章太炎绝食后，黄节、马叙伦等人致函政治会议议长李经羲，请李斡旋，要求释放章太炎。袁亦恐章饿死，延请医生前来省视，医生说龙泉寺不利于章太炎养病，于是又移至东城钱粮胡同。
移至钱粮胡同后，章太炎疑惧袁世凯遣人投毒，自己死得不明不白，必以银碗银箸银勺用餐，因根据《洗冤录》，银可验毒。马叙伦周末常去章，二人一谈就是一天，有时章还留他用餐。因餐具皆银制，热气腾腾的饭菜拿不上手，汤喝不进口，马叙伦陪章吃饭，苦不堪言。
朱希祖长子朱偰回忆，章太炎入住钱粮胡同后，所有厅差人等，表面上看似别人推荐，其实都是警厅暗探。来客起初并不限制，一日，来了一个日本学者，因言语不通，彼此都用笔谈。暗探们听不到声响，向窗内张望，以为定是商量什么机密，赶着去报功邀赏。警厅小题大做，便密令断绝宾客来往。章一连好几日不见客人前来，遂又一次绝食，表示抗议。
马叙伦得到消息，一大清早便赶到钱粮胡同。时值隆冬，章因怕袁世凯用煤气熏死他，故室内不生炉火，裹了三条棉被躺在床上。马也不敢脱去裘皮大衣，小坐片刻，两只脚便冻得几乎没了感觉，只好在室内不停地兜圈子，一面走，一面与章聊天，伺机劝章进食。一直聊到晚八时许，马已饥肠辘辘，看准时机，告知章自己已饥饿难耐，求章陪他吃点东西。章兴致正高，欣然答应。马忙叫厨司做两碗鸡蛋来。鸡蛋送来，马先给章端去一碗，章一口一个，不消一分钟便落了肚。马再递上给自己准备的那碗，章也不推辞，又很快落肚。此后，汪东、马叙伦等人通过多方努力，迫使警察厅放松了门禁，拟定了十二人的名单，可以随时探望。章太炎不觉寂寞，遂复食。
连横入京，听说章太炎被囚在京中，于是多次往谒。连横回忆：“曩游燕京，曾谒先生于旅邸，时袁氏专国，慕间正人，幽诸龙泉寺中，复移钱粮胡同。不佞每往请益，先生据案高谈，如瓶泻水，滔滔不绝。”
在钱粮胡同的居所，袁世凯在生活上对章太炎照顾有加。汤国梨说，章太炎每月的费用是500元（当时一个警察每月薪水4元左右，大学里工资最高的教授，每月不过400元）。但章并不因此就感激袁世凯，骂袁之余，他就拿看押的警察开涮。据传章曾发表“约仆规则”六条：“一、每日早晚必向我请安；二、见我时须垂手鹄立；三、称我曰大人，自称曰奴仆；四、来客统称曰老爷；五、来客必须回明定夺，不得擅行拦阻，亦不得擅行引入；六、每逢朔望，必向我一跪三叩首。”还说：“你们要吃这碗饭，就照做，要不就滚蛋”。这些特务中间，有一个是京师警察厅的副课长，他每逢初一、十五，遵照规则，向章一跪三叩首，章还特别为他讲一段《大戴礼》，以示“有教无类”。
有人问章太炎为何要订立此规，章答：“我弄这个名堂，没别的缘故，只因’大人‘与’老爷‘都是前清的称谓，至于’先生‘，是我辈革命党人拼死获得的替代品。如今北京仍是帝制余孽盘踞的地方，岂配有’先生‘的称谓？这里仍是’大人‘、’老爷‘的世界，让他们叩头，不是合情合理吗？”
1915年8月23日，筹安会成立以后，袁世凯积极进行称帝活动，章太炎悲愤异常。某日，以七尺宣纸篆书“速死”二字，悬于壁上，并自跋云：“含识之类，动止则息，苟念念趣死，死则自至，故书此二字，在自观省，不必为士燮之祷也。乙卯孟秋，章炳麟识。”章又满屋子遍贴“袁世凯”字样，以杖痛击，谓之“鞭尸”。他在室内写满了“杀、杀、杀、杀、杀、杀、杀，疯、疯、疯、疯、疯、疯、疯”的对联。
章太炎的长女到北京陪伴父亲，于1915年9月自缢于钱粮胡同。汤国梨回忆：“一九一五年春，偕未生及妹入京省父，孝思颇笃，见其父之困踬忧愤，乃极意承欢，饮食医药，无不周至。顾其心危虑深，居恒辄郁郁也！留五月，其姑驰书召归，既不忍远离父侧，又不欲重违姑意，自此益忧形于色！行有日矣，竟自缢于卧室，平旦发觉，已不救。之死也，非袁氏杀之其谁邪！”
吴宗慈在《太炎先生言行轶录》中记载：先生长女嫁龚未生，因家庭琐事口角，赴徐宅（即钱粮胡同章幽居之所），诉于先生。先生曰：“胡不死？”女果自经，先生大恸。或谓先生：“君女之死，乃遵父命；既命之矣，何恸之深？”先生呜咽曰：“讵料其真死耶？”
章太炎玄外孙邹立人说：外祖母章告诉他，钱粮胡同四号素有“鬼宅”之称，每日夜幕降临，院中便风声凄厉，哀哀的哭声、尖锐的叫声、刺耳的狞笑声此起彼伏，声声传人房中，彻夜不绝。后来才知道，原来是军警执法处派人装鬼以吓唬章太炎。章精神每日都处于高度紧张之中，每晚睡得很少，亦很少与子女们谈话。……长女死后，虽然鬼叫之声似乎较前减少，但阴森森、凄惨惨的气氛却有增无减。章亦常常噩梦缠身，时时在半夜惊叫而醒。
据汪太冲称，袁世凯妄图称帝时，“广罗名士劝进，某君请于袁，愿游说太炎上请愿书，以为交换释放之条件。某趋谒太炎，说明来意，太炎伪诺之。明日，果有一纸呈览矣。袁拆而阅之，云：’某忆元年四月八日之誓词，言犹在耳。公今忽萌野心，妄僭天位，非惟民国之叛逆，亦且清室之罪人。某困处京师，生不如死！但冀公见我书，予以极刑，较当日死于满清恶官僚之手，尤有荣耀！‘袁大怒，欲杀之，转而又自嘲道：’彼一疯子，我何必与之认真也！‘”
1915年12月，云南护国军起。袁世凯于翌年三月取消洪宪年号。至六月，袁世凯呕血，渐不支。章太炎急欲观察南方动向，有在海军部的友人，准备在日本人协助下，助章易和服出逃，从铁路至天津。至约定之日，日本驻津领事密携宪兵迎章太炎于东站，未及上车，暗探尾随而至，做无赖口吻道：“你欠了我钱，为甚么逃走？”遂抢章之戒指及常玩耍的古玉而去。另有一伙人上前，将章拖曳至警察厅。时袁世凯病重，警吏气焰亦衰，只是将章送回钱粮胡同。
1915年，章太炎曾写“明年祖龙死”五字。次年元宵，章太炎见众人愁容满面，便举箸夹起一个汤圆说：“汤圆又称元宵，元宵者，袁消也。”一口吃下，众人大笑。是年，袁世凯果然暴毙，章始得自由。
师徒
章太炎投身革命，其师俞樾甚是反对。后章到苏州东吴大学任教，前去拜望老师，俞樾大怒，斥责章道：“闻而游台湾，尔好隐，不事科举，好隐，则为梁鸿、韩康可也。今入异域，背父母陵墓，不孝；讼言索虏之祸毒敷诸夏，与人书指斥乘舆，不忠。不孝不忠，非人类也，小子鸣鼓而攻之可也！”章不服，对曰：“弟子以治经侍先生，今之经学，渊源在顾宁人。顾公为此，正欲使人推寻国性，识汉虏之别耳，岂以刘殷、崔浩期后生也？”遂写《谢本师》一文，表示从此与俞樾断绝师生之谊。
虽因政见不合，章太炎与本师闹翻，但他内心对老师依然十分尊重。章颇喜月旦人物，少有嘉许，但终生对老师俞樾和谭仲修二人极为尊敬。曾国藩曾说俞樾只是个“闻人”，章闻之勃然大怒，驳斥道：“先生虽广涉群书，先务自有所在，与夫泛滥记诵无所归宿者固殊矣！”
金性尧曾记录章太炎对老师俞樾的维护：“有一次在西湖的某处，跟梁启超等在一起，梁氏看见前面挂的一副俞氏所撰楹联，就讥讽地说：’喔，原来是一对鹁鸪！‘章就闻而恚甚，动起武来了。”
俞樾去世后，章太炎亲撰《俞先生传》，虽不无微词，但通篇充满敬意，曰：“浙江朴学晚至……昌自先生。”章太炎自定《太炎文录初编》，并没有收录他的《谢本师》，倒收了晚年写的《俞先生传》。对此，李肖聃在《星庐笔记》中对章尊师之举予以表扬。也有人据此称章太炎《谢本师》是为在政治上保护老师。
陈存仁回忆，章太炎晚年游杭州，晨起特地穿上长衫马褂，又要学生陈存仁和章次公也同样穿戴，并命他们带着香烛水果，到“曲楼”凭吊老师俞樾的故居。到曲楼前，一位老妪前来应门，章抬腿就往里面走，老妪问他是谁，双方一语不合，老妪便举起扫帚逐客。三人无奈，只好在门口等着。大约等了两个时辰，曲楼才开门，出来一位姓陆的中年人，章太炎说明来意后，陆某告知曲楼早已易主，并让他们进楼祭拜。到春在堂前，章命陈等点起香烛，行三跪九叩之礼，对俞樾尊敬如故。陆某在旁看得呆了。章本想留下几个字，但因主人有笔无纸，章便在墙上题诗两首，黯然离去。
章太炎作《谢本师》一文与俞樾断绝关系。后来章依附孙传芳，其弟子周作人亦作《谢本师》一篇，与章断绝关系。抗战期间，周作人与学生沈启无产生龃龉，沈亦作《谢本师》，与周绝交。
章太炎晚年曾自撰《弟子录》，其中不仅没有鲁迅、许寿裳、钱家治、朱蓬仙等当年在日本办《民报》时期听讲诸人，而且连其长婿龚未生也未收入。钱玄同问他是否有深意，章答：“但凭记忆所及耳。……无微言大义也。”之后章又对弟子录进行了修改，这一次新收入了周作人等人。对此钱玄同大吃一惊：“其中竟有启明。”
在日本期间，章太炎诚邀鲁迅兄弟学习梵文，并为他们支付了半月学费，而鲁迅与朱希祖等门人，则凑钱为老师出版《小学问答》等著作。章影响鲁迅至深，远不止于小学，当时鲁迅撰写的《文化偏至论》、《破恶声论》，与章的《俱分进化论》、《四惑论》等著相较，几乎如出一辙。章被袁世凯幽禁于北京，鲁迅曾多次与同门前去探望（日记中记载七次，章还曾书庄子的一段话赠给鲁迅），章太炎后遭国民党当局迫害，鲁迅也多次为老师仪义执言。
1932年，章太炎北上督促张学良抗日，并在北平为弟子讲学，在欢迎老师的宴席中，章环顾四周，不见鲁迅，便问：“豫才现在如何？”大家回答：“现在上海，颇被一般人疑为****分子。”章听后沉思了好一会儿，才喃喃自语道：“他一向研究俄国文学，这误会一定从俄国文学而起。”
1933年6月18日，鲁迅在给曹聚仁的信中提到章太炎时说道：“古之师道，实在也太尊，我对此颇有反感。我以为师如荒谬，不妨叛之，但师如非罪而遭冤，却不可乘机下石，以图快敌人之意而自救。太炎先生曾教我小学，后来因为我主张白话，不敢再去见他了，后来他主张投壶，心窃非之，但当国民党要没收他的几间破屋，我实不能向当局作媚笑。以后如相见，仍当执礼甚恭（而太炎先生对于弟子，向来也绝无傲态，和蔼若朋友然），自以为师弟之道，如此已可矣。”
许广平回忆，鲁迅提到章太炎时，依然非常尊崇，总是称呼“太炎先生”。1936年6月14日，章太炎逝世；当时已经病重的鲁迅，于10月6日、10月17日连续写了两篇文章《关于太炎先生二三事》、《因太炎先生而想起的二三事》。两天后的10月19日，鲁迅去世。在这两篇文章中，鲁迅对老师曾经给予他的积极影响表示感激，并盛赞老师在革命史上的义举。
钱玄同师从章太炎，深得其古文经学之真传，被誉为尊崇国粹之先锋。章写信作文有一习惯，喜在文中用上几个古体篆字，借以体现其崇古立场。而钱玄同每次看到先生信件或书稿时，总觉得他的文章时而楷体，时而篆体，不够规整划一，遂全部改为古体篆字。章太炎起初还辩解一二，次数多了，再见钱手里攥着稿子登门来访，便主动投降，承认写字非写篆字不可，连说：“就按照你的意思去办！”
弟子吴承仕三十年代日益激进，倾向共产党，赞成马列主义。章太炎视他为叛逆，和他断绝了师生之谊。吴在课堂上对学生说：“太炎先生对他的老师表示决裂，写过《谢本师》。我的老师不同意我现在走的路，我不会做出他那样的表示。”章逝世苏州，吴奔丧回京后，学生问他有何感想，他说：“当然沉痛，但也解放了些。”
2000年，已经93岁高龄的姚奠中对人提起乃师章太炎，立即一脸肃严。姚说，章太炎老师对其学生要求甚严，一丝不苟，这为他以后治学授业打下良好扎实的学风基础。当他说到老师仙去时，黯然泪下，哀叹唏嘘，豁然起身，直至书案提笔写下：“以正己为本，以从义为怀，以博学为知，以勇决为行，以用世为归。”接着说道：“这就是我老师章太炎先生一生的写照，也是我的座右铭。”
大儒
章太炎的祖父章鉴不喜做官而爱读书，一有钱就搜集古本书籍，所以家中藏书十分丰富，收藏有宋、元、明、清刻版书5000余册，可惜这些书后毁于战火。章太炎虽然没有见过这些刻版，但从祖父的藏书目录中，可以想见当年家中藏书的盛况。章鉴曾经专心致志于中医学30余年，对于古代医学方书颇有所得，成为当地有名的医生。章鉴曾一度以行医为业，对于乡间穷人看病，他非但不收诊金，还免费给他们抓药，救治了不少穷人，故而在仓前镇一带的口碑甚好。
太平天国起义时，章鉴率全家先后逃难至江南和浙西，其子章濬（即章太炎之父）随他而行。章濬逃难时，竟然不带一文钱而只抱一份《章氏家谱》，一时在乡间传为笑谈。
童年时，章太炎便是个“书迷”，不谙嬉耍。章母常与女眷戚在家打麻将消遣，而章太炎就坐在旁边，就着麻将桌上的小油灯读书，虽环境吵闹，他却旁若无人。
