那么，刺激感官的外界物体究竟是如何激活“这台机器”的呢？又是怎样使它的各部分零件（即肢体）朝无数不同的方向运动的呢？笛卡尔认为，如果我们想要弄清楚这个问题，就“应该考虑在机器的每个部分装备的细小纤维（如我已经告诉你那样，它们来自大脑的最里层区域，组成神经的配对物）充当一些能够通过感觉物体轻而易举被引发感觉的感官组织。”这些感官物质在轻微的压力下就可以产生运动，从而对大脑产生冲击。这样，大脑内部的表层就会对一些毛孔开放。接着，大脑空腔中的“生命精气”会立刻经由这些毛孔“进入神经和引起机器运动的肌肉，和我们的感觉在相同方式影响时，我们自然而然地快速作出反应十分相似。”例如：如果火A蔓延到脚B，火的微小分子（就如你所知，运动得非常迅速）能够随火的延伸到达皮肤表面区，以这种方式，它们牵动你见到的联着它的细小神经纤维CC、同时也打开了位于该纤维末端对面的毛孔入口DE——就像你拉一根绳子的一端的同时，引起了悬挂在绳子另一端的铃响一样。当进入毛孔或小血管DE的入口按这种方式开放以后，来自空腔下的生命精气就进入这里——部分到达那些使脚移开、远离火的肌肉块；部分到达使眼睛和头都转过来看火的那些肌肉；部分到达使手移动和整个身子转开以保护自己的那些肌肉……
笛卡尔说，当上帝把一个理性灵魂结合到该机器时，它将在大脑里占有统治地位，并发挥它的特性，比如灵魂将根据进入大脑内部表面的毛孔开口被神经打开的不同方式而具有不同的感觉。首先，假定组成神经网的神经末梢被这样一种力量拉断，以致使原先和它们连接的身体分离，当然会导致整个机器的结构在某种程度上变得不完美。这种方式的拉动在大脑的神经引起运动，给灵魂产生痛感提供了诱因（灵魂的留驻地位必须保持不变）。
假定神经被上文提到的那么大的拉力拉挤，但是没有被拉断，也没有从它们联系的身体部分分离，那么它们将在大脑引起一种运动，证明身体的其他部分处于良好状态，并让灵魂有理由感到一种肉体的快感，我们称之为“快乐”。实际上，我们已经明白，它在原因上和痛苦非常相近，但结果却完全相反。另一面，如果许多这些神经末梢都被均匀地拉动，它们将使灵魂感觉和停止在那里和肢体相接触的物体的外表是光滑的；如果神经末梢被不均匀地拉动，它们将使灵魂感觉该物体的表面是不平的、粗糙的；如果神经末梢仅被轻微打扰，和另外一个神经分离，就像心脏传给身体其他部分的热量常常引起的那样，灵魂将不会比其他普通的身体功能有丝毫更多的感觉。但是，如果这种刺激由于一些正常原因增加或减少，那么它的增加将使灵魂有一种热的感觉，减少将有一种冷的感觉。
最后，根据它们被刺激的其他种种方式，神经将引起灵魂认为所有的其他属性，比如潮湿、干燥、沉重和类似之物都属于一般的触觉。但是必须注意，尽管这些神经末梢相当细小和灵活，但它们仍没有足够的细和灵活，仍无法把所有发生在自然界的轻微运动传递给大脑。事实上，它们传递的最轻微的运动是那种具有较粗糙的陆上物体，即使在这些物体之中，仍有一些虽然相当粗糙，但能够轻轻地滑过神经末梢以致它们挤压或划过皮肤都没有引起传递到达大脑的行为。以相同的方式，有一些虫子拥有用来麻醉甚至伤害身体部件的能力，但这根本不能引起我们对之有任何感觉……
另外，笛卡尔说：“如果你曾好奇地观察过教堂的风琴，知道风琴底座如何把空气灌进风箱中去，知道空气如何经过那里进入一个又一个管子完全取决于风琴演奏者在琴键上移动手指的不同方式，那么你可以把生命的精气进入大脑空腔的机器心脏和动脉想象为推动空气进入大脑风箱的风琴底座；把刺激某些神经引起在空腔中的生命精气进入一些毛孔的外界物体比作风琴演奏者的手指，按动某些琴键引起空气从风箱进入某些管子。所以，某风琴奏出的乐章并不取决于外部看得见的管子装置，或风琴的形状，或其他部分，它取决于三个因素：来自风琴底座的空气、发音的管子和管子中空气的分布。”
笛卡尔认为，我们在这里关注的“机器”的功能根本不取决于解剖专家按成分区别出来的、看得见的脑的外部形状，或者大脑空腔的形状，而是完全取决于来自心脏的生命精气、它们流经大脑的毛孔数和在这些毛孔中精气分布的方式这三个因素。
首先，大脑物质是非常柔韧的，“如果没有生命精气进入它的空腔，可能会非常狭窄，甚至完全封闭（就像死尸的大脑显示的一样）。”但是在“生命的精气”大量进入这些大脑空腔后，便会形成一股力量挤压周围物质，并最终使大脑空腔膨胀起来。大脑空腔膨胀的直接后果就是使得来到此地的细小神经末梢都拉紧了，而其余部分仍然保持自由和轻松状态。自然而然，这时的“机器”代表一个睡着的或一个睡着的正在做梦的人的身体。
但是，在深入详细叙述睡觉和做梦之前，笛卡尔先论述了大脑在处于清醒状态时发生的最值得注意的事件：“物体的概念在指定不‘想象’和‘普通感觉’的地方如何形成？这些概念在记忆里如何保存？它们如何引起身体所有部分的运动？”
笛卡尔说：“我们不妨观察神经纤维12、34、56和类似的组成视觉神经、从眼球后面1、3、5延伸到大脑的内部表层2、4、6的神经纤维。如果来自物体A的光线正好映射在眼睛后面的点1纤维，它拉动整个神经纤维1、2，扩大毛细血管2的开口。以相同的方式，来自B点的光线扩大毛细血管4的开口，其他毛细血管也依此类推。按照光线映入点1、3、5的不同方式，我们已经描述了对应于A、B、C的物体如何在眼睛后面留下痕迹。同样地，依靠神经纤维12、34、56等打开毛细血管2、4、6的不同方式，很明显，一个相应的物体必定能够在大脑内部表层留下痕迹。”
“假定意欲进入2、4、6和类似毛细血管的生命精气并不同一地来自松果腺表面的所有点，而是仅仅来自某一些点；比如，意欲进入血管2的精气来自表层A点，欲进入管4、6的来自B、C点。依此类推。这样，这些细管的开口同时膨胀，生命精气开始变得比先前更自由，更迅速地离开松果腺的相应地点，就像对应物体A、B、C的形状根据毛细血管2、4、6开放的不同方式在大脑表层留下痕迹一样，根据生命精气离开B、C点的方式在松果腺的表层印下了物体的形状。注意，我指的形状不包括以物体边缘和表面位置为代表的东西，而且包括我前面说过的，能够使灵魂有理由认为运动、大小、远近、颜色、声音、味道和类似性质的东西，并且还包括所有能够使灵魂感到愉快、痛苦、饥饿、干渴、快乐、悲伤和类似感情的事物，这样很容易理解，例如毛细血管2可以按不同的方式开放——一种方式是由我说的引起感官有红色或痒的感觉的行为；另一种方式是由我说的引起感官有白色或痛苦感觉的行为。这样，离开a点的生命精气将根据毛细血管的不同而按不同的方式进入这些细管和其他类似的细管。”
“在这些形状（或图形）中应该转换成概念的并不是那些映入外部感官或大脑内部表面的东西，而仅仅是那些进入松果腺H表层的生命精气并留下痕迹的东西（H是想象和普通感觉的驻地）。那就是说，只有后来那些由理性灵魂结合在该机器上，应该变成符号或图形的物体形状，在它想象某物体或由感官感觉它时才将被直接考虑到。我说‘用感觉想象领悟’，是因为我想使‘概念’一词普通适用于一切当它们离开松果腺H时生命精气接收到的所有印象。当它们依赖于物体的存在时，它们应归功于‘普遍’感觉；但它们也可以由其他原因进行，此时就应把它们归功于想象了。”
那么，关于在记忆处的大脑内部B又是如何形成记忆痕迹的呢？
“在另一端，假定生命精气离开松果腺后，接受了一些概念的印象，经过毛细血管2、4、6和类似的毛细管进入组成大脑B部分的细小纤维之间的毛孔或缝隙内；再假定生命精气足够强劲来增大这些缝隙，根据生命精气移动的种种方式和它们流经血管开口的不同，精气以各方式弯曲或整理它们遇到的所有神经。因此，它们也在这些缝隙里对应物体的形状留下痕迹。起先，它们做此事时比在松果腺H做更不容易，也更不全。但逐渐地，随着它们行动变得强劲有力或者经常重复，它们做得越来越好，那就是为什么这些图形不再轻易消失和为什么它们以这样一种方式保存，以致先前在松果腺的概念能够在长久以后，在不需要对应它们的物体出现时再次形成。这就是记忆的组成。”
总而言之，不仅仅是上面那些已经论述过的生理活动符合上面所论述的理论。实际上，要使一个个验证开来，“这个机器”的“所有功能——例如食物消化、心脏和动脉的跳动、肢体的滋养和成长、呼吸、醒和睡、通过外部感官对光线、声音、嗅觉、味道、热和其他类似性质的接收”都是如此。它们“在普通感觉和想象的器官中打下自己的烙印，形成概念之后在记忆里得以保留和封存，先是形成食欲和情感的内部运动，最后表现为所有肢体的外部运动（运动不仅是对呈现在感官面前物体的行动，而且也是对记忆中发现的情感和印象的行动，它如此适当的以致于完美地模仿出一个真人的行为），我希望你把那些由该机器的每一小部分器官的单纯装置产生的功能认为和闹钟的运动一样，或者其他类似的由于反作用力和轮子装置产生的自动机一样自然无疑。然后，为了解释这些功能，除了心脏里不断燃烧的心之火（和发生在非生物体内的所有火一样具有相同的性质）——激动身体的血液和生命精气以外，没有必要把该机器想象为有什么繁殖能力，或者情感灵魂，或者其他重要的运动和生命。”
