2004年11月12日，约翰·麦克劳克林愤然辞职。麦克劳克林的辞职，像是一个信号，随即引发了“辞职潮”。11月15日，行动处处长史蒂芬·卡佩斯也递交了辞呈，原因是他不愿意执行帕特里克·默里要求其解雇副处长迈克尔·苏里克的命令。卡佩斯是中情局的老牌特工，曾成功说服卡扎菲放弃使用大规模杀伤性武器，接受国际核查。和史蒂芬·卡佩斯同时递交辞呈的，还有他的副处长迈克尔·苏里克。苏里克也是中情局的元老级人物。据说，他和卡佩斯都与戈斯的四名亲信发生过激烈冲突。
接下来，11月25日行动处负责远东与欧洲情报的两名特工也提出辞职。鉴于他们工作的性质，中情局没有透露他们的姓名，也没有说明他们辞职的原因，给他们做了退休处理。但据内部人士透露，这两个人担负的工作非常重要，他们辞职是因为与中情局新的领导合不来。
一些中情局前官员和现任官员对这种充满敌意的气氛和“辞职潮”深感忧虑，他们担心这可能使中情局陷入内部纷争而难以自拔，无法集中精力对付恐怖主义。更有国会议员批评说：中情局正在被一个具有高度党派倾向、毫无经验的团队领导，他们应对目前的混乱状态负责。看来，之前对戈斯的“党派倾向”的质疑是很有道理的，尽管那来自民主党人，但现在事实也证了这一点。
美国情报界重组
2004年12月17日，竞选连任成功的布什总统签署了美国国会参众两院通过的《2004年情报改革及反恐法》。根据这项法案，美国将对情报界进行重组。这是自1947年中央情报局成立以来，一次最大规模的重组。
法案的签署仪式搞得十分隆重，是在华盛顿宪法大街的安德鲁·梅隆礼堂举行的。这里曾是1949年杜鲁门总统签署北大西洋公约的地方。布什在仪式上强调，21世纪美国面临的新威胁已经不再是拥有大规模军队的帝国，而是四处藏匿、没有国界的恐怖分子。恐怖分子只要一击成功，就会给美国造成巨大的伤害。情报机构和执法部门必须做到万无一失。为此，有必要对情报机构进行重组。情报系统的各个机构必须作为一个统一的整体共同行动，才能有效应对恐怖分子的威胁，这是“9·11”恐怖袭击事件给我们的重要教训。参加签署仪式的，除了国会重要成员、中情局长戈斯、联邦调查局局长米勒等政府官员，还有“9·11”事件调查委员会成员，以及部分“9·11”事件遇难者家属。
《2004年情报改革及反恐法》的通过，标志着拉开了美国对情报战略进行重大调整的序幕，反映了在新的世界形势下，美国对于威胁自身安全的集团和力量的重新认识。
同时，根据这一法案进行的情报界重组，使中央情报局局长在美国情报界的大佬地位也成为历史。因为法案决定，设立国家情报局长和国家反恐中心。在新的情报系统架构中，美国情报界的“掌门人”是新设的国家情报局长，他将取代中情局长管理情报界。国家情报局长作为美国总统的首席情报顾问，负责领导统一的情报系统，监督包括中央情报局在内的15个军方和非军方情报机构，享有预算、聘任、解雇等广泛权力，中央情报局局长将向国家情报局长汇报工作。
中情局长的大权就这样被转移到了国家情报局长的身上。其实，美国早就需要这样一个能够统一管理整个情报系统的机构。多年来，中央情报局缺乏与其他情报机构的配合，因而导致在许多问题上出现失误。国家情报局长的设立旨在避免类似在“9·11”恐怖袭击事件中的情报失误，这也是布什在竞选连任时做出的承诺。
显然，国家情报局长的设立彻底剥夺了中情局长管理情报界的权力。戈斯在疲于应付中情局内部这一团乱麻的同时，又要应付情报改革法给他带来的这一严重挑战。
2005年2月17日，美国首任国家情报局长诞生了。这一天，布什在白宫宣布，由时任美国驻伊拉克大使约翰·内格罗蓬担任国家情报局长。
重组给情报界带来了新一轮的混乱和争夺。尽管戈斯坚信“中央情报局将会继续成为情报机构的旗舰”，但也抱怨说，有关设立国家情报局长职位的法案，使他对自己今后的角色不是十分清楚，“这其中有很大的模糊性。”该法案对各情报部门之间的关系没有界定，使他不知道自己与国家情报局长、国防部长等和情报活动有关的高级官员之间的直接法律关系。
而此时，国防部长拉姆斯菲尔德又悄悄建立起了由他自己领导的秘密情报机构——战略支持局。此机构可直接派遣特种部队人员到海外搜集情报，目的是摆脱美军对中央情报局的情报依赖。这种赤裸裸地蚕食中情局地盘的做法，让戈斯无可奈何。此外，在国家情报局长的人选落定之后，美国国家安全委员会也对出席该委员会有关会议的人员做了调整，规定国家情报局长有权出席国家安全委员会及国土安全部所有的会议，而中情局局长则必须在“总统要求的情况下参加以上会议”，这意味着中情局长从此不再是总统的左右手。面对这个一百八十度的大转弯，戈斯再一次感到了失落。
也许是布什料到此番调整必然引起中情局方面的不满和动荡，或许是他已经听到了戈斯的牢骚怪话，在戈斯大发牢骚后仅一天，布什总统就视察了中情局。视察中，布什对中央情报局进行了安抚，反复强调中情局工作的重要性。他承认，情报机构改革的确会在某些方面造成模糊不清的问题，中情局官员对这种变化感到忧虑也是正常的，但是改革将有利于中情局更好地工作，改革肯定会发挥积极作用。布什还让戈斯尽快制订计划，将秘密特工和情报分析人员的人数在现有基础上增加50%，将从事反恐研究和技术开发的人员数量增加一倍。这是中央情报局成立以来一次最大规模的“扩军”。这也许是在这次重组中，中央情报局获得的唯一成果。
黯然辞职
戈斯是中情局众多短命局长中的一个。他2004年9月22日正式就任中央情报局局长，2006年5月5日递交了辞呈，任期不足两年。当天，布什在白宫会议上宣布，他已接受戈斯的辞职，但没有说明戈斯辞职的原因。布什称，戈斯在中情局的任期具有过渡性质，在任期间配合了政府对于情报机构的整合，对中情局的领导得力。他对戈斯出色的工作能力表示赞赏，说戈斯制定了一个五年计划，拟招募更多的情报分析人员和特工，这将有利于美国本土安全和打赢反恐战争。布什还说：“我相信他的继任者将会继续完成改革重任，这个国家将会因此变得更安全。我们迟早会打赢反恐战争，而中情局则是这场战争成败与否的重要一环。”戈斯在布什讲话后，做了简短的表态。他说，希望白宫能够接纳并包容他的离职请求。中情局目前运作良好，他坚信，在今后的工作中，中情局将会更好地发挥它的作用。在后来的一份书面声明中，戈斯说：“今天早上，我放弃了中央情报局长的职位。”但是，他表示，他仍将继续留任几周，直到白宫找到新的继任者。戈斯的这份声明没有使用“辞职”一词，也没有说明离职的理由。
对于戈斯的辞职和在任期内的表现，各方看法褒贬不一。参议院情报委员会主席罗伯茨说，“9·11”恐怖袭击和伊拉克大规模杀伤性武器的情报搜集工作失误，足以让白宫意识到情报部门的工作不给力，外界也对中情局的不力表现颇有微词。戈斯就是在这一艰难时刻临危受命的，并通过各种措施逐步提高了中情局的办事效率。尽管如此，中情局仍有很长的路要走，无论谁来接任，中情局的改革都需要持续下去。
众议院共和党领导人在声明中也充分肯定了戈斯的工作成绩，说他提高了中情局的办事效率，改进了情报部门的工作作风，也增强了政府进行反恐战争的能力。
但是，也有一些与上述看法相反的言论。尤其是众议院拨款委员会的民主党高级官员奥贝，他毫不留情地直言戈斯的辞职对国家来说“是个好消息”，批评了戈斯在任期间的强悍作风。奥贝在一份声明中表示：“他（戈斯）的领导方式危害了国家最重要的情报机构……我希望不管谁接任这一职位都能够令中情局更人性化，更有能力。”
对于戈斯辞职的原因，也是众说纷纭。综合起来，不外乎这样几个方面：
第一，中情局内部矛盾重重，令其失去信心。由于他的领导方式和工作作风存在缺陷，无法团结幕僚响应他的改革措施，中情局内部反对他的呼声日高。正如有人指出的那样，戈斯上任时带来多名众议院的亲信，并安插在重要岗位上，这些人没有专业经验，作风蛮横，使一些中情局官员受到伤害，多名资深主管辞职，中情局元气大伤。戈斯的改革阻力重重。
第二，不满白宫偏向国家情报局长内格罗蓬特。戈斯与内格罗蓬特在对中情局未来的问题上存在严重分歧。内格罗蓬特计划将中情局的一些职能部门纳入他的管辖之下，这当然遭到戈斯的强烈反对。本来设立国家情报局长后，戈斯的部分职权被内格罗蓬特取代，戈斯的地位降低，他已心存不满，而白宫在这一问题上又站在内格罗蓬特一边，使得戈斯大为恼火。
第三，批评不断，心灰意冷。戈斯在任期间工作不能说不努力，但是由于多种原因，政绩平平，矛盾重重，没有取得令人总统满意的结果，对他的批评和非议不绝于耳。据说，总统国外情报顾问委员会对戈斯进行过严厉批评。这个委员会的成员有许多知名的商业机构总裁，被认为是最无党派偏见的，因而他们对戈斯的不良评价是毁灭性的。
第四，都是政治惹的祸。在反对派看来，戈斯的党派色彩过于强烈，与他的职位要求不符，中央情报局的工作难以做到客观、中立、令人完全放心。情报工作如果成为政治的附庸，被政治绑架，也将失去对国家应有的价值。在此种情况下，辞职也许是一个明智的选择。
