自1943年开始，战略情报局就开始向被德国占领的欧洲各国派遣小分队。特工们与当地抵抗运动组织一起搜集敌人的情报，实施各种骚扰破坏活动，分散德军力量。战略情报局在英国情报机构——特别行动执行委员会及法国地下抵抗运动的配合下，迅速对法国进行渗透，想尽一切办法为诺曼底登陆作情报准备，并在盟军登陆的时候在德军后方制造混乱，将敌人的通信线路切断，对敌人的车队进行伏击，破坏关键设施，为盟军提供向导、情报及后勤支援。
在盟军成功登陆后的一周时间里，战略情报局破坏了一千多处铁路线，使德军向前线增派援军发生困难。在盟军进行登陆之前，战略情报局就进行了迷惑德军的行动。他们与英国秘密情报处联手，在东英格兰的海滩上，搭建了假的军舰、坦克、大炮、弹药库以及营房和燃料堆，让德军误以为盟军的登陆地点是塞纳河北面的加莱，将拥有22个师的精锐部队第15军团部署在离诺曼底很远的加莱，减轻了盟军登陆作战的压力。
盟军在诺曼底登陆两个月之后，从南方进入法国，战略情报局又一次发挥了关键作用。他们提供的德军海岸炮兵阵地、地雷区、油库以及弹药库位置的详尽情报，使得向来瞧不起美国情报工作的英国同行也不得不竖起大拇指。
战略情报局在诺曼底登陆战役中的一系列成功行动，使多诺万又产生了一个想法，那就是在德国后方建立间谍网。多诺万知道，美国人想要混进柏林的盖世太保总部基本是不可能的事情。于是，他毅然决定从反纳粹的德国战俘中物色人选来实施这一行动。当时许多人对此表示担心，认为这种做法太冒险，一旦派遣的战俘向纳粹告密，行动失败事小，让纳粹得知了战略情报局的意图事大，而且，国际惯例也不允许这样做。然而，对于向来胆大的多诺万来说，国际惯例根本不是让他改变主意的理由，而对于派去的战俘是否可靠的问题，多诺万抱着“不尝试永远不会成功”的态度，坚决要实施这一行动。
于是，战略情报局上上下下开始为建立间谍网而忙碌。为了掩护这些战俘的间谍身份，战略情报局作了周密的安排并准备了足以乱真的假文件，向这些已经发誓效忠反法西斯阵营的德国战俘发放了假身份证明和德国生产的服装，还让他们仔细阅读了近期的德国报纸，以便对德国国内的情况有所了解。战略情报局还给他们每人配备一台无线电发报机。
这种发报机的波束非常狭窄，并且只能垂直向上传播，在地面上不易被侦测到。发报机的电波传播距离可达100公里，接收这些电波的是在9000多米高空巡航的飞机。
由于多诺万非常重视这项工作，并全力组织实施，这个间谍网发展十分迅速。1945年2月的时候，战略情报局在柏林的间谍小组还只有两个，而短短一个月之后，仅活动在柏林的间谍小组就有三十个，又过了一个月，整个德国便有六十个间谍小组在活动。当然，这与德国境内反对纳粹的德国人不断增多有一定的关系。据统计，第二次世界大战期间，战略情报局在敌后的情报人员是16000多人，在“二战”结束的时候，战略情报局的雇员达到25000多人，当时战略情报局有一半雇员都潜伏在敌后。多诺万还有一个重要成就，就是将学术研究的方法引进情报工作，让情报工作变成美国战略决策过程中不可或缺的重要环节。在工作中，多诺万非常重视学者和专家的作用。在他看来，情报工作首要的方面是研究，而情报收集是为研究服务的，准军事活动也是用来辅助有关领导和专家的工作的。
在第二次世界大战中，战略情报局的研究人员除了研究战略情报、分析敌人的动态意向、参与破译敌人的密码之外，还协助确定进攻目标、审讯俘虏、进行战役介绍，以及判断对目标轰炸的效果。为了获取德军坦克的生产数量，多诺万向前线派去了经济学家，他们根据缴获、击毁的德军坦克车身上的流水编号推算出德军坦克数量，得到了准确详细的情报资料。通过这些情报资料，研究人员对德国当时经济方面的各种指标进行推测与估算，如钢铁产量、重工业生产能力等。此外，多诺万还让专家估算德军的伤亡情况。当时，德军伤亡情况对盟军来说非常重要，因为通过德军伤亡情况可以判断德军实力以及兵源补充能力。战略情报局的特工们发现，虽然德国政府从不在报纸上刊登军队伤亡信息，但是德国许多村镇的小报经常刊登阵亡官兵的讣告。于是，他们便在整个德国的各个村镇搜集讣告加以统计，战略情报局的专家经过计算得出了较为准确的德军伤亡数据，并据此判断出德军的综合实力。
第二次世界大战结束之后，美国政府给战略情报局的经费每年达到了6000万美元，多诺万被提升为少将，战略情报局也得到了国际情报界的重视与认可。多诺万与他的情报机构共同享受着成功带给他们的辉煌。
“飞鸟尽，良弓藏”
多诺万领导战略情报局一次又一次出色地完成情报任务，给美军及盟军作战提供了许多重要情报。然而，多诺万并不满足于此，他在考虑这样一个问题：美国必须建立一个常设的中央情报机构以及心理战机构，而并非只是存在于战时，仅为战争服务的情报工具。
1944年秋，反法西斯战争就要胜利，和平就要到来了。罗斯福总统让多诺万就战后情报机构的设置问题提交一份秘密备忘录，为此，多诺万欣喜万分。他知道，总统让自己提交这个秘密备忘录，就意味着自己长期以来的想法能够得以实现了。于是，他开始勾画战后美国情报机构的宏伟蓝图。
1944年11月，多诺万写信给罗斯福总统，全面阐述了自己的想法。他认为，法西斯被打败以后，美国依然迫切需要开展情报工作，以便能够顺利解决和平时期的各种问题并维护美国的国家安全与利益。战后的情报工作应该重新置于总统的指导之下，而不应该像战时那样由参谋长联席会议指导。为此，必须建立一个直接向总统负责的权威性的中央情报机构，协调政府和军队的所有情报部门。这个中央情报机构的作用是规划情报目标，通过间谍来搜集情报，评价、综合和分发制定国家安全政策所需的情报，在必要的时候也可进行“国外颠覆活动”。在财政方面，该机构应该有自己独立的预算，以便履行总统随时可能赋予的情报工作的各项职能和任务。
当然，多诺万已经预料到自己这个建立直接听命于总统的战后中央情报机构的建议，会遭到军方、国务院以及联邦调查局的强烈反对。在和平时期，军方当然不愿意让自己的情报部门听命于多诺万和他的机构，而国务院也不愿意放弃外交事务中的情报大权，联邦调查局局长胡佛更是不愿意将国内外情报信息都拱手让给多诺万。因此，多诺万的这一想法很快就被人透露给了新闻界。资料显示，透露者正是联邦调查局局长胡佛，他想通过舆论的压力迫使多诺万放弃建立中央情报机构的企图。
1945年2月9日，《华盛顿时代先驱报》及《芝加哥论坛报》对此事进行了添油加醋的报道，把多诺万设想的这个中央情报机构描述成了“一个凌驾于所有情报机构之上的盖世太保”。这在美国民众中引起了强烈的反感与恐慌。
天不遂人愿。1945年4月12日，罗斯福总统去世，副总统哈里·杜鲁门继任总统。罗斯福去世的时候，多诺万正在欧洲考察。当他得知消息之后，对几个欧洲同事感叹，罗斯福总统的去世对战略情报局是一个巨大的损失。的确，如果罗斯福活着，多诺万建立中央情报机构的想法很有可能成为现实，而多诺万也有机会让战略情报局成为战后美国情报机构的核心。
多诺万与罗斯福总统的工作关系相当密切，罗斯福赋予了他制订建立战后情报机构计划的充分自主权。罗斯福总统去世后，多诺万虽然继续为之努力，然而终究没有与杜鲁门建立起像与罗斯福总统那样的信任关系。当然，这并非是杜鲁门对多诺万有意见，而是杜鲁门的性格使然。杜鲁门对别人随便到自己的办公室的行为十分反感，也不喜欢下属主动提交有关报告，更不喜欢任何秘密的政府机构，并且对所有与秘密或颠覆活动有关的机构都极不信任。
许多情报机构都知道杜鲁门的性格及对此事的态度，便趁机向其告状，说战略情报局机构膨胀、腐败无能、具有严重的亲英倾向，等等。紧接着，被一些重量级情报机构控制的媒体，也开始对战略情报局及多诺万进行抨击。这让多诺万感到了一种巨大的压力。他开始四处游说，企图挽回不利局面。然而，随着战争即将结束，多诺万及战略情报局对白宫的影响力也一落千丈。
为了改变这种令人沮丧的局面，多诺万作了最后的努力。1945年5月，他给白宫报送了两份备忘录，委婉地提出战后情报工作计划问题。然而，白宫的态度是不予理睬。多诺万无奈地坐了冷板凳，他只得将精力放在战略情报局的内部事务和去欧洲考察上。
不久，美国国家预算局受命开始进行裁撤战时机构的工作。杜鲁门向预算局局长哈罗德·史密斯表示，对于战后情报机构的设置问题，他与多诺万的想法完全不同，并表示最好将秘密机构裁撤到最少。
在此期间，多诺万又连续给总统上了一些报告，介绍外国情报机构对美国国家利益可能造成的威胁。得知国家预算局已经起草解散战略情报局的命令，并且已经得到总统的同意时，多诺万非常恼怒。他当即给杜鲁门写了一份简短的报告，用激烈的措辞说道：“从国家的利益以及您个人作为元首的利益出发，战略情报局不应该被拆分移交给不同的机构，而应该继续作为一个整体存在。”
多诺万一面给总统和国家预算局写信，阐述建立战后中央情报机构的必要性，一面悄悄地筹划进行一场大规模的宣传运动，借宣扬战略情报局的光荣业绩来推动他的设想的实现。多诺万向战略情报局的所有雇员及前雇员下达了一个指示：在不泄露国家机密的前提下，向家人和朋友们讲述自己的所有工作和辉煌成就，并且可以在得到局长办公室同意后出版相关书籍。
1945年9月14日，美国新闻署发表了关于战略情报局功绩的系列报道。这篇报道一夜之间出现在美国的各种报纸和杂志上。然而，这种宣传舆论攻势并没有让多诺万收到想要的效果。事实上，多诺万犯了一个严重错误，那就是在挽救战略情报局的过程中，他忽略了战后美国民众对战时政府机构以及武装力量规模和预算压缩的愿望。多诺万没有意识到，战后美国人民普遍认为，在战争时期任何人都有义务作出牺牲，来维持庞大的战争机器运转和战争消耗；然而在战争结束之后，政府机构和武装力量的规模应该压缩到最低限度，尽可能地节省预算，用于补偿民众在艰难的战时的付出，使国家经济迅速恢复，让人民富足，让国家走上和平发展的正常轨道。而多诺万在政策建议和各种宣传中，仅仅强调了战后美国庞大的防务及安全体制中需要一个集中统一的秘密情报机构，忽略了强调这个机构将起到武装力量所不能起到的安全保障作用。
当然，多诺万的失败也与他的性格和做事方式有关。他平日里做事过于张扬，总摆出一副自以为是的样子。这是他领导的战略情报局始终没能与其他情报机构建立起友好的合作关系的重要原因。另外，战略情报局作为参谋长联席会议的下属单位，在即将被解散的时候，参谋长联席会议竟然没有为其说好话，可见多诺万与其上级的关系也不怎么样。要知道，当时美国国会每次讨论战略情报局的预算等问题的时候，都是参谋长联席会议的人去作答。如果多诺万与参谋长联席会议的关系好一些，就不会出现孤军奋战、无人施以援手的情况了。
1945年9月20日，杜鲁门总统下令解散战略情报局。他以政治家的口吻感谢多诺万以及战略情报局在战时的付出与努力。杜鲁门说，在和平时期，这种机构已经不再需要了。但是，杜鲁门也表示，政府的战后情报机构将以多诺万创立的组织为基础建立，也许这样说是为了安抚一下多诺万。
1945年9月28日，多诺万在战略情报局总部语气沉重地向下属们宣布：战略情报局解散，从我说完这句话起，战略情报局便不再存在了。美国政府与美国民众会记住诸位在战争时期所作出的贡献，会记住诸位的勇敢与献身精神，战略情报局也会因诸位的奋斗与拼搏而被民众永远铭记。
战略情报局解散之后，多诺万离开了美国情报界。虽然多诺万没能实现组建新的中央情报机构的愿望，然而，他创建领导的战略情报局为日后的中央情报局培养了大批专业情报人员，还为日后的中央情报局积累了宝贵的工作经验和情报技术。数年之后，美国成立了中央情报局，多诺万当年的构想终于成为现实，而中央情报局也将多诺万奉为美国现代情报之父与中央情报局的鼻祖。
