藏传佛教与汉传佛教的最大区别，就是多了密宗。
汉传佛教也曾有过唐密，但传承早已中断，典籍也散失，如今三大佛教体系中只有藏传佛教完整地保存了密宗部分，四大教派在密宗的修炼上各有着重，传承和仪轨也有各自的宗门特色，五明佛学院虽然在显宗的教授上博采众长，融合了四大教派的代表性典籍，但是作为宁玛派传承的道场，在密宗的传承上还是严格依照宁玛派“大圆满教法”，密宗作为可以“即身成佛”的殊胜法门，也吸引了许许多多本来在汉传佛教就有深厚造诣的僧俗弟子前来求法。
无论宁玛派的“大圆满教法”、萨迦派的“道果教法”还是格鲁派“先显后密、止观双修”次第严谨的密法传承等等，对于修习密宗的修行者来说，无论修持何种密法，最根本的前提是信仰，必须信仰佛教、依教奉行，对佛法的敬仰和虔诚是修行一切密法的基础和前提条件。
佛法的根本目的是为了拯救众生脱离生死痛苦，得到究竟的清静安乐，佛法认为轮回皆苦，要从根本上断除痛苦及苦因，就要彻底地认识痛苦及苦因及因果业报真实不虚，由此激发出出离六道轮回的出离心，斩断世间贪欲，这是每个佛教徒趋入佛门的第一要素。然后在通往离苦得乐的道路上，就要皈依三宝和上师，精进修行智悲双运，诸恶莫作、众善奉行，把众生的利益放在第一位，并终生不懈怠的付诸实际行动，如此才能获得圆满菩提果、超脱轮回、往生极乐。
佛教思想已经深入道藏族人民的民族血液，渗透到藏族社会的各个阶层和领域，佛教对藏族人的思想观念、人生态度、世界观等有着深厚的影响，佛法的善恶标准、因果论几乎成为藏族人的心理定式和行为准则，在藏族僧俗民众的日常生活、为人处世中无不反映着佛教的修行思想。正是这种庄严佛国的圣善土壤，才为密宗法脉的延续传承提供了条件。
密宗也称金刚乘，都是佛陀所说教法，由于其教法玄妙、深奥、神奇所以并不是人尽皆知，知道一点皮毛的又容易产生误解，比因为不了解男女双修法的实际情况而诋毁、污蔑藏传佛教的大有人在。密宗的理论体系博大精深，又十分注重实践修炼，有着源远流长的历史文化背景、深邃的教义思想和独到的实修仪轨。密宗对自然、宇宙、社会人生、生命现象、人的精神心理活动、生理变化等方面有着深刻独特的洞察和体验，是从实践中深刻体验出人类生存的一种艺术，举世无双地体现了脱俗、自然、独立的人类生存智慧和艺术，并且处处渗透着浓郁的高原气息和藏文化特色。
密宗是藏传佛教中最深邃和博大的核心部分，密法是一种高层次的修行教法，只有具备一定条件和佛法基础的人才能修行，密宗修炼非常注重仪轨，灌顶、入坛、念诵等等仪轨名目繁多。藏传佛教讲究“皈依三宝是入佛法之门，发菩提心是入大乘之门，灌顶是入金刚乘之门。”所以修行密法最最首要的是皈依上师三宝，由上师引进一种坛城中授密法灌顶，如果没有灌顶则不能修，灌顶后修行者才具备密法的法脉和传承。实修密法的第一步是皈依发心、佛忏、供曼荼罗、修上师瑜伽等四加行修法，根据各教派的不同也有五加行、六加行之说；这是一切密法的基础和根基，无论修持何种密法，均要先修加行，而后才能进入正式的修行。
在密宗四续中本尊瑜伽法是修行的基础，对本尊的虔诚信仰及对本尊的确信为其前提。本尊瑜伽法的第一步是确定本尊，将意念集中在本尊的象征物上，而将修行者的思想意念升华、净化，断除愚钝与物欲，最后达到最高的修行境界。本尊瑜伽法也有一定的修习仪轨，包括修习次第、皈依发心、礼拜、供养诸尊、忏悔业障、随喜功德、回向等。另外必须提及的是，小乘的戒律、大乘显宗的智悲双运也是修炼密法的基础，更是修炼密法获得成功的必备条件。
无比的虔信和刻苦修行是至关重要的两个方面，如果没有入佛门就枉然修习密法其结果非常危险，对自己和他人都会造成伤害，修行者必须正确按照密宗的修行次第和步骤，严格遵守密宗“三昧耶”戒律，如理如法地修行才能达到预期目的。除此之外，密宗的修炼除了依靠经典和上师传授之外，实践修行也非常重要，二者必须相结合才能成功。
