学内部的分裂与危机。更可怕的是，这种分裂和危机，还在不断扩大与延伸，一发而不可收拾。
5月30日，拥护樊仲云等人的学生又发表一份声明，将风潮的幕后主使者明确指向教授会的另两位执行委员刘秉麟和胡耀楣。声明说，“胡耀楣初非教授会中之负责者，乃因多方谄媚现任校董兼教授刘秉麟，向教授会推荐为学校之总务长。同时，刘亦为想攫取中公校长，故置胡于要职，以厚其羽翼。胡既得总务长之职，遂开始操纵包办，置教授会于不顾”，并与刘秉麟联合“捏造种种挑拨离间之辞，同时复尽量收买少数捣乱分子”，上下其手，迫使樊仲云等人不得不提出辞职。16
这份声明，无疑揭开了驱逐樊仲云风潮的另一面：表面上看是学生因反感樊仲云阻止抗日活动而掀起声讨浪潮，其实背后潜藏着教务长樊仲云与总务长胡耀楣之间的权力之争。
部分学生之所以要驱逐樊仲云等四人，是觉得他们已经结成“利益同盟”。6月1日，他们又在《申报》上发布了一份宣告书，称中国公学新开学不久，曾有呼声请高一涵回来接任校长，但是高一涵来沪后，立即遭到樊仲云、区克宣等人的包围，要求其答应樊仲云任副校长、区克宣任教务长兼法学院长、傅东华任总务长兼中学部主任、汪馥泉任文学院长等条件，高见此情形，遂决然表示不干。这份宣言还说：“近樊仲云等更别开生面，请求校董会电邵力子请续任校长，意在邵远处陇西，空担名义，校中一切事务，可遂其把持之宿愿，从此以后，校董会乃觉悟中公校长之产生，前途实多阻碍！”17
而就在同一天，总务长胡耀楣也在报纸上发表了一份声明，称“中公此次风潮本由樊、区、汪诸君处置失当所引起”，没想到最后竟要将责任推卸到他和刘秉麟的头上，“彼方视校长一职为畏途乃反诬其想攫夺，是真以小人之腹度君子之心”，正式公开了双方的矛盾。
同一个版面上，还有另一位当事人刘秉麟发表的辞职声明：“中公不幸，迭起风潮，鄙人始终以调停人自居，不意风潮日趋险恶，调停人也横被诋毁，特辞去校董及教授等职务，以后关于中公事概不闻不问。”
风潮，总是一柄双刃剑，当事双方最终都不免要受到或深或浅的伤害。在这一风潮中，刘秉麟感到委屈，被学生驱逐的傅东华更感到委屈。在给胡适的一封信中，傅东华抱怨道：
前函曾预料中国公学必有风潮，近果爆发，弟终不获免，南陔亦被殃及。耀楣任用感情，不免受人利用，殊为可惜。目下弟等辞职而被利用学生猖獗异常，值蔡先生赴汉，杏佛无法收拾，正不知如何结束。总之，上海教育完全破产，各校均有暗潮，随时可以发作。吾辈无政治手腕，唯有自甘落伍，以让健者耳。18
傅东华的这封信，其实已经将问题的根源讲得很透彻了。“一山不容二虎”，此次风潮的关键，正在于中国公学没有领头人，导致教务长和总务长产生权力之争。要解决中国公学风潮问题，必须就此入手。
6月10日，董事长蔡元培紧急召集校董开会，讨论中国公学风潮问题。经过激烈争论，最后达成一致意见：学校现行的教务长、总务长、秘书长制度，容易引起权力纷争，应即废除，今后改设注册、文书、庶务、会计四主任，直接对校长负责，分担学校事务。如遇校长空缺情况，则直接向校董会负责。
学校，不能没有主事者。鉴于邵力子另有任职，校董会决议通过邵力子校长辞职申请，并决定聘请朱经农为新校长，在朱经农未到校前，由常务校董杨杏佛、但懋辛、熊克武代表校董会暂时维持校务。同时，对常务校董进行了改选，由过去的五人增至七人，分别为于右任、王云五、朱经农、高一涵、但懋辛、刘秉麟、杨杏佛，任期一年。
事实证明，纷争的结果，只能是两败俱伤，樊仲云和胡耀楣都先后离开了中国公学。
蔡元培：弦歌已远，梦犹飘零
经过又一番折腾的中国公学，元气大伤，奄奄一息。
树欲静而风不止。樊仲云的离职，激发了学生参与抗日救亡运动的豪情，甚至宣称“要为抗日救亡斗争到底”！以蔡元培为领头人的校董会担心：学校地处法租界，如果再继续搞抗日救国活动，就有可能会被迫关门。因此，他们向学生会提出，希望能停止抗日救亡活动。学生会没有同意。
校董会要求与学生会主席、共产党员黄霖面谈，条件是：只要停止抗日救国活动，学生就可以在学校公开学习和研究马列主义、共产主义的书籍，学生保证学生的安全。19但黄霖当时态度很坚决，没有去面谈。暑假期间，左翼学生继续留校举办暑期学校，从事各种学生运动，后被教育部探知内幕，函请市政府派人查抄，拘捕数人，方才作罢。
复兴梦想，一时难酬。蔡元培一向不主张学生介入政治斗争和政治运动，此番眼见学生风潮愈演愈烈，遂产生了暂时停办中国公学的念头。没想到，这一决定将中国公学送上了“不归路”。
1932年8月10日，蔡元培召集校董会，鉴于“五月以后，校中风潮迭起，无法维持”，决议暂行停办中国公学，三、四年级生赴其他各校借读，一、二年级生转学。
中国公学的停办，让原本借助校园暗中从事革命活动的左翼学生也失去了栖身之所。学生走的走，散的散，根本谈不上组织什么学生活动了。学生会曾多次要求复课，但校董会均不予理睬。为此，黄霖等人积极奔走于校董会成员之间，劝说他们恢复中国公学。经过努力，终于争取到两位社会名流的支持，一位是曾任安徽省督军的柏文蔚，一位是四川省的黄季陆，决定成立新中国公学，推定柏文蔚出任董事长兼校长。
1932年9月，新中国公学在法租界租定校舍，开始办理学生登记复学手续。但由于新中国公学校内党派分立，纷争不断，且未得到校董会和大多数校友认可，没维持多久，就自然湮灭了。
不过，中国公学校友呼吁复校的声音，此起彼伏，从未断绝。1933年春，中国公学召开校董会，决定提前复校，推定校董熊克武暂任校长，熊哲帆为教务长，租定上海法租界贝当路两幢洋房为校舍，并向淞沪战区善后委员会申请领取战区补助款1.6万余元，于3月10日重新开门办学。
熊克武是中国公学第一届毕业生，辛亥革命后曾任四川省督军，自何鲁担任中国公学校长起，出任校董，在募款等事项上出力较多。熊哲帆是其亲弟弟，系法国留学工学博士，做事认真，出任教务长一职后，着手解决战火中学生学籍档案被毁问题，使得许多同学最终领到了教育部认可的毕业证书。
山穷水复疑无路，柳暗花明又一村。在校董会和全体师生的努力下，中国公学“复课以后，拾遗补缺，同人用力极勤，各同学感念国难，校化[方]亦能困勉向学，不可不谓前途之幸。”20此前，蔡元培兴致勃勃地呈文教育部备案，期待着又一个春天的到来。
正当全校上下翘首以盼教育部批复之时，一份电文不期而至。3月23日，教育部致电中国公学，全文如下：
