生活一旦好转，人的心思就开始出现偏差，因为神农身体不适，既要整理药理还要炼丹，管理上面已经无法兼顾，故一些部落出现阳奉阴违之事。
当神农忙完这一切的时候，已经没有经历收拾残局，觉得愧对老师，愧对下任共主，只希望下任共主能及早前来接替人皇之位，也好拨乱反正。
公孙轩辕自从三岁便跟随老师出来，天文地理，人情世事，用兵之道，还有就是修道强身，玄清凡是能教都教了，毕竟公孙轩辕和其他两皇人不一样，他走的是一条趟血之路，既然要大一统，必然就会出现流血，而且这次他还有一个强劲的对手，那就是蚩尤。
在玄清不计成本的帮助下，各种灵丹妙药不停的喂食，轩辕在跟随了十五年后，修为终于达到了太乙金仙巅峰，为日后争夺共主之位有了一定的保障。本来还想在教导他两年，可是玄清感觉最近有点模糊，好像有什么事请忘了。
决定送轩辕回有熊部落，然后闭关解决一下心中的疑惑。从有熊部落走后，才知道当年幸亏自己出手的早，原来冥冥之中自有天定，当日刚收轩辕入门，广成子就到了，看到轩辕后也想收为徒弟，还和少典起了争执，最后知道孩子拜入人祖门下，才怏怏离去，且出言不逊。
有熊部落现在也是大事没有，小事不断，以前臣服他们部落的小族群，已经有反叛的苗头，轩辕一回来就接掌了部落大权，开始磨砺练兵，准备征服那些反叛部落。
玄清回去之后开始闭关，细细参悟那遁去的一，经过三年之后，终于发现哪里出现病症，原来是自己斩出的三尸，以前是按照道祖所讲做的，可是关键地方道祖并没有讲，而且还有故意往错误的路上引导，气的玄清直要毁天灭地，要不是自己发现的早，日后别说收回三分身，可能因此导致自己和自己相互残杀，一个不好就有身陨的危险。
玄清立即给分身传递消息，不多时，乐善、天煞和青莲都回来了，无数年的时间，分身都已经有了圣人的法力，本是可喜可贺之事，可现在正是他们头疼的时候。
“本尊，你所传递的消息是不是真的？”天煞阴冷的问道，被人摆了一道当然心里不好受。
“没错本尊，这件事情非同小可，你确定吗？”乐善也急了，本来大家分工不同，可是现在出现这样的危机，日后行事可就没有这样轻松自在了。
“一点错都没有，我从那遁去的一中参悟出来的，三尸只对于洪荒原生生灵，我本就是打了一个擦边球，他肯定知道我的出身，连你们他也是知道，怪不得我每次离开都是这样的顺利，看来他存心想阴我！”玄清有点懊恼。
“本尊，你还需要······”青莲指指上面，玄清明白过来，招出混沌珠，遮蔽了整个玄清山，免得被天道和鸿钧发现。
“既然如此，本尊有何打算，我们不能坐以待毙吧？”青莲淡淡问道。
“还能怎么办，当然是我们回归一体，省的到时候被天道暗算了不是！”乐善提出四合一之举。
大家一致同意，玄清就是痛心当初的这几件灵宝，别忘了他们的本质在那里，不是先天顶级的，就是先天至宝这个级别的，能不心痛吗？在合体之前天煞拿出一黑色的小旗子，乃是北方玄元控水旗，乃是五行旗之一，乐善交出了拂尘和一平板，平板是分宝崖炼制而成的。青莲拿出四根铁棍，乃是这些年在人族中收集铜铁之物炼制的。
“青莲，你丫的怎么会弄出四条棍子，你想干什么啊？”三人看青莲的目光怪怪的。
“滚，想什么呢，我们本是一体，主要是人的性子过多，想把几只猴子弄来，现在正好交给本尊，也许日后他们四个猴子能排上大用场！”
一切事情都交代清楚后，分身自毁身体，元神全部回归到本体之中，玄清的道行直线上升，普度众生，大慈大悲的慈善之道，杀、杀、杀，粉碎一切的杀戮之道，人的七情六欲，看破一切的虚妄之道，在加上本尊多年的逍遥之心，一时间演化的乱七八糟，到是对参悟鸿蒙紫气有打帮助。
神农一直在等待所等之人，人族出现了战争，他只是静观事变，当大臣向他禀告说，有一部落为有熊，那首领今年二十出头，骁勇善战，本来叛离他们的族群，全部被收服，还施宜恩惠感化他们，叛逃之人感念首领的大德，纷纷称赞他有土德之气。
”哦，还有如此胸怀之人，不知他叫什么？“神农感觉此人或许就是他要等的师弟。
“此人开始姓公孙，生于轩辕丘，故叫公孙轩辕。“
“招他前来陈都，我要亲自考察他一番！”当时虽然各个部落互相不服，但对神农的命令还不敢违背。
轩辕如期而至，神农带他到后庭，两人在里面谈了三天三夜，没有知道他们在说什么，第四天神农昭告天下，一个月后禅位，但具体让位给谁大家都不知道。
接到消息的人纷纷前来，禅位可是人族大事，不知新的共主又是怎么样的人。随着时间的流逝，禅位大典已经开始了，人山人海好不热闹。
“今我神农有感有心无力，无法在挑起人族大任，故禅位于公孙轩辕，天地众神鉴之！”
轩辕接过象征权利的崆峒印，双手捧过头顶，下面的人族齐齐下跪，口呼共主大德。这是天空飞来一人，定睛一看原来是人教上清圣人的徒弟，玄都大法师手捧圣旨而来。
“今神农为人族寻五谷，尝百草，解人族温饱和疾病之事，功德无量，如今功德圆满，加封地皇之位，居于火云洞镇压人族气运！”
玄都刚念完，天上一团功德来到神农头顶，然后一分为四，一层飞向玄清山，半层飞向八景宫，半层给了前来的人族，剩下的归神农所有，功德入身，神农身体闪烁几次后，恢复成一中年汉子，帝王之气震慑天下。
这时只看天上一龙撵从天而降，伏羲笑道：“皇弟，为兄前来接你！”
“有劳皇兄亲自前来，罪过罪过！”神农边说边上车，神农和伏羲见礼完毕后，朝着轩辕看了一眼。
“皇弟，我等二人在火云洞等你！”伏羲说完，龙撵径直上天而去，臣民跪拜恭送两位人皇。
轩辕继位后，心中有容天地之气，又有土德之仁厚之举，故臣民称呼他为轩辕黄帝！
