多尔衮此时可以把注意力放到明朝身上了。对他而言，幸运的是，明朝宰相和福王自17世纪20年代起就是死对头。他们之间不断争斗让新的明朝南京政府瘫痪，让早先制定的坚固外围防线计划变得一团糟。多尔衮用自己最好的骑兵组建了一支特别骑兵部队（5000～6000人），作为向南进攻的先头部队。他的军队总数是4万人。4月1日，多铎的部队开始分3路向南进军。他们基本上没有遇到抵抗，只有于5月20日陷落的扬州是个例外。这一次，满族人效仿了成吉思汗制造恐惧的方法，进行了屠城。5月30日，满族人用计渡过了黄河，从背后向受惊的明军步兵发动了进攻。当关键的要塞城市重庆陷落后，在南京引发了慌乱，弘光皇帝朱由崧于6月3日逃离了南京。到6月16日，多尔衮胜利抵达南京，10万明军投降。清朝的骑兵部队尾随着缓慢退却的明军步兵，并最终生擒了皇帝。
与此同时，博洛率领包括步兵和骑兵在内的8万人，已经沿着大运河南下，渡过了长江，继续向东进军，在没遇到多少抵抗的情况下于7月6日占领了杭州——原来南宋的都城。到1647年1月，博洛占领了广东，接着是四川。到了1648年冬，除了最偏远的西南之外，整个中国都被满族掌握。
乌兰布通之战（1690年）
在清军征服明朝的过程中，骑兵一直是取得成功的关键。但正如其游牧生活的祖先一样，这支军队也变成了包括炮兵、水军和步兵在内的混合兵种部队。在东方，骑兵所起的作用要比在西方重要得多。由于缺乏马匹和骑手，明朝骑兵一直弱小，而从军事上来看，这也决定了其命运。清朝的出现，使得中国自元朝时代以来有了第一支可以有信心在大草原上作战的混合军队。而这也帮助满族人控制了蒙古的南部（内蒙古），到1670年为止，已经在这里有了49旗骑兵，这对满族军队是一支至关重要的补充力量。
此时，在东方已经出现了新的威胁，其中就包括最意想不到的国家——沙皇俄国。俄国曾经是拔都汗率领15万人在1237～1238年冬天入侵的牺牲品。只是到了1380年在“沙锥鸟原野”（库利科沃）3万俄国军队（主要是蒙古式的骑兵）才最终打败了黄金家族的蒙古人。
1552年，“恐怖沙皇”伊凡四世征服了喀山。1582年，哥萨克人在伊斯克河（西伯利亚段）运用火炮和火枪击退了蒙古人的骑兵冲锋。这次致命的联合火力也预示着骑马的游牧民族战士最终衰亡的命运。而同样是这些哥萨克人（他们自己就是蒙古人非法的西方继承人）也成为了世界上最著名的西方骑兵。
哥萨克骑兵在横贯西伯利亚建立了一个个堡垒后，在1646年到达太平洋之前，他们于1632年建立了伊尔库次克和雅库茨克。这样，俄国就成为了中国的邻国。1650年，残酷的哥萨克首领哈巴罗夫突袭了位于满洲北部的达斡尔地区。他在雅克萨建立了一座堡垒，清军则于1652年3月24日占领了此地。俄国人在火枪上更强大，而清军的炮兵则更有效。1686年6月，清军对俄国人位于黑龙江流域的最后一个堡垒阿尔巴津（即雅克萨）实施了猛烈反击，迫使俄国人于1689年9月签订了《尼布楚条约》。此条约以外兴安岭和额尔古纳河为界划分中国与俄国的边界，但没有确定兴安岭和乌第河之间地区的归属。
这样，俄国的威胁被幸运地缓解了。1634年，巴图尔珲台吉掌控了曾经由他父亲建立起的强大准噶尔联盟的西部（厄鲁特）蒙古。第二年，巴图尔在西面打败了哈萨克人，和西伯利亚的俄国人建立了密切的关系。
准噶尔的进攻
1671年，噶尔丹·博硕克图（“博硕克图”是达赖喇嘛给予噶尔丹的称号。——译注）成为了准噶尔部的首领。噶尔丹强大的蒙古骑兵在1679～1680年迅速地占领了哈密、吐鲁番和喀什噶尔。这样一来，准噶尔不仅成为了西部贸易和交通的威胁，而且对中国西部的甘肃省，以及满族占领的东部蒙古造成了威胁，而后者正是满族帝国抵抗准噶尔和俄国扩张主义的关键缓冲地带。如果他们两者结合起来，鉴于他们拥有的出色的骑兵军队，清帝国将面临前所未有的严重威胁。
当噶尔丹于1688年率领3万骑兵入侵东部蒙古时，康熙皇帝（1654～1722年）决定迎接挑战。1690年，噶尔丹率领他的军队沿着具有战略意义的克鲁伦河顺流而下，意图或者说是北京相信的意图——控制内蒙古。也许，像洋洋自得的宋朝还有闭关自守的明朝一样的中国内陆王朝，是不会关注此类行动的。但对于游牧出身的满族而言，这是一个直接的挑战，如果不反击是不可容忍的。在这场长期的冲突中，准噶尔就如同所有的游牧骑兵军队一样，拥有的是速度、机动和敏捷，而清朝的优势是人数、武器和火力。
满清贵族裕亲王福全率领着他的步兵与骑兵的混合军队，以及强大的炮兵部队进入了大草原。如同先前的明朝一样，他希望当准噶尔在营地或是在背后有天然障碍的情况下发动袭击，希望敌人陷入绝境、反抗然后被消灭。虽然这种希望很渺茫，但在这种众所周知的战斗模式下，轻装甲的游牧部落是处于劣势的。
对于有骑兵作战思想和对大草原了如指掌的清朝而言，在蒙古蛮荒腹地作战也是一件令人疲惫、消耗巨大和危险的事情，需要缜密的计划和充分的准备。远征军必须要携带数量庞大、装载在车上或驮在骆驼背上的补给，而且还需要动用每个骑兵都去搜索敌人的行动，对敌兵进行侦察、袭扰，并在随后的战斗中展开冲锋。而骑兵的兵力将是一支远征军命运的决定性因素。
如同以往那些最终把基地转移到中原的游牧政权一样，清朝的骑兵也存在问题。购买和喂养马匹的费用昂贵，而国家只能支付起每匹12～20两银子这样的低廉价格。清朝官员沦落到了从国人那里夺走能搜罗到的每匹马的程度，而国人会采取与以往一样的方式——暴力反抗。尽管军队中的每个队长都要负责喂养10匹马并让他们长膘，然后交给兵部官员，但马匹从来都不够用。监督官员在远征开始前报告说，边境上的补给站里全是瘦马、病马。
清军的一位满族军官马斯哈记述了远征军在经过极为干燥的戈壁滩时遭遇的麻烦，他们不得不凿井找水。而在数小时耗尽体力后，凿出来的水却不能喝。开始有士兵渴死，马匹既没水也没草料。情况更糟的是当他们穿过戈壁滩后，发现粮食也没有了。所以，这支军队的前进速度像蜗牛一样慢——12天才走了300公里，也就不惊奇了。
9月3日清晨，清军的侦察兵报告说，他们已经在靠近乌兰布通的丛林山坡上发现了噶尔丹的营地。裕亲王福全简直不敢相信自己的运气这么好，命令快速前进以防准噶尔人逃窜。当清军炮兵涌入阵地并在中午开火时，噶尔丹似乎很乐意在原地进行抵抗。
另一个亲眼目睹整个战斗过程的是俄国大使戈洛文，此时他还没有从签订《尼布楚条约》的刺痛中恢复过来。戈洛文记述道，噶尔丹运用了一种颇具创造性的方式来保卫自己的营地和军队免受清军炮火打击。他命令手下把大约1万头骆驼的蹄子都绑在一起，让它们都相互紧靠卧于地面，上面再盖上毡子。在这些骆驼之间也有一些空隙，这样可以让准噶尔人向敌人射箭。马斯哈对驼城印象尤为深刻。当清军左翼的攻击开始突破准噶尔的防线时，裕亲王就想宣布自己获胜。他们原本应当把准噶尔一部逼退到山中，并实施包围。裕亲王在他的报告中夸大了胜利。实际上，“驼城”坚守住了阵地，而且在右翼挡住了清军的进攻，后者被迫退回到了仓促建立的营地。到了晚上，裕亲王命令所有的部队返回营地。似乎这绝不是一次像裕亲王所声称的“大胜”。
戈洛文记录到，由于”驼城“以及山坡上树林的掩护，噶尔丹的军队虽然遭受了一些伤亡，但仍然完整。这位俄国大使称，噶尔丹已做好第二天战斗的准备，如果蒙古骑兵以惯有的凶猛势头冲锋，还不知道清军能否守住阵线。
9月7日，在经过了3天的谈判后，裕亲王允许噶尔丹安全地离开这里前往大草原。裕亲王的将领们敦促他对处于开阔地带的噶尔丹进行追击，但是当科尔沁蒙古的增援部队赶来与他们在盛江乌兰会合时，准噶尔人已经逃得远远的了。
昭莫多战役（1696年）
皇帝认为乌兰布通取得的胜利根本没有说服力，并在震怒之下痛斥了裕亲王和他的将领们：要是再有这样几次的话，那么清帝国就要完了。康熙怒斥他们，一场战役下来，饱受重负的臣民们缴纳的1600万两白银就这样浪费了。正是由于裕亲王他们的无能，才让噶尔丹脱离了困境。
先前的中国王朝对于如何与蒙古这样的大草原上的部族作战毫无办法，但康熙可不是这样，他不仅了解大草原，而且还喜欢在那里狩猎。他写道：
“只有在亲自走过北方之后，才能了解那里的情况。当经过时，必须要非常注意那里交通和补给的细节。绝不能像明朝那样只去猜想——就是到了现在，汉族的官员们对那里仍然不甚了解。”
康熙的话语虽刺耳但很深刻，因为这是事实。清朝此时已经下定决心，要以游牧部族战争的方式，把准噶尔作为它的游牧部族对手一劳永逸地予以消灭。
在镇压了内部的叛乱后，噶尔丹于1695年卷土重来，到了蒙古中部，但这一次他只有5000～6000骑兵。根据蒙古间谍刺探的情况，清朝情报机构报告说噶尔丹驻扎在巴颜乌兰。康熙原本想立刻出击，但却被态度强硬但经验丰富的将军费扬古劝阻。费扬古建议，等到来年春天清军的马匹有了足够的牧草后再发动进攻。
康熙计划来一次对准噶尔人大规模、彻底的包围，并消灭他们的小部队。康熙将率领3．3万名中军从北京出发，一路沿着克鲁伦河北上。而费扬古则带领西路军（3万人）固守图拉河，切断噶尔丹西逃的路线。但是如果费扬古能够跨越到巴颜乌兰的1160公里的路程话，那么他就会与噶尔丹交战。在东面的是萨布素将军将率领的1万～1．2万人的部队坚守在喀尔喀河。1695年8月，清朝的蒙古盟友们又为即将开始的战役增援了8000匹马。
西路军于1696年3月22日离开了位于归化的大本营。在丢弃了瘦弱病马和自己的步兵之后，费扬古最终于6月6日到达图拉河。在这次战役中，清军重视到保养马匹的问题，而且最大程度地悉心照顾马匹。马匹往往可能会因为过度劳累而死去，而且一次急停也会杀死它们。如果它们过多出汗的话，就应该让它们狂奔一段让体温升高。有经验的蒙古人说，只有在马浑身干透的情况下才能够洗马。数以百计的战马都因为骑手没有经验或是照顾不周而损耗，而且军队有时还沦落到不得不吃马肉才能维系的地步。
在6月12日时，清军终于在一个名叫昭莫多（蒙语意为“一百棵树”）的地方发现了他们的“猎物”。这里是一个四面环山的河谷地带。最终费扬古把噶尔丹赶进了陷阱，而此时噶尔丹手下只有6000骑兵，而清军却有1．4万人，其中绝大部分是蒙古和满族骑兵，还有强大的炮兵部队的支援。
迫在眉睫的是，清军必须在准噶尔人之前夺取高地，这样才能占据上风。如果炮兵能够部署在高地上，那么就可以摧毁下面的准噶尔部的军队。交战双方都意识到了这一点，这也使战斗变成了以游牧部落传统方式进行的生死之战：没有任何心慈手软的余地。
