清廷最后采纳了左宗棠的意见，即所谓“塞防与海防并重”。左也不负众望，成功收复了新疆，后世也因此多是左宗棠而非李鸿章。但在左宗棠的光荣背后，还有李鸿章的福建马尾水师和北洋水师先后全军覆没的耻辱，所谓“塞防与海防并重”，体现在数字层面则是：1875—1884年十年间，西征和塞防军费为八千万两；1875—1894年的二十年间，海防经费总共筹款为四千二百万两，其中一半以上用于海军建设，约一千万两被清廷挪作他用。
海防：缘起日军侵台，反又误读日本
1874年，中日签署《北京专条》换取日本自台湾撤军之后，李鸿章在给沈葆桢的一封信里如此描述自己对海防现状的焦虑：
弟初尚拟议，番所害者琉球人，非日本人，又津案戮杀领事、教士，情节稍重，碍难比例。今乃以抚恤代兵费，未免稍损国体，渐长寇志。或谓若自启兵端，无论胜负，沿海沿江糜费，奚啻数千万，以此区区收回番地，再留其有余，陆续筹备海防，忍小愤而图远略，抑亦当事诸公之用心欤?往不可谏，来犹可追，愿我君臣上下从此卧薪尝胆，力求自强之策，勿如总署前书所云，有事则急图补救，事过则仍事嬉娱耳!
日本以兵微将寡之势敢于侵台，而清廷对此竟无力作出武力上的强硬反应，显然对李鸿章造成了巨大的冲击。此前，李鸿章即曾在与日本使者柳原前光的谈判中不经意地流露出对自身海防力量的心虚：“今日如此办法，中国文武百官不服，即妇孺亦不服。中国十八省人多，拼命打起来，你日本地小人寡，吃得住否？大丈夫做事总要光明正大，虽兵行诡道，而两国用兵，题目总要先说明白，所谓师直为壮也。”——泱泱大国，到了要拿人多吓唬别人的地步，实在也算不得光彩。
日军侵台将中国千里海岸线无海防的现实赤裸裸地暴露了出来。参与1875年海防讨论的清廷重臣基本上都意识到了日本对中国的潜在威胁，譬如总理衙门□□成员大学士文祥，即在给朝廷的奏折里把对日防卫看作目下的当务之急，文祥说：“日本与闽浙一苇可航，倭人习惯食言，此番退兵，即无中变，不能保其必无后患，尤可虑者，彼国近年改变旧制，大失人心。叛藩乱民，一旦崩溃，则我沿海各口，岌岌堪虞。明季之倭患，可鉴前车。”
文祥的观点，正是1875年“海防论者”们认识上的吊诡之处——文祥担忧日本为中国外患，但同时又否定其明治维新的成功，而且认为正是维新的失败，导致大量的日本乱民流亡中土，导致明末倭乱情状再现。
文祥的这种看法不是特例。
前江苏巡抚丁日昌也对日本明治维新持否定态度，在回复总理衙门关于海防与塞防争论的信函里，丁称“日本之更正朔，易衣冠”是失败之举，“为识者所窃笑也”。
