一切都表明应当采取第一项决定，应当让步。要知道，叛乱的船长们还没有危害海军上将的生命，没有向他提出明确的要求。他们的船只一动不动地停泊在那里，预料他们暂时不会发动武装进攻。西班牙船长们虽然取得了数量上的优势，但也不想在远离祖国数千英里之外发动一场无谓的兄弟相残的战争。他们十分清楚地记得在塞维利亚教堂里举行的宣誓，他们非常了解叛乱和逃跑应受的可耻惩罚。国王授予信任的贵族——胡安·德·卡尔塔海纳、路易斯·德·缅多萨、加斯帕尔·凯塞达、安东尼奥·德·科卡——希望光荣地，而不是负着叛徒的臭名返回西班牙。因此，他们并不强调自己的优势，一开始就表示愿意进行谈判：他们并不想以夺取“圣安东尼奥号”开始一场内讧，而只是向海军上将施加压力，迫使这个一向守口如瓶的人最后向他们宣布皇家船队下一步要走的航线。
因此，叛乱的船长们的全权代表加斯帕尔·凯塞达送给麦哲伦的信绝不是一封战书，相反，信封上谦恭地写着“呈文”二字。这封用词异常谦恭的信一开头就为夜间进行的袭击辩解。信上说，只是麦哲伦的恶劣态度迫使他们夺取船只，这条船的领导人是国王亲自任命的。但愿海军上将不要把他们的这一行为解释为拒绝承认国王授予他的指挥船队的最高权力。他们只要求他今后待人态度更好一些，如果他同意满足这一公正的要求，他们不仅将按照职责恭顺地为他效劳，而且将深深地尊敬他（这封信是用非常铺陈华丽的文字写的，无法将其准确翻译出来）。“今日我辈吻着阁下的手足，乞求宏恩，将来我辈仍将恳请大人的庇护”。
在西班牙船长们掌握着毫无疑义的军事优势的情况下，这一建议是很诱人的，但是麦哲伦早已选定了另一条勇敢的道路。敌人缺乏自信的弱点没有逃过他锐利的目光。他从他们来信的语气里觉察出，叛乱的首领在内心深处没有下定决心把事情闹到极端，尽管他们在数量上占优势，他在这种犹豫不决里看出了西班牙船长们立场中的惟一弱点。如果利用这一机会，进行闪电般的打击，也许情况完全可以扭转。只要走出大胆的一步，看来已经输定的棋局将转败为胜。
然而，必须再一次指出并且强调，麦哲伦的大胆的概念具有十分独特的含义。对于他，大胆的行动并不意味着卤莽从事和向前猛冲，相反，是极其谨慎和周密地着手进行一项大胆无比的创举。麦哲伦最果敢的计划，总是像好钢一样，先在炽烈的感情之火上煅烧，然后再放进冷静思考的冰里淬火；他正是借助于幻想和理智的结合去克服困难的。他的计划一分钟就制定出来了，其余的时间只是用来准确考虑每一个细节。麦哲伦很清楚，他必须做他的船长们已经做过的事情，必须至少夺取一艘船，以便重新获得优势。然而，这一点，叛乱分子多么轻而易举地就做到了，而对麦哲伦将是何等困难！他们在夜幕的掩护下，向一艘毫无警惕的船发动了袭击。船长睡了，船员们也睡了。谁都没有准备防御，水手们谁的手边也没有武器。而现在，在光天化日之下……叛乱的船长们怀疑地注视着旗舰上的一举一动。火炮和石弹炮已作好战斗准备，前膛火枪已装好弹药。叛乱分子太了解麦哲伦的勇敢了，他们认为他会走出最冒险的一步。
但是，他们只了解麦哲伦的勇敢，而不了解他的机灵。他们没有料到，这个眨眼间就考虑到一切情况的人竟敢于做出不可思议的事来——在大白天用一小撮人进攻三艘武器装备精良的船只。他没有选择他的堂兄弟麦斯基塔在那里受苦受难的“圣安东尼奥号”作为果敢打击的目标。这一着就极其英明。不言而喻，首先是那边在等待着进攻。正因为他们等待来自右面的打击，麦哲伦才从左边进攻。他不进攻“圣安东尼奥号”，而进攻“维多利亚号”。
麦哲伦的反击，直至细节，计划得十分周密。首先，他扣留了小舢板和前来向他递送凯塞达起草的建议进行谈判的“呈文”的几名水手。此一举达到了两个目的：第一，如果发生武装冲突，叛乱分子的力量至少将减少几个人；第二，由于这一刹那间进行的攫夺，他已拥有不只一只，而是两只小舢板，这个乍看起来微不足道的优势很快就对事件的进程发生了决定性的影响。
现在，他可以把“特立尼达号”的小舢板留作后备，而派遣对他无限忠诚的军需管理员、船队警卫龚萨洛·戈麦斯·德·艾斯皮诺萨带领五名水手乘坐从叛乱分子手里夺来的舢板前去“维多利亚号”，给船长路易斯·德·缅多萨送回信。
叛乱分子从自己武器装备精良的几艘船上注视着小舢板的逐渐接近，没料到会有危险。他们没有产生任何怀疑。难道坐在这艘小舢板上的六个人能够向有着60名武装船员，许多门装好弹药的大炮和经验丰富的船长路易斯·德·缅多萨的“维多利亚号”发动进攻？他们哪里会料到，这六个人的无袖上衣里都藏有暗器，戈麦斯·德·艾斯皮诺萨负有特殊的任务。他带着五名战士不慌不忙、十分从容不迫、按照精心设计的方案故意慢吞吞地（每一秒钟都计算好了）登上船，向船长路易斯·德·缅多萨递交了邀请他前去旗舰谈判的信。
缅多萨在阅读信件，但是，胡安·德·卡尔塔海纳在“特立尼达号”上突然被作为罪犯抓起来的那个场面使他记忆犹新。不，路易斯·德·缅多萨不会作那样的蠢人，让人引入陷阱。“哼，你抓不住我”，他一边读信，一边笑着说。但他的笑声变成了暗哑的呼哧声——警卫的匕首刺穿了他的喉咙。
在这千钧一发之际（麦哲伦预先多么精确之极地计算好了从一只船到另一只船要走的每一米路程和船桨的每一下划动），杜亚脱·巴尔波查率领十五名全副武装的士兵乘另一条小舢板赶到，登上了“维多利亚号”。船员们呆若木鸡地望着他们被艾斯皮诺萨一下子结果了性命的船长的尸体。他们还没来得及弄明白发生的事情和采取任何措施，杜亚脱·巴尔波查已接管了指挥权，他的人已占领了各个要害部位，他已在发布命令，畏畏缩缩的船员惊恐地服从他的指挥。转瞬间，船已起锚扬帆，另外两艘叛乱船上的人还没弄清这一晴天霹雳，“维多利亚号”已作为海军上将的正当虏获向旗舰开去了。现在，“特立尼达号”、“维多利亚号”和“圣地亚哥号”三艘船同“圣安东尼奥号”和“康塞普西翁号”对峙，并且堵住了出海口，使叛乱分子无法逃跑。
由于这一神速的机动，天平的秤盘猛地扬了起来，输掉的一盘棋又赢了回来。在大约五分钟的时间里，西班牙船长们就失去了优势；现在他们面临着三种可供选择的可能性：逃跑、斗争或者不战而降。海军上将已经用三艘船封锁了海湾的出口，防止他们逃跑。斗争亦不可能，因为麦哲伦的突如其来的打击摧毁了他的敌人的勇气。加斯帕尔·德·凯塞达全副武装，一手拿着长矛，另一只手提着利剑，徒然地号召船员们进行斗争。吓破了胆的船员们不敢追随他，只要麦哲伦的人乘小舢板一到跟前，“圣安东尼奥号”和“康塞普西翁号”上的一切反抗就会停止。阿尔瓦罗·德·麦斯基塔被监禁了几个小时之后又重新获得了自由；使麦哲伦的忠实战友遭受屈辱的镣铐，现在戴在了叛乱船长们的身上。
紧张气氛像夏天的雷雨很快就过去了，第一道闪电就把叛乱粉碎了。但对付这场公开斗争很可能只是最容易的一部分任务，因为根据航海法和军法，罪犯必须受到严厉惩罚。麦哲伦心里充满了痛苦的怀疑。国王的御令授予他进行公正裁判，决定生杀的绝对权利。但是，叛乱的首领们，像他自己一样，国王也赋予了信任。
为了维持自己的权威，他现在本应无情地进行镇压。但同时，他又不能处罚所有的叛乱分子。因为，如果按照军法把五分之一的船员吊死在横檩上，那怎么继续航行呢？在远离祖国数千海里之外，在荒无人烟的地方，船队的海军上将不能失去几十个劳动力；因此，他需要继续把罪犯带在身边，用良好的态度把他们重新争取过来，与此同时也要杀一儆百。
为了进行威吓和维护自己无可争辩的权威，麦哲伦决心牺牲一个人，他选定了惟一动用武器、使他忠实的舵手艾洛里亚加受了致命伤的船长加斯帕尔·凯塞达。
这一迫于极端必要而进行的审讯开始得很庄严：请了录事，证人的证词都记录在案，就如同在塞维利亚或萨拉戈萨的法庭上那样，记得冗长而又拘泥于细节，他们在巴塔哥尼亚荒无人烟的辽阔地方写满了一张又一张在此地极其宝贵的纸张。在这“无归属的土地”上，法庭开始审讯：庭长麦斯基塔指控皇家船队前船长加斯帕尔·凯塞达犯了杀人罪和进行叛乱活动罪。麦哲伦做出判决：判处加斯帕尔·凯塞达死刑，海军上将给予西班牙贵族的惟一宽容，就是不用绳子，而用剑作为刑具。
但是，由谁来担任刽子手呢？船员们中间恐怕没有人会自愿担当这个差使。最后终于找到了刽子手，但代价是可怕的。凯塞达的仆人也参与杀害艾洛里亚加的罪行，也被判处了死刑。但向他宣布，如果他同意砍掉凯塞达的头，他可以得到赦免。要么自己被处死，要么去处死自己的主人，这种选择大概给凯塞达的仆人路易斯·德·英利诺造成了极大的内心痛苦。但最后他还是同意了。他一剑砍掉了凯塞达的头，而保住了自己的脑袋。按照当时野蛮的习惯，凯塞达的尸体，像早些时候被杀死的缅多萨的尸体一样，被砍掉四肢，残缺不全的尸首被插在杆子上；塔威尔和欧洲其他高台刑场的可怕风俗第一次被带到了巴塔哥尼亚的土地上。
但是，麦哲伦还需要做出另一项判决，而谁能说出这项判决比砍头更轻还是更重呢？叛乱的主谋胡安·德·卡尔塔海纳和一名时刻在煽动不满情绪的牧师也被认定有罪。然而，麦哲伦虽然很勇敢，在这件事上也不敢白纸黑字地签署判处死刑的命令。皇家海军上将不能把国王亲自委派的、与他处于同等地位的船长交给刽子手处置。况且，麦哲伦作为一个虔诚的天主教徒，永远不愿犯下杀害接受过涂圣油仪式的牧师这种严重罪孽。给两名主犯戴上镣铐，带着他们环球航行，同样是不可能的。于是，麦哲伦回避做出决定，叛处将卡尔塔海纳和牧师逐出国王的船队。当船队重新扬帆启航的时候，发给他们两个人一定数量的酒和食品，把他们留在圣胡利安湾荒无人烟的海岸上，而以后他们该死该活，让上帝去决定吧。
麦哲伦在圣胡利安湾做出了这一无情的判决，他做得对不对呢？在他的堂兄弟麦斯基塔监督下所做的，没有只字为罪犯辩护的船上审讯记录是否值得绝对相信呢？但另一方面，西班牙船长们后来在塞维利亚提供的证词断言，麦哲伦为了奖励船队警卫和他率领的五名水手凶残杀害缅多萨，付给他们12个杜卡特，并且把被杀害的两位贵族的全部财产也发给了他们。这些证词是否真实呢？麦哲伦当时已不在人世，他已无法推翻这些证词。要知道，几乎对已经发生的每一个事件，总可以进行各种不同的解释，如果说历史后来证明麦哲伦是正确的，那也不应当忘记，历史总是为胜利者辩护，并谴责失败者的。有一次戈培尔无意中说出了一句真诚的话：“历史对事件如何进行是漠不关心的。它总是站在创造伟大业绩和达到伟大目标的人们一边。”假如麦哲伦没有发现海峡，没有建立他的功绩，那末，处死反对他的危险事业的船长便会被视为通常的杀人罪。而由于麦哲伦以其赢得了不朽的功勋证明自己是正确的，可耻地死去的西班牙人便被人遗忘了，麦哲伦的严酷无情和不屈不挠，即便不是从道德的角度，也历史地被认为是正当合理的。
不管怎么说，麦哲伦宣判的死刑成了他最赋有天才的追随者和继承人法兰西斯·德雷克效法的危险榜样。这个勇敢的英国航海者和海盗50年之后在同样危险的航行中受到了船员们同样危险的叛乱的威胁。那时，他在同一个不祥的圣胡利安湾停泊，向自己的先驱者奉献了不愉快的贡品，重复了他残酷无情的做法。法兰西斯·德雷克十分准确地了解麦哲伦航行期间所发生的一切情况，了解审讯记录和海军上将对叛乱者的无情镇压；据传说，他甚至在这个海湾里找到了57年前用来处死一个叛乱首领的断头架。反叛德雷克的那个船长的名字叫托马斯·都提；像胡安·德·卡尔塔海纳一样，他在航海途中也被戴上了镣铐，而且——多么奇怪的巧合！——也是在这一带海岸，在同一个内格罗港——圣胡利安湾，对他也做出了判决。这项判决也是死刑。所不同的仅仅是，法兰西斯·德雷克让自己过去的朋友进行极不愉快的选择：是像加斯帕尔·凯塞达那样被利剑砍头，干脆而体面地死去，还是像胡安·德·卡尔塔海纳那样被留在这个海湾里。都提也读过麦哲伦的航海史，知道后来没有人听到过胡安·德·卡尔塔海纳和同他一道被留在那里的牧师的消息，很可能，他们死得非常痛苦，因此，既然不免一死，他宁愿砍头，死得干脆而又不失男子汉大丈夫的尊严。又一颗砍下的人头落在了沙滩上；几乎所有值得纪念的人类的事业都染满了鲜血，而只有不屈不挠的人才能完成伟大的事业——这就是支配着人类的永恒的命运。
