堵乡战事重新得以控制，刘秀欣喜不已，遂拜岑彭为征南大将军，统领众将围剿邓奉、董訢，必不容叛国之人继续为祸南阳。月余之后，伏隆从青徐得成使命凯旋京师。自入青徐以来，伏隆传檄各县，言：“皇天佑汉，光武奋发，以少制众，故王寻王邑百万之军溃于昆阳，王朗全赵之师崩于邯郸，铜马青犊诸贼望风消靡，大肜五校莫不摧破。梁王刘永，幸以宗室属籍，爵为侯王，不知厌足，自求祸弃，僭越谋逆封爵牧守，为天下不耻。今虎牙大将军屯营十万，已拔睢阳，刘永奔逃，宗族皆灭，此诸君所闻也。不先自图新路，后悔何及！”
虽说伏隆不过孤身一人，然而盘踞青徐诸县群贼得书惶恐不已，毕竟伏隆身后乃是声势正盛的大汉朝廷。听闻光武皇帝有招安之意，获索贼右师郎等六部贼兵数万人马尽皆归降，而张步眼见刘永势微，遂遣使随伏隆一并朝入洛阳，上书归降，甚至备好鲍鱼珍馐生猛海鲜随使送入京师，以向光武皇帝表述孝心。
青徐、南阳暂无威胁，光武也便腾出手来应付关中赤眉来。这两日关中已传来军情，赤眉终于如先前所探一般弃长安而东行了。堵乡有岑彭坐阵料无大碍，遂调耿弇领越骑将军刘宏统兵五千进驻宜阳，再从阳翟调破奸将军侯进领军五千屯守新安，分为二道，以阻赤眉一时，又告知两将：“贼若东走，可引宜阳兵会新安；贼若南走，可引新安兵会宜阳。”两部人马驻防已毕，光武拜李通为大司农，与大司空宋弘、大司徒司直伏湛等共守洛阳，又领侍中积弩将军傅俊、侍中骑都尉臧宫，尽起洛阳五万兵马亲入颍川，以观赤眉动向。
行军之中刘秀也未有一刻安闲，时时筹谋赤眉之事，虽已有耿弇、侯进驻守要道，但也决不可放任赤眉东来，一旦容其破关而出，势必又如洪水猛兽一般一泻千里，中原复为贼寇扰乱，不知何年何月才可平灭。邓禹虽合汉中刘嘉、上郡乐玄数路人马，又近有八万之众。可邓禹在关中久战久败，士卒了无斗志，此时仍不从朝廷调令领军回撤，分明是意气用事，如此不冷静怎会打胜仗？还当令择良将入关方是正理。
阳翟有吴汉、冯异、寇徇，然而吴汉兵马初败南阳，且统兵不严也着实令光武头疼，此刻还是命其自省其罪也好收敛收敛那毛病。寇徇虽也是良将，可官拜颍川太守，经营此地还当真少他不得。相较之下，冯异智勇双全又不乏沉着稳重，必能成此大事。待大军行至阳翟，光武拜冯异为帅，分拨精兵三万，代邓禹入关迎击赤眉，而复汉将军邓晔、辅汉将军于匡在关中广有声望，拜为冯异副帅，一同入关征伐贼寇。
光武亲送冯异百里，出颍川入河南郡，临别之际，刘秀赐冯异乘舆七尺具①，以示对其才德看重，命其总督西征之事。
初冬之际万物萧瑟，念关中百姓之苦，光武忧心忡忡，语重心长嘱咐冯异：“三辅先遭王莽、更始之乱，又受赤眉、延岑暴虐，生灵涂炭无所依诉，今之征伐，非必略地攻城，重在平定纷乱，安抚黎民耳。我大汉将士英勇无畏无所不摧，然不乏掳掠之辈，朕为求胜而少有责罚，未伤人命也便不予严惩，以免伤及将士奋勇杀敌之意，乃至终生南阳祸事，朕心实痛。想当年与爱卿初见之时，卿为守护父城百姓乡梓，以千余民夫败兵独抗朕三千精锐，即便时至今日，朕仍对爱卿这份赤子之心而感念不已。卿素爱民心怀悲苦，紧束士卒军纪严明，望卿一如既往，无使关中郡县再受苦楚。”
冯异顿首受命，引军而行。一路走过秋毫无犯，多有救民义举。沿途流民盗寇自称将军者十余辈，听闻冯异之名多有入军降服。终于在华阴，冯异与赤眉先锋刘始、王宣两万精兵不期而遇。
能作为赤眉的开路先锋多少也有些能耐，刘始、王宣两将见冯异势大，不敢强争，据险而守以避汉军锋芒，欲待樊崇大军齐至而汉兵疲敝之时便可一举平灭冯异大军。
两军在华阴对峙六十余日，战数十合，赤眉处山高险处，汉兵冲杀需仰头强攻，地利已为赤眉所得，攻战异常艰辛。然刘始、王宣亦不好过，本以为樊崇大军不日将至，哪曾想已过两月都不见动静。赤眉本就粮尽，便是充当军粮的人肉干都已所剩无几，若放开拿活人开刀，只怕防御的兵力都无从保障了。先锋军饿着肚子，如何是锐气正盛的汉兵敌手？刘始、王宣见城里能吃的都已吃尽，而赤眉攻无可攻守亦难守，只得弃城而逃。
冯异见近两日赤眉抵抗远不如先前那般刚毅，察觉出异常，遣斥候仔细查探，方知刘、王二将欲逃之事。冯异忙调兵伏于城西，待赤眉出城西逃之时暴起杀出，将赤眉兵拦腰截断。逃出去的贼兵哪还管被困的兵马，只顾自己逃命而去，刘始、王宣被汉军合围其中，数次突围皆被杀回，力不从心之际领余众五千人马降于冯异。
汉军华阴初捷，大破赤眉先锋兵马，刘秀看过战报心中甚喜，遣使拜冯异为征西大将军，务必再接再厉，定要彻底剿灭赤眉贼寇。就在此时豫州亦有捷报传回。
刘永自逃入沛国之后，以仅有的数千兵马死守城池，竟一时使盖延难以破城。而周建、苏茂、佼彊又轮番袭扰汉营，使得沛国战事很是不顺，好在盖延用兵犀利，将攻城之事委以杜茂，自将突骑以御周建三将敌袭。周建等人未占到半点便宜，反在幽州突骑反击之下伤亡不小。
而杜茂攻城更为狠辣，知刘永粮乏士卒疲弱，催动兵马日夜不息攻城，也不分兵去往其他城门，盯住北门集中兵力猛攻。刘永兵少，虽说汉兵只攻北门，可其余各门又不能不顾，各自分兵五百以防万一，可这般下来，北门不过两千余兵马守城，经数月间与杜茂的厮杀，虽说汉军伤亡不在少数，可北门守兵所存早已不过千余。
刘永兄弟越来越感吃力，知汉军兵力不足不能合围城池，狠下心来便欲弃城突围，刘永命沛郡太守领残兵坚守北门，自己却暗中使弟弟刘防收拢其余三门兵勇欲走东门而去，可还未及出城，杜茂就已攻破北门，斩杀沛郡太守杀进城来。
刘永大惊，也不等兵马齐整便匆匆逃出城去。
杜茂哪会放任刘永匿逃，留兵一千看押降卒，马不停蹄便去追捕刘永。刘永士卒惶恐逃散，最后仅十数人相从，明知多留一刻便是死无葬身之地，刘永兄弟哪敢喘息，快马加鞭去投周建。
也是刘永命不该绝，还真被周建、苏茂、佼彊抢先寻到，还没来得及庆幸，就听身后杜茂兵马已然追来。三将领兵三万有余，杜茂不过数千兵马有何可惧，仗着人多催兵结阵相攻。
杜茂浑然不惧，虽然多以步卒为主，可面对十数倍的敌军竟毫不避让，身先士卒冲入敌阵当中。汉兵初破城池，士气正盛，见将军如此无畏，又岂能畏战不前？虽说数千汉兵已被周建大军重重包围，却没有一丝惧怕，反倒杀得兴起，打得周建兵马不敢上前。
正当两军打得不可开交之时，盖延五千突骑听闻沛城已破，闻讯适时而至。幽州突骑气势如虹，以摧枯拉朽撕破敌军防线。周建三将本就在盖延突骑手下吃尽了苦头，士卒一听到马蹄声都能吓一哆嗦，见到盖延杀来，哪还有胆留下来等死，也不管尚被围困的杜茂，争相逃去，投于沛水溺死之人大半。周建、佼彊护了刘永逃奔湖陵，苏茂自将兵马退回广乐。
虽然刘永仍逃得性命终是隐患，可经此一战，刘永伪朝元气大损，一时再也无法威胁洛阳安危。刘秀心情愉悦，杜茂此战功勋卓著，又有先前随吴汉剿灭魏郡、东郡、清河五校诸贼功绩，遣使拜为骠骑将军，再进封盖延安平侯以嘉两将之功。
此时洛阳心腹大患已是徐徐东来的赤眉，刘秀遂命盖延暂舍刘永不攻，守御梁沛便好。沛国乃是高祖故乡，刘秀命盖延重修高祖庙，置啬夫、祝宰、乐人②，四时祭祀不绝，以显朝廷威仪，又令盖延休息养民收拢人心以安豫州。
刘永大败之后，刘秀再也没有后顾之忧，自己亲领大司马吴汉、侍中积弩将军傅俊、侍中骑都尉臧宫，起大军出阳翟进驻宜阳，与建威大将军耿弇合兵一处，随时准备入关给予赤眉致命一击，而执金吾贾复经这段时间养息伤情好转，亦命其领军五千进屯渑池以助冯异。
①乘舆七尺具：剑首和剑柄部分用玉制成的剑。
②啬夫、祝宰、乐人：负责祖庙祭祀之人。
