真相大白于天下，舆论大哗。革命党人看清了袁世凯的真实面目，准备发动讨袁战争，双方冲突已不可避免。
赵秉钧为避风头，已提出辞职下台。5月1日，袁世凯任命段祺瑞代理国务总理之职。
袁世凯让陆军总长来代理国务总理是一个鲜明的信号，这表明袁世凯正准备以武力镇压南方的反抗，段祺瑞的上台被认为是“战时内阁”的建立。
4月27日，袁世凯不经参议院同意，以全部盐税收入作为担保，向英、法、德、日、俄等五国银行团借了一笔两千五百万英磅的“善后大借款”，准备将这笔钱用作武力镇压国民党人的经费。
袁世凯还连续召开军事会议，部署对湖南、江西、安徽、江苏等四省用兵的计划。
段祺瑞任代总理后，除了国务会议，并不去国务院，每日在居仁堂西偏小楼处理军事要务。
段祺瑞此时积极主张对南方用兵。在一次国务会议上，国务院秘书张国淦提出，以南北军事力量比较，北方不难取胜，但民心所向潮流所趋不是武力能解决的。所以，为从根本上解决南北矛盾，应从政治上寻求办法。张的话音未落，段祺瑞立时板起面孔，大声说道：“军事不是你文人所知，你不必干预！”〔张国淦．北洋军阀史料选辑(下)．中国社会科学出版社，1981．157页〕段祺瑞的强硬态度，正是袁世凯所需要的。这段时间里，袁世凯经常找一些心腹大将讨论军事部署，尤其是段祺瑞，所有的军事计划决策，袁世凯都要征求他的意见，与他共同筹划。
袁世凯做好了一系列准备后，便开始行动。6月9日，他指责革命党人李烈钧“不称职”，“不孚众望”，下令罢免李烈钧的江西都督职务；6月14日，以调任的方式撤去广东都督胡汉民的职务；6月30日，撤免柏文蔚安徽都督职，罢职的理由几乎都是“反对中央”。袁世凯还通电宣称，
如有不服从中央者，他将“按法严惩”。
面对袁世凯咄咄逼人之势，国民党内部矛盾重重，在“武力讨袁”的决策上始终存在分歧。7月初，国民党在上海开会时勉强达成共识，但为时已晚。
7月12日，在北洋军步步进逼的情况下，李烈钧在湖口被迫还击，宣布独立，发布“讨袁通电”。接着，国民党人在江苏、安徽、广东、福建、湖南、四川及上海等地纷纷宣布独立，举起“二次革命”的旗帜。革命党人与北洋军在新的历史背景下又一次进行了武力对抗。
“二次革命”发生在1913年，这一年是农历癸丑年，所以又称“癸丑之役”，因战事主要发生在江西和南京，所以也称为“赣宁之役”。
在江西，7月12日双方发生激战，北洋军虽有小挫折，但经增援后继续大举进攻。7月24日，讨袁军湖口炮兵被北洋军收买而倒戈，李烈钧虽奋力抵抗，无奈要塞已失，遂放弃湖口。8月18日，南昌又失陷，江西讨袁军惨败。
在南京，冯国璋、张勋同时进攻南京，黄兴经顽强作战，仍不能抵抗。9月1日，张勋攻破南京，其他各省相继取消独立。
“二次革命”不到两个月便以失败告终，孙中山、黄兴等革命党人相继逃亡日本。
段祺瑞协助袁世凯取得战争的胜利，显示了他在军事上是袁世凯的得力帮手。10月，袁世凯用威逼国会议员的方式当选为正式大总统。12月，袁又交给段祺瑞一项重要使命，把副总统黎元洪“请”到北京。
黎元洪当时身为副总统却不到北京就职。为了防止失去“自由”，黎元洪不愿离开自己的发祥地湖北。湖北是他的老根据地，加上他在辛亥年间“创立共和”的政治声誉，他在湖北的政治地位可以说是举足轻重。
袁世凯对黎元洪在湖北很不放心，他几次想把黎元洪请到北京来，每次都被黎巧言推辞了。镇压“二次革命”前，袁世凯已打算让自己的亲信段芝贵出任湖北都督，使自己的嫡系势力控制这一战略重地。可黎元洪不来北京，这一计划就没法实现。此时，他就派出他的第一员大将段祺瑞前去完成这一棘手的任务。
段祺瑞轻车简从，神不知鬼不觉地乘专车驶抵汉口。段祺瑞到汉口后略作部署，渡江到武昌，直入黎元洪的都督府，黎元洪召集他的参谋长金永炎与段祺瑞一起商讨整理军队之事。大致就绪后，段祺瑞宣布将北归，黎元洪送段祺瑞过江。将他送到火车上时，段反而下车，段的随行人员不由黎元洪分说，强行“请”黎入京，那阵式完全是北洋武人的本色。段祺瑞露出一副胜利者的姿态，把个堂堂的副总统视为他的俘虏。
这时，黎元洪完全身不由己了。在段祺瑞到达前，北洋军已开进湖北，武汉已大兵压境，陆军总长亲临武昌，名为请，实为逼。黎元洪北上后，段祺瑞取代黎元洪兼任湖北都督的命令下达了，这就堵死了黎元洪再回湖北的路子。
段祺瑞从容坐镇武汉，勒令原有鄂军除一小部分外，其余全部解散，一律退伍。这支曾在辛亥革命时期有辉煌战绩的部队就此土崩瓦解了。段祺瑞以雷厉风行的办事风格，为袁世凯一统天下又立了一大功。
不到两个月，局势基本稳定后，段祺瑞重新回京，把湖北都督的位置转给段芝贵。在这场权谋斗争中，段祺瑞干脆利索地搬走了黎元洪，完成了北洋势力对湖北的控制。
1914年1月，段祺瑞回到北京。此时，声势浩大的白朗起义军在河南境内日益壮大，袁世凯正为此不安。
“二次革命”爆发前后，袁世凯直接控制下的北方各省也没有保持平静，群众自发的武装斗争时有发生。受到南方各省反袁斗争的鼓舞，北方的这种武装反抗越来越活跃，其中影响和规模最大的一次农民武装，就是发起于河南省的白朗起义。
白朗，河南宝丰人，因其身材高瘦，腿长行快，人送绰号“白狼”。他曾经在清军巡防营当兵，枪法很准；虽目不识丁，但胆略颇壮。清末民初，河南农村连年干旱，加上当局横征暴敛，致使物价暴涨，民不聊生。在这种情形下，读《水浒传》入了迷的白朗开始“拉杆”起事，打家劫舍，仗义疏财，逐渐形成规模(杜春和．白朗起义．中国社会科学出版社，1980)。
“二次革命”前后，革命党人与白朗军取得联系，白朗接受了革命派反袁的口号，曾打出“中华民国抚汉讨袁军”旗号，矛头直指袁世凯的独裁统治。
白朗的队伍约有万余众，英勇善战。据说他们一色的白衣白马，一夜能行一百二十华里。他们的旗帜上绘有一条龙，箍一道圈，大有潜龙受困的意思。他们还编了一些歌谣在民间流传，宣传自己的主张：“老白狼，白狼老，抢富济贫，替天行道。人人都说白狼好，两年不到，贫富都匀了！”
“狼不打弟兄，不打队长哨官，打的是连营团旅师长、都督跟袁世凯！”
他们对付官兵有一套办法，采取打了就跑的游击运动战，官兵多次围剿均无效果。在流动作战的过程中，白朗军纵横于河南、安徽、湖北、陕西、甘肃数省，声势日益壮大。
河南都督张镇芳与袁世凯是表兄弟，地位显赫，不可一世，没曾想却栽在白朗军手里，他只能眼巴巴看着他们在自己的辖区内杀富济贫，对其束手无策。
1914年1月，白朗军到安徽六安，六安的县太爷吓得弃城而逃，被袁世凯明令枪决。此时，袁世凯下令张镇芳，让他无论如何也要剿灭白朗军。
张镇芳不敢怠慢，急忙命一位亲信旅长王毓秀为剿匪总司令，率大队人马追杀白朗军。官兵一昼夜走六十华里，白朗军却走出一百二十华里，白朗军嘲笑官兵是“摆队送行”。张镇芳想亲自出马杀出个威风来，却不想在驻马店中了白朗军的埋伏。他的专车遭到白朗军枪林弹雨的袭击，差点把命都搭上，幸亏他撤退还有些功夫，急忙倒车逃之夭夭，却早已吓出一身冷汗。
消息传到北京，袁世凯大发雷霆，他以剿匪不力之罪，把张镇芳撤职，又把刚刚从湖北回到北京不久的段祺瑞再次派出，让他兼署河南都督，负责剿灭白朗军。
北洋之“虎”与“白狼”对阵，引起当时许多人的兴趣。虎将虎威，段祺瑞的到来立刻扭转了官军对白朗军对阵的被动局面。
段祺瑞率领王占元的第二师，于2月13日亲自驻进信阳。此时，白朗军驻守河南确山县，两军对峙，相距不过几十公里。
这是段祺瑞有生以来第一次遇到如此不把他放在眼里的对手，而且，还是个“土匪头目”，令他这位北洋之虎、陆军总长下了决心，一定要教训一下这个“狂妄自大”的家伙。
白朗军驻在连绵数百里、地势极为险峻复杂的确山境内，他们安营扎寨，日夜操练，在入山的各通道密布地雷，使北洋军不敢越雷池一步。
段祺瑞不是张镇芳之流。他走马上任后，立即召开了豫鄂皖三省剿办会议，制订“不在急击使散，要在合围聚歼”的计划，调集了两万多北洋军主力，又利用情报，探知白朗军的底细和虚实，采取步步为营，使北洋军取得节节胜利。传说北洋军还刨了白朗的祖坟，劈棺戮尸，使白朗声势为之大挫。白朗在被动之时，惟恐被包围消灭，发个电报给袁世凯，说他即将开拔，直取西安。白朗军采用化整为零的方式，将队伍分成几路，逃出包围圈西进。
袁世凯认为大局已定，遂将段祺瑞调回北京，改派田文烈任河南都督，白朗军重获生机，在陕西、甘肃一带重新活跃起来。
北洋军再次动员起来，分数路围剿白朗，其中最卖力的是段祺瑞重用的赵倜的河南第一师。赵倜曾当过河南都督，后退居师长。得到段祺瑞重用后，他率军拼命向前，竭力表现自己，对白朗军穷追不舍。1915年8月，白朗在回河南途中作战受重伤而死，余部瓦解星散。这场历时两年多，转战豫、鄂、皖、陕、甘五省的农民起义终于失败了。
剿灭白朗军的作战，是段祺瑞亲临指挥后才使北洋军有了转机，使白朗军开始陷于被动的。这充分表现了段祺瑞指挥若定的大将风度和军事部署的才能。
1915年9月，袁世凯为平定白朗军大封功臣。赵倜授德武将军，不久又当上河南督军。北洋军第三混成旅旅长张敬尧当上第七师师长。只有段祺瑞，这位为剿灭白朗军起到关键作用的元勋却未爱封赏，一些人觉得奇怪，而在明眼人眼里，这里的奥妙是相当耐人寻味的。
自辛亥革命以来，段祺瑞的仕途一帆风顺，青云直上。由清末提督、第一军统、湖广总督，直至民初的陆军总长、代理国务总理，俨然是北洋集团第二号人物。在这一段时间里，段祺瑞也确实为袁世凯的江山卖力非凡。袁世凯能从清廷与革命军两大势力中间脱颖而出，控制北京政权。由清廷的总理大臣变为民国大总统，进而镇压革命党人的“二次革命”、剿灭白朗军，多是靠着段祺瑞牢牢掌握北洋军，南北奔忙，东征西讨而得来的。段祺瑞为袁世凯办成了一件又一件漂亮的差事，立功最大，贡献颇丰。
在旧中国的官场上，君臣或上下官僚的关系常会演出“鸟尽弓藏，兔死狗烹”的一幕。大家可以荣辱与共地打江山，一旦目的达到或出现“功高盖主”的情况，权力之争就变得很激烈甚至很残酷了。此时，袁世凯和段祺瑞的关系也具有了这种意味。就在为袁世凯奔走效命的同时，段祺瑞的声望也与日俱增，深谙官场世故的袁世凯对此早有警惕。
段祺瑞虽说是袁世凯一手提拔起来的亲信干将，但袁世凯用人一向多疑，早有防范措施。在小站练兵时，袁氏就有意让“北洋三杰”段祺瑞、冯国璋、王士珍齐头并进地发展，让他们相互牵制，以便于自己控制。后来，他又把段祺瑞调来调去，时而二镇，时而四镇，也是怕他在一处待久了占山为王，形成异己势力。武昌起义后，袁世凯重新出山。为了自己的江山，袁世凯不得不重用段祺瑞，但又时时防着一手。在中国历史上，类似的故事太多了，独裁统治者虽高高在上，但他们往往也是最孤独的，正所谓孤家寡人，又所谓高处不胜寒。
1912年3月，袁世凯当上临时大总统后不久，就在总统府设立了两个左右手式的机构，一是秘书厅，另一个是军事处。秘书厅是用来控制内阁的，而军事处是试图把军权直接掌握在袁世凯自己手上。这个军事处的职责是把参谋部、陆军部提出的日常军事事项的处理方案呈请袁世凯批示。可见，军事处是限制陆军部权力的一种力量。不过，由于段祺瑞作风专断，军事处的副处长傅良佐又是段的门生部下，所以陆军部的事军事处很难插上手。袁世凯的批示，不合段祺瑞的胃口，段就拖着不办。段祺瑞极为信任的部下、陆军次长徐树铮更是锋芒毕露。段祺瑞常不去部里办公，大事小事都由徐树铮说了算，袁世凯对此很不满，尤其讨厌徐树铮。
段祺瑞天性直率，刚愎好强，对袁世凯向来不察言观色，遇事则鲜明说出自己的主张，许多事让袁世凯不满意。随着权势地位的增长，他对袁世凯的话也渐渐不大顺从了，加上一些人从中挑拨，袁世凯对段祺瑞越来越不放心。
民国以后，北洋三杰平衡发展的局面被打破了。王士珍退隐正定，冯国璋外调南京，在中央主持军事的只有段祺瑞，可谓一人独揽大权。他长期任陆军总长，军队的编制、调遣，将领的选拔、补充几乎都由段祺瑞主持，北洋军的新生力量也大多是由段祺瑞培养和提拔的。对此，袁世凯再也不能坐视了。
1914年5月，袁世凯废除了孙中山制定的《临时约法》，另立新约法；同时取消了国务院名称，以政事堂代之；总理改为国务卿，由徐世昌担任；陆军总长虽仍由段祺瑞担任，但袁世凯采取了一项重要措施，5月9日，他在原来总统府军事处的基础上成立了陆海军大元帅统率办事处，由自己亲自掌握，试图以陆海军大元帅统率办事制兵权。段祺瑞以办事员的身份参与议事，陆军部的许多重要职权都移到办事处，陆军部实际是名存实亡了。
为了削除段祺瑞的兵权，袁世凯于1914年春把无意参与政治活动的王士珍请回北京，授予陆军上将，派往陆海军大元帅统率办事处，准备进一步以王代段。
袁世凯在清末“奉旨养病”时，曾将价值三十万元的府学胡同私宅慷慨地赠给了段祺瑞，段在该宅辟有侧门与陆军部军需司的走廊相通，经常由此门出入。自统率办事处成立后，段祺瑞就消极怠工，经常不到部，一切交由徐树铮代行。有一天，袁召段进府来查问一公事，段答以“要到部查明”。袁就满脸不高兴地说：“怎么还要查明，你的呈文不是已经送来了吗？”这么一说，使段祺瑞很难为情。实际上，他根本没有看过这个公文，是徐树铮代他签字送上来的。事后，袁曾向人大发牢骚说：“咱们北洋团体还成什么样子，华甫(冯国璋)要睡到12点以后才起床，芝泉(段祺瑞)老不到部办公！”
陆军部曾发生一起茶役偷放炸弹一案，日本报纸说这是袁世凯要谋杀段祺瑞。不管这个说法是否可靠，从此段祺瑞再也不去陆军部了。
1914年10月，袁世凯决定成立一个模范团，准备把它建成军官训练班的扩大组织，并在此基础上逐步改造北洋军。这件事体现出袁世凯对小站的旧将已不再信任，他要重新培养自己的嫡系亲信了。
