能够保住性命，对袁世凯来说已是不幸中的万幸。至于载沣为何不杀袁世凯，众说纷纭，有的认为是张之洞力保的结果，有的归于隆裕太后的软弱。实际上，让袁世凯保住脑袋的，还是他自己——自1895年小站练兵以来培养的私家军事实力，使任何一位略有政治头脑的人都不能不重视他的存在。难怪当隆裕太后拿着载沣拟就的将袁世凯革职交法部治罪的谕旨去征求军机大臣的意见时，奕匡要跳出来反对：杀袁世凯不难，不过北洋军造起反来谁负责？奕匡护着袁世凯，这句话说到点子上，连载沣也不得不默认。当时，北洋六镇除第三镇及第六镇的三个混成旅开进东北，第五镇驻守潍坊外，其余都驻扎在京津、直隶一带，而且，由何宗莲统辖的第一镇就驻在北京郊外，其中有一个团还直接担任禁廷宿卫。张之洞一句“主幼时危，未可遽戮大臣而动摇国本，可否考虑将其驱逐出京”的话，确定了那道上谕的基调。
作为袁世凯在朝中庇佑大树的慈禧一去不复返了。作为包括段祺瑞在内的所有北洋官兵们的庇佑大树的袁世凯，在这场朝中巨变中摇晃剧烈，几欲倾覆——却终于留得性命，也留得根系。1909年1月6日，冷冷清清的北京站，只有严修等三四人为袁世凯送行。从此以后，袁世凯便要开始他避居洹上，如闲云野鹤般的“隐居”生涯。
火车路过保定，段祺瑞等率幕僚守候在站台，等待拜谒袁世凯，这让失势的袁世凯十分感动。据说，他曾拉着段祺瑞的手，用浓重的河南口音连声说：“这次全亏你！这次全亏你！”原来，在袁世凯得到光绪帝去世的消息后，曾密诏段祺瑞进京议事，而他自己，又被慈禧召进宫中，未得与段祺瑞相见。段祺瑞知道局势变故，不敢久留京城，匆匆探得消息，又与冯国璋简短商议后，便立即赶回保定。回保定后，他一面放风说北洋陆军各学堂和北洋部分陆军自拟举行冬季演练，一面又借几个北洋士兵聚赌引起火并之机，大造保定发生兵变的气氛，大动干戈开炮镇压……这一切无非是向朝廷展示北洋军的实力，客观上为保住袁世凯的性命立下汗马功劳(季宇．段祺瑞．安徽人民出版社，1992．38～48页)。
为了表示对段祺瑞的感激，袁世凯将他用三十万元买下的北京学府胡同住宅赠给段祺瑞，并嘱他“好自为之”，以待时机。
当背靠的大树发生摇晃时，段祺瑞却以他军人的目光，清楚地洞见察时局，做出对他以及他所在的北洋军系最明智也最机巧的决断，不仅没有离袁世凯而去，反而趁机加深了他与袁之间的密切关系，这不能不说是段祺瑞又一次把住了他的命运之舵。
随着武昌起义枪声的响起，辛亥革命拉开了帷幕。摇摇欲坠的清政府在北洋新军的要挟下，只得请袁世凯出山收拾残局。可袁世凯岂能轻易出来，经过一番讨价还价，迫使清政府答应了他“六项条件”，使他攫取了更大的权力后，才以胜利者的姿态，急不可待地走向他的北洋新军。“一人得道，鸡犬升天”。袁世凯胜利了。段祺瑞也开始时来运转了。现在的袁世凯，最担心的就是后院起火，北方有变。于是，他特意把“北方”的重担压在了他非常信赖的段祺瑞的肩上。段祺瑞果然不负众望。先在军事要地信阳城，严厉处理了士兵骚乱，严明了军纪，使混乱的信阳大有改观，井然有序起来。一波未平，一波又起。信阳刚坐稳，北方真的出了大事：新军第二十镇统制张绍曾先在滦州搞起兵谏，逼清廷退位。同时，六镇统制吴禄贞想联合张绍曾，索性举起义旗，将清廷和袁世凯一并推倒。得到密报后，段及时展开“攻心战”，瓦解了兵谏将领，解除了燃眉之急。后又配合袁世凯演出了一场“贼喊捉贼”的好戏。而戏中惟一的受害者便是那被袁刺杀的吴禄贞。段、袁假意捉拿了一番“凶手”后，便在不知不觉中将“吴之死”不了了之。一场“热闹”的北方风波平息了。段祺瑞自然成了“头等功臣”。此番以后，更受器重了。真是“仕途坦荡”啊！离段祺瑞的目标也就越来越近了。
辛亥革命的发生，为大野心家袁世凯提供了绝好的机会。他开始了“窃国”大阴谋。袁一面想利用革命声势来胁迫朝廷，一面又想用朝廷来压制革命，他自己则来个坐收渔翁之利，他不愧为一只狡猾的狐狸，来一个两全其美，所以，对革命者的镇压他并未尽力。他想要的是抚剿并重。可前线总指挥冯国璋却一点也没看透他的心思，只管血腥镇压。于是，袁世凯的眼光又投向了段祺瑞。机敏的段虽被称为“虎”，却还有着“狐”的心计。仅几次谈话，便对袁的意思通晓个八九不离十了。而袁的想法恰巧也颇合他的心思。段一直对载沣等满族权贵不满，只要能将他们推翻，管他是共和还是立宪，他都会鼎力相助的。渐渐地，段开始对变革政体表现出热忱。最终，识时务的段祺瑞取代了冯国璋，掌握了湖北前线的全部指挥权。段祺瑞来到前线后，首先就立即停战。然后为笼络人心，又上奏要求补偿冯国璋“火烧汉口”的损失。被前线人赞为“儒将之风”，稳定了前线，段祺瑞开始察言观色，寻找再次逞强的机会。当他得知袁对“南方的事情”还大伤脑筋时，露出狡黠而又惬意的微笑。一切又在他的意料之中了。段立刻指使亲信们纷纷上马，分头行事。与南方频频接触，以扶袁顺利登上总统宝座。段祺瑞果然没有白忙，终于得到南方私下保证：“选举袁为大总统”。消息到达北京后：袁世凯欣喜若狂，对段倍加赏识。段在袁心目中的地位又提高了许多，袁很器重他。
可政坛风云瞬息万变，就在袁世凯“万事俱备，只欠东风”之时，孙中山从海外归来了。由于孙的巨大声望，被选为临时大总统。袁世凯的美梦即将落空。此时的段祺瑞再也坐不住了。怒火中烧，鼻子也气歪了。随从们知道他们的段大人这次可是真生气了。说来有趣，不知何时起，段祺瑞养成了个坏毛病，鼻子成了他的“晴雨表”，只要一时气急了，就会歪向一边。他立刻下令炮轰武昌城，公然破坏了停战协议。段的这一举动无疑宣告孙中山临时政府开始了艰难的生存和挣扎。孙中山所面对的压力真是无穷无尽呀！首先就来自于袁世凯的北洋军。袁已露骨地要求另立一支由他掌权的共和制政府。他的党羽们更是簇拥在他周围。叫嚣着要誓死反抗临时政府。另一压力来源于帝国主义列强。他们与袁世凯早已狼狈为奸，这时便开始对革命军进行军事恫吓。然而，真正压得孙喘不过气儿的还是临时政府和革命阵营的内部。当时的临时政府面对着一个极其窘迫的问题：财政困难。国库已空空如也，可各地仍在纷纷索要军饷。孙中山与陆军总长黄兴四处活动，以各种方式(包括向帝国主义国家借款)来筹钱应急。黄兴为了这事寝食难安，终于吐血。而革命党人之间更是同床异梦者居多。有的革命党人被北洋军和国外武力吓怕了……有的革命党人还天真地等着所谓的“南北议和”……在这多方夹攻下，孙中山让步了、妥协了。革命军明确表示只要袁推翻清廷，便让他就任总统。软弱的民族资产阶级革命者，就这样“高姿态”地将革命果实拱手相让给了大军阀。以致后来的政治舞台上会连连上演“卖国”、“复辟”的丑剧！
现在，通向总统宝座道路上的障碍只有清帝退位了。可狡猾的袁世凯还想要个好名声，不想被说成是从“孤儿寡母”(指溥仪和隆裕皇后)手中夺权。正头痛时，一次不成功的“刺袁案”发生了。袁世凯非但毫发未损，还找到了退隐幕后的借口。然后就专心致志地策划一场“逼宫”戏。戏想好了，可还少主角。段祺瑞又被推了出来，挑起了主角的“大梁”。段先后四次致电逼宫。且一次比一次态度强硬。电文中时时提到军中多部已与革命党勾通，都已有共和思想；民心、军心皆趋向共和等等。这四张通电文无异于四道催命符，劈头盖脸地压向清政府。弄得那些贪禄惜命的王公大臣们惊恐不已。最后一次通电里，段直言“要率全军将士入京，与王公痛陈厉害……”这一下，朝廷里再无反对者。6岁的小皇帝溥仪宣布退位。孙中山也履行诺言，即刻向参议院辞职。袁世凯终于被选为临时大总统。
他的部下，也由清王朝的臣僚成为共和国的高级官员。
这一天，南京的临时参议院选举袁世凯为临时大总统。不久，孙中山派蔡元培、宋教仁等为迎接袁世凯南下专使，希望用定都南京和《临时约法》约束袁世凯。狡猾的袁世凯表面上一口应允，背地里却策划北方的“兵变”活动，造成他不能南下的假象。3月6日，孙中山被迫再次退让，提请临时参议院允许袁世凯在北京就任临时大总统。
段祺瑞从湖北到北京陆军部，3月20日就任陆军总长。这时，他的权势和地位更加显赫。
当时，中国海军在甲午战败后一蹶不振，军事力量主要是陆军，陆军部是个权限极大的衙门，全国陆军的调遣、编制、军需以及人事任免等都控制在陆军部，段祺瑞入主陆军部使他大权在握，势力越来越大。
段祺瑞能够当上民国以后北京政府的第一任陆军总长，主要得益于袁世凯的安排。
革命党人争取袁世凯拥护共和，是自己力量不足的被迫选择。当袁世凯逼迫清王朝退位后，南方不得不将临时大总统位置让给他，但希望革命党人控制政权实权。可袁世凯对实际权力寸步不让，在组阁过程中，袁世凯采取了避轻就重的原则，将外交、陆军、内务、海军等部交由自己亲信掌握，只是把教育、农林、司法等部门交给革命党人，表面上是“南北合作”，实际上自己牢牢控制实权。南北方就内阁实际权力进行了激烈的争夺，特别是在陆军总长一职上，出现了黄兴与段祺瑞的竞争。
黄兴是辛亥革命的功臣，南京临时政府的陆军总长，他任陆军总长一职，应该是顺理成章的事。而袁世凯早就内定由自己的亲信段祺瑞任陆军总长，这就引起了南方革命党人的极大不满。
南方革命军将领强烈要求由黄兴继续担任陆军总长，反对任命段祺瑞。他们曾通电全国声明：“陆军总长非中外着闻、富有才学威望者，决难维系南北军心而谋全国幸福。黄总长兴缔造民国，苦心经营，尤为全球所钦服……现在国基未固，全国军队正在易动难静之时，再三思维，足以从容镇抚、措置裕如者，黄君而外，实难其选”(顾忠琛致袁世凯等电．民主报．1912．3．18)，表示了陆军总长非黄兴莫属的决心。但是，老奸巨猾的袁世凯决不容许革命党人染指陆军部。他策动北洋将领也以“通电”为武器，以“军界统一会”的名义向参议院通电施加压力，公然威胁说如不以段祺瑞为陆军总长，他们就“要求大总统另行组织政府”。
黄兴和段祺瑞个人都没有直接卷入这场竞争。革命党和袁世凯双方对陆军总长一职的竞争反映的是由哪方掌握军权的问题，它成为南北方组织内阁问题上的争执焦点，反映出两个阵营的鲜明对立的态度。
为了使南方能放弃对陆军部的控制，袁世凯又提出两个交换条件，其一是答应在南京设立留守处，由黄兴任留守，统率南方各省军队；其二是任命非袁氏嫡系的王芝祥为直隶都督。结果，又是革命党人让步，同意段祺瑞任陆军总长，段祺瑞靠着袁世凯的政治手腕，击败了竞争对手黄兴，当上了北京政府的第一任陆军总长。
3月30日，袁世凯正式任命各部部长：外交陆徵祥(未到任前由胡惟德暂署)，内务赵秉钧，财政熊希龄，陆军段祺瑞，海军刘冠雄，教育蔡元培，司法王宠惠，农林宋教仁，工商陈其美(后以次长王正廷署理)，交通部长由内阁总理唐绍仪兼任(不久由施肇基充任)。
唐绍仪内阁成立后，孙中山于4月1日宣布解除临时大总统职务。次日，南京临时政府参议院决议临时政府迁往北京。
段祺瑞就任民国后北京政府的第一任陆军总长，他的权势已日渐强盛，但他仍是袁世凯的忠实亲信，为袁家的天下出力。
5月1日，国务总理唐绍仪率阁员到临时参议院列席，并发表施政方针。段祺瑞的报告则格外引人注意。
段祺瑞继海军总长刘冠雄之后起立致词，他的第一句话就抓住了在场所有的人：“政府统一，应迅速统筹军民分治之策。”接着，他便简洁有力地提出了他对解决“当今之计”的几点主张：①削减军队，恢复地方秩序(段祺瑞言明，武昌起义后，各省自行招募队伍，军队数量较原有兵额增加一倍。为节省军费、减轻政府负担考虑，必须迅速解散自行成立的军队。)；②制定法律，军官应为终身职；③培植陆军人才，调查军官资格，分别派往东西洋留学；④制定征兵制度；⑤设立兵工厂、被服厂、改良马政等。
段祺瑞提出的这些主张任何人都无法提出异议。削减军费、军民分治、提高军官和部队素质，这些都是冠冕堂皇的政治主张。可是在当时国内陷于分崩离析的状态下，起义各省均拥兵自重，除了黄兴之外，手握兵权的人几乎没有一个愿意裁军的。段祺瑞的政见实际上无法行通，也无从着手，但仍博得临时参议院满堂热烈的掌声。
民国元年9月7白，袁世凯令授黎元洪、黄兴、段祺瑞为陆军上将。10月10日，中华民国首次双十国庆节，袁世凯又令授孙中山、黎元洪大勋位，段祺瑞与唐绍仪、伍廷芳、黄兴、程德金、冯国璋勋一位。时年四十八岁的段祺瑞体面风光地度过了民国元年，袁世凯的枭雄手段，巧妙政治戏法使他大开眼界，也激发了他的雄心大志。段祺瑞自此之后亦步亦趋，努力效法袁世凯的政治经验，从此展开了他在民国时期多姿多彩的政治生涯。
清王朝退出历史舞台，南北议和，共和成功，革命党人似乎完成了千秋大业。
孙中山、黄兴先后应袁世凯之邀赴北京，受到了袁氏热烈而隆重的接待。孙、黄提出的政治主张，得到袁世凯的满口赞扬，被蒙蔽的孙中山以为天下大定，于是号召自己的同志“全力赞助政府及袁总统”，以为从此中国前途无限光明了。而孙中山决定自己以在野身份积极从事修筑铁路，全力投身经济建设之中。
袁世凯高唱民主共和的同时，暗地里在加紧建立自己独裁统治的步伐。他制造麻烦，先后使唐绍仪、陆徵祥内阁倒台，又进一步想破坏责任内阁制。
北京政府成立和参议院北迁之后，革命党人致力于政党建设。1912年8月，同盟会和另外几个政党合并后成立了国民党，实际工作由宋教仁主持。1913年春，国民党在议会选举中取得胜利，具备了本党组阁的条件。3月20日晚，宋教仁在上海北站准备登车去北京，当他正与送行的人话别时，黑暗中冲出一名刺客举枪向宋教仁的背后射击，三发子弹当即射中他的腰部。事发后，宋教仁被紧急送往医院抢救。22日早晨，因伤势过重，不治身亡。
宋案发生后，袁世凯曾故作姿态地表示要穷追内幕，按法严办。事情出乎袁世凯的预料，几天后，凶手武士英和同谋犯应夔丞被抓捕归案。经过调查，证明是内阁总理赵秉钧和内务部秘书洪祖述直接向凶手布置暗杀的，而主使行刺的正是袁世凯本人。
