在李慎之的帮助下，茅于轼在经济学上的认知突飞猛进，尤其是数量经济理论方面。他把择优分配从静态推广到了动态，分析了动态过程最优化必须满足的条件，把数学规划中的拉氏乘数法以及变分法中的欧拉方程联系起来，并用这个成果论证了价格改革的速度等方面的问题。
1985年，茅于轼出版了他的第一部经济学著作《经济学和它的数理基础：择优分配原理》，这部被认为是重构了微观经济学的著作奠定了他在经济学界所公认的地位。
从开火车时的一个疑问到择优分配原理的最终提出，几十年来茅于轼始终在这个问题上刨根问底。既没有经过严格的经济学训练，更没有接受过西方经济学现实环境熏陶的茅于轼，仅仅凭借自己的常识，加上深厚的数学功底，就推导出了这个对我国的改革开放具有重大实践指导意义的经济理论，可谓是一个奇迹。这也印证了“实践出真知”这一真理。
1985年夏天，茅于轼获得了一次出国机会。李慎之派他到美国的普鲁金斯研究所进行访问，并在美多逗留了两个星期，借机参加了中国留美经济学会的成立大会，有机会认识了许多留美的中国学者，其中的很多人都回国成为了经济改革的重要力量源泉。
由于这次机遇，茅于轼日后承担了长达10年的留美经济学会国内联络员的角色，为促进中美学术交流及学者互访作出不可磨灭的贡献。茅于轼所构架的学术桥梁为中国留美学者的赴美深造和日后的回国发展都起到了不可忽视的作用。
1986年，在福特基金会[ 福特基金会，1936年，亨利·福特的长子埃兹尔·福特捐资25万美元，在汽车城底特律注册成立。一开始其只是一家地区性的福利机构，宗旨是：接受和管理资金以用于科学、教育与慈善目的，一切为了公众福利，此外无其他目的。后来随着迅猛发展，很快成为国际性组织。1949年就进入中国，1959年到1970年对中国研究的资助达2 300万美元之巨。茅于轼曾多次接受福特基金会资助。
]的资助下，茅于轼以学者身份到哈佛大学进行了为期1年的访问。访美期间，茅于轼不仅深入观察了世界上最发达的市场经济体制的各方面运转情况，还结交了很多国际著名的学者，与许多国际学术机构建立了联系。
回国以后，茅于轼结合自己在美国的所见、所闻、所感以及自己对经济学的独特理解，写成了《生活中的经济学——对美国市场的观察》一书，受到读者的追捧，好评如潮。在那个人们对经济学知识渴求的年代，茅于轼的经济学普及读物如久旱甘霖，滋润了一代中国青年。
5．创立天则所
1993年，盛洪[ 盛洪，1954年12月生于北京。1983年毕业于中国人民大学，1986年、1990年分别获得中国社会科学院经济学硕士和经济学博士学位。现任北京天则经济研究所执行理事，山东大学经济研究中心教授。他的专著《分工与交易》是制度经济学的研究方法在中国的成功尝试之一；他的论文集《寻求改革的稳定形式》及主编的《中国的过渡经济学》代表了过渡经济学领域的领先水平；随笔集《经济学精神》透露了他普及经济学的努力和对文化与道德问题的关注；文集《为万世开太平》则交织着理性主义的冷静思考和关注天下未来的文化激情。
]找到了茅于轼，商议成立天则经济研究所的事情，两人很快达成共识。7月，茅于轼、盛洪、张曙光、樊纲、唐寿宁等当时颇具影响力的经济学者和北京大象文化有限公司共同发起成立了北京天则经济研究所。
《诗经》有云：“天生烝民，有物有则”，意义为“合乎天道自然之制度规则”。经济研究所取这句话的首尾二字命名，建立之初就奠定了制度经济研究、服务改革开放的基调。几位创始人也都是在制度经济的相关领域有所见地的经济学者，可谓是志同道合的智慧组合。
天则所在成立之初以工商企业的名义注册，也设计了“学术和赢利并举，以赢利养学术”的成长路线，然而几位经济学方面的行家貌似对如何赢利并不十分拿手，天则所接手的第一笔通过朋友介绍过来的“生意”：《万县长江大桥等四项投资可行性研究》共计收入了10万元，然而总体算起来还是亏损。他们先后又谈了一些业务，但均以失败告终。
后来，投资方大象公司又遇到了经济困难，投入100万元资金的计划也搁浅了，天则所一度陷入了困境。
天则所在茅于轼的带领下，艰难地向前发展着。作为一个民间学术机构，在茅于轼看来，最大的困难就是没有钱，资金来源几乎全部依赖于外界捐助。
建立之初，主要都是靠发起人的学术声望募集来的一些国外基金的赞助，例如美国的福特基金会和美国国际民营企业中心等。后来随着国内经济的发展，一些内资企业也开始了对天则所的赞助。据茅于轼回忆，天则在最困难的时候，他出差住旅馆都是自己掏钱。
1995年左右，亚洲开发银行委托天则所对“三茂铁路”[ 三茂铁路，即广东三水到茂名之间的铁路，全长357公里。作为联系南疆与内地的第二条通道，对促进广东物资流动、改善广东省经济布局、开发沿海地区资源、促进粤西地区经济繁荣具有重要意义。
]项目进行经济评估。由于天则所当时名小声微，直到拿出了亚洲开发银行的证明信，对方才勉强配合调查。
茅于轼在这个项目上花费了大量心血，一个个车站进行实地考察，光现场调查工作就做了整整一个半月。之后，又经过几个月艰苦的后期分析，他们才成功完成了这个项目。
茅于轼认为这是亚洲开发银行（亚行）所有类似项目中做得最成功的一个。刚开始亚行的经济学家对茅于轼的调查方案颇有微词，不过当项目完成后，他们全部认可并推广了茅于轼的研究方法。这个项目的完成为天则所赢得了极大的社会声誉，之后亚行又把一批重要项目委托给了天则所。
1996年，英国著名的《经济学人》杂志刊登了一篇题为《香港的午夜》的文章，把中国政府描述成了与纳粹德国同样的独裁政府，还配了德军通过凯旋门的图片，喻指中国政府对香港恢复行使主权。这篇充满挑衅意味的文章引起了天则所各位学者的强烈不满。茅于轼、张曙光、盛洪、余永定[ 余永定，1948年11月18日生，广东台山人。中国社会科学院学部委员，牛津大学经济学博士，中国社会科学院世界经济与政治研究所研究员、博士生导师，中国世界经济学会会长，联合国发展政策委员会委员。研究领域：宏观经济、世界经济。主要学术专长是西方现代经济理论。
]等人都撰文表示了抗议，刊登在是年9、10月号的《国际经济评论》杂志上。
文章一经刊出，《经济学人》的一位主编就专程赶到北京致歉，并表示文章有失公允。他们还进行了内部通报，要求以后对中方的报道必须坚持客观公正的原则。之后，《经济学人》对中国的报道果然有了很大的转变，天则所的义举得到了中国外交部的高度认可，赞扬他们做了一件有重要外交意义的工作。
1995年，天则所在科委系统注册了事业单位的牌照。1999年，天则所把企业和事业两套机构完全分开，成立了天则咨询有限公司，专司商业发展，而天则所则完全成为了一个公众学术机构。
经过茅于轼等人的艰苦努力，十几年后的今天，天则研究所已经从当初的名不见经传发展成为中国最具影响力的民间智库，在对经济学理论和前沿社会经济问题的研究中，为我国改革实践提供着源源不断的智力营养。
6．扶贫基金会的超前模式
亲身经历了1959年到1961年三年饥荒的人，都会对中国的农村有着特殊的感情。尤其是经历了那一时期的经济学者，更会用经济的方式表达对那段时光的特殊情感。作为当年的“右派”分子下放到山东农村的茅于轼则选择了更为直接的表达方式。
改革开放以后，日子一天天好过起来，茅于轼始终不忘广大农民，和夫人郑燕玲多次向贫困地区伸出援手。1992年6月，他们收到了自己赞助的山西省吕梁地区的学生韩海勤的来信、郑燕玲给小韩写了回信，就这样一来二去，双方建立了联系。
从与小韩的通信中，茅于轼了解到由于当地生活贫困，需要帮助的孩子还有很多，于是萌生了帮助孩子和村民的念头。恰好时任亚洲开发银行中国首席经济学家的汤敏博士对此也饶有兴趣，二人便产生了用尝试小额贷款帮助当地农民致富，而不是单纯提供救助的想法。在茅于轼看来，授人以鱼不如授人以渔，“输血救济”并不能使农民从根本上摆脱贫困，必须建立一种机制帮助他们走向市场，利用市场交换的力量创造价值，从而实现致富。
1993年9月，茅于轼找到了小韩提到的好老师雒玉鳌，并提供了500元的资金，正式成立了龙水头扶贫基金会。茅于轼亲自制定了章程，规定基金有两种用途：“扶贫基金”用于治病、治伤及求学，可贷款1年，不收利息；“付息基金”用于生产，如买化肥、经商、出门打工等，可借款6个月，要收利息。
基金成立之初，恰巧村民雒改娥的儿子得了肺炎需要钱治病，雒玉鳌犹豫了一下，最终写下了基金会的第一张借款单据。半年后，雒改娥还上了这笔借款。慢慢地，扶贫基金会在当地的名声越来越大，借钱的人也越来越多，后经茅于轼多方活动，很多朋友对基金会伸出援助之手，基金规模也不断扩大。
茅于轼的扶贫基金会在当地产生了重要影响，让龙水头这个小山村发生了巨大的变化。村民们借助基金进行创业，一改过去僵化的思维，渐渐摸到了利用市场去致富的门路。很多村民都盖了房子，看上了电视，用上了电话。
扶贫基金会给这个偏远的小山村带去的不仅仅是资本，更是一种新的思想。村里赌博的现象基本消失了，村民们争做创业先锋，茅于轼用他的扶贫基金为村民送去希望的同时，也传播了他的市场理论。利用基金利息成立的助学金也鼓励了山村农民对子女的教育。可以说，这是一次伟大的尝试。然而，扶贫基金也给茅于轼带来了困扰。
从设立之初，龙水头村的扶贫基金就存在与政策相抵触的方面，在央行严格的金融管制之下，是不允许私人募集和提供资金贷款的，所以基金的合法性受到了质疑。基金运作过程中，国际上一些扶贫机构向茅于轼发出了合作意向，但合作计划最终都是由于中国的金融管制政策而夭折了。
对于国家金融体制来说，茅于轼的实验无疑于畸形产物。严格控制的金融机制使资金大量流入了国有企业和发达地区，而农民贷款难、融资难的情况一直都没有得到根本改观。
因此茅于轼主张国家应开放信贷市场，允许私人放贷。有些人对此表示担忧，认为一旦开放私人信贷市场就会滋生大量的高利贷。对此，茅于轼的解释是，正是因为没有开放私人小额信贷市场，高利贷现象、地下钱庄才频频出现，如果使这些行为合法化，根据市场供求平衡原则，总会达到一个合适的利率水平，也就不存在所谓的高利贷现象了。
不过经过多方的努力，作为一个特例，2009年龙水头的基金终于走上了合法的舞台。
是年6月，小额贷款公司在永济注册成功，资金3 000万元。作为唯一一家私人创办的以扶贫贷款为主的基金会，茅于轼的扶贫基金会在中国金融市场开放方面走出了超前的一步。当然，很多学者所希望的并不仅仅是出现一个特例，而是国家政策也能够随之迈出一步。
7．富平学校的扶贫之路
茅于轼帮助农民的另一项举措就是开办农民职业培训学校。在他看来，让中国广大农民脱贫致富的不二法门就是加速城镇化建设，但是由于农民知识层次普遍较低，到了城市后都会出现或大或小的问题。
正是为了解决这个矛盾，2001年冬天，茅于轼和汤敏在检查完小额贷款工作回北京的路上提出了“帮助农民进城，帮助农民找到工作”的构想，并且把目光投向了门槛最低的家政服务业。
调查了解到北京家政服务市场的供不应求的局面后，茅于轼与汤敏集资45万元，筹办家政服务员培训学校，即北京富平学校。校名来自茅于轼的一个愿望，那就是“使平民百姓富起来”，谐音“扶贫”也暗含办学宗旨。
富平学校在发展的过程中遇到了不少困难，先是办学之初的生源紧缺。所幸沈东曙的出现及时地解决了这个问题。沈东曙最初的职业与扶贫、慈善根本不搭界，但2001年底，他对投资感到厌倦，开始规划新的职业生涯。一个偶然的机会，他在《财经》杂志看到一篇介绍富平学校的文章。
沈东曙从新闻报道中分析认为，招生工作尚有许多改进之处，于是主动登门拜访，试图提一些建设性意见，譬如招生方式如何改进等，但最后谁也没有说服谁。与其说这次无果而终的讨论勾起了沈东曙的雄心壮志，倒不如说支持非营利组织的愿望和茅于轼的人格魅力打动了他。最终他决定亲身参与。
