1958年批判“厚古薄今”，陈寅恪亦受批判，他遂不再教课，专力著作。助手黄萱曾劝他复课，他说：“是他们不要我的东西，不是我不教的。”他曾叹曰：“纵有名山藏诗稿，传人难遇又如何？”
陈寅恪对黄萱说：“我的研究方法，是你最熟识的。我死之后，你可为我写篇谈谈我是如何做科学研究的文章。”黄萱闻之，很是难过，她说：“陈先生，真对不起，您的东西我实在没学到手。”陈用很低沉的声音说：“没有学到，那就好了，免得中我的毒。”
1962年6月10日，73岁高龄的陈寅恪入浴时不慎滑倒，摔断右腿，次日被送入中山医学院第二附院救治，因疼痛过度，昏迷三天不醒。因陈寅恪年事已高，若动手术其体质难以承受，医生只能采取保守之物理疗法，但效果不佳。从此，陈寅恪的断肢再也没有复原。
这年夏，中山大学的青年教师贝司受人之托给陈寅恪的二女儿陈小彭送东西。陈寅恪听到后，让用人请他上楼聊聊。贝司见陈平易近人，风趣健谈，便鼓起勇气对陈说：“大家都说先生是’国宝‘呢？”“国宝？国宝！哈……”陈笑完后，问道：“你看我是国宝吗？腿拐、眼瞎，成个废物了……”贝司感到陈寅恪的笑声里，不无凄凉，忙道：“先生对国家民族的文化贡献巨大，国宝之荣，当之无愧！”
目盲残足的陈寅恪失去了活动能力，整日卧床，偶尔被抬放到一张木椅上静坐。1963年春天，南京博物院院长曾昭燏到广州出差，赴中大校园探望陈寅恪。面对故人来访，陈寅恪于怆怀哀愁中赋诗云：“云海光销雪满颠，重逢膑足倍凄然”，“论交三世无穷意，吐向医窗病榻边。”几日后，又有“自信此生无几日，未知今夕是何年。罗浮梦破东坡老，那有梅花作上元”等句，悲凄万分。
陈寅恪曾对杨东莼谈及自身命运：“左丘失明，孙子膑足，日暮西山。”悲怆之情溢于纸上。
完成《柳如是别传》后，陈寅恪开始口述回忆录《寒柳堂记梦》，记叙其三世家风及本身旧事，作为对这个世界最后的告别。“****”中，未完稿的《寒柳堂记梦》，以及他的诗集丢失，至今下落不明。
陈寅恪在《赠蒋秉南（天枢）序》中总结一生，痛陈内心：“默念平生，固未尝侮食自矜，曲学阿世，似可告慰友朋。至若追踪前贤，幽居疏属之南、汾水之曲，守先哲之遗范，托末契于后生者，则有如方丈蓬莱，渺不可即，徒寄之梦寐，存乎遐想而已。呜呼！此岂寅恪少时所自待及弄日他人所望于寅恪者哉？？”
命运
曾任陈寅恪助手的浦江清说：“那时候左右分明，中间人难于立足。他（陈寅恪）不反对共产主义，但他不赞成俄国式共产主义。”
1948年12月，陈寅恪离开北平前，曾对前来送行的邓广铭说：“其实，胡先生（胡適）因政治上的关系，是非走不可的；我则原可不走。但是，听说在共产党统治区大家一律吃小米，要我也吃小米可受不了。而且，我身体多病，离开美国药也不行。所以我也得走。”当时陈寅恪的大女儿陈流求已经在清华大学读书，不想随父母离开，唐筼告诉她，是姑父俞大维传话来说接他们离开战火中的北平，陈流求遂从母命。
1948年12月15日清晨，胡、陈两家赶到南苑机场，乘机飞离北平，抵达南京明故宫机场，王世杰、朱家骅、傅斯年、杭立武、******等均前往机场迎接。但陈寅恪只在南京住了一个晚上，第二天便携家眷悄然赴上海，住在表弟俞大纲家中。一个月后，陈寅恪没有跟随国民党赴台，而到广州岭南大学任教。
因陈氏夫妇均多病，医生曾劝说陈寅恪“宜往南方暖和之地”，故1948年夏，陈寅恪已与岭南大学校长陈序经联系过，陈序经聘他为岭大教授，只是由于他还依恋北方，所以未即成行。这次，陈寅恪即为践约而往。
据陈寅恪的学生梁嘉彬说，陈寅恪曾从广州写信，托友人调查台湾房屋地价租钱，为准备来台之计，但后未果。
2010年，张求会经朋友帮忙，从“中研院”拿到了1949年5月傅斯年以史语所名义为陈寅恪一家向台湾警务处申请办理入境的电报底稿。电报写着：“查本所专任研究员兼第一组主任陈寅恪先生自广州携眷来台工作，兹附上申请书四纸，敬请惠发入境证是荷。”张求会认为，这是陈寅恪在1949年有意赴台的直接证据。
1949年春，俞大维夫妇离开大陆，在广州与陈寅恪话别。陈、俞二人分析时局、详谈各人行止、今后考虑，最后，陈寅恪决定留在大陆，俞氏夫妇取道香港到美国，之后去了台湾。
据******说，身处岭南的陈寅恪和夫人唐筼曾为去留问题发生强烈争执，唐筼执意要走，因此只身去了香港，住在“一家无招牌的私家旅馆”（按：******又曾引冯衣北的文章，说冯向当时接近陈家的人了解到，唐筼曾去香港，借寓于香港大学文学院长马鉴家中，但因陈坚持不往，唐筼只好返回广州），后来陈序经做工作后派人迎还。陈寅恪事后深深佩服夫人的远见，后悔自己没有及早谋身远去，《柳如是别传》就是陈的忏悔之作云云。但据汪荣祖考证，陈和夫人并无去留争执，余的说法并不准确。
陈寅恪去世后，杨联陞谈及，陈生前曾说，“生为帝国之民，死作共产之鬼”，今竟不幸言中。
晚景
“****”开始后，陈寅恪由原来的大字号“走资派”、“资产阶级反动学术权威”，“升级”为“牛鬼蛇神”、“封建余孽”、“死不改悔的走资派”，甚至被列为“特一号案犯”，被指为大肆挥霍国家财产、享受高级护理待遇、非美帝国主义的药物不吃、有意污辱为其理疗的年轻女护士等的“罪魁祸首”。
陶铸曾多次指示广东省委善待陈寅恪，但红卫兵置之不理，反而逼迫陈交待与陶的关系。陶铸被打倒后，陈寅恪更是雪上加霜。陈与夫人的工资被冻结，助手黄萱及三名护士被赶走。风声日紧之时，陈寅恪命人将阳台的外门关闭，但仍有人从阳台上爬进陈家，打开大门，于是人大量涌进楼上，挤满一屋，大字报贴到床上、门上，面对此情景，唐筼说：“人还没死，已先开吊了。”自是开始，红卫兵来抄家者先后不绝，谁想抄家，随时可去。凡是可拿之物，大至落地收音机，小至茶杯，无所不拿，包括陈寅恪后半生积攒的书籍、手稿及陈寅恪保存的二十余封祖父陈宝箴的手札均被抄走。家中用品，遂荡然无存。有一次，红卫兵勒索唐筼家藏的珠宝首饰，竟将唐殴打甚重，抢走饰物。又一次，红卫兵要将陈寅恪抬去大礼堂批斗，唐筼阻止，被推倒在地，结果由陈在清华国学院的学生、前历史系主任刘节代陈挨斗。
因为存款被冻结，陈寅恪曾向中大革委会递交一份《申请书》，内容如下：“一、因心脏病须吃流质，恳求允许每日能得牛奶四支（每支月四元八角）以维持生命，不胜感激之至。二、唐筼现担任三个半护士的护理工作和清洁杂工工作，还要读报给病人听，常到深夜，精神极差。申请暂时保留这位老工友，协助厨房工作，协助扶持断腿人坐椅上大便。唐筼力小头晕，有时扶不住，几乎两人都跌倒在地。一位工友工资二十五元，饭费十五元，可否每月在唐筼活期存款折中取四十元为老工友开支。又，如唐筼病在床上，无人可请医生，死了也无人知道。”
陈家正好位于中大制高点大钟楼的对面。两年多的时间里，陈寅恪被四面八方的高音喇叭声包围。他们甚至将喇叭设在他床前，“让反动学术权威听听革命群众的愤怒控诉”。陈本就精神衰弱，以往尚且要依靠安眠药才能入眠，此时他精神所受之摧残，可以想见。陈封可之子陈贻竹回忆说：“叔公家没搬之前屋子里外都贴满大字报。1968年之前，我跟妈妈去看过叔公一两次，他当时不说话，不能谈政治，也不能谈感受。”
1969年春节过后，陈寅恪一家被勒令搬出东南区一号二楼，迁至中大校园西南区一所破旧的平房住居。此时陈寅恪病体衰弱得无法进食，只能进一点汤水之类的流食，偶有亲友偷偷登门拜望，他躺在病榻上已说不出话，只是眼角不断有泪流出，望者无不凄然。而此时的唐筼几次被登门的革命者“乱拳打倒”，心脏病日趋严重到几乎瘫痪。
归去
1969年5月5日，陈寅恪被迫作“口头交待”，直至不能讲话才罢休。讲话中有“我现在譬如在死囚牢”语。5月17日，陈寅恪八十寿辰，次女陈小彭回家探亲，陈寅恪气愤地说：“我将来死后，一本书也不送给中大。”
10月7日晨，陈寅恪于凄风苦雨中离开人间。45天后，1969年11月21日晚8时许，唐筼撒手人寰，追随陈寅恪而去。她曾对人说，“待料理完寅恪的事，我也该去了。”
梁宗岱夫人甘少苏在回忆录《宗岱和我》中说：“那时候，挨整的人及其家属都特别害怕高音喇叭，一听到高音喇叭声，就战战兢兢，因为红卫兵经常用高音喇叭通知开会，点人出来批斗游行；而出去一次也就是小死一场。历史系一级教师陈寅恪双目失明，他胆子小，一听见喇叭里喊他的名字，就浑身发抖，尿湿裤子。就这样，终于给吓死了。”
大陆媒体中最早登载陈寅恪去世消息的是《南方日报》。1969年10月18日，《南方日报》刊登了一条一百多字的消息：“中国人民政治协商会议全国委员会常务委员、中央文史研究馆副馆长、中山大学教授陈寅恪先生因病医治无效，于本月七日在广州逝世，终年七十九岁。”
陈寅恪夫妇去世后，骨灰一直不能入土为安。“****”结束后，陈家后人为陈氏夫妇归葬杭州义宁陈氏祖坟一事奔走，但却一直不能如愿。1989年，陈氏后人只能退而求其次，选择陈氏夫妇归葬庐山，但此事却一再搁置。直到2000年，黄永玉得知陈先生夫妇归葬之事困难后，协助陈家后人，力促庐山植物园作为大师夫妇归骨之所。经过一波三折，2002年6月16日，陈寅恪夫妇得以入土为安。1945年陈寅恪于成都作《忆故居》诗哀叹：“松门松菊何年梦，且认他乡作故乡”，正成谶语。
叹誉
吴宓在《空轩诗话》中写道：“义宁陈氏一门，实握世运之枢轴，含时代之消息，而为中国文化与学术德教之所托命者也。”
吴宓说：“宓于民国八年在美国哈佛大学得识陈寅恪。当时即惊其博学，而服其卓识，驰书国内诸友谓：’合中西新旧各种学而统论之，吾必胜寅恪为全中国最博学之人。‘今时阅十五六载，行历三洲，广交当世之士，吾仍坚持此言，且喜众之同于吾言。寅恪虽系吾友而实吾师。”
吴世昌与唐兰纵论天下饱学之士曾云：“当今学者称得上博极群书者，一个梁任公（梁启超），一个陈寅恪，一个你，一个我。”
傅斯年曾对蓝文徵这样评价陈寅恪：“陈先生的学问，近三百年来一人而已！”
美国弗吉尼亚大学教授汪荣祖说：“陈寅恪在现代中国史学上占有极其重要的地位，在国外影响也很深远。”
一位美国学者写《论韩愈》一书，特在扉页上注明：“将此书献给陈寅恪先生。”
胡適在日记中写道：“读陈寅恪的论文若干篇。寅恪治史学，当然是今日最渊博、最有识见、最能用材料的人。”
李慎之说，中国学人历来的一个价值标准就是要“学有宗旨”。陈寅恪在20世纪20年代提出“独立之精神，自由之思想”以来，终身未曾违背这一宗旨，真是“造次必于是，颠沛必于是”。
季羡林说：“寅恪先生为一代史学大师。这一点恐怕是天下之公言，绝非他的朋友们和弟子们的私言。”季羡林又这样评定陈寅恪：他继承了中国“士”的优良传统：天下兴亡，匹夫有责。
劳榦说：“二十年来的历史研究，国内几个好的大学及研究机关，虽然都有他们的贡献，但孟真主持的中央研究院历史语言研究所以及北京大学文科研究所，的确能做到中心地位。尤其历史语言研究所的有关历史部分在陈寅恪先生以历史学先进、谨严而渊博的方法领导之下，影响尤深。”
1963年正月，罗香林将为纪念港大五十周年而写的《香港与中西文化之交流》一书，寄给法国汉学家法兰西学院的戴密微教授（P.Demievill），书中有一幅陈寅恪与唐筼的照片，戴密微回信道：“在你有关香港的一本书中，有陈寅恪的照片，我看到时，感恃激动。我虽未曾见过他，但我相信他是仍生在世最伟大的中国学者。”
葛兆光谈道：“有人曾说鲁迅是中国最痛苦的文人，那么我想，陈寅恪也许可以称作中国最痛苦的学人。学人比文人更不幸的是，学人的理性使那些痛苦压抑积存在心底而不得宣泄，’玉满贮伤春泪，未肯明流且暗吞‘，于是盘旋纠缠，欲哭无泪，欲语又止，化作了晦涩深奥的诗句，在譬喻、典故、成语包裹了一重又一重的诗句中一滴一滴地向外渗露。不知为什么，读《陈寅恪诗集》时我想到的都是一个意象：’啼血‘。”
俞大维说：陈寅恪平生的志愿是写成一部《中国通史》，及《中国历史的教训》，在史中求史识，“因他晚年环境的遭遇，与双目失明，他的大作Magnum Opus未能完成，此不但是他个人的悲剧，也是我们这个时代的悲剧”。
