早在明末清初，意大利、法国、荷兰、俄国等西方国家的传教士就已进入中国，建立传教据点，不过人数不多，活动的规模也不大。而1840年的第一次鸦片战争，从根本上改变了这种情况。传教士和侵略者密切配合，用欺骗和恐吓，刺刀和枪炮强迫清政府与侵略者签订了一个又一个的不平等条约，为传教士踏入中国扫除障碍，打开大门。他们举着十字架与端着刺刀的侵略军一起为殖民主义的扩张效犬马之劳。在殖民统治者的眼里“一个传教士抵得上一营军队”，他们认为“与其设立几个军事据点，不如设立几个教堂更为有效”，“在殖民地修建教堂，驻扎传教士，就像在殖民地修建兵营，驻扎侵略军一样必要。”
1840年，鸦片战争爆发后，侵略军实现了传教士们：“只有战争能开放中国给基督”的信念。美国长老会教士倪维思曾说：鸦片战争“是按神意用以开创我们与这个大帝国关系的新纪元。”
1842年，清政府在战争失败后，被迫签订了屈辱的《南京条约》。条约的起草人就是一位传教士——小马礼逊。条约的中文稿出自于另一位传教士，那位搜集情报的能手——郭士立。英国侵略者的胜利使传教士们看到了“曙光”，他们认为是可以到中国城市的大街上，提高他们的嗓门大喊大叫的日子了。1842年2月14日，一个传教士按捺不住激动的心情，给国外的传教士写了一封很“自豪”的信。信中说：
“大炮在天朝呼啸，城市在征服者面前一座接一座陷落。这是政治提出的要求，是大炮迫令其实现的。
一次我信步走到一个城门口，城墙上似乎永恒地写着：洋人莫入。我是一个洋人，又是一个传教士，我看到了城上写的那句话，可是我不顾一群在场中国人的惊诧，闯进了城门。
时候已经到了，我们已沉默到今天，现在是可以到中国城市的大街上，提高我们的嗓门大喊大叫的日子了。”
不仅如此，法国统治者看到英国借《南京条约》从清政府手中获得巨额赔款并占有香港，还享有五口通商、领事裁判等权利后，非常羡慕。法国传教士也蠢蠢欲动。1843年，法国传教士安若望就向巴黎发出呼吁：“法国屡屡参与其他并不重要的外交事务，不惜花费巨款，派遣舰队和军队，如欲为我们取得在华传教的自由，岂非轻而易举？”法国传教士古伯察也表示：“既然英国可以为了维护少数商人的利益，毫不迟疑地派遣军舰追偿几箱焚毁了的鸦片的损失，法国的传教士受到迫害、残杀，法国为什么不可以进行有效干涉呢？”
1844年，法国用枪炮威胁清政府，迫使清政府和法国签订了《黄埔条约》，允许外国传教士可在通商口岸建立教堂。以后，法国传教士便更加活跃了，也更加猖狂了。
与此同时，美国传教士也趁火打劫，利用清政府由于鸦片战争失败而产生的惧外心理，以武力威胁清政府签订了中美《望厦条约》，其内容比《南京条约》更为苛刻：“除了传教士能在五口传教之外，还可以建立教堂。”这是基督教传教士得以在中国公开建立教堂之始。传教士们认为应该大踏步地跨入中国了。他们叫喊道：“（中国）这个国家事实上已经落入我们的手中，一切早已在中国的传教士和各自国内的差会，如果他们不去占领这块土地，不在18省的每一个中心取得永久立足的地方，那将是有罪的。”
此后，大批西方传教士，举着十字架，与西方商品和资本一样，像决堤的洪水一样，涌进中国。
中法签订的《黄埔条约》允许外国传教士可在通商口岸建立教堂，使得长达百年多的教禁开始解冻。但是，条约还没有自由传教的规定。以后在传教士的要求下，法国政府向清政府提出要求开放“教禁”，自由传教。1844年，道光皇帝下了一道手谕，对天主教准开教禁。其后，由于基督教各差会要求享受同等权利，耆英被迫于1845年2月下令准于一体适用。从此，天主教各修会和基督教各差会传教士纷纷前来中国，以通商口岸为基地，伺机潜入内地活动。因1844年，道光皇帝的朱批仅是传教宽容，并不允许教士们进入内地传教。清廷再三申明，传教士“只于通商五口地方建堂礼拜，断不越界传教。”所谓“断不越界”，是指不准逾越条约中所议定的各通商口岸的界址范围；即使是在口岸范围内传教，也必须是“以早出晚归，不准在外过夜为断”。对这种限制自由进入内地的规定，不但传教士不满意，就连西方各国政府也深为不满。为了取得深入中国内地的特权，以英、法为首的侵略者便设法寻找新的借口，酝酿发动新的战争。作为殖民统治者对扩张侵略的先锋、向导，传教士想方设法加深对中国内地的渗透。
在侵略者的步步紧逼下，道光皇帝在1846年2月20日发布上谕：“所有康熙年间各省旧建之天主堂，除改为庙宇尼居者毋庸查办之外，其原旧房屋各勘明确实，准其给还该处奉教之人”。此后，各国天主教的修会来活动。基督新教各差会传教士还云集香港讨论如何“进军”中国及划分传教区域范围等问题。不久，东正教也把外交职能和传教分开，由北京向中国各地扩大自己的传教势力范围。
但是，虽然传教士的活动较以前自由了一些，但道光皇帝的上谕里仍规定了“外国人概不准赴内地传教”，所以，为了更自由地活动，法国政府和传教士，这个在中国近代史上制造了多起教案的肇事者，便寻衅滋事，于1856年以法国传教士马赖在广西被杀之事为借口，联合英国发动了对中国的第二次鸦片战争。战争以清政府屈辱投降，签订《天津条约》和《北京条约》而宣告结束。《天津条约》和《北京条约》的签订又进一步扩大了侵略者的特权。
据史料记载，从1844年中法《黄埔条约》起，到1858年《天津条约》签订的15年间，天主教、基督新教违约非法潜入中国内地的至少有法国、英国、意大利、葡萄牙、美国、西班牙、德国等7国的传教士。其活动地区从黑龙江到广西，从山东半岛到青藏高原，从城镇到乡村都留下了他们活动的痕迹。
到1860年，基督教传教士从1844年的31人增加到100余人，教徒从6人增加到约2000人；到19世纪末，传教士增至约1500人，教徒增至约80000人。英国势力占主导地位。到19世纪末，英国传教士占50%。从19世纪80年代起，美国势力开始增强。到19世纪末，传教士增至全体传教士的40%，其余10%是来自西欧和北欧。
这时期，东正教也积极发展传教势力范围，并逐渐形成了独立的教区。
天主教各修会同受罗马教皇的领导，从1879年，教皇里欧十三世划中国为五大传教区：第一区为直隶、辽东、蒙古；第二区为山东、陕西、河南、甘肃；第三区为湖南、湖北、浙江、江西、江南；第四区为广东、广西、香港、福建。
到19世纪末，在华天主教各修会的传教士共约800人，教徒从1860年的40万人发展到大约70万人。
