《山海经》中所记载的这些动物的名称，其中很多都十分古奥，难解其义。但其中一些从音义上看，似与原始社会初民的古音相关。例如《南山经》所载的鸠鸟，“其音若呵”，故名“灌灌”者，从此鸟发出的声音“呵”与其名“灌”来推断，可知“呵”与“灌”的发声与“o”音相若。据《诗·关雎》云：“关关雎鸠”，唱和相近，为叠韵连语。《尔雅·释诂》：“关关嗈，音声和也”，即此。
又《中次七经》所记的一昆虫，“其状如蜂”，名叫“文文”者，以声训之，“文”与蜜蜂飞动时发出的“嗡”声相近，因此昆虫叫作“文文”。朱骏声《说文通训定声》引此经文，以声训之，称“《鹖冠子·秦录》文者，所以分物也，为托名标识字”。就是以声训为名的例子。
《山海经》里许多动物的名称或名字，可能与这种动物的叫声有关，或与这种动物飞翔时发出的声音有关。对于这一问题如果进行多方面的考察，将对中国古代语言的研究大有裨益。
（二）植物学
《山海经》中所记载的植物与动物一样，都是一些虚虚实实的东西。除一部分现实生活中常见的植物外，《山海经》中所记植物大多是一些从已知的现实出发，去幻想和模拟未知的虚无的植物。其分类为以下几种：
现实性植物
本植物在《山海经》中所记主要有桑、松、桃、柟（楠树）、荆、柏、漆等。果树能确定者，有柿树、枣树、梨树等。
食用性果树
昆仑之丘……有木焉，其状如棠……其味如李而无核，名曰沙棠。（《西次三经》）
峚山，其上多丹木，员叶而赤茎，黄华而赤实，其味如饴。（《西次三经》）
崦嵫之山，其上多丹木，其叶如榖，其实大如瓜，赤符而黑理。（《西次四经》）
（此处的丹木，即为现今柿子树，详见另文。）
混合体（神）树
所谓混合体树，是指这类树在现实生活中是存在的，但它生长奇特，含有神话的意味。
有木，青叶紫茎，玄华黄实，名曰建木，百仞无枝，上有九……下有九枸，其实如麻，其叶如芒。大暤爰过，黄帝所为。（《海内经》）
有木，其状如牛，引之有皮，若缨、黄蛇。其叶如罗，其实如栾，其木若，名曰建木。（《海内南经》）
大荒之中，有衡石山、九阴山、灰野之山，上有赤树，青叶，赤华，名曰若木。（《大荒北经》）
有山名曰孼摇羝，上有扶木，柱三百里，其叶如芥。有谷曰温源谷。汤谷上有扶木。（《大荒东经》）
卫丘方员三百里……有三桑无枝。（《大荒北经》）
昆仑之虚……上有木禾，长五寻，大五围。（《海内西经》）
经中所记此类混合性树，其树种在现实生活中存在，之所以定其为神树，是因为《山海经》中对它们的描述有许多虚幻的不实际的地方。例如：
其一，《大荒北经》中的“若木”，据《楚辞·离骚》云：“折若木以拂日兮”，注“若木，生于昆仑西极日入处之神木”。
其二，《大荒北经》中的“有三桑无枝”，文中所谓的这三棵桑树都没有树枝，无枝哪能有桑叶？所以应视其为神树。
其三，《大荒东经》也云：“孼摇（群）羝，上有扶木”，其树干高达三百里，而且还是太阳出没的地方，此系神话无疑。
其四，《海内西经》所记树上生长稻谷的“木禾”，树干直径为五人合抱，也带有神话的色彩。
《山海经》所记的大凡为混合型的树木和花草，都带有神话的性质。虚幻的神话固然不屑一顾，但它却揭示了两个重要的有历史意义的问题：一是在我国家蚕何时为人们所饲养；二是由“木禾”原产地即它的地望，说明《山海经》所记的昆仑山并非是一个虚构的地理单元。对这两个问题，这里仅简略论之。
一是家蚕何时被饲养。《山海经》多处记载有桑树，而在《海经》中桑树又被神化，这就为家蚕的饲养是在史前传说时代提供了文献上的线索，并且还佐证了历史记载中家蚕的饲养首先由女性所发明这一事实。这一点也得到了考古文化的支持。
考古资料表明，20世纪60年代初，考古工作者在山西芮城西王村新石器时代仰韶文化遗址中曾发掘出土了一件蚕蛹形陶器模型。说明蚕为人类所饲养始于其时。
在历史文献上，在《山经》中有多处关于养蚕的记载。《海外北经》中有女子采桑养蚕的记载：“欧丝之野在反踵东，一女子跪据树欧丝。”由经文看，养蚕取丝在当时有了地方化或专业化的规模，而且主要由女子来从事这项劳动。《五帝本纪》载：黄帝时代已经能“淳化鸟兽虫蛾”，这里的“虫蛾”即为蚕。而且司其事者为黄帝妻“西陵之女”，“是为嫘祖”。《路史·后纪五》：“嫘祖，以其始蚕，故又祀为先蚕。”可知家蚕的饲养起于史前，而且为女性所发明。上述仰韶文化的蚕蛹陶器为其物证。《山海经》则是在文献上予以注释说明。
二是《海内西经》所记载的“木禾”，从经文看，虽然表现出原始初民对食物祈求的神话夸张，然而重要的是它指明了《海经》中“海”的地理位置和范围。其西界的地域似乎不仅仅局限在盐泽或青海湖，而是应当在盐泽或青海湖以远，大致到了西汉时期的大宛国（今中亚费尔干纳）一带。之所以如此推定，是因为“木禾”的原产地是在中亚。据《穆天子传》卷四载：天子“癸未至苏谷骨氏，之所衣被”，郭璞注：“岩谷中有草木皮可以为衣被”。《穆天子传》又谓：天子“庚寅至重氏黑水阿，爰有野麦，爰有荅，西膜之所谓木禾”，郭注云：“木禾粟类也，长五寻，大五围，见《山海经》云。”而西膜，据考《汉书·西域传》谓塞种，有说是从新疆到阿拉伯的塞族，在中国境内的一支为瓜州允姓戎人。
又囿于“木禾”的产地，有关的历史文献，在中国甘肃、青海及新疆未见有其记载。据赵俪生先生的考证，《穆天子传》称天子曾到“重氏黑水”（苏联费尔干纳地区），此地产一种可充食用的树木“木禾”。由此我们联想到源出昆仑之一的“黑水”，此“黑水”从地理位置推断，应为穆天子曾到过的产“木禾”的地方——重氏“黑水”。可见完全把昆仑说成是虚构的神话地理显然是站不住脚的。确定“木禾”的产地，同时对解释《海经》所称的地理范围在历史地理学上也是很有意义的。
前面解读了《山海经》所记的动植物，从其表述的方式看，主要是用已知的东西去幻想未知的东西。在所记述的人、兽、鸟、虫、鱼，异体或合体中制造了不少神和神话。神的实质和内容，就是这些人和动物的结合体。而以动植物为基础所产生神的动机、目的和原因，究其根源，应是那些处在生产力低下、生产资料和生活资料都极匮乏的原始社会初民，出于渴望祈求和丰富生活资料及其对自然的控制和支配，并成为百物主宰的原始思维的表现。因此，从这个意义出发，可以说《山海经》是储存远古人类原始思维重要的资料库，是毫不夸张的。
六、矿物与天然气
《山海经》所记矿物，主要集中于《五藏山经》。按类别划分大致有金属、玉石、气体、液体和各种用于画料的赭石以及药用的雄黄等。
金属类据初步统计：
金（包括黄金、赤金、白金）：112处。
银：9处。
铜：30处（包括赤铜）。
铁：27处。
锡：5处。
以上共计183处。
据考古资料殷周金文表明，商周时一般将黄金与铜统称为金。所以《五藏山经》里所记金属，当以铜为多，铁次之，银再次，锡最少。这些金属矿中，有金玉、金石、银铁、金银铁、金铜铁共生矿。除此而外还有石、黄金丹粟共生矿。而各经记载的矿产情况，在数量上以《中山经》为最多，《东山经》最少。但记载的共性，都只记矿物的类别或名称，却均无开采，运输、冶炼和使用情况，这是《山海经》所记史实的原始性在矿物学上的表现。兹将所记矿物分别列于下：
玉类
《五藏山经》所载的玉类，据统计约有138处，而所列玉的品种或名称不一，计有琈之玉、藻玉、青玉、苍玉、璇玉、玉、麋玉等，其中以泛称玉和琈玉者为最多。以上玉类的记载大都集中在《中山经》里。
石类
石和玉在《山经》中往往混称，单称之为石的矿，共约65处，应是当时生产制作石器的主要原料。其名称也很复杂，计有洗石、礜石、磬石、石涅、硌石、汵石、磁石、文石、茈石，箴石、砥砺、鸣石、麋石、封瑊石、玄石、脆石、帝台之石等。
这些石矿，由于名称之繁且单独立名，自然有其专用，故而难以一一知晓。对其特性和其在生产生活中的用途，从考古资料鉴别，可知经文中的砺或砥砺石，是新石器时代常见的制作石器的研磨石或钻石。石磬，顾名思义，是新石器时代后期制乐器石磬的石料。帝台之石，据经文云：其石为“五色而文，其状鹑卵。帝台之石，铸百神者也，服而不蛊”。知这类石矿是专用于祭祀神灵的祭石或有神灵的祭品。
涂料装饰矿物见于《山经》者，主要有丹粟、丹馥（青砂）、赭（赤铁矿或锰一类矿石），其中以丹粟、赭石为最多。其用途在考古文化中所见，多用作黄河流域新石器时代仰韶文化彩陶的主要着色颜料。
液体矿物
这一类矿物，在《山经》中所见，主要是盐泽中的卤水。卤水，据《天工开物》云：“物生自天，工开于人。”而盐的产生，古谚语曰：“天生卤，卤生盐”，盐的生成除特殊盐泽所产生自然结晶的盐外，一般是以卤水经人工开采加工而成。对盐的记载，仅《北山经》一处，“盐贩之泽”，顾名思义是指泽为盐池。很明显《山海经》的作者在东周就知其性质而故名。而这一液体物质的盐为中国先人所认识利用开采始于何时？迄今也还是一个谜。对此，经我们的考察，当始于史前时期，在《山海经》中则可见其端倪，据《西次三经》云：“丹水出焉，西流于稷泽，其中多白玉，是为玉膏，其原沸沸汤汤”。经文中所谓的“白玉”、“玉膏”，当就是盐池中天然结晶颗粒的晶盐和液状天然卤水。为什么天然卤水和结晶的盐块叫做“白玉”和“玉膏”呢？是出于史前人类的万物崇拜，同时又囿于盐被神化所致。
气体矿物质
自然现象古今有之，不足为奇，而有关天然气的情况，有史以来，并见之于记录者，在我国当推《山海经》的记载为最早。
据《山海经·南山三经》云：“令丘之山，无草木，多火。”经文中记述的“火”，显然是天然气燃烧后产生的火。令丘之山无草木，光秃秃的山上燃烧的火，自然不会是植被燃烧之火，而是由地下喷溢的天然气遇可燃物而燃烧的结果。这一现象古有记载。自今迄古，我的家乡四川省邛崃县城西有火井乡，少时听家乡人言，火井下气体可煮盐。明代宋应星《天工开物》记：“西川有火井”，用长竹筒插入井底，其上“卤水釜中，刻火意烘烤，水即滚沸”。注云：“此火气体系甲烷等碳氢化合物的易燃气体，二千二百多年前，在四川双流县首先发现，一千八百多年前在邛州（今邛崃县）钻出第一口天然气井。”在先秦时期，据《楚辞·大招》云：“魂乎无南，南有炎火千里”，就说明古时南方是产天然气之地。由此可见，在中国有关天然气的历史的记载，以《山海经》为最早，而开发利用是在历史时期。
本节通过《五藏山经》对矿物的记载和论述，可以说将会对中国历史上的一些重大问题或史实提供解读。
首先，它展示了中国古代社会的发展史，从考古学物质文化的角度讲，社会发展的动力是生产力，而生产力中最基本最积极的因素之一是生产工具。在考古文化上以矿物质为工具材料划分时代，是石器时代、青铜时代和铁器时代。在《五藏山经》中所见矿物以玉石矿为最多，其中又多见砺石，而后者又是新石器时代加工的工具。其次是金属矿，其中多为铜矿，而铜的开发利用的时代，考古资料表明，是在新石器时代仰韶文化阶段，但为数极少，多局限于小型的“利器”（刀、锥等器物），于夏、商、周三代才发展用于礼器和兵器。至于铁器的使用，考古文化表明，最初见于殷末周初，至东周时才被普遍使用。可以说《山海经》所记的矿物，生动地展现了中国古代社会的发展史。
其次，《山海经》的矿物，无论是玉石质的、金铜质的还是其他流体或气体或装饰涂料，就产地和数量看都以《中山经》为最多而集中。而《中山经》的地理位置，按其经文曰：“中山薄山之首，曰甘枣之山，共水出焉，而西流注于河……又东二十里，曰历儿之山。”历儿之山，由名考之，即是汉唐时之历山，又名雷首山、甘枣山。地在今陕、晋、豫之晋境一侧，为今之中条山。此山埋藏矿物数量甚多，表明其地社会生产力发达进步，从而为中原地区率先迈入文明社会奠定了物质基础。对于探求中原地区文明起源，《山海经》在矿物产地上，可以说提供了不少难得的信息。
第三，由《山海经》所记史实看，《山经》多记山川地理、动植物、矿物医药等，而《海经》所记多侧重人、神、天象、氏族、方国、人格化帝神。前者《山经》反映人类对事物认识的进步；后者《海经》反映当时人们认识事物之原始。这就说明后者早于前者。《山海经》所记先民认识矿物质的种类，以玉石类矿最多，金属矿次之，液体和气体矿为最少，这一现象反映出《山海经》是一部记载原始史料最实在最丰富的典籍。与此同时，也说明《山海经》成书的年代是在东周时期，当是可信的。铁矿在《中山经》中记载颇多，即是其证。
七、药物疾病与巫医
有关中国古代的药物、疾病与医疗的历史文献的记载，据目前所见的资料，当以《山海经》为最早。这三个方面的内容，虽然在书中记载纷繁，但却都极其简单而原始。兹就有关内容依次简述于下：
其一，在药物方面：《山海经》记载有矿物、植物（包括草木和木本）、动物（包括鸟、兽、虫、鱼）三大门类。据此，有的研究者在这三大门类中，又分门别类细分为：
矿物类：5种。
植物类：（草属）28种。
植物类：（木属）23种。
兽类：16种。
鸟类：25种。
水族类：30种。
其他：5种。
这些不同的药物，共计有132种。
这些药物的特点，从上面的统计数量看，以动物药为最多，占所有药物的一半以上；植物药次之，矿物药最少。由此，可以看出人类对药的发明与使用，是与社会生产力的进步密切相关。动物药物多是渔猎与畜牧时代特征的表现，植物药物多是农业有了很大发展的反映。而矿物少，说明手工业中的矿物开采运用还刚刚开始。所以，从药物的种类就表明了《山海经》所记是原始的史实。恰当地说，从生产方式着眼是史前时期由狩猎向农业转变阶段，在考古学文化上为新石器时代。
其二，在疾病方面：《山海经》中列出的病名计有：疥、疠、痈、疽、疟、瘕、蛊、瘗、疣、痔、癣、瘿、瘅、疫、聋等约有三四十种。这些病例的分类较乱，有的按病象，有的按病因，说明医学尚处在童年时代，但其病名的建立，在史前传说时代已经跨入了一个新阶段，为汉许慎《说文解字》解释“痈，肿也”，“瘿，颈瘤也”，“癣，乾疡也”，“疠，恶疾也”、“瘅，劳病也”，“痔，后病也”，奠定了基础。
其三，医疗方面：《山海经》所记医疗方法手段或过程都极简单而原始，仅包括食、佩、席、涂等几种，药物都无计量，药物炮制也没有，药性如何，书中仅见一味，即“丹木”，其药味“如饴”，像蜜一样甜。其医疗的原始，主要表现在：食、佩、席三个方面的效应上。
食的效应：
例如：《西次首经》所载的一种草，“其状如韭，而白华黑实，食之已疥”。又一种鸟，“其状如鹑，黄身而赤喙，其名曰肥遗，食之已疠”。可知这种鸟可以治疗恶疾——可能是麻风病。又“有草焉，其叶如蕙，其木如桔梗，黑花而不实，名曰蓇蓉，食之使无子”。又《西次三经》载：“有木焉，员叶而白栿，赤化而黑理，其实如枳，食之宜子孙。”
接触效应：
这一治疗方法，主要表现在佩戴和作垫席上。
