第二，通过对属吏禀文的批答训导官吏。在左宗棠的批札中，他多次在核阅属吏禀文时亲加批答，对部下提出了剀切的要求。如他在批复临潼县知县伊允祯禀接印视事情形的批札中说：“做官要认真，遇事耐烦体察，久之无不晓之事，无不通之情。一片心肠都在百姓身上，如慈母抚幼子，寒暖饥饱，不待幼子啼哭，般般都在慈母心中，有时自己寒暖饥饱反不觉得。如此用心，可谓真心矣。有一等人，其平日作人好，居心好，一旦做官，便不见好。”《左宗棠全集·札件》，第150页。这虽然不是给甘肃官员的批札，但却很有指导意义，表明了左宗棠训吏之勤与劝吏之殷。在甘肃，他更是勤写批札，对属吏严加训导和鼓励。在新选地方官上任之初，他就提出要求。如在给新任崇信县知县李世瑛的批札中训导说：“兵燹之后，孑遗之民生计日蹙，一息仅存，亟应筹赈抚以延其残喘，劝耕垦，散籽种以导其生机。实心实力，为之尽一分心力，庶得一分实济也。”并针对地方实政予以具体指导：“安口新窑镇煤炭亟宜开掘，饥民得以自食其力，军民炊爨无须樵采，两利之道也，多集人夫为宜。”《左宗棠全集·札件》，第161~162页。他要求新任甘州知府余士毂“惟遇事存着视民如伤念头，于政烦赋重时力求撙节爱养，行之无倦，持之以恒，其庶乎”《左宗棠全集·札件》，第324页。大概由于这位知府能实心任事，左宗棠后来便不断在批札中对其鼓励和表扬：“所查甘郡各情形尚为明晰”，“据禀已悉。所办各件井井有条，殊深欣慰！”《左宗棠全集·札件》，第333页。左宗棠真是急于在甘肃培养出几个好官吏来。对于那些能根据当地实际，因地制宜作出实绩的官吏，左宗棠更是悉心指导，慰勉有加。狄道州是地杂回、番的多民族聚居地区，知州喻光容由于大办义学，传播儒学文化，深受左宗棠的支持与嘉许。《左宗棠全集·札件》，第392页。兰州府知府铁珊，在任上实心办事，为流寓回族难民过冬，将“寒衣闱务一切均经预为料理，具见深识大体，不同流俗，深堪嘉尚”《左宗棠全集·札件》，第390页。后调任甘凉道，因发展畜牧业有政绩，深受左宗棠的称赞。新任狄道州知州王镇镛，到狄道以后清丈地亩，创制水车牛车筒，造福百姓。左宗棠大加赞赏，表扬他“实心恤民，筹虑恳至，深堪嘉尚”，“为地方造福，即是为自己造福也”《左宗棠全集·札件》，第450页。凉州府知府刘思洵到任后，革除陋规，把地方收入和开销，开单明报给左宗棠，左宗棠看后颇为欣赏，表扬道：“该守权篆剧郡，莅任之始即将一切陋规概行裁革，具见清白传家，志趣不苟，深为嘉悦！”文县县令陶模，在任上捐养廉银设立恤嫠经费，留心风化，也受到左宗棠的激赏：“文县地僻俗陋，礼教久衰。该令留心风化，捐廉为恤嫠经费，并拟规条以垂久远，具见深识治源，迥异俗吏。”《左宗棠全集·札件》，第331页。陶模受到左宗棠的赏识和提拔，在不同的岗位上均干出了政绩，被左誉为“治行第一”的吏才。可见，左宗棠的“训吏”之举在甘肃是很有成效的。
（3）体察属下，悉心“恤吏”。在“恤吏”方面，左宗棠以“恤之便可以为善”为出发点，论述了官职高卑与缺分肥瘠的关系。他说：“官职高卑，缺分肥瘠，晚近士大夫所较论者。此不过数十年勾当，若作得数十年好官，于得无数济民利物事业，不强于富贵庸人耶？昔人谓当官无政绩，便似宝山空回。诚能修职业，时时存一毋负此官之想，则官成名立，位虽卑而品则高，身虽瘠而民则肥，所得多矣；况官不必卑，禄不必薄乎。”《左宗棠全集·札件》，第112页。显然，左宗棠不是主张为官者只能当苦行僧，而是强调其不要计较职位高低、俸禄厚薄，关键之处是干出政绩，才不似“宝山空回”。
左宗棠“恤吏”，大概可以分为三个方面，即制度保障方面、精神鼓励方面和物质支助方面。制度保障方面，就是制定法令，严格考查官员的治行，区分好官与贪官，严惩贪官，奖恤良吏。又不使法令制度过于繁苛，使坏人投机取巧，使好人动辄得咎，要形成奖恤官吏积极向善的环境和条件。精神鼓励就是要形成激励好官和擢用良吏的舆论导向和政策环境。在这一点上左宗棠积极带头，诚心恤吏。他在批复陕西绥德州知州成定康的禀文时指出：“该守积劳成疾，实深挂念。血性男子，遇事不肯放过，不肯随人，固是本色。然当百忙之中，亦须稍存暇豫之意，庶心神和适，不致竭蹶。古人云：‘爱其身以有待也’，又云：‘能事不受人迫促，乃为入粗入细经纶好手’。愿贤者百尺竿头，再加进步。”《左宗棠全集·札件》，第133页。成定康病愈后，左宗棠对他拔擢任用，委以重任，累官至甘肃按察使。他在批复甘州知府龙锡庆的禀文时说：“该署守洁己爱民，早所深悉。当此时局艰难，非虚心观理，实心任事不可，于行己、事上、养民、使民一切尤宜细心斟酌，务期措置咸宜，方为尽善。”《左宗棠全集·札件》，第390页。可见期望之殷，给这些官员在精神上以极大的鼓舞。物质支助方面，左宗棠规定，对那些勤于公事，不营私舞弊的官员，如果生活确实清苦，要主动予以照顾，以起到鼓励廉洁的作用。比如，他的得力副手刘典，曾任帮办甘肃新疆军务之职。刘平时“自奉俭约”，居处“环堵萧然，一如寒素”。这位清廉的官员为西征军筹饷运粮，编验、组织后援部队，日夜操劳，忠于职守，终因积劳成疾，病死军中，家中老幼无以为养。左得悉后痛悼不已，毅然拿出自己的六千两俸银交给刘典家属，赡养其87岁老母和抚养其子女。又如张宗翰署西宁道，左宗棠知道他“光景甚窘”，筹给每月津贴一百两；陈万春署肃州镇总兵，也非有津贴不可，给他每月五十两；《左宗棠全集·书信》（三），第125页。又例如泾州知州林守发做了几任知州，境况萧条，在他因病请假，回去医调时，致送川资五百两。《左宗棠全集·批札》，第379页。
2．左宗棠整饬吏治所采取的措施与方法
（1）坚持标准，黜退劣员。对那些既不廉洁又无才干的人，朝廷纵有明令，左宗棠也不准其赴任。在他驻肃州，指挥平定阿古柏叛乱期间，有个由吏部铨选委任的庆阳府知府纶增，此人是满洲贵族，“才具甚短”。上任之前，就借了人家几百两银子，六成利息，准备上任后偿还，刚一到兰州，他就申请预支养廉银。左宗棠得知后，不许他赴任，“饬其回省学习，只盼其略有长进，再令履新”。《左宗棠全集·书信》（三），第462页。另一个满族人文治，由朝廷委任为阶州知州，左宗棠了解到其人也是“债多才短”，立即令其暂缓到任《左文襄公在西北》，第164页。对于这类还未做官就张着空口袋准备捞好处的“饿鬼”，左宗棠一概不给官职。新疆军事结束后，左宗棠给甘肃布政使杨昌浚的信中提到两个官员的罢免问题，一个叫范廷梁，本是书记员，左宗棠认为他过去“犯有案件，钻营得保，故抑之”《左宗棠全集·书信》（三），第548页。另一个叫王裕桂，本是陕西商人，“同本家争财互控”，左宗棠认为其品行卑污，“不可令其补缺，也不可署事”《左宗棠全集·书信》（三），第560页。光绪三年，左宗棠在给朝廷的一封奏折中，分别将甘肃六名不称职的州县官吏罢免，如泾州知州陈台以“办事任性取巧，不洽舆情”的罪名、五品衔甘肃候补通判叶兆封以“浮躁嗜利，工于作为”的罪名、镇原知县李洪己以“鄙劣不职，声名狼藉”的罪名、丁忧前岷州知州花映台以“嗜好甚深，失察门丁，得受赃款”的罪名、署通渭县知县林士超以“性情委靡，诸务废弛”的罪名、署宁远补用知县张炳以“居心浮伪，不知振作”的罪名，“请旨革职”，“以彰公道”，“庶庸劣知所儆畏，而廉能者益劝矣”《左宗棠全集·奏稿》（六），第783页。光绪六年，左宗棠又奏请朝廷，将衰朽不堪，“难以振作”的安定知县、陇西知县和庸腐不堪、“性识迂拘，办事竭蹶”的镇原知县、宁远知县、安化知县等“开缺另补”。《左宗棠全集·奏稿》（七），第625页。宁夏部员祥升，驻扎宁夏，办理蒙古民人事务，因“不知自爱，有玷官箴。应请先行革职，由理藩院查办”《左宗棠全集·奏稿》（卷六），第44页。化平直隶厅通判左寿昆“在化平毫无政迹”《左宗棠全集·书信》（卷三），第57页。，被左宗棠撤职。光绪四年七月，困查禁罂粟不力，左宗棠又将宁夏府一府六属之官，除宁灵厅抚民同知以外，知府李宗宾以下官员，悉数给予或撤职或留任察看的严厉处分。经此整顿，宁夏吏风民情出现了“疵俗丕变，世宙一新”的局面《左宗棠全集·奏稿》（卷七），第144页。总之，翻阅左宗棠在这一时期的奏稿，有许多片折都是黜陟官员的。
（2）严惩贪官，振顿纲纪。对于一些劣迹昭著的官员，左宗棠坚决严惩，毫不动摇。甘凉道用人不当，属下各官员“欺蒙，互相容隐……所发差价及官车差价，亦皆隐匿侵吞……”。左宗棠命令当时的甘肃布政使刘典严肃查处，“择尤撤换，以示惩劝”《左宗棠全集·书信》（三），第85页。有个叫徐翰藻的滑吏，钻营得为西和县令，“仍然作恶，可知馋猫之性未改。其妾毒残婢女毙命，尤属奇惨”。左宗棠饬首府查询严办，“勿稍含糊”《左宗棠全集·书信》（三），第153页。还将“于地方应办一切事宜漫不经心，疲玩成性，难期振作，且访闻素有嗜好”的礼县知县东瞻泰请旨革职，“以重民社”而肃官方。《左宗棠全集·奏稿》（七），第183页。尤其值得一提的是，左宗棠在整顿甘肃吏治时不肯徇情，不肯姑息迁就，对那些互相包庇，掩盖事实真相的官员一律给予处分。代理徽县县令杨国光营私作弊，“声名狼藉”，左宗棠令巩秦阶道道员董文焕查处。董文焕在给左宗棠汇报时，引用县丞陈炳基的书信为杨国光开脱；徽县新任县令云庆也替杨国光“弥缝”，说好话。左宗棠非常气愤，说他们上下勾结，“无非为贪猾之令曲意保全起见，殊出意料之外”。他给崇保下令，给陈炳基、云庆记大过处分，陈炳基“永停差遣”，道员董文焕“随俗波靡”，对杨国光的劣迹“漫不加察”，本应重惩，但因事先已记大过一次，仍责令他严查杨国光一案，“如有一字含糊，定唯该道员是问！”他指出：“甘肃官场恶习，唯以徇庇弥缝……不复以国事民事为念。驯至上下相蒙，吏事废弛，若再因循，不知伊于胡底。”《左宗棠全集·札件》，第342页。表示了他对甘肃官场上恶劣习气的愤慨和忧虑。
左宗棠整饬吏治，绝不肯向歪风邪气屈服。他在驻肃州期间，敦煌县有两个官员因事革职，两人互相攻讦，竟至于“持刀拼命”，甘凉道铁珊怕激成事变，请求恢复两人职务，“以解其纷”。对于这种懦弱无能的请求，左宗棠回答说：“嚣凌之风一开，尚安问吏治士风耶？”他责成崇保重新查询此案，“如该员仍敢狡执，抗不遵依，或竟形同无赖，则禀请刑讯，亦由其自取，不能任其刁横也”。《左宗棠全集·书信》（三），第184页。官员犯法，无论何人说情，左宗棠一概不准，这在人情与关系学和金钱决定一切的晚清官场，实在是少见的。
对于那些疏于职守，任凭下属胡作非为的官员，左宗棠也不宽容。白马关要修县署，“劝”百姓捐钱，激成事变。县令周捷平事先曾向左宗棠请求过修县署的事没有得到批准，“不料其胆敢擅便，竟至如此，自不能不据实严参”。其上司，阶州知州顾超“庸弱无能，一切均唯吏目之言是听”《左宗棠全集·书信》（三），第36页。于是，左宗棠将顾超和周捷平一同革职。
（3）打击豪强，保护百姓。甘肃当时有不少豪恶依靠自己的政治、经济实力称霸一方，为所欲为，禀断官私，顽梗无比，全无忌惮，往往成为整饬吏治的障碍。左宗棠以摧枯拉朽之势，破除积习，施以峻法，严惩不贷，决不任其刁横。平凉武生李振基因压迫已经受抚的回民而被左宗棠下令审判处决；灵州吕廷桂因讹诈受抚的回民而被就地正法；甘州乔良庭和李太和因造谣惑众，阻纳官粮而被杖死；平番监生王好贤因干预地方公事而黜革，兰州的张庆元居然穿戴官服去服侍法国传教士，左宗棠立即将他革职。左宗棠镇压这些贪官污吏、土豪劣绅，对百姓是有好处的。同时说明一个事实：左宗棠任用官员以“爱民”为首要标准，并不是纸上谈兵的官样文章，而是切实付诸实施，这也是甘肃吏治有所好转的重要原因。
（4）选拔能吏，安辑回、汉。左宗棠特别注重选配能安辑抚民，融洽民族关系的官员，以图迅速恢复和稳定宁夏、青海等民族地区的社会秩序。左宗棠把引发陕甘回民大起义的“构祸之由”归于吏治窳而民生蹙。因此，慎择善于安辑抚民、调处民族关系的官员。对于宁灵厅抚民同知用什么样的人，他说：“今改设之宁灵同知，系初创之区，招抚安辑，尤关紧要。”《左宗棠全集·奏稿》（卷六），第339页。所选官员首先必须要“精明强干之员”，因为“一切抚绥招徕，弹压稽察，在在均关紧要，非勤能明干之员弗克服任。”《左宗棠全集·奏稿》（卷六），第177页。其次，要“人地两宜”，既现居要缺，“堪升堪调”，又要有在边疆要地任职的履历，有处理复杂民族关系之经验的人充任。为此，他先选调李宗笏担任宁灵同知，因故未到任之后，于光绪六年九月，从地杂回番的狄道选调署理知州喻光容担任宁灵同知，称其“奋勉有为，明白谙练”，“实堪胜任，人地亦极相宜”。《左宗棠全集·奏稿》（卷六），第339页。光绪六年九月，左宗棠在给朝廷的奏折中报告了俞光容的政绩：“履任以来，抚驭有方，地方安谧。”大概由于俞光容深孚左宗棠之望，又奏请朝廷将其派往更为艰苦，“三面临番，接壤川境”的洮州去担任抚番同知。而将原洮州抚番同知叶克信对调至宁灵厅。他认为“似此一转移间，人地两有裨益”。并指出：“现当兵燹之余，抚辑善后，在在均关紧要，非得精明强干之员妥为经理，难期长治久安。”又任命“年壮才明，办事精细”的廖溥明担任新改固原直隶州知州，新设海城县知县由“心地朴实，才具明晰”的聂堃担任。左宗棠认为“该两员久署各缺，措置咸宜，舆论素洽，以之署理各缺，可收驾轻就熟之益”。又以“明干耐劳，操守素好”的陈日新，试署新设平远县知县《左宗棠全集·奏稿》（卷六），第98~99页。这些官员都是经过慎重选择的。
（5）力废陋规，敢于碰硬。左宗棠在甘肃整饬吏治，还有一个很重要的内容：取消一切陋规。清朝末年，官场上人情应酬、不成文法的“陋规”甚多。一人开了先例，以后就相沿成习，视为理所当然。对此，左宗棠从他任用官员务求廉洁、能干、首在“为民”的原则出发作了一些规定：“官评以操守为重。属吏馈赠、官价派买与衙门一切陋规不准收受，例禁甚严。晚近以来，仕风不正，道府取之州县，州县取之民间，上下交征，吏事遂不可问……做官不要钱，是本份事；但能不要钱，不能为地方兴利除弊、讲求长治久安之道，于国计民生终鲜裨补……然非操守清严，划定界限，大本不立，其见诸事为之末者，又安足道哉！”《左宗棠全集·札件》，第473~474页。
他强调官员“操守为重”，具有廉洁的品质，才是“大本”。认为官场的败坏是由收受陋规等风气引起，所以必须废除各种陋规。
