这些证据主要有赵秉钧与应夔丞函电、应和洪述祖的函电和赵与洪的函电。赵在本年1月14日交给应夔丞应密电码一本，要应有电报直接寄国务院。应于1月26日寄赵电报中有“国会盲争，真象已得，洪回面详”等语。2月1日，应寄赵电报中有“宪法起草以文字鼓吹、金钱联合，主张两纲：一除总理外不投票，一解散国会。此外，何海鸣、戴天仇等已另筹对待”等语。2月2日应犯寄程经世转赵电报中有“孙、黄、黎、宋运动极烈，民党忽主宋任总理。已由日本购得孙、黄、宋劣史，警厅供钞宋犯骗案、刑事提票，用照辑印十万册，拟从横滨发行”等语。
洪述祖与应往来函电很多，重要的有以下几件：2月1日洪述祖致应函，有“大题目总以做一篇激烈文章，方有价值”等语。2月2日洪致应函，有“要紧文章，已略露一句，说必有激烈举动。吾弟须于题前径密电老赵，索一数目”等语。2月4日洪致应函，有“冬电到赵处，即交兄手，面呈总统，阅后色颇喜。说弟颇有本事，既有把握，即望进行云云。兄又略提款事，渠说将宋骗案情及照出之提票式寄来，以为征信。望弟以后用川密与兄”等语。2月8日洪致应函，有“宋辈有无觅处，中央对此似颇注意”等语。2月11日洪致应函，有“宋件到手，即来索款”等语。2月22日洪致应犯函，有“来函已面呈总统总理阅过，以后勿通电国务院。因智老已将应密电本交来，恐程君不机密，纯令归兄一手经理。请款总要在物件到后，为数不可过30万”等语。应犯致洪述祖川密蒸电，有“八厘公债，在上海指定义足，六六二折买350万。请转呈，当日复”等语。3月13日洪述祖致应，“川密。蒸电已交财政长核办。债票只六厘，恐折扣大，通不过。毁宋酬勋位，相度机宜，妥筹办理”等语。3月14日，应犯致洪述祖应密寒电，有“梁山匪魁，顷又四处扰乱，危险实甚。已发紧急命令，设法剿捕。乞转呈，候示”等语。3月17日洪述祖致应犯应密铣电，有“寒电到。债票特别，准何日缴现领票，另电润我若干，今日复”等语。3月18日又致应犯“川密。寒电就应即照办”等语。3月19日，洪又致应犯电，有“事速进行”一语。3月20日半夜两点钟，即宋教仁被害之日，应犯致洪述祖川密号电，有“二十日十分钟所发急令已达到，请先呈报”等语。3月21日又致洪川密个电，有“号电谅悉。匪魁已灭，我军一无伤亡，堪慰。望转呈”等语。3月23日洪述祖致应犯函，有“号个两电均悉，不再另复。鄙人于四月七号到沪”等语。此函系快信，于应犯被捕后始由邮局递到，津局曾电沪局追回。当时，沪局已将此函送交涉使署，转送到程德全处。洪致应各函洪称应为弟，自称为兄。
除洪、应，赵、应之间的函电外，从应家中搜获证据中，有赵秉钧致洪述祖数函，应是洪述祖将原函寄交应的。内赵致洪函，有“应君领子不甚接头，仍请兄一手经理，与总统说定才行”等语。应自造“监督议院政府神圣裁判机关简明宣告文”，誊写本共42遍，准备分寄各处报馆，已贴邮票，尚未发出，这就是国务院于3月27日据以通电各省之件。
以上证据，十分明显地揭示了袁、赵、洪、应相互勾结，谋杀宋教仁的事实。
4月26日善后大借款合同签订美国退出银行团，五国急于签署对华贷款协议。而在中国国内，由于国会成立和总统选举，激化了袁世凯与革命党人的矛盾。宋教仁案使革命党人讨袁呼声高涨。袁世凯为了加强其对付革命党人的力量，也急于想弄到钱。因此，袁世凯一方面再次迁就列强，接受了五顾问的方案，即英国占盐务稽核总所会办一席，后任丁恩，法、俄各占审计院顾问一席，后分别任宝道、葛诺发，德占审计院稽核外债室洋稽核员及盐务副总稽核各一席，后分别任龙伯、斯泰老。另一方面，袁世凯在与俄国进行的秘密谈判中，屈从俄国的压力，承认俄国在蒙古的扩张。而列强看到革命党人高涨的反袁情绪，也急于达成善后合同，以便支持袁世凯。于是，中外反动势力达成交易的时机终于到来。4月22日，袁世凯命令国务总理赵秉钧、外交总长陆征祥、财政总长周学熙会同签字。24日，签订了草合同。25日，袁政府秘密向有关国家去函并递交了顾问合同，满足了列强监督中国财政的要求。26日夜至27日凌晨，在北京汇丰银行大楼，五国银行团与袁世凯政府经过最后谈判，签署了2500万英镑的《中国政府善后借款合同》。列强通过善后借款，进一步加强了对中国的统治，使中国进一步殖民地化。继海关之后，列强又控制了中国的主要财政收入之一的盐税，中国政府提用盐税抵还外债后的余额都必须经过银行团的核准。列强通过对盐税的管理，通过对善后借款用途的稽核，通过对审计院的干预，也就监督着中国的财政；通过监督和控制中国财政，列强就可以摆布中国的政局，使北洋统治者成为其得心应手的工具。善后借款条件严酷，是一次高利的剥削。这次借款期限长达47年，为从来所未有，年息五厘，累计须付息达42893597英镑。善后借款折扣大，中国政府实收八四，仅得2100万英镑，利息总额即达实收额的2倍，而按实收额计算，实际利率高达年息5.95％。根据合同的规定，善后借款的主要部分用来抵还外债和准备赔偿外人在辛亥革命中的损失之用。计归还庚子赔款287万英镑，不久到期外债约139万余英镑，预备赔偿外人因革命所受损失200万英镑，共计约1078万英镑，占实收额的一半还多。转手之间，银行团在外国金融市场上募集的款项，仍然落入了列强的腰包之中。而袁世凯政府能用于行政的经费，只能供6个月之需，转瞬即尽。
孙中山黄兴为宋案证据公布通电各省议会、政团、报馆，请“严究主角，同伸公愤”。
黄兴为要求组织特别法庭致袁世凯电黄兴听程德全说袁世凯并不反对组织特别法庭，只是司法部反对组织特别法庭，发电给袁世凯，希望袁能支持组织特别法庭。他在电报中说：“惟宋案胡乃必外于普通法庭，别求公判，其中大有不得已之苦衷，不可不辨。盖吾国司法难言独立，北京之法院能否力脱政府之藩篱，主持公道，国中稍有常识者必疑之。况此案词连政府，据昨日程督、应省长报告证据之电文，国务院总理赵秉钧且为暗杀主谋之犯，法院既在政府藩篱之下，此案果上诉至该院，能否望其加罪，政府无所相挠，此更为一大疑问。”他还批评司法总长不应因案涉总理而抗颜弄法，“务请大总统独特英断，毋为所挠，以符勘电维大局而定人心之言。”
黄兴通电反对善后大借款电云：“闻政府向五因银行团议借英金2500万镑，将有成议。且政府志在必行，条约迁就，损失利权甚巨。俟国会开始议事，再行提交追认云云。此外尚有小借款，政府随时自由商借，兹则并追认二字亦不语及。此中消息，殊属骇人听闻。夫借款必由参议院议决，载在约法。今国会承受参议院职权，关系全国命脉之举，不容彼先事置议。立国根本之谓何？今政府以追认为词，不知约法并无追认之条。且在兴观之，议决募债事件，为人民代表绝对之权利。大债由其议决，小债亦由其议决，非先得国会之承诺，政府不得自由募集分文。此立宪之真精神也……此种举动，兴逆料国民决不承认，敢申忠告，冀幸当局者停止进行。”
4月27日中华民国省议会联合会成立由广东省议会发起之中华民国省议会联合会在天津开成立会，以“联合各省，代表民意，求真正共和，作国会后盾”为宗旨。成立的第二天即通电反对善后大借款。
孔社在北京开成立会孔社宣称“以阐扬孔学，融汇百家，讲求实用，巩固国基为宗旨”。举徐琪为社长；徐世昌、世续、赵惟熙、陈昭常等为名誉社长。本日，袁世凯派秘书夏寿田代袁往贺，并致祝词。12月，该社刊行《孔社》杂志。
参议院正副议长张继、王正廷通电反对大借款电中说：“各省都督、民政长、省议会均鉴：六国借款虽经前参议院开秘密谈话会将政府提出大纲商榷一次，然未正式通过，且不足法定人数，当然无效。今国会成立，乃政府竟与五国银行团订约借债2500万镑，不交国会通过。蹂躏立法机关，其悖谬一。此次借款之条件，与在前参议院长秘密谈话会商榷借款之条件大相悬殊。前参议院所商榷者为五厘息，九七折交付。此次政府借款照五厘息，八三五折交付。前参议院商榷者只许雇外人为盐务稽查员，此次政府借款竟许英人为盐务稽查所总办，俄、法两国人为审计处总办，德国人为借债助总办，日本人为长芦盐政局总办。丧失主权，贻害胡底，一时便利之图，召将来瓜分之祸。其悖谬二。依约法第十九条，关于借款及国库有负担欠契，须交院议决方能有效。今政府竟擅自借大宗外债，反谓目前参议院已经通过。祸国殃民，其悖谬三。继等甫闻此佰，即往责诘，则百端推诿已经签字。今实探之，签字实在今日（二十七日）。违法横行，至于此极。政府如此专横，前之参议院既屡被揣残，今之国会又遭其蹂躏，不有国会，何言共和。继等惟有抵死力争，誓不承认。特恳诸公主持舆论，为之后盾，俾得达取消此案之目的。民国幸甚！国民幸甚！”
4月28日财政部通电否认借款违法财政部就黄兴26日通电，发出通电，否认大借款违法。通电表示：“此次借款系履行前参议院议决之案，必欲以违法罪政府，惟窃未敢承”。通电认为去年12月27日参议院已将借款条件通过。不能借款为违法。周还拿民国借款先例有先借款后追认之事，反驳说“上年熊总长所办克立士小借款，事前未交院议，迨签字后提请追认。而已通过之条款，反不能签字，不知按之约法，作何解释。”通电还声称借款支出手续严密，无滥支的可能，并否认有小借款。通电最后还对黄兴反唇：“欲加之罪，何患无辞矣！黄先生为手创民国元勋，一言为天下重，学熙奉职无状，敢不引咎自责，惟有肉袒面缚，敬候斧钺而已。”
赵秉钧通电为己辩护程德全公布宋案证据后，赵秉钧不得不出来为自己辩护，为此发出通电。对1月14日，赵发给应密电本一事，赵狡辩说，应夔丞去年12月到京后，向袁世凯表示可解散共进会，政府批给应5万元，让其南下解散共进会，为了其与政府通电保密起见，发给密电本，这是政府工作惯例。“有电直接寄国务院”是为了防止应借事招摇，别生枝节。赵还说应密电本曾交洪述祖负责译送。而所谓1月26日及2月1日应寄赵电，洪述祖都没给他看，他都没有见过。证据中赵致洪述祖函，有“应君领字不甚接头，仍请兄一手经理，与总统说定才好”等语。赵称：此函系因应夔丞担任解散共进会，除领款5万元外，并被任为江苏巡查长，由程都督电请中央每月津贴2000元，大总统照准。应夔丞请领该项津贴之款，本总理饬查，国务院、内务部均无成案，故有致洪之函，声叙始末。至今应之公文印领，尚存国务院，有案可查。
对于2月4日洪致应函，有“冬电到赵处，即交兄手面呈总统，阅后颇有喜色，说弟颇有本事，既有把握，即望进行”等语。赵说自己未曾见过此电也不知内容如何，说他将电报面呈总统一事纯属虚构。对公布证据中所称：“二月二日应犯寄程经世转赵总理应密冬四电”，赵说自己实未曾见。赵还说，证据中所说他与洪信函来往，未述明内容，自系无干宋案，应即毋庸置辩。赵除辩白自己与宋无涉外，还对洪、应来往函电作出自己的解释。对“毁宋酬勋”，他说毁宋与酬勋不可联系。对洪、应函电中所谓“款事”、“请款”、“索款”等内容，赵说是指洪述祖从应夔丞处收买宋教仁在日本骗案的刑事提票，而不可能是指谋杀宋以后给款，况且这也是洪个人行为，因其毫无政府委任之凭据。
赵说应谋刺宋教仁，其杀机起于《民立报》载宋在宁演说，3月13日应致洪函已明言此事。3月13日以前各函电均没提到暗杀。直至3月13日函，始露谋杀之端倪。从函中“若不去宋”一语可杀宋之动机起于应之自动，而非别有主动之人，文理解释，皎然明白。这证明中央政府与宋案无涉。至于对应的任用，赵说“在程都督不过借安反侧之心，在政府亦只允从疆吏之请”。赵还说3月13日以后应致洪各电，关系宋案，“自出于本总理及政府意计之外。且洪述祖系内务部秘书，然内务部总长于其行政法上之犯罪，虽有怠于监督之责任，于其刑法上之犯罪，则无代为受过之理由。”
安徽都督柏文蔚通电反对善后大借款，电中指责政府借款不经议院议决通过，乃蔑视国会，要求袁世凯立罢前议，以解天下之疑。
袁世凯复电黄兴为赵秉钧开脱罪责电报说：“程都督、应民政长电呈各种证据，3月13日以前似为专为解散国会团及应、洪串谋挟制讹诈各事，词意甚明，与刺宋案无涉。惟13日以后各函，应有‘如不去宋’一语，始寓造意谋害之点。俟人证齐集，审判公开，自能水落石出。至赵君与应直接之函，惟1月14日致密码电一本，声明有电寄国务院，绝无可疑。如欲凭应、洪往来函电遽指为主谋暗杀之要犯，实非法理之平。近一年来，凡谋二、三次革命者，无不假托伟人，若遽凭为嫁祸之媒，则人人自危，何待今日。甲乙谋杀丁，甲诳乙以丙授意，丙实不知，遽断其罪，岂得为公。请约法家将各项证据详细研究。公本达人，当能洞察。许总长迭拒副署，若听其辞职，恐法官全体横起风潮。”还为司法部长许世英拒绝同意组织特别法庭一事辩解。他在电报中说“立宪国司法独立之原则，未便过于摧抑”。组织特别法庭成了摧抑司法独立。袁还说：“来电谓该总长当仁不让，其骨鲠颇足当之。吾辈为政治方面计，不惜委曲求全。许为法律保障计，职分当然，却无偏私之见。公为人道计，为大局计，必得使法理与事实，两得其平。”
4月29日参议院复咨袁世凯否决大借款袁世凯于4月28日将大借款案咨送参议院查照。本日，参议院正式否决大借款，并将议决结果咨达袁世凯。咨文说：“经于本日开会讨论，佥以此案未经大总统提交临时参议院议决咨复，此次遽行签字，殊与《临时约法》第十九条第四项之规定显相违反。经多数议决，对于政府所定中国政府善后借款合同，认为未经临时参议院议决，违法签字，当然无效。”
江西都督李烈钧通电反对善后大借款，电中指斥此项借款“不交国会议决，遽然签字，蔑视国会，违悖约法，丧失主权”，实为“灭国亡种借款”，要求袁世凯速罢此议。
晚，外交部照会英、法、德、俄、日五国公使，告以中国政府承认担负大借款之完全责任，将来政府递延更换亦无变更。
