湘军渐渐取代绿营兵，成为抵抗太平军的主要力量。曾国藩遇到了他最大的对手石达开。石达开是太平军里最为优秀的将领，不但骁勇，而且足智多谋。
曾国藩遭受了一次又一次的失败，甚至多次想自杀，但他最终挺过来了，并且从失败中学习经验，渐渐改变了战局。
为了支援九江，太平军的翼王石达开亲自来到前线指挥作战。石达开，广西贵县（今广西贵港）人，为人侠义好施，洪秀全金田起义的时候，他捐献家产以供军用，率众参加起义，之后随太平军转战南方各省，作战最为骁勇，也最有谋略，一路攻无不克，战无不胜，清军闻风丧胆，称呼石达开为“石敢当”。
太平军西征时，石达开出镇安庆，总督各路。咸丰四年，石达开回到天京，而西征的战场上，太平军遭到了湘军凶猛的反击，一路败退到九江。危机时刻，石达开再次出任征西主帅，来到湖口前线。
曾国藩连续攻打梅家洲和湖口都受到太平军的抵抗，虽然多次猛攻但是还是攻不破，相反湘军士兵死伤不少，曾国藩决定不能这么浪费士兵了，他准备进入鄱阳湖，攻打那里的太平军水军。
太平军自从田家镇一败，水军几乎全军覆没，鄱阳湖里边的水军都是较小的船只，但是这已经是最后的水军了，万不能被湘军摧毁。为了阻止湘军攻到鄱阳湖里边去，太平军开始封堵湖口，只要这个口堵死了，湘军就休想攻入鄱阳湖。不过封堵鄱阳湖出口的难度比较大，太平军想出来一个办法，就是用船装完沙子，行驶到江面上，然后凿沉。太平军连夜用这个方法在湖口的江面上封堵，很快便堵住了大半。湘军水师将领萧捷三发现了太平军的企图，他立刻和黄翼升率领几百艘小船猛攻鄱阳湖的湖口。在湘军的猛攻下，太平军抵挡不住，萧捷三率领船队杀入鄱阳湖。萧捷三攻入鄱阳湖后，开始攻击湖里的太平军水军，湖里的太平军水军完全不是精锐的湘军水师对手，连连败退，一直逃往内湖的大孤塘。萧捷三率领湘军水师追杀，一直杀到内湖，在游击孙昌国和黄翼升的配合下，大破太平军水师，将鄱阳湖内的两百多艘太平军船只全部烧毁。
萧捷三正在鄱阳湖里焚烧太平军船只的时候，石达开正在执行一个新的计划，他要用湘军的方式来对付湘军，湘军烧了太平军的船只，他也正准备烧湘军的船只，而且石达开放的火更大。
本来太平军是在阻止湘军攻入鄱阳湖，而湘军是拼命往鄱阳湖里边攻，等萧捷三越过湖口的防御，攻入鄱阳湖的时候，按说太平军的防堵已经失败了，应该撤走了。但是石达开是个非常人，他在失败中看到了转机，萧捷三率领湘军杀入鄱阳湖后，他忽然发现了一个情况，萧捷三率领的都是湘军轻便的小船，而鄱阳湖外留下的都是湘军笨重的大船。这些大船没有小船的配合，就像去了利爪的猛虎，看似庞大，其实很容易被偷袭。由于萧捷三前边的水军攻得太快，他杀到鄱阳湖内时，后边的湘军大船还没越过太平军的湖口防线。石达开当机立断，马上让太平军士兵加紧装沙凿船。太平军将士在翼王的号召下，防线被攻破后，不但没退走，反而加快封堵速度，很快便将湖口的江面堵死，湘军硬生生被切成两段，鄱阳湖里的是萧捷三的小船船队，而鄱阳湖外的大江上是曾国藩的大船船队。湘军内外隔绝，里边的小船退不出来，外边的大船进不去。
把湘军切成两段只是石达开作战计划的第一步。当天夜里，石达开和罗大纲率领小船突袭湘军水师。留在长江上的湘军水师都是大船，调转不方便，对太平军的突袭根本毫无办法，眼睁睁看着太平军的小船在湘军水师中穿行，然后眼睁睁看着太平军将士放火烧湘军的船只。长江之上，顿时一片大火，和鄱阳湖内的大火遥相照应，里边是湘军在烧，外边太平军在烧，但是湘军烧的都是太平军的小船，太平军烧的却都是大船，那是湘军苦心经营两年的水师精锐。
湘军水军在大火中一片混乱，湘军士兵纷纷弃船逃走，曾国藩自己的座船也被太平军缴获，另外咸丰帝册封他的文卷册牍全部丢失。曾国藩眼见湘军惨败，在痛心和痛恨中再次投入江水之中，想要自杀殉国。幸运的是，湘江的水没淹死曾国藩，长江的水也淹不死曾国藩，这次救曾国藩的是彭玉麟，曾国藩被救出来后，一路逃到罗泽南的陆军营中。
曾国藩逃到罗泽南的军营后，气还没顺过来，回想湖口惨败，江上水师几乎损失殆尽，悲愤异常，准备像先轸那样纵马赴敌而死。先轸是春秋时期晋国大将，为了明志，故意不戴头盔冲入敌军而死，曾国藩也想象先轸那样以死明志。罗泽南和刘蓉急忙把他拦了下来，胜败乃并家常事，如果都像曾国藩这么玩，那还了得。
经湖口一战，湘军江上的水师除了杨载福逃走的时候带回去几艘，其他都被烧毁，而鄱阳湖内的湘军被阻隔在鄱阳湖内，太平军既打不到他们，他们也出不来，湘军水师从此被分成两部分。
