阮元此说基本上是合乎孔广森的思想的。对于自西汉以后的历代《春秋》学，尤其是注《左传》的杜预之学、注《穀梁》的范宁之学、解《公羊》的何休之学，以及以啖助、赵匡为代表的《春秋》学，孔广森都有所否定，这与庄存与认为《春秋》三传及历代诸贤的《春秋》学都有可取之处，正好形成对照。正如庄存与肯定历代《春秋》学，同时也对他们有所批评一样，孔广森的否定历代《春秋》学，也有对他们的肯定，即使是对他最为反对的以史解经的《左传》及杜预之学，也不是完全否定的。然而，庄存与与孔广森虽然对历代《春秋》学都有肯定与否定，前者却是从肯定出发，在肯定的基础上的否定；后者则是从否定出发，在否定基础上的肯定。即孔广森是以否定为主，庄存与则是以肯定为主。只有对孟子、赵汸的《春秋》学，孔广森是称许的，没有否定之语；在对《春秋》的解释上，孔广森较之庄存与也更为接近赵汸。
据可靠文献记载，最早对《春秋》有较为详细论说的是孟子。孔广森认为，“孟子最善《春秋》”（《公羊春秋经传通义叙》。），并把孟子关于《春秋》的论说作为评判其他论说的标准。孟子之后，出现三传之学，孔广森认为“公羊、穀梁、左丘明并出于周秦之交，源于七十子之党……古之通经者，首重师法，三传要各有得失”（同上。），三传虽未必全合于《春秋》，但源出七十子，多少保留有先师的师法，而各有得失。孔广森这一观点，突出了汉代经学所强调的师法，对清代今古文经学之分及各家经学的分野具有深远影响。
孔广森认为，三传的得失主要表现在《公羊》的知其义而不知事与《左传》的知其事而不知义。而“《春秋》皆假事以托义者也”（《公羊春秋经传通义》卷一。），如《春秋》的褒贬之义，就是假天子之事以行之：“《春秋》假天子之事，设七等之科，所善者进其号，所恶者降其秩，君子虽有其德，苟无其位，诸侯大夫之功罪，非匹夫得而议也，是故以文王之法临之而黜陟焉。孟子曰：《诗》亡，然后《春秋》作。《诗》有美刺，《春秋》有褒贬，其义一也”（同上。）。所以，事与义并不是完全排斥的，而是相互印证的，可以用《左传》之事来证《公羊》之义。他说：
《左氏》得其事，而不知其义；《公羊》得其义，而不详其事。每以《左氏》之事证《公羊》之义，乃益决《公羊》之可信云。（同上。）
这里是以义为主，强调《公羊》之义的可信。另外，在批评《左传》与杜预时，他也讲到以史解经是错误的，甚至以为《春秋》之义连三传都不需要就可以明白，《左传》不传《春秋》之说；但是，孔广森并没有从根本上否定《左传》，否定事对明义的作用。他的书虽然以《公羊》为主，但也兼取《左传》、《穀梁》，或用以证明《公羊》之义，或用以纠正《公羊》的失误。如宣公八年，“冬十月，己丑葬我小君顷熊，雨不克葬”。《左传》以为雨不克葬，礼也；《穀梁传》以为既有日，不为雨止，礼也。孔广森说：“《王制》：庶人悬封葬，不为雨止。明士以上皆为雨止也……可知雨不克葬者，礼典之故常，《春秋》之垂训矣。”（《公羊春秋经传通义》卷七。）这是以《左传》证《公羊》之义。隐公二年，“纪子伯”，《公羊传》以为“无闻焉”，孔广森据《左传》以为作“子帛”，伯与帛乃是隶书书写之异，（《公羊春秋经传通义》卷一。）这是补《公羊》之失。桓公三年，“九月，齐侯送姜氏于”，《公羊传》以为是讥齐侯，何休解释是因违反了送女父母不下堂之礼，孔广森则据《左传》诸侯嫁女于小国，应下大夫送之为说，（《公羊春秋经传通义》卷二。）这是纠《公羊》的误说。（此外，庄公十七年“春，齐人执郑瞻”等条，孔广森也偶取《左传》为说。）至于他取《穀梁》与《公羊》互证，或用以补纠《公羊》的情况就更多了，仅在庄公十九年、二十二年、二十三年，孔广森就五次引《穀梁》为说。孔广森的兼取《左传》、《穀梁》来补证《公羊》之说的做法，反映了他会通三传的观念。
孔广森不仅有三传会通的观念，而且有六经相通的观念。他说：“六经皆圣贤之语，曷为不可相通？”并斥责赵匡《春秋》之例不可通于六经之说的观点是“妄之妄也”。（《公羊春秋经传通义》卷六。）因此，他解《春秋》不仅采三传为说，而且时常与六经相互引证。《易经》、《尚书》、《诗经》、《周礼》、《礼记》、《仪礼》都被孔广森多次引用。此外，《尔雅》、《音义》、《竹书纪年》等书也时常被孔广森用来解释《春秋》。这种引用三传、六经乃至文字训诂书籍以解《春秋》的做法，是清代《公羊》学开始复兴时，庄存与与孔广森都具有的特点。而孔广森较之庄存与，更重视以文字训诂来训解《春秋》。他在许多地方，往往取文字训诂来代替《公羊》学的微言大义，如隐公元年，据《尔雅》“正，长也”，释“王正月”为十二月之长，而不同于何休的大一统之说；（《公羊春秋经传通义》卷一。）隐公四年，“九月，卫人杀州吁于濮”，《公羊》学讲讨贼之义，而孔广森则重在对濮的地点的考证；（同上。）隐公五年，“公观鱼于棠”，庄存与对此条重在批评公不爱民，而孔广森则重在用语言学解释《公羊传》的“登来”为齐语及其读音；桓公六年“秋，蔡人卫人陈人从王伐郑”，《公羊》以“得正”为解，何休以“美得正义”说，而孔广森则重在训解以、从的区别：“以人从己曰以，以己从人曰从，言从王者，诸侯畏威服义，不召而至，不令而行，有征而无战”（《公羊春秋经传通义》卷二。）。这就没有了《公羊》学所肯定的尊王之义。这些类似的训解，离开了孔广森自己强调的探求《春秋》新意的道路，而接近于乾嘉汉学的文字训诂路数。所以，孔广森虽然以探求《春秋》新意为目标，但是，又常常用文字训诂来代替对大义的探讨。这是孔广森的《春秋》学较多地受到乾嘉汉学影响的表现。反倒是庄存与的《春秋》学，比较不受文字训诂的影响，而真正贯穿了探求大义的趣旨。
孔广森尽管采六经及其他著作，以至用文字训诂解《春秋》，但是，会通三传还是他的主要倾向。在三传中他又以《公羊传》为主，因为他以为三传唯“公羊家独有合于孟子”（《公羊春秋经传通义叙》。）。他比较《公羊》与《左传》及《穀梁》的得失说：“《左氏》之事详，《公羊》之义长，《春秋》重义不重事，斯《公羊传》犹不可废。”（《公羊春秋经传通义叙》。）认为在三传中只有《公羊》知《春秋》新意，如论哀公十四年，西狩获麟时说：“《左氏》驰骋于文辨，《穀梁》圈囿于词例，此圣人制作之精意，两千年未有言焉，知《春秋》者，其唯公羊子乎？”（《公羊春秋经传通义》卷一二。）又如，僖公二十二年，“宋公与楚师战于泓，宋师败绩”，《公羊》认为宋公虽败，却有“王心”，予以赞赏，《左氏》、《穀梁》则以成败论宋公，孔广森以为只有《公羊传》之说得孔子之义，而“左氏、穀梁氏亲传《春秋》，（孔广森对《左传》的基本看法是，《左传》以史解经，故不传《春秋》，此处又说左氏亲传《春秋》，以《左传》为传《春秋》之书，这是自相矛盾的。）犹徒以成败论事则甚矣，习俗之不易变，而王化之难成也。”是“先功利而后仁义”（《公羊春秋经传通义》卷五。），与圣人之义相违背。故他一再称许“《公羊》之说诚得《春秋》微旨”（《公羊春秋经传通义》卷六。）。
除了《公羊传》在义方面胜于二传，孔广森认为《公羊传》还有两个优点：一是《公羊传》的经文较二传为优。尽管三传同传《春秋》，在经文上基本相同，但是，因其对《春秋》理解不同，经文也有一些差异。如昭公十三年，《公羊传》“楚公子弃疾弑公子比”，而二传经文皆作“杀”。孔广森说：“《音义》二家皆作杀。若然，比专得弑君之罪，而弃疾反类于讨贼之人矣，不亦颇乎？此条及晋里克弑其君之子奚齐，《公羊》经文皆特长于《左》、《穀》。”（《公羊春秋经传通义》卷一〇。孔广森对此的解释是“弃疾奉比为王，而己为之司马，比虽不成君，弃疾固君之矣，故经曰，弑公子比。既不与比君之名，仍罪弃疾以弑之实。《春秋》一言，而权衡各当如此。”）二是《公羊传》得读经要法，他多次讲《公羊传》的“《春秋》见者不复见”等说，“皆读经之要法也”（《公羊春秋经传通义叙》。），并且在书中常常据《公羊传》所言书法来解说《春秋》之义。在三传中，孔广森对《公羊传》的肯定，较之庄存与的偏重《公羊》更为明显。
然而，孔广森对三传更多的是批评。对《左传》为代表的《春秋》学的批评已见前叙，对《公羊》学的批评将在下一节专论，这里只讲对《穀梁》的批评。由于《穀梁》较《左传》更接近于《公羊》，所以，孔广森对《穀梁》的批评比较缓和，也没有对《左传》的批评多。他不仅从总体上批评《穀梁》的“圈囿于词例”，“先功利而后仁义”，不明圣人之义，而且，还指出了《穀梁》的诸多误说。如僖公十八年，“夏，师救齐”，《穀梁》云：“善救齐也。”孔广森却说：“非也。宋儒且谓凡书救，未有不善者。吕不韦有言：兵苟义，攻伐可，救守亦可；不义，攻伐不可，救守不可。若齐之事，乃伐者义，而救者不义也。”（《公羊春秋经传通义》卷五。）这是据《吕氏春秋》之说来批评《穀梁》的以救齐为善、合于道义的误说。类似指责，就不一一列举了。
孔广森在批评三传时，还把孔子以后对《春秋》的许多谬说，归源于三传。如，桓公八年，“春正月己卯烝”，《公羊传》据“常事不书”说，而以此所书为讥，孔广森以为“传于田狩祭祀，特发常事不书例者，每岁举之，不可胜书，第书其失礼者而己，至于婚姻丧纪，虽有常礼，而无常年，故随事悉书。《穀梁》云：亲迎恒事不志。似袭常事不书之言，而失其本旨。遂课宋元学者以一经所书，皆为非常，而事事凿求其说。隐三年，《解诂》谓平王崩，鲁隐往奔丧，其意亦以为得礼不书，则何氏已谬解此传矣”（《公羊春秋经传通义》卷二。）。他认为《公羊》、《穀梁》的常事不书的误说，不仅影响了何休的误解，也开启了宋元经学解《春秋》、事事凿求其说的谬解。而《左传》的以史解经，更把《春秋》学引向了邪路。总之，汉以后的《春秋》学的得失都与三传密不可分。所以，孔广森的评判历代《春秋》学，是以三传为其主要对象的。
自三传出现以后，说《春秋》者基本上不脱三传。孔广森以为，三传以后的《春秋》学可以说是每况愈下，离《春秋》之义愈来愈远。何休解诂《公羊》，范宁集解《穀梁》，杜预集注《左传》，是三传的代表性注解，历代被作为钦定的经学教材，影响极大。然而，孔广森却说：“方今《左氏》旧学湮于征南，《穀梁》本义汩于武子……《解诂》体大思精，词义奥衍，亦时有承讹率臆，未能醇会传意”（《公羊春秋经传通义叙》。）。他认为杜预与范宁的注解，变乱贾逵、服虔等汉儒的古训，不仅没有正确地解释《左传》与《穀梁》，反而使其传义被淹汩；虽然何休的《解诂》得到称许，但是也不脱“时有承讹率臆，未能醇会传意”的指责。孔广森认为三传有得有失，而对三家注解则仅认为何休的《解诂》有可取之处，其余两家则基本上是予以否定。
至于唐宋以后的《春秋》学，更是遭到孔广森的严厉抨击。他说：
啖、赵横兴，宋儒踵煽，加以凿空悬拟，直出于三传之外，浅识之士动为所夺，其訾毁三传，率摭拾本例而肤引，例不可通者，以致其诘。（《公羊春秋经传通义叙》。）
赵匡好驳先儒，以其说不可通于《易》、《诗》、《书》，则云《春秋》之例，不可通于它经，妄之妄也。（《公羊春秋经传通义》卷六。）
啖助、赵匡是唐代治《春秋》的代表性人物，他们的经学思想对宋代疑经思潮起到了直接的影响。孔广森以“啖、赵横兴，宋儒踵煽”为说，是有道理的。如果说，晋唐以后，《公羊》、《穀梁》几成绝学，唯《左氏》不绝于讲诵，是《春秋》的大厄，那么，唐宋以后的三传皆遭訾毁，以至《春秋》经文也被视为断烂朝报，更是《春秋》学的巨大灾难。三传之后，经过杜预、范宁、何休的注解，尤其是唐宋儒生的凿空訾毁，《春秋》之义已经淆乱不堪。
在对历代《春秋》学的评判中，孔广森认为自三传以后，“唯赵汸最为近正”，只有赵汸的《春秋》学值得推许。赵汸据《礼记·经解》的《春秋》之教“属词比事”，而发展出自己的《春秋》学。孔广森极其称赞赵汸据“属词比事”以论《春秋》：
夫唯有例而又不囿于例者，乃足起事同异辞之端，以互发其蕴。《记》曰：属词比事，《春秋》之教也。此之谓也。十二公之篇，二百四十二年之纪，文成数万，赴问数千，应问数百，操其要归，不越乎同辞异辞二途而已矣。（《公羊春秋经传通义叙》。）
他认为《春秋》千言万语，其要归不出属词比事，“辞不属不明，事不比不章”（同上。），只要运用属词比事，就可以明白《春秋》之义了，即使是难解的同词异事或是同事异词，也可以通过属词比事得到解答。他还特别赞许赵汸的因日月以明类说：
孔子之修《春秋》也，至于上下内外之无别，天道人事之反常，史之所书，或文同事异，事同文异，则皆假日月以明其变，决其疑，大抵以日为详，则以不日为略；以月为详，则以不月为略；其以日为恒，则以不日为变；以日为恒，则以不日为变；甚则以不月为异。其以月为恒，则以不月为变；以不月为恒，则以月为变；甚则以日为异。将使学者属辞比事以求之，其等衰势分甚严，善恶浅深奇变极乱，皆以日月见之，如示诸掌。善哉！自唐以来迄今，知此者，惟赵汸一人哉！（同上。）
这段话的大部分是孔广森叙赵汸《春秋属词》卷十四的“因日月以明类”之说。在孔广森看来，只要知道属词比事，再运用日月之例，即使“等衰势分甚严，善恶浅深奇变极乱”，也能够像“如示诸掌”一样，明白无误。所以，孔广森在书中多次据赵汸的日月时例来论说《春秋》。试举孔广森对月例的引用，如桓公六年，秋“螽”，据赵汸“凡螽蝗月，唯秋初不月”的月例之说，而断为七月之事。（《公羊春秋经传通义》卷二。）僖公元年，“夏六月，邢迁于陈仪”，又据赵汸迁国避夷狄月，叛中国不月为说，以为邢之迁是为了避夷狄。（《公羊春秋经传通义》卷五。）庄存与在《春秋正辞》中对赵汸的《春秋》学只是“善之”，而且很少引用赵汸之说，孔广森则极力称许，并且多次引以为说，所以，我们看到的是孔广森的著作与赵汸的著作更为接近。而赵汸的《春秋》学虽然强调《公羊》之义，实际上主要还是据《左传》以史解经，庄存与的《春秋》学才真正转到了以探求《春秋》之义为主的道路上，孔广森对赵汸的推许使他在《春秋》之义的探求上，较之庄存与反而有所倒退。
经学史上的《春秋》学，除了孟子与赵汸没有被批评以外，其余的《春秋》学派都遭到孔广森的斥责。而孔广森在批评历史上的《春秋》学时，对任何一家都没有完全的否定。即使是对于他激烈批评的赵匡的理论，有时也会采用，如他批评《左传》就引赵匡之语：“凡左氏谬释经文，必广加文辞，欲以证实其事”，还许为“信哉，斯言！”（同上。）所以，《公羊春秋经传通义》一书，从汉代到清代的历代学者，如董仲舒、胡母生、刘向、刘歆、何休、王祖游、何焯、刘敞、胡康侯、萧楚、徐彦、啖助、赵匡、赵汸、黄道周、惠士奇、戴震、姚大夫、庄存与等人关于《春秋》的论说，都有采获，这也是孔广森在经学上能够博采众家之长的一个优点。
任何一种学术发展到一定阶段尤其是后期，总会有人出来评判以前的学术，总结其是非得失，或求得学术的进一步发展，或是突破旧有的学术，为新学术的形成找到出路。经学发展到清代乾嘉年间，已经快要走到尽头，孔广森对历代经学的评判，实际上也具有这样的历史意义。孔广森在评判历代《春秋》学时所表现出来的以《公羊》为主，会通三传、六经，强调经主义、史主事的区别，反对以史解经的观点，在客观上推进了清代经学由讲求文字训诂的汉学向讲求微言大义的今文学的转变，具有反对乾嘉汉学仅以文字训诂解释经典的历史意义，只是孔广森的以经学微言大义代替文字训诂还做得不彻底罢了。
