蒙古人建立的元朝，虽然亦遵从中原地区根深蒂固的千年汉文化，但仍实行了民族分等级的政策。这让民族对立在元末发展到了不可调和的程度，加之元朝内部四分五裂，给农民起义创造了机会。一开始，北方起义军以白莲教和民族矛盾作为背景，声势极大，但发展到一定程度时，起义军便各自为政。
北方起义军虽然最终失败，但南方兴起的朱元璋和陈友谅义军却依然存在，并且一直在壮大。双方决出胜负后，朱元璋所部已经拿下两湖区域，而这时北方元军已经四分五裂，自相残杀，朱家军北伐胜利自然在情理之中。这当中当然还有经济的和军事的原因，比如当时中国的经济中心已经早在南宋时便转移到了江南地区，一旦江南地区被占，北边的元军就断了军费；另外此时明军的火器已经较为发达，处于守势的元军铁骑优势大大削弱。
明朝起于农民战争，亦亡于农民战争。明末，旱灾连年，引发各地起义。此次起义针对明朝赋税繁重的情况，专门提出“均田免赋”口号以吸引人，个别地方还默许农民自行夺地斗争。此外还实行平买平卖、保护工商的政策，从这一点看，显然李自成起义的觉悟性要比黄巢起义高。然而，在杀入北京灭亡明朝之后，吴三桂将关外的清兵引入，导致起义军的溃败，以及南明政权最终被消灭。
鸦片战争之后，清廷将巨额赔款转嫁到民众身上。加上鸦片和外国商品的大量输入，使中国农村出现大批游民饥民，引发多次起义。从鸦片战争到太平天国起义，有记载的农民起义便达到110多次。1843年，洪秀全等人吸取某些基督教道义，自行洗礼，创办“拜上帝教”，利用传教机会，发动群众，1850年命各地会众到金田村，达2万多人。次年，于金田发动起义，建号太平天国。1853年陷武昌，兵力达50万，此后起义军迅猛发展，3月攻占南京，定都于此，随即展开北伐和西征。北伐军孤军深入天津附近，后援不继，1855年全军覆没。西征军溯江而上，攻下安庆、九江、武昌等地，达到鼎盛，势力发展到18个省，实际控制区达23个州，总面积150多万平方公里，并且主要是在江南富庶地带。
然而太平天国运动中后期，主要领导人争权夺利，导致领导集团分裂，元气大伤。石达开因受洪秀全猜疑和有意迫害，带领大军出走，从此太平天国走向衰落，直至在清廷与西方联军的攻击下灭亡。1850年，中国人口约4.1亿，经过清军镇压太平天国、捻军以及回族等事后，1873年，人口下降至约3.5亿。
历时14年的太平天国起义战争，对中国的历史走向有重大意义。清廷曾借助外国人镇压太平军，因而产生效法西方，推行改革的想法，促成后来“洋务”改革的出现。而由于八旗军被太平天国扫荡，清廷高度依赖汉族的湘军和淮军，汉人在清廷地位大大提高，全国兵权、财权分握于曾国藩、李鸿章两系手中。这造成了晚清中央政府无权，地方总督专权的局面。衰落的晚清皇权无力控制地方政权，武昌起义一爆发，全国迅速响应。所以，太平天国为辛亥革命铺平了道路。
从时间和性质上，东亚地区的战争史可分为古中国的扩张，以及近代日本所发动的大东亚战争。
据守最适合农业发展的长江、黄河流域的中原王朝，显然是古代东亚的文明核心，这里的文明是东亚地区最早、最先进的。因东亚的地形特点，数千年来东亚的文明均是从这里扩散到周边。
经汉、唐两朝开发之后，南亚部分地区和东亚大部已经属于中原文化范围，诸多小国与中原王朝保持着一种高度独立的臣属关系——没有驻兵，只需在王位更换及重要政治任命时向中原王朝通报。虽然这种臣属关系不时因中原王朝的兴衰而变动，但二者在文化及农业经济上的交流却从未断过。比如南亚的家畜技术传入中原王朝，而中原王朝许多居民因战乱而迁徙到各周围国家。在纷乱的南北朝，佛教则穿过中国腹地，进入朝鲜半岛，最终到达日本。
考古发现，日本人是由古代信仰萨满教的中国东北游牧民族迁徙而来。由于日本独特的岛国地形，使得迁入的游牧民族改变了原有的生活方式，渐成了渔猎为主。公元4世纪后，才出现国家，另外还有大量的中原人迁入日本诸岛。自战国末年，大量燕国、齐国和越国人逃到朝鲜半岛及日本。公元5世纪，日本统一，国名定为“大和”。公元7世纪后半叶，日本遣唐使将国名改为“日本”。
东亚版图中，日本处于最东面，中间为朝鲜半岛，西边为辽阔的中国东北及两河流域。这种特殊的构成，有点类似西欧的法国与英国。而自日本国以及朝鲜半岛有成熟的政权以来，东亚各国之间就处于“边打边交流”的状态。
公元7世纪，朝鲜半岛处于三国时代——北为高句丽王国，南为百济和新罗。三国都想统一半岛，但又没有绝对的实力。
一方面，高句丽想要覆灭新罗、百济从而统一朝鲜半岛，同时又不失时机地向隋、唐版图进行扩张；新罗、百济两国在彼此间争战不断的情况下，还要同时对抗高句丽的扩张。而另一方面，形成了大一统局面的隋、唐也要东征高句丽，征服辽东。此外，一水之隔的日本一直就想在朝鲜半岛占有一席之地，从而改变过去只能依赖朝鲜半岛间接地与中国发生联系的局面。
百济一方于公元660年进攻新罗，新罗无力抵抗，向唐告急。唐高宗以水陆大军10万援之，南北夹击，10日灭百济。
百济被灭后，余部至日本求援，很快得到了积极回应。显然，强大的唐军势力推进到朝鲜半岛以南，等于是直接逼到日本家门口，这是日本政权所不愿意看到的——即使日本与唐朝保持着紧密的社会联系。
2.7万余日本军队于公元663年6月攻新罗，切断唐军与新罗的联系。双方水军在白江江口遭遇，当时唐朝水军7000余人、战船170只，日本水兵万余、战船千余，但装备弱于唐军。唐军四战而捷，焚日军船400余，中日首次对话以日本水军战败告终。之后，唐朝与新罗之间因争夺高句丽及百济故土，打了一场长达六年的战争。因唐朝西线吃紧，采取了妥协让步，新罗统一了朝鲜半岛大同江以南地区，效仿唐朝国家制度进行统治，但仍向唐称臣。
公元9世纪，各地农民起义，建后百济国，定都光州。不久，起义僧侣金弓裔称王，在新罗国北部建立泰封国。公元918年，王建建立高丽王朝，定国号为高丽，灭后百济国，和泰封国及新罗并称“朝鲜后三国时期”。新罗于公元935年亡于高丽。公元993年，兴起的辽国击败高丽王朝，1127年又被迫向继辽而兴的金国称臣。
蒙古人灭掉金国后，很快插足朝鲜半岛局势。1218年，成吉思汗以征讨跑到高丽境内的契丹叛部为由，派兵进入高丽王国，次年平定契丹叛众，并与高丽达成“兄弟”之盟。不过，高丽王国得每年向蒙古纳贡。1224年，蒙古使者在从高丽回去的途中被杀，蒙古人认为是高丽人所为，遂于次年断交。
不过，这时候蒙古的精力在于中原西部的西夏王国，还顾不上朝鲜半岛。直到成吉思汗去世之后，太宗窝阔台、定宗贵由、宪宗蒙哥等自1231年至1259年，先后七次东征高丽。
1258年，崔氏政权投降蒙古。1273年，蒙古军队进入济州岛，朝鲜半岛的抗蒙战争结束。1274年，元朝公主下嫁高丽国王，双方关系好转。而蒙古人的铁骑并不满足于此，准备跨海进攻日本——1266年至1273年，忽必烈以高丽人为向导，六次派使臣至日本，但始终没得到日本方面的回应，这让以征服为己命的蒙古人感觉不爽——此时，南边的南宋还没解决。
1274年10月，蒙古、高丽联军从合浦出发，战船直奔日本九州。日本海军此前没有类似的防守经验，并且双方在武器上也有差距。元军很快杀入壹岐岛，但10月20日夜，元军遭风暴袭击，只得撤出日本。
1281年，忽必烈下达第二次东征令，东征军由东路军和江南军组成。东路军依然从高丽合浦出发，袭击对马岛后进军壹岐岛。江南军从宁波出发，到平户岛与东路军会师。然而7月又被大风暴袭击，被俘数万人，只得再度撤回。
蒙古人对高丽及日本的征讨，给朝鲜半岛及日本的社会生产带来负面影响。蒙古语、文化、习俗对朝鲜半岛居民产生了很大影响。而在此之后，日本诸岛开始注意西线防御工事。
朱明王朝打败元军后，开始与朝鲜半岛交通。此时的朝鲜半岛已经进入朝鲜王朝时代——明太祖朱元璋赐名朝鲜，定都汉阳。李氏朝鲜推崇儒学，排斥佛教，对中原王朝仍采取臣属政策——师从中原王朝，但于政治上高度自治，中原王朝亦没有派驻军队。
这一时代亦被日本称为“李氏朝鲜”。
16世纪对日本来说是重要的一个时期。替代织田信长的丰臣秀吉于1590年完成日本诸部的统一。
由于地处岛国，农业资源匮乏，这使得日本政权很早就意识到向亚洲大陆扩张的必要性——这种危岛意识发展到近代，成为其军国主义思想的重要来源，也是日本“大陆政策”的最早起源。
手握大权的丰臣秀吉，其志不止于日本诸岛，而在一水之隔的朝鲜半岛，甚至于一路直进中华腹地。
1590年，丰臣秀吉致信朝鲜国王，要求借道进攻明朝，被拒。1592年，渡过海峡，出兵朝鲜，声称是对明朝作战，朝鲜只是路过——1592年5月甚至还发布了迁都北京的准备令。
在丰臣秀吉看来，两年内可以打到明朝北京，自己将定居宁波，主持对印度的征服。
当时的朝鲜王国重文轻武，“人不知兵二百余年”，全国300多郡县大多没有设防。丰臣秀吉总调动军队30万余，其中15万余陆军部队分9个军团直奔朝鲜。至6月，平壤已经陷落。朝鲜国内义军蜂起，一定程度上阻碍了日本的推进，但于整体大局上难挡其锋锐。
