******对章太炎十分恼火，于是让章的金兰兄弟——国民党要员张继出面，劝“大哥当安心讲学，勿议时事”。章太炎闻言，愤然提笔作答，说：“吾老矣，岂复好摘发阴私以示天下不广？……吾辈往日之业，至今且全堕矣，谁实为主？吾辈安得默尔而息也？”“五年以来，当局恶贯已盈，道路侧目。”“栋折榱崩，吾辈亦将受压。而弟欲使人不言，得无效厉王之监谤乎？”章太炎最后说：我“年已耆艾，唯望以中华民国人民之名表吾墓道”，他反问张继：“谁使吾辈为******之民者？谁使同盟会为清名而被人揶揄嘲弄者？愿弟明以教我。”
政见
章太炎之父立下《家训》，要求子女们不得对清廷卑躬相事，并希望子女们精研经史。章父生前曾对家人道：“吾家入清已七八世，殁皆用深衣（汉族士大夫平时闲居在家时所穿的衣服，上衣和下裳相连）敛，吾虽得职事官，未尝诣吏部，吾即死，不敢违家教，无加清时章服。”章太炎听闻，尤为感动。
少时，章太炎受外祖父朱有虔启导。其十一二岁时，朱为其讲《东华录》，说：“夷夏之防同于君臣之义。”章问：“前人有谈此语否？”朱答：“王船山、顾亭林已言之，尤以王氏之言为甚，谓历代亡国无足轻重，惟南宋之亡则衣冠文物亦与之俱亡。”章说：“明亡于清，反不如亡于李闯。”朱回答道：“今不必作此论，若果李闯得明天下，闯虽不善，其子孙未必皆不善，惟今不必作此论耳。”章日后自陈：“余之革命思想，即伏根于此。依外祖之言观之，可见种族革命思想原在汉人心中，惟隐而不显耳。”
章太炎主张排满，曾作《逐满歌》，其中直呼清朝皇帝名讳，讽刺清廷叔嫂通奸等一系列秽闻，语气十分蔑视。梁鼎芬的弟子朱强甫问章道：“你的祖宗不也有人做过清朝的官吗？”章太炎答道：“那是为强暴所污，不得已而为之！”张之洞遂辞章太炎，赠以五百金。梁鼎芬却扣留其款，章只能狼狈而归。
1899年，章太炎第一次流亡日本期间，结识孙中山。此次见面，章太炎被孙中山“当今中国不流血就不能推翻满清王朝”的议论深深打动，连连叫好，称其为“卓识”。
章太炎在东吴大学讲授中文课程，但他好对学生讲民族大义，给学生出的论文是“李自成胡林翼论”，意为即使是灭亡了大明的李自成，也胜过苦心孤诣维护异族江山的胡林翼。
1902年，章太炎在日本发起纪念支那亡国会，清朝驻日公使蔡均得知后，大为惊恐，请东京警察厅下令解散此会。日本警察便传讯章太炎等人，章等人“如约偕行，时着华服者只太炎和陈桃痴二人。太炎长衣大袖，手摇羽扇，颇为路人所注目”。日本警察问章等人是清国何省人？章回答：“我们是支那人，非清国人。”警察吃惊道：“你在国内什么阶层？士族还是平民？”章答：“遗民。”警察无奈，只好让他回去了。
在爱国学社任教时，章太炎曾给学生们出过一道作文题，为：某某某本纪，命学生作一篇自传。柳亚子时在爱国学社读书，写了一篇《柳人权本纪》（人权是柳当时改用的名字）交卷，章非常赏识。
1904年，慈禧七十大寿，章太炎写下一副对联以示讽刺，传诵一时：“今日到南苑，明日到北海，何日再到古长安？叹黎民膏血全枯，只为一人歌庆有；五十割琉球，六十割台湾，而今又割东三省，痛赤县邦圻益蹙，每逢万寿祝疆无。”
1906年7月15日，出狱后的的章太炎来到日本。孙中山与东京留学生为其开欢迎会，到会者两千多人，由于地方太小，许多人只能挤在屋檐下或爬在窗台上，以求一睹章太炎的风采。这天一直下着大雨，许多人从上午9点钟到中午12点钟，“咸植立雨中，无惰容”。章在会上致辞说：“兄弟少小的时候，因读蒋氏《东华录》，其中有戴名世、曾静、查嗣庭诸人的案件，便心中发愤，觉得异种乱华，是我们心里第一恨事。后来读郑所南、王船山两先生的书，全是那些保卫汉种的话，民族思想渐渐发达。”
章太炎与吴稚晖打笔墨官司，复吴稚晖书中自白云：“少小未尝应试，至今犹是汉族完人也。”
中华民国成立前，曾开会商讨国旗一事。孙中山提议用青天白日旗，黄兴主张用井字旗，袁世凯主张用龙旗，章太炎提议用首先光复南京的江浙联军的军旗五色旗。章说：“红、黄、蓝、白、黑五色，代表我国汉、满、蒙古、回、藏五个民族，寓意五族共和。”于是，五色旗成为中华民国国旗，直至民国十六年******改用青天白日旗为止。
孙中山任临时大总统时，曾聘章太炎为总统府枢密顾问。此时，章太炎对孙中山心存芥蒂，因为他认为光复会副会长陶成章之死，是孙中山所为。
章太炎强烈感受到南京临时政府的软弱，他提出的种种主张和方案不被采纳。此时，他更希望尽早结束南北分裂的局面，共御外辱。最为了实现自己的政治抱负，权衡对比后，他将希望寄托在袁世凯身上。于是章开始为袁摇旗呐喊，攻击同盟会的革命党人，骂他们是“鼠窃狗偷”的“群盗”。但当袁世凯如愿上台，并开始迫害革命党人、谋划称帝时，章太炎、梁启超等人才如梦方醒，悔之莫及。此时，章才认识到革命党人必须重新联合起来，于是主动找到孙中山、黄兴等人，开始商讨如何对付袁世凯的阴谋。
章太炎对于临时政府的许多设施如定都、借款等事多所匡正，同时对于党政军人的争权夺利深致不满。某次在南京的川军革命时期死义先烈追悼会上，章太炎送来一副挽联，上书：“此地龙蟠虎踞，古人之虚言；群盗鼠窃狗偷，死者不瞑目！”
章太炎独独对黎元洪心生好感，无论政治风云如何变换，他都鼎力支持黎，以至于有报社记者说：“章太炎先生的政见，无外乎’总统非黎公不可‘。”
袁世凯上台后，给了章太炎一个虚职：“东三省筹边使”，并拨给他一万元经费。章踌躇满志，到吉林赴任，发表了《筹边使告东北父老书》和《筹边使四策》等文告。没曾想刚到东北便受冷遇，无人迎接不说，召见吉林西南道孟宪彝和长春知府德养源，二人竟不理会。章气愤不已，找到吉林都督陈昭常说：“本使是国家堂堂官吏，他们被传不到，就是目无本使，就是目无共和国家！”陈昭常深知袁的用心，并不和章计较，对章恭敬如仪，好吃好喝招待，最终将章礼送出境了事。至此，章才若有所悟，对袁颇为失望。
章太炎在为刘成禺的《洪宪纪事诗》作序时，将袁世凯的洪宪解释为：“袁世凯以明太祖建号洪武。满清以太平军为劲敌，其主洪也。武昌倡议者黎元洪，欲用其名以厌胜之，是以建元曰洪宪。”
袁世凯称帝之时，章太炎弟子康宝忠亦拥护袁。康去探望幽禁中的章，章问康道：“我未教尔劝人家做皇帝，汝何故反背师说？”康曰：“先生亦皇帝也。素王改制，加乎王心。先生执《春秋》之笔，行天子之事。项城不过借周室天子位，以洪宪元旦，为’元年春王周正月‘耳。兴周故宋，黜周王鲁；笔削之权，仍属先生。”章曰：“周家天子姓姬，洪宪天子姓袁，汝何不直称之曰袁术？我已为彼贮蜜十斛，恐江亭呼唤，声力俱碎，一滴不能入口耳。尚欲闻蜜脾香乎？速去勿多言。”
护法运动时，章太炎到云南游说唐继尧，唐亦慕章太炎之名，放八十一响礼炮以示敬。但章到后发现唐没有出兵诚意，而且治下秩序混乱，乌烟瘴气，颇为失望。于是，他白昼外出，命人手提灯笼，上书“大元帅府秘书章”的字样，引起围观如堵。有人问何故，他答道：“地方黑暗，不得不借此以见一线光明也。”也有说法称，章当时答：“此地种鸦片，漆黑一片，不照明何以举步？”
1920年，章太炎由最初的反对军阀割据转变为赞成军阀割据，提出“联省自治，虚置政府议”的主张。1922年，黎元洪就任总统，章太炎受勋一枚，到处宣讲“联省自治”，还主张首都“南迁武汉”。
1924年，中国国民党第一次全国代表大会召开，发表宣言，实现国共合作。在国民党****冯自由、居正等人的怂恿下，章太炎公开发表言论，反对国共合作。章太炎说******执行的三民主义是“卖国主义、党治主义与民不聊生主义。”
章太炎后支持孙传芳，而于1927年被国民党以“学阀”的罪名通缉。1928年6月，南京政府宣布“统一告成”，改“五色旗”为“青天白日旗”。同年，黎元洪去世。章太炎认为中华民国已经死去，他始终不承认******的中华民国，不当青天白日旗的顺民，自称“中华民国遗民”。11月22日，国民党放松了对章的限制。隐匿经年的章太炎，参加老友蒋智由之子蒋尊簋举行的新闻记者招待会时说，今民不堪命，******是最大魁首，********是攫夺国民政权，“袁世凯个人要做皇帝，他们是一个党要当皇帝，这是叛国，叛国者国民应起而讨伐之”。第二天，国民党上海市三区党部再次呈请通缉章太炎，25日，国民党特别市党务指导委员会五十八次常会通过“通缉反动分子章炳麟案”。章太炎只得再次隐匿，躲到妻妹汤国夙家位于上海成都北路一栋二层小楼中，过着完全与世隔绝的日子。自1927年至1931年，章太炎的行踪几从全国报刊中消失。
三十年代，薛慧山去拜谒章太炎，闲谈中章郑重地说：“我是同情青年人的，你反封建……”突然又提高了声音说：“但是你知革命以后，竟比封建时代更糟吗？”
1935年12月9日，北方的广大学生纷纷上街游行请愿，要求政府积极抗日。国民党华北当局宋哲元欲以“共党分子”作乱为由镇压学生运动，章太炎得知消息后，去电支持学生运动，曰：“学生请愿，事出公诚。纵有加入共党者，但论今之主张何如，何论其平素。”宋哲元复电表示：“先生之嘱，自当遵办。”
七七事变发生后，上海学生赴南京请愿，列车被扣于苏州。时天寒风厉，群情义愤，居苏的章太炎得知后，立请吴县县长，以饼饵等为饷。
******对章太炎晚年的抗日言论颇为忌惮，曾派章太炎的老友、中执委秘书长丁惟汾，借探望为名，给章太炎送去一万元“疗疾费”，欲封其口。章公开登报宣布作为“讲习会基金”，用以办学，奖励学子，而“肆言照旧”。蒋日后屡次任命其为“国史馆长”、“政府高等顾问”、“粤海书院院长”，章太炎均坚拒。
1936年5月，******亲自写信给章太炎，“属以共信济艰之义，劝诱国人”。6月4日，章复书蒋，劝他“开诚布公，以悬群众，使将相之视枢府，犹手足之扦头目”，并建议将察哈尔一省“交付之共党”，因为中国共产党“对于日军，必不肯俯首驯伏明甚”，要求将共产党和工农红军“姑以民军视之”。章太炎此前坚决反对共产党，反对国共合作，称共产党武装为“****”，后又改称“赤军”，到此次已称之为“民军”。
章太炎原本为自己选择去世后葬在刘伯温墓侧，但国难当头之时，他选择死后与抗清英雄张苍水毗邻以明志。他生前曾替《张苍水集》作跋，叹曰：“余不得遭公，为执牧圉。”
囚禁
1903年，邹容写《革命军》一书，请章太炎为之作序，《苏报》选登章之文章，引发清廷震怒。清政府下密谕，拿办上海革命党。上海道商之于租界总领事。总领事已经签字，但工部局以******例应保护，不肯执行。被拿者六人：章太炎、蔡元培、邹容、黄宗仰、吴稚晖、陈范。工部局屡传蔡、吴前去，告以尽力保护之意，实即暗示被拿诸人从速离开上海。不久，两江总督魏光焘派道员俞明震来沪查办，于是蔡赴青岛，吴赴欧洲，陈赴日本，黄宗仰避居哈同花园。独章太炎不肯他去，并且让邹容也不可离去，说：“革命没有不流血的。我被清政府查拿，现在已经第七次了。”
清政府严谕魏光焘，有“上海爱国党倡言革命，该督形同聋聩”之语，魏惶恐，因工部局不肯拘人，乃问计于律师，律师以为只有诉诸法律。于是魏光焘代表清政府为原告，控诉章太炎等六人于会审公廨。工部局于闰五月初六日，出票拘人。巡捕至爱国学社，进客室，问谁是章炳麟。章正在室内，自指鼻端答道：“章炳麟就是我。”欣然同去，大有“我不入地狱，谁入地狱”的节概。
吴稚晖回忆，闰五月初五傍晚，报社诸人已经听说巡捕房将来拿人，便商量逃走，但面对章太炎时不敢说逃走之事。是晚，吴等人到苏报报社人员住处，直奔楼上。章太炎、王小徐、俞桐伯等人已经就寝。吴等人发出声响，章即在被中骂曰：“小事扰扰。”次日早上七时，叶浩吾来劝章太炎离去，说留此身以有待，章未听从。叶离去后，吴稚晖与沈步洲进门，章独自在楼梯下一张桌子上喝粥。他见二人上楼，做鄙夷不屑之态曰：“赫赫。”吴亦不让步，一而上楼梯，一面对他做鬼脸“哈哈”，即飞奔上楼。下午，章即被捕，吴听说，到巡捕房，章马上写条子，劝邹容、龙积之自首。龙连夜到案，邹本被张继他藏在虹口一位西洋教士家中，也听从章之言，七日便投案自首了。
因讼案发生在上海租界，当时，清政府曾向西方列强许下了沪宁铁路的特权、白银十万两引渡章太炎、邹容，但在舆论重压下，西方列强称：“租界事，应当在租界处理。”章太炎等人的案件仍由租界的会审公廨审理，得以不被清廷引渡。
