外壬在位期间，商朝再度开始衰落，邳人（今江苏省徐州市睢宁县一带）、姺人（今山东省荷泽市曹县一带）发生叛乱。外壬死后，他的弟弟河亶甲继位。河亶甲在位期间，商朝更加衰落，于是又把都城迁到相（今河南省安阳市内黄县境内）。其时，商朝的方国彭国帮助商朝，由首领彭伯率兵击败了邳人，使得邳人重新归顺商朝，同时河亶甲再次出兵攻打蓝夷，击败了蓝夷部落。姺人和班方（今山西省长治市屯留县一带）结盟，河亶甲委派彭伯、韦伯攻打班方，班方臣服，侁人被孤立，也再度臣服于商朝。河亶甲对商朝的稳定贡献较大，为其后祖乙复兴打下了基础。河亶甲死后，其子祖乙继位。
祖乙在位期间，又将都城迁到耿（今山西省运城市河津市），结果都城因遭遇水患而毁坏，又将都城迁到庇（今山东省荷泽市郓城县北）。祖乙在位期间，把忠于商朝的彭伯、韦伯任命为方伯，又重用贤臣巫贤辅政（巫咸的儿子），使社会经济得到了恢复和发展，让商朝国势再度复兴。与《史记》记载不同的是，《竹书纪年》及殷墟甲骨文都将祖乙记载为使商朝中兴的“中宗”。
祖乙死后，他的儿子祖辛、祖辛的弟弟沃甲、祖辛之子祖丁、沃甲之子南庚先后继承王位。南庚在位期间，商朝国运再度衰落，又将国都由庇迁至奄（今山东省济宁市曲阜市）。南庚死后，祖丁之子阳甲继位。阳甲在位期间，曾西征丹山戎（今山西省中部一带的少数民族）。阳甲时期，商朝继续衰落。
商朝自仲丁开始，废除嫡长子继位制，结果造成商王的诸兄弟、儿子们之间为争夺君位而激烈争斗，再加上屡次迁都，贵族生活腐化，洪水等灾害无人治理，百姓不堪其苦，纷纷抱怨，整个国家动荡不安，造成接连九世的混乱。这一****从仲丁开始到阳甲共九个王，因此历史上称之为“九世之乱”。“九世之乱”使商朝统治力量遭到严重削弱，无力再统治四方的诸侯、方国。越来越多的诸侯不再前来朝见纳贡。西北方的少数民族如土方（活动在今山西、陕西到内蒙古以北地区的古老游牧民族）、鬼方（活动于今陕西省西北部、山西北部和内蒙古西部的古代游牧族）、羌方（又称羊方，活动在今陕西、甘肃一带）等趁机发展势力，威胁着商朝的统治。“九世之乱”延续近百年时间，直到商王盘庚时才结束。
阳甲在位时间少长即病死，他的弟弟盘庚即位。
盘庚即位之后，九世之乱的影响还没有消除。为了避免自然灾害，缓和阶段矛盾，争取百姓支持，复兴成汤大业，盘庚也作出了迁都的决定，准备把都城迁到商汤的故地亳。命令一出，自然是不仅贵族们反对，老百姓也反对。百姓们反对是因为迁来迁去不仅得不到任何好处，而且许多的生产资料也在历次迁徙中丧失，越迁生活越艰难。而贵族们反对，则是他们懒散惯了，根本不想动。
为了说服老百姓，盘庚发布政令说老百姓迁都以后可以分得新的土地，因为他们的土地已被贵族们兼并得所剩无几，迁都的政策对他们有好处，于是老百姓们答应了。但贵族们仍然不想迁，不但不迁，还相互串通准备抵制盘庚迁都。由于得到了民众的支持，盘庚不再底气不足，于是对那些贵族大臣们发表了迁都演说：“我的先祖商汤和你们的先祖紧密无间，齐心协力，共同平定了天下，开创了商朝的不朽基业，并定下了法令和规矩，没有人不敢不遵从。可是到了今天，你们身上竟然没有了你们先祖的丝毫骨气和毅力，只知道贪图享受，不知道进取奋斗，而且还敢违抗我的命令，这样下去怎么行呢？”先祖的光辉和后代的腐化形成了鲜明强烈的对比，这使那些贵族们感觉到惭愧，于是他们不敢再表示反对，全部同意迁都。于是盘庚在自己即位的第十四年（公元前1300年），率领百姓渡河南下，把都城从奄迁到了毫的北蒙（今河南省安阳市小屯村），改称殷，因此，商朝此后又被称为殷朝、殷商。由于殷这个地方地平土广，没有水患，易于居住和耕作，再加上盘庚很有作为，时时训诫大臣并发布推行一系列有利于百姓的政令，轻徭薄役减轻人民负担，政局很快稳定了下来，农业生产也得到了发展，各地诸侯也开始前来朝贡了，商朝又重新走向了兴盛。盘庚因此被尊为世祖。
这是商代非常著名的“盘庚迁殷”事件。非常之人，必行非常之事，建非常之功。盘庚之前，也有好几位商王进行了迁都，但却越迁越乱，没有取得预期的效果。人是有惰性的，长时间不动必然会变得懒惰，联想到平民百姓的生活，搬个家都感觉麻烦，可想而知迁都有多么困难。而盘庚与他的几位前任迁都的不同之处就是他迁都之后颁布了有效的政令并迅速进行了实施。每一个人所做的每一件大事，后面都必须要有相应的有效措施来跟进支撑，若只是迁都而不做其他的事情，那么盘庚的迁都行为也会像之前的那几位商王一样，在历史上留下一个非常庸碌的影子。
